9 research outputs found
Testing repeatability, measurement error and species differentiation when using geometric morphometrics on complex shapes: a case study of Patagonian lizards of the genus Liolaemus (Squamata: Liolaemini)
The repeatability of findings is the key factor behind scientific reliability, and the failure to reproduce scientificfindings has been termed the "replication crisis". Geometric morphometrics is an established tool in evolutionarybiology. However, different operators (and/or different methods) could act as large sources of variation in the dataobtained. Here, we investigated inter-operator error in geometric morphometric protocols on complex shapes ofLiolaemus lizards, as well as measurement error in three taxa varying in their difficulty of digitalization. We alsoexamined the potential for these protocols to discriminate among complex shapes in closely related species. Wefound a wide range of inter-operator error, contributing between 19.5% and 60% to the total variation. Moreover,measurement error increased with the complexity of the quantified shape. All protocols were able to discriminatebetween species, but the use of more landmarks did not imply better performance. We present evidence that complexshapes reduce repeatability, highlighting the need to explore different sources of variation that could lead to suchlow repeatability. Lastly, we suggest some recommendations to improve the repeatability and reliability of geometricmorphometrics results.Fil: Vrdoljak, Juan Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Arreola Ramos, Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Diaz Huesa, Emilce Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto de Diversidad y Evoluci贸n Austral; ArgentinaFil: Villagra, Alejandro. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco"; ArgentinaFil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentin
A new lizard species of the Liolaemus kingii group (Squamata: Liolaemidae) from northwestern Chubut province (Argentina)
We describe Liolaemus attenboroughi sp. nov., a lizard distributed in the northwestern Patagonian Steppe of Chubut province (Argentina) previously confused with L. kingii (Bell 1843). Recent studies based on molecular evidence supports its evolutionary independence. Here we provide a morphological diagnosis of this lineage, comparisons between three molecular species delimitation methods, and an updated phylogeny of the L. kingii group. Based on current knowledge of its distribution, this new species is allopatric with geographically close species of the L. kingii group.Fil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentin
Comparaci贸n de m茅todos expl铆citos de delimitaci贸n de especies e historia evolutiva de lagartijas del grupo Liolaemus kingii
Los grupos de especies de divergencia reciente ofrecen oportunidades excelentes de investigaci贸n, tanto conceptuales acerca de los procesos evolutivos relacionados a la especiaci贸n, como metodol贸gicos, es decir c贸mo reconocer objetivamente a las especies teniendo en cuenta divisi贸n de linaje incompleta y flujo g茅nico. Los desaf铆os de este tipo de聽 investigaciones son complejos, ya que implican realizar un gran esfuerzo en la obtenci贸n de un muestreo geogr谩fico denso y en la generaci贸n de bases de datos de diferentes tipos de marcadores, como as铆 tambi茅n la incorporaci贸n de an谩lisis integradores. Las lagartijas son consideradas organismos modelo en muchas ramas de la Biolog铆a y en particular, el g茅nero Liolaemus est谩 emergiendo como un modelo en s铆 mismo. Con datos del gen mitocondrial citocromo-b se descubri贸 que el grupo de lagartijas L. kingii (13 especies descriptas y 5 candidatas), end茅mico de la Patagonia Austral, es altamente diverso. Adem谩s, la distribuci贸n geogr谩fica de sus haploclados est谩 muy superpuesta, por lo tanto no hay hip贸tesis claras de los l铆mites entre sus especies. Estos resultados previos in茅ditos, indican que el grupo L. kingii es un tax贸n ideal para realizar un estudio integral de l铆mites de especies y comparar el desempe帽o de m茅todos expl铆citos para su delimitaci贸n. Se utilizar谩n datos de secuencias de genes, gen贸micos y morfol贸gicos de manera independiente e integrada, a fin de generar hip贸tesis de especies robustas, inferencias sobre sus patrones de diversificaci贸n y el rol que pudieron haber tenido los cambios clim谩ticos del Pleistoceno. Los resultados preliminares permiten suponer que los datos que se generar谩n pondr谩n a este grupo como un ejemplo modelo en este tipo de estudios y constituir谩 un aporte muy valioso en estudios de m茅todos de delimitaci贸n de especies, a la vez que permitir谩 desarrollar una variedad de l铆neas de investigaci贸n en especiaci贸n, evoluci贸n morfol贸gica, ecolog铆a y conservaci贸n.Fil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentina8a Jornada de BecarixsPuerto MadrynArgentinaCentro Nacional Patag贸nic
Cytogenetic analyses in three species of Moenkhausia Eigenmann, 1903 (Characiformes, Characidae) from Upper Paran谩 River (Misiones, Argentina)
