A biophysical study of DNA condensation mediated by histones and protamines

The compaction of long DNA strands into confined spaces such as the nuclei of eukaryotic cells is an essential phenomenon towards the emergence of elaborated forms of life. Histones and protamines are the major nucleoproteins involved in this task participating in the formation of chromatin in somatic and germinative cells, respectively. In addition to a fundamental understanding of critical biological processes, DNA condensation also holds strong potential in biotechnology. Herein, we investigate the mesoscale structure of complexes formed between DNA and histones or protamines. A sophisticated set of biophysical methods encompassing steady-state fluorimetry, small-angle X-ray scattering and infrared nano spectroscopy was used to unveil both the self-assembly and molecular interactions of these complexes. We explored the fluorescence of a molecular rotor, thioflavin T, to investigate the accessibility of ligands in the inter-base environment of DNA strands. AFM-based infrared spectroscopy was used for the first time to probe the vibrational signature of individual DNA/nucleoprotein nano assemblies and disclose secondary-structure features. Our results show that protamines form highly compact structures in which DNA folding hinders access to the inter-base spacing. These assemblies exhibit diversified secondary-structure conformations, with the presence of -sheets stabilizing the packing. In contrast, histone-based complexes are characterized by fibrillar nano assemblies exhibiting larger inter strands separations and access to guest molecules that intercalate between bases. The findings presented here may help the understanding of DNA condensation mediated by these two major nucleoproteins and may assist the optimization of gene vehicles based on these promising nano assemblies.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)FAPESP, 19/20907-

iWONDER (Imaging WhOle vessel coroNary tree with intravascular ultrasounD and iMap® in patiEnts with acute myocaRdial infarction) study: rationale and study design

BACKGROUND: Intravascular ultrasound (IVUS) provides a sensitive and reproducible measurement of coronary artery dimensions, atherosclerotic plaque, and arterial lumen. Advances in IVUS technology now allow the characterization of the composition and morphology of atherosclerotic plaques. Although previous studies have reported data using IVUS radiofrequency analysis, the use of a new modality (iMap®, Boston Scientific, Santa Clara, USA) of atherosclerotic plaque characterization is very little known. Our objective is to analyze the morphological, phenotypic and tissue characteristics of culprit and non-culprit atherosclerotic plaques determined by angiography in patients undergoing coronary angiography due to acute myocardial infarction (AMI). METHODS: Prospective, cross-sectional, single center study (Hospital São Paulo - Escola Paulista de Medicina - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)/UNIFESP, São Paulo, SP, Brazil). Fifty patients will be selected for ultrasound analysis according to the following inclusion criteria: age < 75 years, non-ST-segment elevation AMI or recent ST-segment elevation AMI, with or without previous fribrinolytic agents. CONCLUSIONS: The present study is aimed at obtaining morphological, phenotypic and tissue characteristics of the atherosclerotic plate using an imaging modality not extensively evaluated in patients with AMI.INTRODUÇÃO: O ultrassom intracoronário (USIC) é um método capaz de fornecer medida sensível e reprodutível das dimensões da artéria coronária, da placa aterosclerótica e do lúmen arterial. Avanços em sua tecnologia permitem agora a caracterização da composição e da morfologia das placas ateroscleróticas. Embora estudos prévios tenham reportado dados utilizando USIC com análise de radiofrequência, o uso de uma nova modalidade (iMap®, Boston Scientific, Santa Clara, Estados Unidos) de caracterização da placa aterosclerótica é muito pouco conhecida. Nosso objetivo será analisar as características morfológicas, teciduais e fenotípicas das placas ateroscleróticas consideradas angiograficamente culpadas e não-culpadas em pacientes submetidos a angiografia coronária decorrente de infarto agudo do miocárdio (IAM). MÉTODOS: Estudo prospectivo, transversal, em único centro (Hospital São Paulo - Escola Paulista de Medicina - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)/UNIFESP, São Paulo, SP, Brasil). Serão selecionados 50 pacientes para análise ultrassonográfica, de acordo com os seguintes critérios de inclusão: idade < 75 anos, IAM sem supradesnivelamento do segmento ST ou IAM com supradesnivelamento do segmento ST recente, com ou sem uso de fibrinolítico prévio. CONCLUSÕES: O presente estudo objetivará a caracterização morfológica, tecidual e fenotípica da placa aterosclerótica utilizando uma nova modalidade de imagem ainda pouco estudada em pacientes com IAM.Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) Escola Paulista de Medicina Setor de Hemodinâmica e Cardiologia IntervencionistaUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP) Escola Paulista de MedicinaBoston Scientific Setor de Imagem em Cardiologia IntervencionistaHospital Israelita Albert EinsteinUNIFESP, EPM, Setor de Hemodinâmica e Cardiologia IntervencionistaUNIFESP, EPMSciEL

