Experimental evidence indicating that mastreviruses probably did not co-diverge with their hosts

Background. Despite the demonstration that geminiviruses, like many other single stranded DNA viruses, are evolving at rates similar to those of RNA viruses, a recent study has suggested that grass-infecting species in the genus Mastrevirus may have co-diverged with their hosts over millions of years. This "co-divergence hypothesis" requires that long-term mastrevirus substitution rates be at least 100,000-fold lower than their basal mutation rates and 10,000-fold lower than their observable short-term substitution rates. The credibility of this hypothesis, therefore, hinges on the testable claim that negative selection during mastrevirus evolution is so potent that it effectively purges 99.999% of all mutations that occur. Results. We have conducted long-term evolution experiments lasting between 6 and 32 years, where we have determined substitution rates of between 2 and 3 × 10 -4substitutions/site/year for the mastreviruses Maize streak virus (MSV) and Sugarcane streak Réunion virus (SSRV). We further show that mutation biases are similar for different geminivirus genera, suggesting that mutational processes that drive high basal mutation rates are conserved across the family. Rather than displaying signs of extremely severe negative selection as implied by the co-divergence hypothesis, our evolution experiments indicate that MSV and SSRV are predominantly evolving under neutral genetic drift. Conclusion. The absence of strong negative selection signals within our evolution experiments and the uniformly high geminivirus substitution rates that we and others have reported suggest that mastreviruses cannot have co-diverged with their hosts. © 2009 Harkins et al; licensee BioMed Central Ltd

Modèles bidimensionnels de trafic

La modélisation du trafic routier dans un réseau dense et de grande étendue nécessite un grand nombre de données, si bien qu'une modélisation par arcs est impossible en pratique. Pour simplifier le problème, une idée est d'agréger les tronçons du réseau en un continuum sur lequel le trafic routier s'écoule comme un fluide surfacique. Cette modélisation est qualifiée de bidimensionnelle. Même si la structure géométrique détaillée du réseau est perdue, une telle modélisation évite la description très fine du trafic sur un réseau dans lequel les points de mesure ne sont pas en nombre suffisant pour permettre une évaluation exhaustive de l'état du trafic. Une série de travaux commencée dans les années 1980 a permis de dégager quelques concepts importants. Cependant, ces travaux n'ont pas résolu les problèmes de modélisation fondamentaux : comment déduire et modéliser des comportements globaux à partir de comportements locaux (flux sur un axe, interactions aux intersections) ? Deux modèles bidimensionnels de trafic sont développés. Le premier modèle est statique. Le trafic s'écoule dans des directions de propagation privilégiées (orthogonales). Le modèle prend en compte l'équilibre entre l'offre de déplacement du réseau et une demande élastique de déplacement des usagers. Les principales sorties sont constituées en chaque point et pour chaque destination par les débits directionnels et les coûts de déplacement. Le deuxième modèle est dynamique. L'écoulement du trafic est décrit au niveau de cellules élémentaires du réseau dans lesquelles on définit les notions d'offre et de demande. À partir d'une loi comportementale obtenue sur un réseau discret, on écrit l'équation dynamique de conservation du trafic routier en tout point d'un réseau anisotropeTraffic road modelling in the dense network of a wide area needs a large amount of data. It renders a keen modelling unmanageable in practice. To simplify the problem, an idea is to aggregate the network links as continuous medium where traffic road flows as a fluid on a surface. This modelling is called two-dimensional. Even if the detailed geometric structure of the network is lost, such a modelling avoids the traffic keen description on a network where measure points are not numerous enough to allow an exhaustive evaluation of traffic state. A series of articles started in the 80's have highlighted relevant concepts. Nevertheless, these previous works have not solved fundamental modelling issues: how to deduce and model global behaviours basing on local behaviours (flow on an axe, interactions at intersections). Two models are developed. The first model is static. Traffic road flows on privileged directions (orthogonal). The model takes into account the balance between the network trip supply and the users' elastic trip demand. The principal outputs are, for each point of the network and each destination, the directional flows and the trip costs. The second model is dynamical. The description of traffic flows stands at the level of elementary traffic cells, where concepts of supply and demand are defined. With a behaviour law deduced from a discrete network, we establish the conservation dynamic equation of road traffic at each point of an anisotropic networkPARIS-EST-Université (770839901) / SudocSudocFranceF

A guide to sugarcane diseases

De nombreux changements ont eu lieu en pathologie de la canne à sucre au cours des dix dernières années. De nouvelles connaissances sont apparues sur des maladies connues, de nouvelles maladies ont été décrites et identifiées et, grâce aux progrès de la biologie moléculaire, de nouvelles techniques de diagnostic ont été mises au point. C'est pourquoi la section pathologie de la Société internationale des technologues de la canne à sucre (ISSCT) a décidé de publier un nouveau livre sur les maladies de la canne à sucre. Son objectif est de fournir une information actualisée relative aux connaissances scientifiques et aux aspects pratiques de la lutte, sans pour autant décrire de façon exhaustive les maladies. Chaque maladie fait l'objet d'un chapitre illustré de nombreuses photographies en couleurs, dans lequel sont rassemblées des données sur son agent causal, sa distribution géographique, ses symptômes, sa transmission, son spectre d'hôtes, son épidémiologie et son importance économique. Des informations concernant les souches de l'agent pathogène, le diagnostic et la lutte ainsi qu'une bibliographie complètent chacun de ces chapitres. (Résumé d'auteur