Moenkhausia Eigenmann, 1903 is one of the most diverse genera within Characidae, being an important component of the Neotropical fish fauna. Three members of this genus were cytogenetically analyzed: M. dichroura Kner, 1858, M. intermedia Eigenmann, 1908 and M. sanctaefilomenae Steindachner, 1907. The three species showed 2n = 50 bi-armed chromosomes (NF = 100) and different karyotype formulas: 22m + 22sm + 6st in M. dichroura, 16m + 28sm + 6st in M. intermedia, and 12m + 32sm + 6st in M. sanctaefilomenae. In addition, supernumerary chromosomes (or B-chromosomes) were detected in M. intermedia and M. sanctaefilomenae. C-positive bands were restricted to pericentromeric regions, secondary constrictions and supernumerary chromosomes. Active nucleolus organizer regions (Ag-NORs) and positive CMA3 bands were observed in a single pair of sm chromosomes. Pericentromeric DAPI positive signals were evidenced on chromosomes of M. sanctaefilomenae only. Overall, the three species showed a conservative karyotype macrostructure (diploid number, number of chromosome arms) and variations in microstructure (karyotype formulas, presence/absence of supernumerary chromosomes). We discuss how the observed differences could have been shaped.Fil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Takagui, Fabio H.. Universidade Estadual de Londrina; BrasilFil: Fenocchio, Alberto Sergio. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Nordeste. Instituto de Biolog铆a Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biolog铆a Subtropical; Argentin
An integrative approach to address species limits in the southernmost members of the Liolaemus kingii group (Squamata: Liolaemini)
Recent conceptual and methodological advances have enabled an increasing number of studies to address the problem of species delimitation in a comprehensive manner. This is of particular interest in cases of species whose divergence times are recent and/or effective population sizes are large, where the conclusions obtained from a single source of evidence may lead to erroneous estimations of true species numbers or incorrect assignment of individuals to species. Iguanian lizards of the Liolaemus kingii group (13 species) comprise an important component of the endemic fauna of Patagonia. The southernmost species of this group (namely L. baguali, L. escarchadosi, L. sarmientoi, and L. tari) show widely overlapping distributions across southern Patagonia, also, their phylogenetic relationships are ambiguous and species boundaries have not been explicitly tested. Here we use a comprehensive approach to assess species limits through the use of molecular and morphological information (mitochondrial cytb, nuclear sequences collected by ddRADseq, and linear, meristic and landmark-based morphometrics). We found support for the current taxonomy given that the different analyses recognized the nominal species (4 entities), also a candidate species was supported by mitochondrial and morphological data. In addition, we detected signs of admixture between some of the species. Our results indicate that the L. kingii group can serve as a model system in studies of diversification accompanied by hybridization in nature, which in turn might have been promoted by past climatic oscillations and generalist morphologies. We emphasize the importance of using multiple lines of evidence in order to solve evolutionary stories, and minimizing potential erroneous results that may arise when relying on a single source of information.Fil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Sites, Jack W.. University Brigham Young; Estados UnidosFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentin
Phenotypic and Geographic Variation in Two Co-Distributed Patagonian Lizard Clades (Squamata, Liolaemini)
Selective pressures vary throughout the range of a species distribution, thus favoring different phenotypes. Climate gradients in particular exert selection on the ecological and physiological performance of organisms, which often promotes morphological variation. In Patagonia, a region with harsh climatic conditions, the sister genera Phymaturus and Liolaemus include several widely co-distributed clades. One example is the Liolaemus bibronii complex and the Phymaturus patagonicus clade; these lineages differ in both morphological characteristics and life-history strategies. Co-distributed species may be similarly affected by shared environmental variables that predominate in their distributions, including patterns of morphological variation. In this study we identify and compare patterns of morphological variation in relation to geographical distribution. We used body size and head shape of species of the L. bibronii complex and the P. patagonicus clade throughout their distributions in Patagonia, and quantified the relationships between morphological variables with latitude and climatic variables. The results showed co-variation of body size and head shape between latitude and climatic variables in both clades, but these do not follow an evident pattern of morphological variation in co-distributed representatives of sister clades with different life histories and evolutionary characteristics.Fil: Gonzalez Marin, Maria Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentin
Evaluaci贸n emp铆rica de un protocolo para el ensamble de datos gen贸micos obtenidos mediante ddRADseq
