Identification of Escherichia coli K12 YdcW protein as a γ-aminobutyraldehyde dehydrogenase

Abstractγ-Aminobutyraldehyde dehydrogenase (ABALDH) from wild-type E. coli K12 was purified to apparent homogeneity and identified as YdcW by MS-analysis. YdcW exists as a tetramer of 202±29kDa in the native state, a molecular mass of one subunit was determined as 51±3kDa. Km parameters of YdcW for γ-aminobutyraldehyde, NAD+ and NADP+ were 41±7, 54±10 and 484±72μM, respectively. YdcW is the unique ABALDH in E. coli K12. A coupling action of E. coli YgjG putrescine transaminase and YdcW dehydrogenase in vitro resulted in conversion of putrescine into γ-aminobutyric acid

Программное обеспечение для обучения в малых группах

This article focuses on the method of group training which represents one of the most actual and perspective forms of the organization of educational process. Authors confirm the theoretical conclusions with the experiment made with students of specialty "Information Systems and Technologies". Besides, article includes the description opportunities of the program adapted for work in small groups.В данной статье рассматривается метод группового обучения, который представляет собой одну из наиболее актуальных и перспективных форм организации учебного процесса. Авторы подтверждают свои теоретические выводы экспериментом, проведенным со студентами старших курсов специальности «Информационные системы и технологии». Кроме того, статья включает описание возможностей программы, адаптированной для выполнения общего задания в группах

Эффективность использования нечеткой логики в системах автоматического управления

A comparison of the efficiency of controlling system with analog PID-regulator and system with fuzzy-regulator was carried out in this article.В работе проводится сравнение эффективности систем управления с аналоговым ПИД-регулятором и системы с fuzzy-регулятором

Modern approaches to diagnosis of sarcoidosis

The article discusses new methods for the diagnosis of sarcoidosis: transbronchial cryobiopsy of the lungs (TBKB) and the use of specific biomarkers. Three groups of patients were compared - with a diagnosis of very likely sarcoidosis, possible sarcoidosis, and unlikely sarcoidosis. All groups of patients underwent transbronchial cryobiopsy of the lungs. The results of a diagnostic study are demonstrated. Also in the article, the prospects of using highly specific biomarkers are consideredВ статье рассмотрены новые методы диагностики саркоидоза: Трансбронхиальная криобиопсия легких (ТБКБ) и использование специфичных биомаркеров. Сравнены три группы пациентов – с диагнозом очень вероятного саркоидоза, возможного саркоидоза и маловероятного саркоидоза. Всем группам пациентов была проведена трансбронхиальная криобиопсия легких. Продемонстрированы результаты диагностического исследования. Так же в статье рассмотрена перспективность использования высокоспецифичных биомаркеров

Mechanisms of gap gene expression canalization in the Drosophila blastoderm

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Extensive variation in early gap gene expression in the <it>Drosophila </it>blastoderm is reduced over time because of gap gene cross regulation. This phenomenon is a manifestation of canalization, the ability of an organism to produce a consistent phenotype despite variations in genotype or environment. The canalization of gap gene expression can be understood as arising from the actions of attractors in the gap gene dynamical system.</p> <p>Results</p> <p>In order to better understand the processes of developmental robustness and canalization in the early <it>Drosophila </it>embryo, we investigated the dynamical effects of varying spatial profiles of Bicoid protein concentration on the formation of the expression border of the gap gene <it>hunchback</it>. At several positions on the anterior-posterior axis of the embryo, we analyzed attractors and their basins of attraction in a dynamical model describing expression of four gap genes with the Bicoid concentration profile accounted as a given input in the model equations. This model was tested against a family of Bicoid gradients obtained from individual embryos. These gradients were normalized by two independent methods, which are based on distinct biological hypotheses and provide different magnitudes for Bicoid spatial variability. We showed how the border formation is dictated by the biological initial conditions (the concentration gradient of maternal Hunchback protein) being attracted to specific attracting sets in a local vicinity of the border. Different types of these attracting sets (point attractors or one dimensional attracting manifolds) define several possible mechanisms of border formation. The <it>hunchback </it>border formation is associated with intersection of the spatial gradient of the maternal Hunchback protein and a boundary between the attraction basins of two different point attractors. We demonstrated how the positional variability for <it>hunchback </it>is related to the corresponding variability of the basin boundaries. The observed reduction in variability of the <it>hunchback </it>gene expression can be accounted for by specific geometrical properties of the basin boundaries.</p> <p>Conclusion</p> <p>We clarified the mechanisms of gap gene expression canalization in early <it>Drosophila </it>embryos. These mechanisms were specified in the case of <it>hunchback </it>in well defined terms of the dynamical system theory.</p

