Performance evaluation of unified medical language system®'s synonyms expansion to query PubMed

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>PubMed is the main access to medical literature on the Internet. In order to enhance the performance of its information retrieval tools, primarily non-indexed citations, the authors propose a method: expanding users' queries using Unified Medical Language System' (UMLS) synonyms i.e. all the terms gathered under one unique Concept Unique Identifier.</p> <p>Methods</p> <p>This method was evaluated using queries constructed to emphasize the differences between this new method and the current PubMed automatic term mapping. Four experts assessed citation relevance.</p> <p>Results</p> <p>Using UMLS, we were able to retrieve new citations in 45.5% of queries, which implies a small increase in recall. The new strategy led to a heterogeneous 23.7% mean increase in non-indexed citation retrieved. Of these, 82% have been published less than 4 months earlier. The overall mean precision was 48.4% but differed according to the evaluators, ranging from 36.7% to 88.1% (Inter rater agreement was poor: kappa = 0.34).</p> <p>Conclusions</p> <p>This study highlights the need for specific search tools for each type of user and use-cases. The proposed strategy may be useful to retrieve recent scientific advancement.</p

Dossier médical personnel (état de l'ART)

A l'image de nombreux pays, la France veut se doter d'un dossier médical électronique partagé accessible sur l'internet. Il est dénommé Dossier Médical Partagé puis Personnel, signant là son glissement vers l'appartenance au patient. Il a la particularité d'être inscrit dans la loi avant même d'être abouti sur le plan des systèmes d'informations hospitaliers, très en retards, et de l'informatisation des médecins de villes, incomplète. Il ne tiendra pas les promesses d'être fonctionnel en moins de trois ans. Nous reviendrons sur l'origine du dossier médical français, puis nous analyserons les raisons de son échec (gel du projet en 2006) que l'on sait forcément temporaire. Ce travail a permis de soulever les problématiques principales ; Les craintes liées à la sécurité sur Internet. Cette dernière nécessite des moyens techniques indispensables, énumérés. Les investissements qui doivent être revus à la hausse. Un encadrement juridique complet. Une modification des habitudes de travail : il faudra du temps pour alimenter le DMP, faire des synthèses régulières, et une rétribution adaptée. Quand aux objectifs du DMP (dépenser moins et mieux soigner), quelques études Américaines semblent démontrer que l'informatisation bien faite du dossier médical permet de majorer la qualité des soins, et ce sans majorer le risque de contentieux. L'exemple de la Norvège permet de prédire une réduction de coûts liée à la réduction des emplois. Le DMP ne remplacera pas le dossier professionnel du médecin. Celui-ci aura donc deux dossiers à gérer, nous insisterons sur la nécessité d'un outil simple au service du professionnel de santé.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Recherche d'information et indexation automatique des médicaments à l'aide de plusieurs terminologies de santé

ROUEN-BU Sciences Madrillet (765752101) / SudocSudocFranceF

Modélisation, création et évaluation de flux de terminologies et de terminologies d'interface : application à la production d'examens complémentaires de biologie et d'imagerie médicale

ROUEN-BU Sciences Madrillet (765752101) / SudocSudocFranceF

Modélisation et évaluation d'un outil de recherche d'informations au sein des dossiers patients informatisés

Les dossiers patients informatisés constituent une source de données médicales importante. Cette manne d'information pourrait être réutilisée de multiples manières : pour les soins, la recherche clinique, la recherche épidémiologique et l'enseignement. L'absence d'outil de recherche d'informations au sein des dossiers patients est un des facteurs limitant cette réutilisation. Objectifs : Les objectifs de ce travail sont : (1) d'évaluer un modèle de base de données dédié à la recherche d'informations, (2) de pallier les difficultés mises en évidences et (3) de travailler à l'interface d'un outil de recherche d'informations. Méthodes : 20 dossiers patients anonymisés ont été intégrés au modèle. 31 cas tests ont été construits à partir de ces dossiers. Ils consistent chacun en un cours résumé d'un dossier patient, un ou plusieurs critères de recherche et des résultats attendus. Le moteur de recherche a été simulé pour réaliser ces recherches. Les résultats ont été classés en trois catégories conformes, incomplets ou erronés. L'interface doit permettre de formuler un maximum de cas tests. Résultats : Les cas tests ont été conformes dans 71% des cas (1C95% = {55%-87%]). Les résultats incomplets ou erronés sont tous susceptibles d'être corrigés par des méthodes déjà connues : racinisation, synonymie, multi terminologie. Deux interfaces ont été créées : la première permet de formuler tous les cas test mais est relativement complexe, la seconde, beaucoup plus simple, permet de formuler 22 des 31 cas tests. Conclusion : L'évaluation préliminaire confirme l'aptitude du modèle à gérer les informations des dossiers patients informatisés.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Evaluation de l'outil de recherche Doc'CISMeF (une étude quasi-randomisée auprès des médecins généralistes)