Metodologias Participativas para a Construção de uma Educação em Direitos Humanos

Esta publicação é resultado do curso de aperfeiçoamento “Metodologias Participativas para a construção de uma Educação em Direitos Humanos” realizado pela UNIFESP (Universidade Federal de São Paulo) em parceria com o CIEE (Centro de Integração Empresa-Escola). O curso buscou promover aprendizagens e aperfeiçoar o conhecimento acerca de metodologias participativas para a práxis na educação em direitos humanos com juventudes. Foi desenvolvido um processo teórico-prático, numa perspectiva multi e interdisciplinar, em que o conhecimento acadêmico produzido pelas diversas áreas do conhecimento puderam dialogar com as experiências e práticas dos(as) cursistas, a fim de promover reflexões, ampliação do conhecimento, fortalecimento e revisões de práticas. Nesse sentido, o curso buscou desenvolver aprendizagens e aperfeiçoar conhecimentos que possibilitassem, a partir da Educação Popular: 1) a práxis na educação em direitos humanos com juventudes; 2) o fortalecimento da construção participativa, do uso das linguagens lúdicas e do diálogo entre os sujeitos do processo de aprendizagem. Deste modo, este livro traz o material produzido pelos(as) professores(as) conteudistas, que configurou-se como material didático utilizado nas aulas do curso, além de relatos dos(as) tutores(as) que conduziram o processo de ensino- aprendizagem. Esperamos que possa contribuir com o avanço e adensamento da temática e, também, ser utilizado em outros processos formativos

Mesophotic reef fish assemblages of the remote St. Peter and St. Paul's Archipelago, Mid-Atlantic Ridge, Brazil

Mesophotic reef fish assemblages (30-90 m depth) of the small and remote St. Peter and St. Paul's Archipelago (SPSPA), Mid-Atlantic Ridge, Brazil, were characterized using remotely operated vehicles. Ordination analyses identified distinct fish assemblages in the upper (30-50 m) and lower (50-90 m) mesophotic zones, the former characterized by high abundances of species that are also abundant at euphotic reefs (Caranx lugubris, Melichthys niger, Stegastes sanctipauli and Chromis multilineata) and the latter dominated by two mesophotic specialists (Prognathodes obliquus and Chromis enchrysura). Planktivores dominated fish assemblages, particularly in the upper mesophotic zone, possibly due to a greater availability of zooplankton coming from the colder Equatorial Undercurrent in mesophotic depths of the SPSPA. Turf algae, fleshy macroalgae and scleractinian corals dominated benthic assemblages between 30 and 40 m depth, while bryozoans, black corals and sponges dominated between 40 and 90 m depth. Canonical correspondence analysis explained 74 % of the relationship between environmental characteristics (depth, benthic cover and complexity) and structure of fish assemblages, with depth as the most important independent variable. Juveniles of Bodianus insularis and adults of P. obliquus and C. enchrysura were clearly associated with branching black corals (Tanacetipathes spp.), suggesting that black corals play key ecological roles in lower mesophotic reefs of the SPSPA. Results from this study add to the global database about mesophotic reef ecosystems (MREs) and provide a baseline for future evaluations of possible anthropogenic and natural disturbances on MREs of the SPSPA.Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico-CNPqCNPqFundacao de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)Univ Sao Paulo, Inst Oceanog, Programa Posgrad Oceanog Biol, BR-05508120 Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Paraiba, Programa Posgrad Ciencias Biol Zool, BR-58059900 Joao Pessoa, PB, BrazilUniv Fed Paraiba, Programa Posgrad Ecol & Monitoramento Ambiental, BR-58297000 Rio Tinto, PB, BrazilUniv Estadual Paraiba, Programa Posgrad Ecol & Conservac, BR-58109753 Campina Grande, PB, BrazilUniv Fed Pernambuco, Dept Oceanog, Ctr Tecnol & Geociencias, BR-50670901 Recife, PE, BrazilUniv Fed Paraiba, Ctr Ciencias Exatas & Nat, Dept Sistemat & Ecol, BR-58051900 Joao Pessoa, PB, BrazilInst Pesquisas Jardim Bot Rio De Janeiro, Rio De Janeiro, RJ, BrazilUniv Fed Sao Paulo, Inst Mar, Campus Baixada Santista, BR-11030400 Santos, SP, BrazilUniv Fed Rio de Janeiro, Inst Biol, BR-21944970 Rio De Janeiro, RJ, BrazilUniv Fed Rio de Janeiro, SAGE COPPE, BR-21944970 Rio De Janeiro, RJ, BrazilUniv Sao Paulo, Inst Oceanog, Dept Oceanog Biol, BR-05508120 Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Paraiba, Dept Engn & Meio Ambiente, BR-58297000 Rio Tinto, PB, BrazilUniv Fed Sao Paulo, Inst Mar, Campus Baixada Santista, BR-11030400 Santos, SP, BrazilCNPq: 557185/09-2CNPq: 484875/2011-6Web of Scienc