False negative rates in Drosophila cell-based RNAi screens: a case study

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>High-throughput screening using RNAi is a powerful gene discovery method but is often complicated by false positive and false negative results. Whereas false positive results associated with RNAi reagents has been a matter of extensive study, the issue of false negatives has received less attention.</p> <p>Results</p> <p>We performed a meta-analysis of several genome-wide, cell-based <it>Drosophila </it>RNAi screens, together with a more focused RNAi screen, and conclude that the rate of false negative results is at least 8%. Further, we demonstrate how knowledge of the cell transcriptome can be used to resolve ambiguous results and how the number of false negative results can be reduced by using multiple, independently-tested RNAi reagents per gene.</p> <p>Conclusions</p> <p>RNAi reagents that target the same gene do not always yield consistent results due to false positives and weak or ineffective reagents. False positive results can be partially minimized by filtering with transcriptome data. RNAi libraries with multiple reagents per gene also reduce false positive and false negative outcomes when inconsistent results are disambiguated carefully.</p

Rendering Imagery in the Semantic Structure of Stable Terminological Word Combinations

Rendering Imagery in the Semantic Structure of Stable Terminological Word Combinations / R. E. Shkilev, E. V. Samsonova, I. D. Kazanchuk, M. M. Isupova // Rupkatha Journal on Interdisciplinary Studies in Humanities. - 2018. - Vol. 10, No. 1. - P. 128-133.У статті розглянуто особливості передачі змісту складних термінів у процесі перекладу за допомогою комбінацій слів без зміщення сенсу в смисловій структурі. Дослідження базується на прикладах англійської та російської юридичної термінології. Враховуючи той факт, що юридичні терміни є частиною літературної мови, класифікація ґрунтується на принципах, прийнятих і використаних у фразеології. Наведені в даній роботі приклади розкривають різницю між англійськими та російськими складними термінами у лексико-граматичній структурі. Автор приходить до висновку, що смисловий зсув у юридичній термінології має антропоцентричну спрямованість. Показано залежність характеру семантичного зсуву від певних особливостей національних культур. Результати дослідження дають матеріал для вивчення особливостей відповідного сегмента лінгвістичного світогляду.The article focuses on the peculiarities of rendering the meaning of compound terms in the translation process with the help of word combinations without shift of meaning in the semantic structure. The research is based on the examples from English and Russian legal terminology. Taking into account the fact that legal terms form a part of literary language the classification is based on principles accepted and used in Phraseology. The examples analyzed in this paper reveal the difference between English and Russian compound terms in the lexical and grammatical structure. The author arrives at a conclusion that the semantic shift in legal terminology has an anthropocentric orientation. The dependence of the nature of the semantic shift on certain features of national cultures is shown. The results of the investigation provide for the material for the study of the features of the corresponding segment of linguistic worldview.В статье рассмотрены особенности передачи содержания сложных терминов в процессе перевода с помощью комбинаций слов без смещения смысла в смысловой структуре. Исследование базируется на примерах английского и русского юридической терминологии. Учитывая тот факт, что юридические термины являются частью литературного языка, классификация основывается на принципах, принятых и используемых в фразеологии. Приведенные в данной работе примеры раскрывают разницу между английскими и русскими сложными терминами в лексико-грамматической структуре. Автор приходит к выводу, что смысловой сдвиг в юридической терминологии имеет антропоцентрическую направленность. Показана зависимость характера семантического сдвига от определенных особенностей национальных культур. Результаты исследования дают материал для изучения особенностей соответствующего сегмента лингвистического мировоззрения

