Molecular analysis of genes acting in fruiting body development in basidiomycetes

Aufgrund seines kurzen Lebenszyklus, der Fähigkeit, auf Nährmedien unter Laborbedingungen zu wachsen und Fruchtkörper zu bilden, und des sequenzierten Genoms ist Coprinopsis cinerea ein exzellentes Modell für höhere Basidiomyzeten. Diese Arbeit konzentriert sich auf Gene des Pilzes in der Fruchtkörperentwicklung. Die sexuelle Entwicklung von C. cinerea wird von den A- und B-Kreuzungstyp-Genen reguliert, die für zwei Typen von Homeodomain-Transkriptionsfaktoren (HD1 und HD2), bzw. für Pheromone und Pheromon-Rezeptoren kodieren. Selbst-fertile Mutanten wie Homokaryon AmutBmut mit defekten Kreuzungstyp-Genen werden zur Produktion von Mutanten im Fruchten benutzt.Vom Homokaryon AmutBmut wurden co-isogene Stämme mit unterschiedlichen Wildtyp-Kreuzungstyp-Spezifitäten durch wiederholte Rückkreuzungen konstruiert. Die Qualität der co-isogenen Stämme wurde mittels RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Markern überprüft. Ein co-isogener Stamm wurde benutzt, um Mutantengene in der Fruchtkörperentwicklung in Kreuzungen zu verfolgen. Dadurch konnten drei verschiedene Mutationen (cfs1, mat und bad) in der AmutBmut UV-Mutante 6-031 unterschieden werden. Das Gen für eine Cyclopropan-Fettsäure-Synthase (cfs1) agiert in der Initiation von Fruchten. Die beiden anderen Mutationen befinden sich in einem Gen für Fruchtkörperprimordienreifung (mat) und in einem Gen für Basidiosporenproduktion (bad). Stamm OU3-1 mit der cfs1-Mutation und den mutierten Kreuzungstypgenen wurde für die Analyse der essentiellen cfs1-Funktion in der Fruchtkörperentwicklung mittels Transformation mit dem klonierten cfs1-Wildtyp-Gen benutzt.Die Existenz eines Anull Stammes (NA2) zeigt, dass die A-Kreuzungstyp-Gene nicht essentiell für das Wachstum sind. Während des Wachstums von NA2 Transformanten im Dunklen reprimieren eingefügte kompatible A-Kreuzungstypgene unterschiedlicher Spezifitäten die asexuelle Sporenproduktion (Oidiation). Es gibt auch Hinweise, dass auch einzelne Homeodomain-Transkriptionsgene (HD1) eine reprimierende Wirkung auf die Oidiation haben könnten.Artfremde Homeodomain-Transkriptionsfaktoren der Basidiomyzeten Ustilago maydis, Schizophyllum commune und Coprinellus disseminatus können offenbar mit denen von C. cinerea interagieren, da in C. cinerea Transformanten Schnallenbildung beobachtet wurde. Durch Transformation von B-Kreuzungstyp-ähnlichen Genen von C. disseminatus in C. cinerea konnte ferner gezeigt werden, dass die artfremden Pheromon- und Pheromon-Rezeptor-Gene bei der Schnallenfusion als auch bei der Regulation der Fruchtkörperentwicklung funktionierten.Weiter wurde ein dominant konstitutiv aktiviertes ras-Allel (rasVal19) für eine kleine GTPase, die in verschiedenen Signalwegen und eventuell auch im B-Kreuzungstyp-Signalweg involviert ist, in verschiedene C. cinerea Stämme transformiert. Der Regulator RasVal19 beeinflusste Wachstum von Mono- und Dikaryen, Gewebebildung in Fruchtkörpern und Basidiosporenproduktion.Aktivitäten der Promotoren der in S. commune im Myzel, bzw. in Fruchtkörpern exprimierten Hydrophobin-Gene Sc3 und Sc4 wurden mit einem Laccase-Gen als Reporter in C. cinerea untersucht. Beide zeigten Expression in allen Entwicklungsstadien von C. cinerea, jedoch mit Präferenz des Sc3-Promotors im Myzel und des Sc4-Promotors in den Fruchtkörpern

