The SAF-box domain of chromatin protein DEK

DEK is an abundant chromatin protein in metazoans reaching copy numbers of several millions/nucleus. Previous work has shown that human DEK, a protein of 375 amino acids, has two functional DNA-binding domains, of which one resides in a central part of the molecule and contains sequences corresponding to the scaffold attachment factor-box (SAF-box) domain as found in a growing number of nuclear proteins. Isolated SAF-box peptides (amino acids 137–187) bind weakly to DNA in solution, but when many SAF-box peptides are brought into close proximity on the surface of Sephadex beads, cooperative effects lead to a high affinity to DNA. Furthermore, a peptide (amino acids 87–187) that includes a sequence on the N-terminal side of the SAF-box binds efficiently to DNA. This peptide prefers four-way junction DNA over straight DNA and induces supercoils in relaxed circular DNA just like the full-length DEK. Interestingly, however, the 87–187 amino acid peptide introduces negative supercoils in contrast to the full-length DEK, which is known to introduce positive supercoils. We found that two adjacent regions (amino acids 68–87 and 187–250) are necessary for the formation of positive supercoils. Our data contribute to the ongoing characterization of the abundant and ubiquitous DEK chromatin protein

Excitation functions and isomeric cross-section ratios of (d,xn) reactions on 86Sr

Excitation functions of the 86Sr(d,n)87m,87gY, 86Sr(d,2n)86m,86gY and 86Sr(d,3n)85m,85gY reactions on enriched 86Sr target were measured by the activation technique up to deuteron energies of 49 MeV. The isomeric cross-section ratios as a function of projectile energy were deduced from the measured data for 87mY, 87gY(cum), 86mY, 86gY(cum), 85mY and 85gY pairs for the same energy range. All measurements are reported for the first time. The experimental data were compared with the data from the TENDL library which is based on TALYS calculation with default parameters. No satisfactory agreement was observed. Nuclear model calculations were then performed using the codes TALYS and EMPIRE with some parameter adjustments, and compared with the experimental data. The quality of the agreement between experimental data and model calculations was numerically quantified. In general, the data as well as the isomeric cross-section ratios are partially reproduced by the model calculations, provided the input model parameters are properly chosen and the level structure of the product nucleus is thoughtfully considered

Gute Praxis Datenlinkage (GPD) : Good Practice Data Linkage

Das personenbezogene Verknüpfen verschiedener Datenquellen (Datenlinkage) für Forschungszwecke findet in den letzten Jahren in Deutschland zunehmend Anwendung. Jedoch fehlen hierfür konsentierte methodische Standards. Ziel dieses Beitrages ist es, solche Standards für Forschungsvorhaben zu definieren. Eine weitere Intention ist es, dem Lesenden eine Checkliste zur Bewertung geplanter Forschungsvorhaben und Artikel bereitzustellen. Zu diesem Zweck hat eine aus Mitgliedern verschiedener Fachgesellschaften zusammengesetzte Expertengruppe seit 2016 insgesamt 7 Leitlinien mit 27 konkreten Empfehlungen erstellt. Die Gute Praxis Datenlinkage beinhaltet die folgenden Leitlinien: (1) Forschungsziele, Fragestellung, Datenquellen und Ressourcen, (2) Dateninfrastruktur und Datenfluss, (3) Datenschutz, (4) Ethik, (5) Schlüsselvariablen und Linkageverfahren, (6) Datenprüfung/Qualitätssicherung sowie (7) Langfristige Datennutzung für noch festzulegende Fragestellungen. Jede Leitlinie wird ausführlich diskutiert. Zukünftige Aktualisierungen werden wissenschaftliche und datenschutzrechtliche Entwicklungen berücksichtigen

Target 2035-update on the quest for a probe for every protein

Twenty years after the publication of the first draft of the human genome, our knowledge of the human proteome is still fragmented. The challenge of translating the wealth of new knowledge from genomics into new medicines is that proteins, and not genes, are the primary executers of biological function. Therefore, much of how biology works in health and disease must be understood through the lens of protein function. Accordingly, a subset of human proteins has been at the heart of research interests of scientists over the centuries, and we have accumulated varying degrees of knowledge about approximately 65% of the human proteome. Nevertheless, a large proportion of proteins in the human proteome (∼35%) remains uncharacterized, and less than 5% of the human proteome has been successfully targeted for drug discovery. This highlights the profound disconnect between our abilities to obtain genetic information and subsequent development of effective medicines. Target 2035 is an international federation of biomedical scientists from the public and private sectors, which aims to address this gap by developing and applying new technologies to create by year 2035 chemogenomic libraries, chemical probes, and/or biological probes for the entire human proteome