Особенности патологической анатомии легких при COVID-19

The research aim is to study the morphological features of COVID-19 in the lungs of patients who died in Moscow from March 20 to June 6, 2020. Methods. Autopsy material of the lungs from 123 deceased (54 women, 69 men) with COVID-19 coronavirus infection (confirmed by PCR) was analyzed, the median age was 71 (30 – 94) years, and the duration of the disease was 14 (3 – 65) days. In all cases, the patient’s medical records and autopsy reports were analyzed. Macro- and microscopic changes in the lungs were evaluated in all the observations. Results. The pathology of the lungs in COVID-19 corresponds to various phases of diffuse alveolar damage (DAD). The exudative phase of DAD was detected in 54 (43.9%), the proliferative phase – in 21 (14.63%), and their combination – in 51 (41.46%) of the deceased. Histological features of different phases of DAD are described. Conclusion. An analysis of autopsy material revealed a mismatch between the duration of the course of the disease and the phase of diffuse alveolar damage. A significant portion of the dead found a combination of exudative and proliferative phases of the disease. Histological signs that indirectly indicate a violation of the coagulation system during COVID-19 are described.Целью статьи явилось изучение особенностей морфологических изменений в легких у умерших от COVID-19 в Москве за период 20.03.20–06.06.20. Материалы и методы. Проанализирован аутопсийный материал легких умерших от коронавирусной инфекции COVID-19 больных (n = 123: 54 женщины, 69 мужчин; средний возраст – 71 (30–94) год; продолжительность заболевания – 14 (3–65) суток), подтвержденной методом полимеразной цепной реакции. Проанализированы медицинские карты всех стационарных больных и все протоколы вскрытий. По данным всех наблюдений оценены макро- и микроскопические изменения в легких. Результаты. Патоморфологические изменения в легких соответствовали различным фазам диффузного альвеолярного повреждения (ДАП). Экссудативная фаза ДАП выявлена у 54 (43,9 %), пролиферативная – у 21 (14,63 %), их сочетание – у 51 (41,46 %) умершего. Описаны патогистологические особенности изменений в разные фазы заболевания. Заключение. При анализе аутопсийного материала установлено несоответствие между продолжительностью течения заболевания и фазой ДАП. У значительной части умерших обнаружено сочетание экссудативной и пролиферативной фазы заболевания. Описаны гистологические признаки, косвенно указывающие на нарушение системы коагуляции в течении COVID-19

Сопоставление рентгенологической и патоморфологической картины легких у пациентов с COVID-19

