Caractérisation de la communauté microbienne de lisier et de fumiers de porcs par des méthodes moléculaires

La gestion actuelle des lisiers de porc est identifiée comme une source importante de problèmes environnementaux dus aux grands volumes produits par les exploitations intensives porcines. Des modes de conduite d'élevage alternatifs, comme les élevages sur litière, sont actuellement à l'étude. Le travail présenté ici a consisté dans les caractérisations physico-chimique et microbiologique de lisiers et fumiers de porcs dans le but de mieux comprendre le fonctionnement de ces écosystèmes microbiens. Les résultats obtenus ont montré que le lisier est un écosystème anaérobie mésophile proche de la neutralité contenant de fortes concentrations en ammoniac, en acides gras volatils, et en sulfure d'hydrogène, des composés producteurs de mauvaises odeurs. La structure de sa communauté microbienne est proche de celle trouvée dans les tubes digestifs animaux, notamment chez le porc. L'analyse du système suggère qu'il est probablement dans un état défavorable pour la réalisation efficace de la digestion anaérobie de la matière organique. Le fumier au contraire présente des paramètres physico-chimiques et une structure microbiologique typiques d'un écosystème majoritairement aérobie qui permet l'élimination des composés producteurs d'odeurs cités ci-avant et semble favoriser une disparition plus rapide de la flore fécale porcine. Sur un plan microbiologique, un groupe d'Archaea non cultivées a été observé en abondance dans les lisiers et les fumiers. Ce groupe de fonction inconnue semble originaire et typique de la flore fécale porcine. Un système de PCR en temps réel a été dessiné à partir d'un phylotype bactérien dominant de la flore des déjections pour tester les capacités de cette technique à être appliquée au suivi de micro-organismes sur une filière d'élevage

Characterisation of the microbial diversity in a pig manure storage pit using small subunit rDNA sequence analysis

International audienc

Geoeconomic variations in epidemiology, ventilation management, and outcomes in invasively ventilated intensive care unit patients without acute respiratory distress syndrome: a pooled analysis of four observational studies

Background: Geoeconomic variations in epidemiology, the practice of ventilation, and outcome in invasively ventilated intensive care unit (ICU) patients without acute respiratory distress syndrome (ARDS) remain unexplored. In this analysis we aim to address these gaps using individual patient data of four large observational studies. Methods: In this pooled analysis we harmonised individual patient data from the ERICC, LUNG SAFE, PRoVENT, and PRoVENT-iMiC prospective observational studies, which were conducted from June, 2011, to December, 2018, in 534 ICUs in 54 countries. We used the 2016 World Bank classification to define two geoeconomic regions: middle-income countries (MICs) and high-income countries (HICs). ARDS was defined according to the Berlin criteria. Descriptive statistics were used to compare patients in MICs versus HICs. The primary outcome was the use of low tidal volume ventilation (LTVV) for the first 3 days of mechanical ventilation. Secondary outcomes were key ventilation parameters (tidal volume size, positive end-expiratory pressure, fraction of inspired oxygen, peak pressure, plateau pressure, driving pressure, and respiratory rate), patient characteristics, the risk for and actual development of acute respiratory distress syndrome after the first day of ventilation, duration of ventilation, ICU length of stay, and ICU mortality. Findings: Of the 7608 patients included in the original studies, this analysis included 3852 patients without ARDS, of whom 2345 were from MICs and 1507 were from HICs. Patients in MICs were younger, shorter and with a slightly lower body-mass index, more often had diabetes and active cancer, but less often chronic obstructive pulmonary disease and heart failure than patients from HICs. Sequential organ failure assessment scores were similar in MICs and HICs. Use of LTVV in MICs and HICs was comparable (42·4% vs 44·2%; absolute difference -1·69 [-9·58 to 6·11] p=0·67; data available in 3174 [82%] of 3852 patients). The median applied positive end expiratory pressure was lower in MICs than in HICs (5 [IQR 5-8] vs 6 [5-8] cm H2O; p=0·0011). ICU mortality was higher in MICs than in HICs (30·5% vs 19·9%; p=0·0004; adjusted effect 16·41% [95% CI 9·52-23·52]; p<0·0001) and was inversely associated with gross domestic product (adjusted odds ratio for a US$10 000 increase per capita 0·80 [95% CI 0·75-0·86]; p<0·0001). Interpretation: Despite similar disease severity and ventilation management, ICU mortality in patients without ARDS is higher in MICs than in HICs, with a strong association with country-level economic status