Calculating the Coulomb blockade phase diagram in the strong coupling regime of single-electron transistor: a quantum Monte Carlo study

We present a novel approach for calculating the Coulomb Blockade Phase Diagram (CBPD) in the experimentally accessible strong coupling regime of a single-electron transistor (SET). Our method utilizes the Path Integral Monte Carlo (PIMC) technique to accurately compute the Coulomb oscillation of the Differential Capacitance (DC). Furthermore, we investigate the impact of the gate voltage and temperature variations on the DC, thereby gaining insights into the system's behaviour. As a result, we propose a method to calculate the Coulomb Blockade Boundary Line (CBBL) and demonstrate its efficacy by setting the visibility parameter to $10\%$. The resulting boundary line effectively defines the transition between the Coulomb and non-Coulomb blockade regimes, thereby enabling the construction of a comprehensive CBPD.Comment: 12 pages, 5 figure

The effectiveness of using dye models for small tissue biopsies in the surgical pathology laboratory

Introduction. Losing of small tissues during tissue preparatory steps may seriously affect pathological diagnostic performance. Using an appropriate tissue marking dye could be an alternative solution. Therefore, the aim of the study was to find a suitable tissue marking dye to enhance the observable ability of various types of small-size tissues during several steps of tissue preparation. Material and methods. Various small-size samples of various organs and tissues (0.2 to 0.3 cm), including breast, endometrial, and cervical tissue, stomach, small and large intestine, lung, and kidney, were marked with different dyes such as merbromin, hematoxylin, eosin, crystal violet, and alcian blue prior to tissue processing step and their colored-observable ability was evaluated by pathology assistants. Moreover, the diagnostic interfering effect of each tissue marking dye was determined by pathologists. Results. Merbromin, hematoxylin, and alcian blue increased the colored-observable ability of small tissue samples. We suggest using hematoxylin as a tissue marking dye over merbromin and alcian blue because of less toxicity and no interference effect in the step of routine pathological slide examination. Conclusions. Hematoxylin could be a suitable tissue marking dye for small-size samples and may improve the pre-analytical process of tissue preparation in pathological laboratories

One-year experience of nucleic acid technology testing for human immunodeficiency virus Type 1, hepatitis C virus, and hepatitis B virus in Thai blood donations