Aim. Compare radiological patterns of COVID-19 pneumonia with pulmonary histology in deceased patients.Materials and methods. The analysis of recent lifetime CT studies of deceased patients was performed with the identification of all existing and leading CT symptoms, including “ground glass”, “crazy paving”, consolidation, as well as the symptom complex (pattern) of organizing pneumonia. Based on the CT symptoms, we selected the target points for taking the specimens by 3-D reconstructions. At the autopsy the lungs were entirely fixed into the front and then marked on CT sections cut from 1 to 3 pieces that were placed in paraffin and processed according to the standard technique, stained with hematoxylin and eosin and fuchsin-facelina. The specimens were analyzed by identifying all available histology changes and selecting the leading one.Results. 45 targeted pieces of lung tissue were obtained from 14 deceased COVID-19 patients (7 men/ 7 women), with an average age of 77.1 ± 12.9 (49–90 years). In deceased patients with the presence of the "ground glass" symptom, in most cases (57.1%) revealed an increase in intra-alveolar cellularity, hyaline membranes, desquamation of the alveolar epithelium and infiltration of the interalveolar septum by lymphocytes, which corresponds to the exudative phase of diffuse alveolar damage (DAP). Mosaic histological changes with alternation of filled alveoli (intraalveolar edema, clusters of red blood cells, macrophages, lymphocytes) and air alveoli were detected from the areas of “crazy paving” zones. Several cases demonstrated interstitial edema and lymphoid infiltration of interalveolar partitions of different severity without their thickening. Areas of consolidation were histologically represented by extensive intraalveolar hemorrhages and / or typical zones of hemorrhagic infarcts in 45.5% of cases. Perilobular consolidation, subpleural cords, symptoms of “halo” and “reverse halo”, which we considered as part of the symptom complex of organizing pneumonia in 43% of cases, morphologically corresponded to organizing pneumonia (the proliferative phase of DAP), as well as to distelectases.Conclusion. Comparison of CT patters and post-mortem pulmonary histology in COVID-19 deceased patients demonstrated that CT symptoms and patterns correspond to certain morphological changes of different phases of DAP.Цель исследования: сопоставить рентгенологические паттерны COVID-19 с гистологическими изменениями у умерших.Материал и методы. Проведен анализ последних прижизненных КТ-исследований умерших пациентов с выделением всех имеющихся и ведущего КТ-симптомов, включая “матовое стекло”, “булыжная мостовая”, консолидация, а также симптомокомплекс (паттерн) организующейся пневмонии. На основании выделенных КТ-симптомов были выбраны прицельные точки взятия материала при помощи построения трехмерных реконструкций. На аутопсии фиксированные целиком легкие разрезались фронтально, далее из обозначенных на компьютерной томограмме участков вырезали от 1 до 3 кусочков, которые заливались в парафин и обрабатывались по общепринятой методике с последующей окраской срезов толщи- ной 3–5 мкм гематоксилином и эозином, пикрофуксин-фукселином. Анализ материала проводили путем выявления всех имеющихся патоморфологических изменений с выделением ведущего из них.Результаты. Были получены 45 прицельно взятых кусочков ткани легкого от 14 умерших (7 мужчин/ 7 женщин), средний возраст 77,1 ± 12,9 (49–90) года. У умерших пациентов с наличием симптома “матово- го стекла” при КТ в большинстве случаев (57,1%) были выявлены увеличение числа клеток в просветах альвеол (внутриальвеолярная клеточность), гиалиновые мембраны, десквамация альвеолярного эпителия и инфильтрация лимфоцитами межальвеолярных перегородок, что может соответствовать признакам экссудативной фазы диффузного альвеолярного повреждения (ДАП). Из участков, обозначенных как зоны “булыжной мостовой”, были выявлены мозаичные гистологические изменения с чередованием заполненных альвеол (внутриальвеолярный отек, скопления эритроцитов, макрофагов, лимфоцитов) и воздушных альвеол, местами при наличии интерстициального отека и лимфоидной инфильтрации межальвеолярных перегородок разной степени выраженности без их утолщения. Участки консолидации гистологически были представлены обширными внутриальвеолярными кровоизлияниями и/или типичными зонами геморрагических инфарктов в 45,5% случаев. Перилобулярная консолидация, субплевральные тяжи, симптомы “ободка” и “обратного ободка”, которые мы расценивали в рамках симптомокомплекса организующейся пневмонии, на компьютерной томограмме в 43% случаев морфологически соответствовали организующейся пневмонии (пролиферативная фаза ДАП), а также дистелектазам.Заключение. При попытке рентгенопатоморфологического сопоставления у пациентов с COVID-19 с поражением легких нами было показано, что различные симптомы и паттерны при КТ соответствуют определенным морфологическим изменениям в различные фазы ДАП