Correlation between serum Adiponectin and coronary artery disease in patients urdegoing elective coronary angiography

Adiponectin, an adipose tissue-released adipokine, coded by the gene whose polymorphisms are related to the presence of coronary artery disease (CAD), has demonstrated antiinflammatory and anti-atherogenic properties. Serum levels have shown an inverse relationship with the presence and complexity of CAD. Thus, we aimed to correlate total adiponectin levels (APN) and high molecular weight adiponectin (HMW) with the clinical presentation and extent of CAD in patients undergoing elective cardiac catheterization. From March 2008 to June 2010, 415 subjects undergoing cardiac catheterization at two tertiary centers who met inclusion criteria were enrolled. Patients with history of chronic kidney disease (creatinine clearance 70% in a major epicardial artery. Besides, CAD extent was estimated by the number of coronary arteries with significant stenosis and the Duke Jeopardy Score (DJS). Continuous variables were presented as mean ± SD or median with interquartile range. Differences between groups assessed by the Student t and Mann-Whitney tests. Categorical variables were presented as percentages, whose differences were analyzed by chi-square test and ANOVA. Significance level α 70% em artéria epicárdica principal. Além disso, estimou-se extensão da doença pelo número de vasos acometidos e Escore Angiográfico de Duke. Varíaveis contínuas apresentadas em média ± DP ou mediana com intervalo interquartil. Diferenças entre grupos avaliadas pelos testes t de Student e Mann-Whitney. Variáveis categóricas apresentadas em percentuais, cujas diferenças foram analisadas pelo teste qui-quadrado e ANOVA. Nível de significância α < 0,05. Foram incluídos na análise final 224 indivíduos com DAC obstrutiva, divididos em dois grupos, de acordo com a apresentação clínica da DAC, estável ou instável. Houve predomínio do sexo masculino (62,5%), média de idade de 59,2 + 9,84 anos. Os grupos foram semelhantes quanto as demais características demográficas, clínicas, laboratoriais e angiográficas. Níveis séricos de APN (9,20 + 5,88 μg/mL vs 9,47 + 6,23 μg/mL; p = 0,738) e HMW (5,31 + 3,72 μg/mL vs 5,91 + 4,16 μg/mL; p = 0,255) foram semelhantes entre os grupos com DAC estável ou instável, respectivamente, bem como após estratificação pelo número de vasos acometidos, uniarterial vs multiarterial (APN 9,39 + 5,76 μg/mL vs 9,26 + 6,27 μg/mL; p = 0,871 e HMW 5,29 + 3,79 μg/mL vs 5,83 + 4,04; p = 0,306) e Escore Angiográfico de Duke (APN baixo 9,42 + 5,87 μg/mL, moderado 9,65 + 6,09 μg/mL e alto 8,15 + 6,76 μg/mL, p = 0,718 / HMW baixo 5,59 + 3,98 μg/mL, moderado 5,76 + 3,66 μg/mL e alto 5,23 + 4,36 μg/mL, p = 0,276). Desta forma, concluiu-se que os níveis séricos de APN e HWW não possuem correlação com a apresentação clínica e a extensão da DAC em uma população brasileira de alto risco cardiovascular, apesar de serem significativamente menores na presença de DAC obstrutiva.Dados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2017

