Revisão de métodos de análise espacial de dados aplicados em epidemiologia veterinária

O ambiente é cada vez mais reconhecido como um fator influente na ocorrência das doenças infecciosas, dada a atual realidade na forma em que ocorre a produção dos animais domésticos. As criações estão mais populosas e com restrições de espaços, fatos que associados a falhas nas medidas de segurança sanitária dessas produções podem determinar a presença de diversas doenças. Para a epidemiologia veterinária contemporânea, a ocorrência de doenças infecciosas nos animais é determinada pela interação de três principais fatores: o agente infeccioso, o hospedeiro e o ambiente; também conhecida como tríade epidemiológica. Logo, entender a forma de distribuição das doenças no espaço é um elemento chave para a investigação epidemiológica. A epidemiologia espacial é uma subdisciplina da epidemiologia com o enfoque em descrever e explicar os padrões espaciais de ocorrência das enfermidades. Existem inúmeras ferramentas e técnicas para análise dos dados de episódios sanitários vinculados com o espaço, os quais vêm auxiliando as atuais formas de combate a diversas enfermidades. Além do mais, o surgimento dos Sistemas de Informação Geográfica (SIG) facilitou a coleta desses dados para análises e predições, podendo ser utilizado por diferentes programas de informática, de maneira rápida e viável. O presente trabalho objetiva revisar os principais métodos de análise espacial de dados utilizados em estudos epidemiológicos na Medicina Veterinária. Além disso, a título de demonstração prática, o método espacial de interpolação por krigagem será aplicado para estimação da localização de javalis de vida livre no estado do Rio Grande do Sul.The environment is increasingly recognized as an influential factor in the occurrence of infectious diseases, given the current reality in the way is the production of livestock. The breendings are more populated and space constraints, facts associated with failures in health and safety measures of these productions can determine the presence of various diseases. For contemporary veterinary epidemiology, the occurrence of infectious diseases in animals is determined by the interaction of three main factors: the infectious agent, the host and the environment; also known as epidemiological triad. So understand the form of distribution of diseases in space is a key element for epidemiological research. Spatial epidemiology is a sub-discipline of epidemiology with a focus on describing and explaining the spatial patterns of occurrence of diseases. There are numerous tools and techniques for analysis of health data episodes linked with the space, which have been helping the current forms of fighting various diseases. Moreover, the emergence of Geographic Information Systems (GIS) facilitated the collection of such data for analysis and predictions that can be used by different computer programs quickly and viable way. This document aims to review the main spatial data analysis methods used in epidemiological studies in veterinary medicine. In addition, as a practical demonstration, the kriging interpolation will be applied to estimate the location of free-living wild boars in the state of Rio Grande do Sul

Assessment of temperature and time on the survivability of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) on experimentally contaminated surfaces

Fomites might be responsible for virus introduction in swine farms, highlighting the importance of implementing practices to minimize the probability of virus introduction. The study’s objective was to assess the efficacy of different combinations of temperatures and holding-times on detecting live PRRSV and PEDV on surfaces commonly found in supply entry rooms in swine farms. Two PRRSV isolates (MN 184 and 1-4-4 L1C variant) and one PEDV isolate (NC 49469/2013) were inoculated on cardboard and aluminum. An experimental study tested combinations of four temperatures (20°C, 30°C, 40°C, and 50°C) and six holding-times (15 minutes, 60 minutes, 6 hours, 12 hours, 24 hours, and 36 hours) for the presence of the viruses on each surface type. After virus titration, virus presence was assessed by assessing the cytopathic effects and immunofluorescence staining. The titers were expressed as log10 TCID50/ml, and regression models; half-lives equations were calculated to assess differences between treatments and time to not detect the live virus. The results suggest that the minimum time that surfaces should be held to not detect the virus at 30°C was 24 hours, 40°C required 12 hours, and 50°C required 6 hours; aluminum surfaces took longer to reach the desired temperature compared to cardboard. The results suggest that PRRSV 1-4-4 L1C variant had higher half-lives at higher temperatures than PRRSV MN 184. In conclusion, time and temperature combinations effectively decrease the concentration of PRRSV and PEDV on different surfaces found in supply entry rooms in swine farms.This article is published as Mil-Homens, Mafalda, Ethan Aljets, Rodrigo C. Paiva, Isadora Machado, Guilherme Cezar, Onyekachukwu Osemeke, Daniel Moraes et al. "Assessment of temperature and time on the survivability of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) on experimentally contaminated surfaces." Plos one 19, no. 1 (2024): e0291181. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0291181. © 2024 Mil-Homens et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License

Prevalência de anticorpos contra o vírus da influenza a em matrizes suínas comerciais e sua relação com práticas de biosseguridade

