Rastres genètics de colls d'ampolla en poblacions de llop europees

El llop ibèric ha estat en el llindar de l'extinció, potser molt més a prop del que inicialment es va pensar. Investigadors de la UAB i de la UPF-CSIC han realitzat un estudi comparatiu entre el llop ibèric i el llop rus i han trobat que o bé es van subestimar els efectes genètics dels delmes de la població del llop ibèric (anomenats colls d'ampolla) durant el segle passat, o bé hi ha una sobreestimació del nombre actual de llops a la Península Ibèrica. L'estudi posa en relleu la necessitat d'assegurar el futur del llop mitjançant el creixement constant de les poblacions, sempre que sigui possible, així com la importància d'evitar la fragmentació poblacional i del territori.El lobo ibérico ha estado en el umbral de la extinción, quizás mucho más cerca de lo que inicialmente se pensó. Investigadores de la UAB y de la UPF-CSIC han realizado un estudio comparativo entre el lobo ibérico y el lobo ruso y han hallado que o bien se subestimaron los efectos genéticos de los diezmos de la población del lobo ibérico (llamados cuellos de botella) durante el siglo pasado, o bien hay una sobreestimación del número actual de lobos en la Península Ibérica. El estudio pone de relieve la necesidad de asegurar el futuro del lobo mediante el crecimiento constante de las poblaciones, siempre que sea posible, así como la importancia de evitar la fragmentación poblacional y del territorio

SNP+ to predict dropout rates in SNP arrays

Altres ajuts: acords transformatius de la UAB. Altres ajuts: LoupO project (EFA354/19) of the European Interreg Program V-A Spain-France-Andorra (POCTEFA 2014-2020)Genotyping individuals using forensic or non-invasive samples such as hair or fecal samples increases the risk of allelic amplification failure (dropout) due to the low quality and quantity of DNA. One way to decrease genotyping errors is to increase the number of replicates per sample. Here, we have developed the software SNP+ to estimate the dropout probability and the subsequent required number of replicates to obtain the reliable genotype with probability 95%. Moreover, the software predicts the minor allele frequency and compares two competing models assuming equal or allele-specific dropout probabilities by Bayes factor. The software handles data from one SNP to high density arrays (e.g., 100,000 SNPs)