Coronary endothelial function assessment after 9 months of conventional cobalt-chromium or sirolimus-eluting stents with biodegradable polymer implantation

Introdução: Stents farmacológicos têm sido relacionados à alteração da vasomotricidade coronária e reendotelização tardia, aumentando o risco de trombose. Contudo, a controvérsia persiste sobre se esses efeitos estão ligados ao tipo de polímero, droga ou ao próprio stent. Objetivo: Avaliar a vasomotricidade coronária após o implante de stent de cromo-cobalto convencional (Cronus NE®) em comparação com stent de cromo-cobalto eluidor de sirolimus (Inspiron®). Métodos: Estudo prospectivo, unicêntrico, aberto e randomizado realizado na Universidade Federal de São Paulo entre abril de 2014 e outubro de 2017. Trinta pacientes elegíveis para intervenção coronária percutânea foram randomizados para receber implante de Inspiron ou Cronus NE. A função endotelial foi avaliada pela vasorreatividade coronária após infusão de acetilcolina 4h após o procedimento índice e aos nove meses de seguimento. Análise Coronária Quantitativa foi conduzida offline por um centro independente cego ao tipo de stent utilizado. Resultados: Vinte indivíduos (10 Inspiron x 10 Cronus NE.) foram incluídos na análise final, com características basais semelhantes. Após a infusão máxima de acetilcolina, não houve diferença estatisticamente significante na variação percentual dos diâmetros da borda proximal (p = 0,221), do segmento do stent (p = 0,326) e borda distal (p = 0,725) entre os grupos Inspiron e 10 Cronus. Conclusão: Em comparação com sua contraparte convencional, o stent de cromo-cobalto eluidor de sirolimus com polímero biodegradável (Inspiron®) não demonstrou associação com piora da função vasomotora ao longo do estudo.Introduction: Drugeluting stents have been associated with impairment in coronary vasomotility and late reendothelialization, increasing the risk of late stent thrombosis. However, controversy persists regarding whether these effects are linked to the type of polymer, drug, or the stent itself. Objective: To evaluate coronary vasomotility after implantation of a conventional cobaltchromium stent (Cronus NE®) compared to a sirolimuseluting cobaltchromium stent (Inspiron®). Methods: A prospective, singlecenter, openlabel, randomized study was conducted at the Federal University of São Paulo between April 2014 and October 2017. Thirty patients eligible for percutaneous coronary intervention were randomized to receive Inspiron® or Cronus NE® implantation. Endothelial function was assessed by coronary vasoreactivity after acetylcholine infusion at 4 hours postindex procedure and nine months of followup. Quantitative Coronary Analysis was conducted offline by an independent center blinded to the type of stent used. Results: Twenty individuals (10 Inspiron® x 10 Cronus NE®) were included in the final analysis, with similar baseline characteristics. After maximal acetylcholine infusion, there was no statistically significant difference in the percentage change in diameters of proximal border (p = 0.221), stented segment (p = 0.326), and distal border (p = 0.725) between Inspiron® and Cronus NE® groups. Conclusion: In comparison with its conventional counterpart, the sirolimuseluting cobaltchromium stent with a biodegradable polymer (Inspiron®) did not demonstrate an association with vasomotor dysfunction throughout the study