O vírus da influenza tipo A (VIA) é um importante agente em rebanhos suínos ao redor do mundo. Alguns subtipos do vírus podem ser transmitidos entre espécies diferentes, como aves, homem e suínos, proporcionando o aumento de mutações genômicas e de novas cepas circulantes. Os suínos são considerados hospedeiros de "mixagem", uma vez que possuem receptores para cepas de aves, de humanos e suínos. A doença clínica em suínos é caracterizada por quadro respiratório agudo e brando, com duração de 5 a 7 dias. Em rebanhos de reprodutores – como as Unidade Produtoras de Leitões (UPL) – um surto epidêmico de influenza pode levar o estabelecimento de uma infecção endêmica com duração de semanas a meses, sem produção de sinais clínicos evidentes. Protocolos de biosseguridade vêm sendo incorporados e padronizados pelas agroindústrias, visando prevenir a introdução de doenças infecciosas em rebanhos. Entretanto, existem lacunas no conhecimento dos fatores associados à biosseguridade em rebanhos de matrizes suínas brasileiras e sua relação com doenças infecciosas. Por essa razão, um estudo transversal foi realizado para estimar a soroprevalência do VIA em matrizes de UPL e explorar práticas de biosseguridade associadas à presença de anticorpos contra o vírus da influenza. Ao todo, foram amostradas 404 matrizes em 21 granjas. O diagnóstico sorológico foi realizado pelo ELISA (protocolo in house). Todas as amostras positivas pelo ELISA foram testadas usando a inibição de hemaglutinação (IH) para diagnosticar a presença de H1N1pdm2009, H1N2 e H3N2 como subtipos de vírus influenza. As informações sobre práticas de biosseguridade foram obtidas através da aplicação de um questionário. A associação entre o resultado do diagnóstico do ELISA de cada uma das matrizes amostradas e as práticas de biosseguridade da propriedade foi feitas através de um modelo de Regressão de Poisson Robusta, estimando a Razão de Prevalência (RP) como medida da associação. A prevalência estimada de anticorpos anti-VIA nas matrizes foi de 63,9% (IC 95%: 55% - 72%), sendo que todas as granjas tiveram resultados positivos. A frequência dos subtipos nas matrizes usando IH foi 51,9% para H1N1, 27,8% H1N2 e 0,6% H3N2. Coinfecções entre H1N1 e H1N2 foram observadas em 19 granjas. As práticas de biosseguridade associadas significativamente com a presença de anticorpos (p-valor <0,05) foram a "presença de tela anti-pássaros" (RP = 0,75) e "local de aclimatação para leitoas" (RP = 0,57) como fatores protetivos e "reposição externa de leitoas" (RP = 1,38) como associada a uma maior prevalência do vírus da influenza suína. Foi possível verificar que a soroprevalência do VIA nas matrizes comerciais da população estudada é alta, indicando que os animais são frequentemente expostos ao patógeno, e que algumas medidas de biosseguridade estão associadas com a ocorrência da doença, fornecendo subsídios técnicos sobre a importância dos protocolos de biosseguridade para a promoção da saúde do plantel.Influenza A virus (IAV) is an important infectious agent in pig herds across the globe. Some subtypes of this virus can be transmitted between different species, such as birds, human and pig, increasing genomic mutations and evolving of new circulating strains. Pigs are considered "mixed vessel" for influenza A, since they have cell receptors for birds, humans and pigs strains. The clinical disease in pigs is characterized by an acute and mild respiratory disease, lasting from 5 to 7 days. In breeding herds such as sow farms, an epidemic outbreak of influenza can lead to the establishment of an endemic infection lasting weeks to months without clinical signs. Biosecurity procedures were incorporated and standardized by the agroindustry in order to prevent both the introduction and dissemination of infectious diseases. However, there are gaps in the knowledge about what biosecurity factors are associated with infectious diseases in Brazilian herds. For this reason, a cross-sectional study was carried out to estimate IAV seroprevalence in sows and assess which biosecurity practices are associated with the prevalence of influenza virus antibodies. Four hundred forty-four sows were sampled from 21 farms. Serological assays were performed using an ELISA test (in-house protocol). All ELISA positive samples were tested using the hemagglutination inhibition test (HI) to identify the presence of H1N1pdm2009, H1N2 and H3N2 subtypes. Information of biosecurity practices was obtained through the application of a questionnaire. Association between ELISA diagnostic result of each sampled sow and biosecurity practices was assessed using a robust Poisson regression and the Prevalence Ratio (PR) was used as the measure of association. The estimated prevalence of anti-IAV antibodies in sows was 63.9% (95% CI: 55% - 72%), and all farms had at least one seropositive sow s. The frequency of subtypes using HI was 51.9% for H1N1, 27.8% for H1N2 and 0.6% for H3N2. Co-infections with H1N1 and H1N2 were observed in 19 farms. Biosecurity practices such as "presence of bird-proof" (PR = 0.75), and "presence of an acclimatization unit" (PR = 0.57), protective ones, and "external replacement of gilts" (PR = 1.38), which was positively associated with the IAV prevalence, were statistically significant in the final model (p-value <0.05). It was possible to verify that IAV seroprevalence is high and some biosecurity procedures were associated with the serologic status, offering technical subsidies about the importance of the biosecurity for the herd heath

Prevalência de anticorpos contra o vírus da influenza a em matrizes suínas comerciais e sua relação com práticas de biosseguridade

