Genetic diversity among Frankia strains nodulating members of the family Casuarinaceae in Australia revealed by PCR and restriction fragment length polymorphism analysis with crushed root nodules

DNA extracted directly from nodules was used to assess the genetic diversity of #Frankia# strains symbiotically associated with two species of genus #Casuarina# and two of the genus #Allocasuarina# naturally occuring in northeastern Australia. DNA from field-collected nodules or extracted from reference cultures of #Casuarina#-infective #Frankia# strains was used as the template in PCRs with primers targeting two DNA regions, one in the ribosomal operon and the other in the #nif# operon. PCR products were then analysed by using a set of restriction andonucleases. Five distinct genetic groups were recognized on the basis of these restriction patterns. These groups were consistently associated with the host species from which the nodules originated. All isolated reference strains had similar patterns and were assigned to group 1 along with six of eight unisolated #Frankia# strains from #Casuarina equisetifolia# in Australia. Group 2 consisted of two unisolated #Frankia# strains from #C. equisetifolia#, whereas groups 3 to 5 comprised all unisolated strains from #Casuarina cunninghamiana#, #Allocasuarina torulosa#, and #Allocasuarina littoralis#, respectively. These results demonstrate that, contrary to the results previous molecular studies of isolated strains, there is genetic diversity among #Frankia# strains that infect members of the family Casuarinaceae. The apparent high homogeneity of #Frankia# strains in these previous studies probably relates to the single host species from which the strains were obtained and the origin of these strains from areas outside the natural geographic range of members of the family Casuarinaceae, where genetic diversity could be lower than in Australia. (Résumé d'auteur

L'insémination artificielle des volailles. Note bibliographique

L'insémination artificielle des volailles est une technique qui présente des avantages mais aussi des contraintes et qui est employée largement surtout pour les pintades, les dindes et les canards en particulier dans le croisement inter générique produisant le mulard. L'appareil reproducteur des volailles présente des différences notables par rapport à celui des mammifères. Il est adapté à la production d'oeufs. Le sperme des mâles a un faible volume et une forte concentration. La durée d'incubation des oeufs varie avec les espèces. La reproduction des volailles est fortement liée à la photopériode. La survie prolongée des spermatozoïdes dans les voies génitales femelles après une seule insémination détermine une période fertile dont la durée moyenne est caractéristique de chaque espèce. La récolte du sperme se fait selon les espèces par massage ou en utilisant un boute-en-train. Le sperme est examiné (volume et concentration surtout) et peut être dilué. Il peut être mis en place très rapidement avec de la semence fraîche, par exemple dans la demi-heure (température ordinaire) ou dans les 24 heures (réfrigération) chez la poule, ou plus rarement conservé très longtemps avec de la semence congelée. La fréquence des inséminations pour un taux de fécondation optimum dépend de la durée de la période fertile. Les résultats varient fortement avec l'espèce animale et la technique utilisée. (Résumé d'auteur

Crossbreeding effect on sexual dimorphism of body weight in intergeneric hybrids obtained between Muscovy and Pekin duck

From a factorial crossbreeding experiment between two Muscovy and Pekin duck strains it appears that the increased body weight sexual dimorphism in favour of males in the Muscovy growing duck depends on the Muscovy mother in pure breds and in the reciprocal cross. The ratio of male to female body weight averages took the values of 1.19, 1.47, 1.75, 1.77, 1.84 and 1.64, respectively, at 4, 10, 16, 20, 30 and 40 weeks of age in the Muscovy progeny. This tendency was similar in the Pekin x Muscovy progeny. On the contrary this ratio took the values of 1.07 and 1.11 at 10 and 16 weeks of age in the Pekin progeny, being similar in the Muscovy x Pekin progeny (1.06 1.07 and 1.08, respectively, at 16, 20 and 30 weeks of age). These results are evidence of a contribution of the Muscovy female duck to increase the body weight sexual dimorphism in duck by depressing the body weight growth in female progeny and not in the male progeny either in pure or crossbreeding. If the maternal effects are assumed to be similar in male and female progeny, the ranking of the four genotypes in the female progeny could be explained by adding to the effect of sex-linked genes (Z chromosome) the effect of genes on the W chromosome. Within a Mendelian inheritance pattern it may be suggested that, besides the usual sex-linked gene effects, coding genes of the non-pseudo-autosomal region (NPAR) of the Muscovy W chromosome depress growth when compared to the Pekin W chromosome.Dans une expérience de croisement factoriel entre deux souches de canards de Barbarie et Pékin, il apparaît que le dimorphisme sexuel en faveur des mâles sur les caractères de croissance semble dépendre de la mère Barbarie en pur et dans le croisement réciproque : le rapport entre les moyennes des poids corporels prennent les valeurs de 1,19 ; 1,47 ; 1,75 ; 1,77 ; 1,84 ; 1,64 respectivement aux âges de 4, 10, 16, 20, 30 et 40 semaines dans la descendance Barbarie. Les résultats sont comparables dans la descendance du croisement entre mâle Pékin et femelle Barbarie. Au contraire ce rapport, lorsque la différence entre poids des mâles et des femelles est significative, prend les valeurs de 1,07 et 1,11 aux âges de 10 et 16 semaines dans la descendance des Pékin. Cela est comparable dans la descendance du croisement entre le mâle Barbarie et la cane Pékin, avec des valeurs du rapport de 1,06 ; 1,07 et de 1,08 respectivement aux âges de 16, 20 et 30 semaines. Ces résultats mettent en évidence une contribution de la cane Barbarie, en pur et en croisement, à l’accroissement du dimorphisme sexuel en poids par un effet dépressif sur la croissance corporelle sur sa descendance femelle et non sur sa descendance mâle. Si les effets génétiques maternels sont supposés être comparables dans les descendances mâle et femelle, le classement des quatre génotypes dans le sexe femelle peut s’interpréter en additionnant aux effets de gènes liés au sexe (chromosome Z) un effet de gènes qui seraient situés sur le chromosome W. Dans le cadre de l’hérédité Mendélienne, on peut faire l’hypothèse, outre les effets habituels chez les oiseaux de gènes liés au sexe, d’un effet dépressif sur la croissance de gènes de la région non pseudo-autosomale du chromosome W du Barbarie, comparativement au W du Pékin, si celle-ci contient des gènes codants

