Lemon: an MPI parallel I/O library for data encapsulation using LIME

We introduce Lemon, an MPI parallel I/O library that is intended to allow for efficient parallel I/O of both binary and metadata on massively parallel architectures. Motivated by the demands of the Lattice Quantum Chromodynamics community, the data is stored in the SciDAC Lattice QCD Interchange Message Encapsulation format. This format allows for storing large blocks of binary data and corresponding metadata in the same file. Even if designed for LQCD needs, this format might be useful for any application with this type of data profile. The design, implementation and application of Lemon are described. We conclude with presenting the excellent scaling properties of Lemon on state of the art high performance computers

Kinetic analysis of the thermal isomerisation pathways in an asymmetric double azobenzene switch

Here we report a photochemical and kinetic study of the thermal relaxation reaction of a double azobenzene system, in which two azobenzene photochromic units are connected via a phenyl ring. Upon UV irradiation, three thermally unstable isomers are formed. Kinetic studies using arrayed H-1-NMR spectroscopy revealed four distinct barriers for the thermal reversion to the stable isomer. The double isomerised Z,Z-2 can revert thermally to the E,E-2 isomer via either of two isomerisation pathways. The thermal Z to E isomerisations are not significantly affected by the state of the neighbouring azo-switching unit in the meta position. These findings are supported by quantum chemical calculations on the thermal Z to E isomerisation

Kaon and D meson masses with Nf = 2+1+1 twisted mass lattice QCD

We discuss the computation of the kaon and D meson masses in the Nf = 2+1+1 twisted mass lattice QCD setup, where explicit heavy flavor and parity breaking occurs at finite lattice spacing. We present three methods suitable in this context and verify their consistency

Status of ETMC simulations with Nf=2+1+1 twisted mass fermions

We present the status of runs performed in the twisted mass formalism with $N_{\rm f}=2+1+1$ flavours of dynamical fermions: a degenerate light doublet and a mass split heavy doublet. The procedure for tuning to maximal twist will be described as well as the current status of the runs using both thin and stout links. Preliminary results for a few observables obtained on ensembles at maximal twist will be given. Finally, a reweighting procedure to tune to maximal twist will be described.Comment: 7 pages, 4 figures, talk presented at the XXVI International Symposium on Lattice Field Theory, July 14-19, 2008, Williamsburg, Virginia, US

{\eta} and {\eta}' mesons from Nf=2+1+1 twisted mass lattice QCD

We determine mass and mixing angles of eta and eta' states using Nf=2+1+1 Wilson twisted mass lattice QCD. We describe how those flavour singlet states need to be treated in this lattice formulation. Results are presented for three values of the lattice spacing, a=0.061 fm, a=0.078 fm and a=0.086 fm, with light quark masses corresponding to values of the charged pion mass in a range of 230 to 500 MeV and fixed bare strange and charm quark mass values. We obtain 557(15)(45) MeV for the eta mass (first error statistical, second systematic) and 44(5) degrees for the mixing angle in the quark flavour basis, corresponding to -10(5) degrees in the octet-singlet basis.Comment: 28 pages, 9 figures, version to appear in JHEP, extended discussion of autocorrelation times and comparison to results available in the literature, added a comment for FS-effects and clarified the description of our blocking procedur

Four flavours of twisted mass fermions

Kwantum chromodynamica verder verfijnd Lattice QCD (Lattice Quantum ChromoDynamics) is een tak van theoretische natuurkunde die zich bezig houdt met het berekenen van processen en eigenschappen van deeltjes onder invloed van de sterke kernkracht. Deze berekeningen worden uitgevoerd op supercomputers zoals de IBM Blue Gene/P in het computercentrum van de Rijksuniversiteit Groningen. Siebren Reker onderzocht of bepaalde berekeningen nog zuiverder kunnen worden uitgevoerd. Er zijn verschillende formuleringen van Lattice QCD. Het onderzoek van Reker richt zich op een van die formuleringen: twisted mass Lattice QCD, en werd uitgevoerd in het kader van een Europees samenwerkingsverband met de naam European Twisted Mass Collaboration (ETMC). Het doel van het onderzoek was uitzoeken of kwantum chromodynamica de goede beschrijving is van subatomaire processen onder invloed van sterke kernkracht op lage energie. Meer specifiek heeft het samenwerkingsverband als een van de eerste gekeken naar de invloed van het meenemen van een vierde quark in de berekeningen. Frederik: ‘Uit het onderzoek blijkt dat de invloed van een vierde quark op de processen en eigenschappen die wij bestudeerd hebben bijna niet merkbaar is. Dit was verwacht, maar nog niet eerder expliciet berekend.’ Reker’s dissertatie beschrijft veel van de technische details die nodig zijn om tot een zuivere berekening van deze processen en eigenschappen te komen. Ook een techniek om efficiënt grote databestanden weg te schrijven maakte onderdeel uit van het onderzoek. Het laatste hoofdstuk staat enigszins los en is het resultaat van een samenwerking (gericht op numerieke aspecten) met een groep chemici