La secuenciaci贸n de fragmentos de ADN asociado a fragmentos de restricci贸n (RADseq) est谩 siendo cada vez m谩s empleada en estudios poblacionales y filogen茅ticos puesto que permite la obtenci贸n de cientos a miles de loci, lo que es ventajoso en situaciones en donde los marcadores tradicionalmente empleados arrojan resultados ambiguos. Sin embargo, la robustez de las inferencias realizadas depende de un cuidadoso procesamiento bioinform谩tico de los datos (ej. remoci贸n de regiones par谩logas). Un desaf铆o metodol贸gico clave es determinar el porcentaje de similitud a partir del cual dos alelos son considerados hom贸logos y por ende son agrupados en el mismo locus (umbral de similitud). Este umbral define la divergencia m谩xima permitida entre variantes al茅licas y la divergencia m铆nima entre posibles par谩logos, y por ende es central para los an谩lisis posteriores. En este trabajo pusimos a prueba un conjunto de m茅tricas para determinar los umbrales de similitud entre secuencias que maximizan la remoci贸n correcta de regiones par谩logas, y minimizan la separaci贸n incorrecta de variantes al茅licas distantes en diferentes loci. Para ello se ensamblaron loci empleando diferentes valores de este par谩metro y se observaran atributos tales como: n煤mero de regiones par谩logas identificadas, n煤mero de SNPs recuperados, proporci贸n de heterocigosis, variabilidad explicada, correlaci贸n entre divergencia gen茅tica y falta de datos y resoluci贸n filogen茅tica. Probamos este enfoque en un conjunto de datos gen贸micos de lagartijas del grupo Liolaemus kingii obtenidos mediante ddRADseq. Las m茅tricas infieren un patr贸n de aproximadamente 90% de similitud entre alelos del mismo loci, como un umbral por encima del cual la divergencia gen茅tica y la falta de datos se correlacionan de manera creciente. Este protocolo posibilita una selecci贸n objetiva de par谩metros, a la vez que es aplicable a cualquier sistema biol贸gico tanto modelo como no modelo (cuando no se dispone de un genoma de referenciaFil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Avila, Luciano J.. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Sites Jr., J. W.. University Brigham Young; Estados UnidosFil: Leach茅, A.D.. University of Washington; Estados UnidosFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentina9na Jornada de Becarios y 1er Encuentro Patag贸nico de BecariosPuerto MadrynArgentinaCentro Nacional Patag贸nic
Complex Patterns of Diversification in the Gray Zone of Speciation: Model-Based Approaches Applied to Patagonian Liolaemid Lizards (Squamata: Liolaemus kingii clade)
In this study we detangled the evolutionary history of the Patagonian lizard clade Liolaemus kingii, coupling dense geographic sampling and novel computational analytical approaches. We analyzed nuclear and mitochondrial data (restriction site-associated DNA sequencing and cytochrome b) to hypothesize and evaluate species limits, phylogenetic relationships, and demographic histories. We complemented these analyses with posterior predictive simulations to assess the fit of the genomic data to the multispecies coalescent model. We also employed a novel approach to time-calibrate a phylogenetic network. Our results show several instances of mito-nuclear discordance and consistent support for a reticulated history, supporting the view that the complex evolutionary history of the kingii clade is characterized by extensive gene flow and rapid diversification events. We discuss our findings in the contexts of the "gray zone"of speciation, phylogeographic patterns in the Patagonian region, and taxonomic outcomes. [Model adequacy; multispecies coalescent; multispecies network coalescent; phylogenomics; species delimitation.Fil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Diaz Huesa, Emilce Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto de Diversidad y Evoluci贸n Austral; ArgentinaFil: Breitman, Mar铆a F.. Auburn University.; Estados UnidosFil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Sites, Jack W.. Austin Peay State University; Estados UnidosFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentin
Naming the diversity: taxonomy of current species of Patagonian lizards
The diversity of the Patagonian lizard fauna is a combination of lowdiversity at higher levels, e.g., families, some of them almost marginal to the region,coupled with very high species diversity concentrated in two genera Liolaemus andPhymaturus, and a high number of endemics. The number of described speciesalmost tripled since Cei?s last and only monograph on Patagonian herpetofauna in1987. But changes were not limited to species numbers; taxonomy changed as studiesof this fauna improved with the use of modern taxonomic techniques and dedicatedfield surveys made to some previously unknown areas. The purpose of thischapter is to provide a taxonomic summary of Patagonian lizards. We include anumber of plates with pictures of poorly known and/or endemic Patagonian speciesprobably never included in any book or publication.Fil: Avila, Luciano Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Gonzalez Marin, Maria Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Troncoso Palacios, Jaime. Universidad de Chile; ChileFil: S谩nchez, Kevin Imanol. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Perez, Cristian Hernan Fulvio. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico; ArgentinaFil: Morando, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - Centro Nacional Patag贸nico. Instituto Patag贸nico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; Argentin