O vírus da influenza tipo A (VIA) é um importante agente em rebanhos suínos ao redor do mundo. Alguns subtipos do vírus podem ser transmitidos entre espécies diferentes, como aves, homem e suínos, proporcionando o aumento de mutações genômicas e de novas cepas circulantes. Os suínos são considerados hospedeiros de "mixagem", uma vez que possuem receptores para cepas de aves, de humanos e suínos. A doença clínica em suínos é caracterizada por quadro respiratório agudo e brando, com duração de 5 a 7 dias. Em rebanhos de reprodutores – como as Unidade Produtoras de Leitões (UPL) – um surto epidêmico de influenza pode levar o estabelecimento de uma infecção endêmica com duração de semanas a meses, sem produção de sinais clínicos evidentes. Protocolos de biosseguridade vêm sendo incorporados e padronizados pelas agroindústrias, visando prevenir a introdução de doenças infecciosas em rebanhos. Entretanto, existem lacunas no conhecimento dos fatores associados à biosseguridade em rebanhos de matrizes suínas brasileiras e sua relação com doenças infecciosas. Por essa razão, um estudo transversal foi realizado para estimar a soroprevalência do VIA em matrizes de UPL e explorar práticas de biosseguridade associadas à presença de anticorpos contra o vírus da influenza. Ao todo, foram amostradas 404 matrizes em 21 granjas. O diagnóstico sorológico foi realizado pelo ELISA (protocolo in house). Todas as amostras positivas pelo ELISA foram testadas usando a inibição de hemaglutinação (IH) para diagnosticar a presença de H1N1pdm2009, H1N2 e H3N2 como subtipos de vírus influenza. As informações sobre práticas de biosseguridade foram obtidas através da aplicação de um questionário. A associação entre o resultado do diagnóstico do ELISA de cada uma das matrizes amostradas e as práticas de biosseguridade da propriedade foi feitas através de um modelo de Regressão de Poisson Robusta, estimando a Razão de Prevalência (RP) como medida da associação. A prevalência estimada de anticorpos anti-VIA nas matrizes foi de 63,9% (IC 95%: 55% - 72%), sendo que todas as granjas tiveram resultados positivos. A frequência dos subtipos nas matrizes usando IH foi 51,9% para H1N1, 27,8% H1N2 e 0,6% H3N2. Coinfecções entre H1N1 e H1N2 foram observadas em 19 granjas. As práticas de biosseguridade associadas significativamente com a presença de anticorpos (p-valor <0,05) foram a "presença de tela anti-pássaros" (RP = 0,75) e "local de aclimatação para leitoas" (RP = 0,57) como fatores protetivos e "reposição externa de leitoas" (RP = 1,38) como associada a uma maior prevalência do vírus da influenza suína. Foi possível verificar que a soroprevalência do VIA nas matrizes comerciais da população estudada é alta, indicando que os animais são frequentemente expostos ao patógeno, e que algumas medidas de biosseguridade estão associadas com a ocorrência da doença, fornecendo subsídios técnicos sobre a importância dos protocolos de biosseguridade para a promoção da saúde do plantel.Influenza A virus (IAV) is an important infectious agent in pig herds across the globe. Some subtypes of this virus can be transmitted between different species, such as birds, human and pig, increasing genomic mutations and evolving of new circulating strains. Pigs are considered "mixed vessel" for influenza A, since they have cell receptors for birds, humans and pigs strains. The clinical disease in pigs is characterized by an acute and mild respiratory disease, lasting from 5 to 7 days. In breeding herds such as sow farms, an epidemic outbreak of influenza can lead to the establishment of an endemic infection lasting weeks to months without clinical signs. Biosecurity procedures were incorporated and standardized by the agroindustry in order to prevent both the introduction and dissemination of infectious diseases. However, there are gaps in the knowledge about what biosecurity factors are associated with infectious diseases in Brazilian herds. For this reason, a cross-sectional study was carried out to estimate IAV seroprevalence in sows and assess which biosecurity practices are associated with the prevalence of influenza virus antibodies. Four hundred forty-four sows were sampled from 21 farms. Serological assays were performed using an ELISA test (in-house protocol). All ELISA positive samples were tested using the hemagglutination inhibition test (HI) to identify the presence of H1N1pdm2009, H1N2 and H3N2 subtypes. Information of biosecurity practices was obtained through the application of a questionnaire. Association between ELISA diagnostic result of each sampled sow and biosecurity practices was assessed using a robust Poisson regression and the Prevalence Ratio (PR) was used as the measure of association. The estimated prevalence of anti-IAV antibodies in sows was 63.9% (95% CI: 55% - 72%), and all farms had at least one seropositive sow s. The frequency of subtypes using HI was 51.9% for H1N1, 27.8% for H1N2 and 0.6% for H3N2. Co-infections with H1N1 and H1N2 were observed in 19 farms. Biosecurity practices such as "presence of bird-proof" (PR = 0.75), and "presence of an acclimatization unit" (PR = 0.57), protective ones, and "external replacement of gilts" (PR = 1.38), which was positively associated with the IAV prevalence, were statistically significant in the final model (p-value <0.05). It was possible to verify that IAV seroprevalence is high and some biosecurity procedures were associated with the serologic status, offering technical subsidies about the importance of the biosecurity for the herd heath