Wstęp: Krew pobrana w 2007 roku w Narodowym Centrum Krwi Tajlandzkiego Stowarzyszenia Czerwonego Krzyża została zbadana metodami biologii molekularnej (NAT) za pomocą systemów: TIGRIS/Procleix Ultrio firmy Chiron oraz cobas s 201/cobas TaqScreen MPX firmy Roche. Materiał i metody: Oceny czułości, specyficzności oraz dokładności systemów dokonano przez zbadanie 486 676 seronegatywnych próbek krwi. W każdym dniu pobierania krwi próbki były dzielone na dwie części. Próbki oznaczone numerami nieparzystymi były badane pojedynczo (TIGRIS), podczas gdy próbki oznaczone parzystymi numerami badano w pulach 6 na aparacie cobas s 201. W celu potwierdzenia wyników reaktywnych badano w duplikacie próbki pobrane z pojemnika z osoczem i w ten sposób oceniano specyficzność testu. Reaktywne próbki były testowane na alternatywnym systemie NAT, a następnie badaniom poddano kolejne próbki pobrane od tych dawców. Wyniki: Czułość analityczna obu systemów osiągnęła 95-procentowy limit wykrywania, zgodnie z informacją załączoną przez producenta. Nie zaobserwowano krzyżowej kontaminacji w żadnym z testowanych systemów. Specyficzność wyniosła odpowiednio 99,93% dla testu Procleix Ultrio i 99,90% dla testu cobas TaqScreen. W wyniku zastosowania technik NAT, ludzki wirus niedoboru odporności typu 1 (HIV-1) został wykryty statystycznie u 1 na 97 000 przebadanych dawców, wirus zapalenia wątroby typu C - u 1 na 490 000 przebadanych dawców, a wirus zapalenia wątroby typu B (HBV) - u 1 na 2800 przebadanych dawców krwi. Zidentyfikowano również kilku utajonych nosicieli HBV, z których większość została wykryta za pomocą obu testów. Przypadki okienka serologicznego dla HIV-1 i HCV zostały wykryte przez oba testy. Wnioski: Wyniki przeprowadzonych badań wykazały, że obydwa systemy i testy nadają się do prowadzenia rutynowych badań NAT przez Narodowe Centrum Krwi Tajlandzkiego Stowarzyszenia Czerwonego Krzyża, chociaż test Procleix Ultrio okazał się mniej czuły w przypadku wykrywania HBV, w porównaniu z testem TaqScreen.Background: Blood donations collected at the National Blood Center, the Thai Red Cross Society, Bangkok, in 2007 were tested by nucleic acid amplification technology (NAT) using the Chiron TIGRIS/Procleix Ultrio test and the Roche cobas s 201/cobas TaqScreen multiplex test. Material and methods: The sensitivity, specificity, and robustness were determined by testing 486 676 seronegative blood donations. Samples from each day of collection were divided into two sets; the odd-numbered samples were tested individually on the TIGRIS and the evennumbered samples were tested in pools of 6 on the cobas s 201. The status of reactive samples was confirmed by duplicate testing of samples from the plasma bag to calculate the test specificity. Reactive samples were tested on the alternate system and followed up. Results: The analytical sensitivity of both systems met the 95% limits of detection claimed by the respective package inserts. No cross contamination was seen with either system. Test specificity was 99.93 and 99.90% for the Procleix Ultrio and cobas TaqScreen tests, respectively. The NAT yield rates for human immunodeficiency virus Type 1 (HIV-1), hepatitis C virus (HCV), and hepatitis B virus (HBV) were 1:97 000, 1:490 000, and 1:2800, respectively. Several occult HBV donors, the majority of whom were detected by both tests, were also identified. The HIV-1 and HCV window cases were detected with both tests. Conclusion: The performances of the systems and tests indicated that both were acceptable for routine NAT by the National Blood Center, the Thai Red Cross Society. However, the Procleix Ultrio test appeared to be less sensitive than the cobas TaqScreen test for HBV