Comment le praticien peut-il et doit-il actuellement se documenter? Les publications médicales se multiplient de façon exponentielle et la recherche documentaire est devenue fastidieuse. Pour le praticien soucieux d'exercer une médecine fondée sur les preuves, les recommandations professionnelles sont une alternative intéressante. En effet, ce sont des propositions issues d'une synthèse méthodique de la littérature médicale. Créées pour améliorer la qualité des soins, elles aident le professionnel de santé et le patient à prendre les décisions les plus appropriées. Utilisées également pour maîtriser les dépenses médicales, elles sont un véritable enjeu de santé publique. Pourtant, l'impact des recommandations professionnelles reste limité. Pour améliorer leur intégration à la pratique clinique, il est nécessaire d'optimiser les stratégies d'élaboration, de diffusion et de mise en oeuvre de ces documents. L'Internet diffuse de nombreuses recommandations professionnelles mais également des ressources médicales de tout type et de qualité hétérogène. La recherche de l'information en santé y demeure problématique malgré le développement de moteurs de recherche et répertoires. CISMeF, le site web du CHU de Rouen. a pour objectif de faciliter l'accès à des documents médicaux de qualité, en français et gratuits. Une étude quasi-randomisée confirme l'efficacité de son outil de recherche, Doc'CISMeF, pour la diffusion des recommandations professionnelles auprès des médecins généralistes. De plus, ce travail rapporte qu'une formation à son utilisation ne modifie pas les performances de recherche. Doc'CISMeF peut devenir ainsi un support de référence pour différentes applications de diffusion d'informations en santé.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Indexation multi-terminologique de concepts en santé

La recherche d'information ainsi que l'aide à la décision nécessitent un accès rapide et e cace aux connaissances contenues dans une collection de documents de santé, ainsi qu'une bonne exploitation des connaissances médicales. L'indexation (description à l'aide de mots clés) permet de rendre ces connaissances accessibles et utilisables. Dans le domaine de la santé, le nombre de ressources électroniques disponibles augmente de manière exponentielle ainsi la nécessité de disposer de solutions automatiques pour faciliter l'accès aux connaissances ainsi que l'indexation est omniprésente. L'objectif de cette thèse a été de développer un outil d'aide à l'indexation automatique multi-terminologique, multi-document et multi-tâche nommé F-MTI (French Multi-terminology Indexer) capable de produire une proposition une indexation pour les documents de santé. Cet outil a nécessité l'élaboration de méthodes de Traitement Automatique de la Langue Naturelle. Il a été appliqué à l'indexation documentaire dans le catalogue de santé en ligne CISMeF, à l'indexation des données thérapeutiques pour les médicaments et à l'indexation des diagnostics et des actes médicaux pour les dossiers médicaux éléctroniques.Information retrieval and decision support systems need fast and accurate access to the content of documents and e cient medical knowledge processing. Indexing (describing using keywords) enables access to knowledge and knowledge processing. In the medical domain, an increasing number of resources are available in electronic format, and there is a growing need for automatic solutions to facilitate knowledge access and indexing. The objectives of my PhD work are the implementation of an automatic multi-terminology multi-document and multi-task indexing help-system namely F-MTI (French Multi-terminology Indexer). It uses Natural Language processing methods to produce an indexing proposition for medical documents. We applied it to resources indexing in a French online health catalogue, namely CISMeF, to therapeutical data indexing for drug medication and to diagnosis and health procedures indexing for patient medical records.ROUEN-BU Sciences (764512102) / SudocROUEN-BU Sciences Madrillet (765752101) / SudocSudocFranceF

Citation classics in occupational medicine journals

International audienc

Translating ICD-11 into French using lexical-based approach: a preliminary study

International audienceTo translate the 11th edition of the International Classification of Diseases (ICD-11) into French, we proposed a lexical approach using Natural Language Processing techniques. This method relies on the 56 biomedical terminologies and ontologies included in the Cross-lingual Health Multiple Terminologies and Ontologies Portal. From a sample of 336 ICD-11 terms, the algorithm translated 164 (49%) terms into at least one French term each

Translating ICD-11 into French using lexical-based approach: a preliminary study

International audienceTo translate the 11th edition of the International Classification of Diseases (ICD-11) into French, we proposed a lexical approach using Natural Language Processing techniques. This method relies on the 56 biomedical terminologies and ontologies included in the Cross-lingual Health Multiple Terminologies and Ontologies Portal. From a sample of 336 ICD-11 terms, the algorithm translated 164 (49%) terms into at least one French term each