Charakterisierung des Proto-Onkogens DEK

DEK wurde 1992 als Bestandteil des Fusionsproteins DEK-CAN entdeckt, in einem Patienten der an Myeloider Leukämie erkrankt war. Dies hat das Interesse an der zellulären Funktion des möglichen 'Proto-Onkogens' DEK geweckt. Es wurden eine Beteiligung am mRNA Metabolismus, an der Transkriptionskontrolle und an der DNA-Reparatur vorgeschlagen; keiner dieser Vorschläge konnte jedoch bisher funktionell bestätigt werden. Die herausragende Fähigkeit von DEK ist es, fixierte, positive Überdrehungen ('supercoils') in DNA einführen zu können. In dieser Arbeit wurden funktionelle Domänen von DEK biochemisch charakterisiert, außerdem wurden verschiedene experimentelle Ansätze verfolgt, um mehr über die zelluläre Funktion von DEK herauszufinden. Die biochemische Charakterisierung bestätigte, dass das evolutiv konservierte Fragment DEK 87-187, welches das DNABox Motiv 'SAP' trägt, tatsächlich DNA-Bindungsaktivität besitzt. Das Fragment fungiert als 'supercoiling' Domäne und reicht aus, die Topologie von DNA zu verändern (Kappes, Scholten et al., eingereicht). Eine zweite DNA-Bindedomäne wurde zwischen den Aminosäuren 270 und 350 gefunden. Diese Region enthält auch eine Multimerisierungsdomäne, die bei der Suche nach Protein- Interaktionspartnern von DEK im Hefe Zwei-Hybrid System gefunden wurde. Mittels 'far Western' Experimenten konnte die Funktion dieser Domäne bestätigt werden. Sowohl DNA-Bindung als auch Multimerisierung werden durch Phosphorylierung moduliert; DNA-Bindung wird inhibiert und Multimerisierung verstärkt. Obwohl DEK in allen bis jetzt untersuchten Zelltypen im Menschen vorkommt, zeigt eine Reduktion der DEK Protein-Menge mittels RNA Interferenz auf unter 15% keinen erkennbaren Phänotyp. Insbesondere wurden keine Hinweise für den berichteten Einfluss von DEK auf die zelluläre Antwort auf DNA Doppelstrangbrüche gefunden, weder nach einem DEK 'knock-down', noch nach einer Überexpression. Immunolokalisationsstudien zeigen, dass DEK an granuläre Substrukturen des Chromatins ('Mikrodomänen') bindet, an die keines der zusätzlich gefärbten nukleären Markerproteine bindet. Im Gegensatz zu früheren Berichten wurde gezeigt, dass sich DEK nicht in Spleißkompartimenten befindet und deswegen vermutlich auch nicht beim Spleißen beteiligt ist. Obwohl die durchschnittliche Aufenthaltsdauer einzelner GFP-DEK Moleküle auf dem Chromatin nur Sekunden beträgt, konnte nachgewiesen werden, dass DEK-Mikrodomänen über mehrere Minuten stabil sind. Phosphorylierung von DEK, welche die Multimerisierung stimuliert, könnte dazu beitragen diese dynamischen Strukturen einzurichten und aufrecht zu erhalten. Es wurde beschrieben, dass DEK die Topologie von DNA verändert. Es könnte allerdings sein, dass die zelluläre Funktion von DEK die eines Sensors ist, der bevorzugt an Orte hoher Torsionsspannungen auf der DNA bindet. Damit könnten andere Faktoren, wie beispielsweise DNA-Reparaturproteine, an die Orte des Geschehens rekrutiert werden

Uses of alpha particles, especially in nuclear reaction studies and medical radionuclide production

Alpha particles exhibit three important characteristics: scattering, ionisation and activation. This article briefly discusses those properties and outlines their major applications. Among others, α-particles are used in elemental analysis, investigation and improvement of materials properties, nuclear reaction studies and medical radionuclide production. The latter two topics, dealing with activation of target materials, are treated in some detail in this paper. Measurements of excitation functions of α-particle induced reactions shed some light on their reaction mechanisms, and studies of isomeric cross sections reveal the probability of population of high-spin nuclear levels. Regarding medical radionuclides, an overview is presented of the isotopes commonly produced using α-particle beams. Consideration is also given to some routes which could be potentially useful for production of a few other radionuclides. The significance of α-particle induced reactions to produce a few high-spin isomeric states, decaying by emission of low-energy conversion or Auger electrons, which are of interest in localized internal radiotherapy, is outlined. The α-particle beam, thus broadens the scope of nuclear chemistry research related to development of non-standard positron emitters and therapeutic radionuclides

Positron and γ-ray intensities in the decay of 45Ti

To evaluate the PET-imaging properties of the promising positron emitter 45Ti, its β+- and γ-ray intensities were measured. Use of the cation-exchange resin DOWEX 50W×8 (H+-form) enabled the isolation of radiochemically pure, no-carrier-added 45Ti from “bulk” scandium after proton bombardment. Thin, no-carrier-added 45Ti samples were prepared. The combination of γ-ray and X-ray spectrometry with γγ-coincidence counting allowed for the first time the experimental determination of the positron intensity as (85.67 ± 2.23)% and the absolute intensity of the 720.22 keV γ-ray as (0.1171 ± 0.0057)%