Occult hepatitis B virus infection in Thai blood donors

Wstęp: Narodowe Centrum Krwi Tajlandzkiego Stowarzyszenia Czerwonego Krzyża przeprowadziło badania oceniające przydatność dwóch komercyjnych testów (TIGRIS/PROCLEIX Ultrio firmy Chiron oraz Cobas s 201/Cobas TaqScreen MPX firmy Roche) do badań przesiewowych na obecność ludzkiego wirusa niedoboru odporności typu 1, wirusa zapalenia wątroby typu C i wirusa zapalenia wątroby typu B u krwiodawców w Tajlandii. W wyniku tego badania zidentyfikowano 175 dawców reaktywnych w badaniach NAT bez antygenu HBs. Status zakażenia HBV potwierdzono w badaniach kolejnych próbek pochodzących od tych dawców (follow-up studies). Materiał i metody: Pierwsze próbki, w których wykryto DNA HBV (index samples) badano na obecność markerów serologicznych HBV i oznaczano w nich poziom wiremii. Kolejne próbki pobierane przez okres do 13 miesięcy od tych dawców badano obydwoma testami NAT, jak również na obecność wszystkich serologicznych markerów HBV. Wyniki: W kolejnych badaniach uczestniczyło 72 dawców (41%) spośród 175 dawców DNA HBV-dodatnich. U większości z nich stwierdzono ukryte zakażenie HBV (66,7%), u 26,4% stwierdzono wczesną ostrą fazę zakażenia HBV, z czego 20,8% znajdowało się w okienku serologicznym. U 3 dawców z przeciwciałami anty-HBs (4,2%) stwierdzono reaktywację zakażenia HBV lub wystąpienie kolejnego zakażenia przełamującego obecne przeciwciało (breakthrough infection). Wniosek: U większości dawców, których w badaniach rutynowych zidentyfikowano jako HBsAg ujemnych/NAT-dodatnich, stwierdzono ukryte zakażenie HBV, co stanowi wystarczające uzasadnienie dla wprowadzenia badań NAT w celu kwalifikacji krwiodawców w Tajlandii. J. Transf. Med. 2011; 3: 143–154Background: An evaluation by the National Blood Center, the Thai Red Cross Society, of two commercial multiplex nucleic acid tests (NATs; the Chiron PROCLEIX ULTRIO test and the Roche Cobas TaqScreen MPX test) for screening Thai blood donors for hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus, and human immunodeficiency virus Type 1 identified 175 HBV NAT–reactive/hepatitis B surface antigen (HBsAg)-negative donors. The classification of the HBV infection of these donors was confirmed by follow-up testing. Study design and methods: Index samples were tested for HBV serologic markers and HBV viral loads were determined. Donors were followed for up to 13 months and samples were tested with both NAT assays and for all HBV serological markers. Results: Of 175 HBV NAT-yield donors, 72 (41%) were followed. Based on the follow-up results, the majority of donors who were followed had an occult HBV infection (66.7%), followed by donors with a primary, acute infection (26.4%). The majority of donors in this latter group (20.8%) were in the window period. Three donors (4.2%), who were anti-HBs positive, had a reinfection or breakthrough infection. Conclusion: The majority of donors detected during routine screening, who were HBsAg negative and NAT reactive, had an occult HBV infection, thus validating the decision to introduce NAT for blood donations in Thailand. J. Transf. Med. 2011; 3: 143–15

การพัฒนาผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนวิชาแคลคูลัส 1 สำหรับวิศวกรมด้วยการสอนเสริมคณิตศาสตร์พื้นฐาน

วิทยานิพนธ์ (คอ.ม.) -- มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลพระนคร, 2556This research aims to solve the basic knowledge problems of undergraduate students who study Calculus 1 for Engineers in the Faculty of Engineering, Rajamangala University of Technology Phra Nakhon. Basic Mathematics tutorials are conducted in order to improve their knowledge which leads to increase the efficiency of learning the Calculus 1 for Engineers. The basic mathematics lessons are designed and their efficiency is assessed in the tutored group, using the 60/60 criteria. The pretest and posttest are assigned to both tutored and tutorless groups, as well as, the tutored student satisfactions with thedesigned lessons and the Calculus 1 for Engineers are conducted. The result shows that the efficiency of the designed lessons is 76.60/64.67 which is higher than the criteria; hence, they are proper to be used. For the treatment group, the posttest grades are higher than the pretest grades significantly (.05) with the effectiveness of 34.67. The comparison of the learning achievement for the Calculus 1 for Engineers shows that the grades of the tutored group are higher than the grades in the tutorless group significantly (.05) as well. The student satisfactions for both the designed lessons and the Calculus 1 for Engineers are at the levels of good and very good.Rajamangala University of Technology Phra Nakho

การตรวจหาเครื่องจักรที่ผลิตสินค้าบกพร่องเพื่อวางแผนป้องกันและบำรุงรักษาโดยใช้ตัวแบบฮิดเดนมาร์คอฟ: กรณีศึกษาโรงงานผลิตเครื่องดื่ม

รายงานวิจัย -- มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลพระนคร, 2557This research proposes a hidden Markov model for detecting machines, with multiple fillers, producing soft drink, for quality control, in order to reduce defective products. The proposed model is compared with a classical generalized estimating equations model (GEE). The monthly data, the number of defective products, the correctness and the time spending in correction, were collected from a machine in a sample factory in Pratumthanee province. The two hidden states of the fillers are workable and unworkable. The states has a logistic distribution. The results show that the correctness of the filler error occurrence does not improve the probability of being in a unworkable state, neither the period of time spending on correction. The current state seems to be the same as the previous stateRajamangala University of Technology Phra Nakho