Duration mismatch compensation using four-covariance model and deep neural network for speaker verification

International audienceDuration mismatch between enrollment and test utterances still remains a major concern for reliability of real-life speaker recognition applications. Two approaches are proposed here to deal with this case when using the i-vector representation. The first one is an adaptation of Gaussian Probabilistic Linear Discriminant Analysis (PLDA) modeling, which can be extended to the case of any shift between i-vectors drawn from two distinct distributions. The second one attempts to map i-vectors of truncated segments of an utterance to the i-vector of the full segment, by the use of deep neural networks (DNN). Our results show that both new approaches outperform the standard PLDA by about 10 % relative, noting that these back-end methods could complement those quantifying the i-vector uncertainty during its extraction process, in the case of duration gap

I4U Submission to NIST SRE 2018: Leveraging from a Decade of Shared Experiences

The I4U consortium was established to facilitate a joint entry to NIST speaker recognition evaluations (SRE). The latest edition of such joint submission was in SRE 2018, in which the I4U submission was among the best-performing systems. SRE'18 also marks the 10-year anniversary of I4U consortium into NIST SRE series of evaluation. The primary objective of the current paper is to summarize the results and lessons learned based on the twelve sub-systems and their fusion submitted to SRE'18. It is also our intention to present a shared view on the advancements, progresses, and major paradigm shifts that we have witnessed as an SRE participant in the past decade from SRE'08 to SRE'18. In this regard, we have seen, among others, a paradigm shift from supervector representation to deep speaker embedding, and a switch of research challenge from channel compensation to domain adaptation.Comment: 5 page

Genetic parameters of some growth and egg production traits in laying Brown Tsaiya (Anas platyrynchos)

Five hundred and thirty seven female ducks from the native Brown Tsaiya in Taiwan, derived from 156 dams, 40 sires, 4 locations (sire origin), from five hatches were used in study. Fifteen traits were recorded. Average values of traits measured were the following: adult (30 weeks of age) body weight, 1397 ± 120 g; age at first egg, 121 ± 11 days; egg numbers up to 245, 280 and 360 days of age, 107 ± 13, 139 ± 15, 207 ± 26, respectively; egg shell strength, 3.8 ± 0.5 kg/cm2; egg shell thickness, 0.37 ± 0.02 mm; egg weight at 30 and 40 weeks of age, 64.2 ± 4.3 g and 67.8 ± 4.3 g. Genetic parameters were calculated: heritability estimate from the sire variance component (formula, see attached document), dam variance component (formula, see attached document). Body weights at 8, 16, 20, 30, 40 weeks of age showed high additive genetic variation (formula, see attached document). For egg weight at 30 and 40 weeks of age, (formula, see attached document). For traits related to egg number, (formula see attached document) values were low and increased with age, being 0.02, 0.12 and 0.14 respectively for 245, 280 and 360 days of age. But the respective heritabilities calculated from dam variance components were higher, being 0.32, 0.17 and 0.26. The non-additive genetic variation of these traits and perhaps the existence of maternal genetic variance indicate the possibility of conducting within line selection and cross-breeding between lines of the same breed.Cinq cent trente-sept femelles de la race locale de cane Tsaiya Brune à Taiwan, issues de 156 mères, 40 pères, 4 régions de Taiwan (origine des pères), nées dans 5 lots d’éclosion, sont utilisées dans cette étude, 15 caractères sont étudiés. Les poids des adultes (âge : 30 semaines) sont de 1397 ± 120 g. Les valeurs moyennes des caractères mesurés sont les suivantes : âge au le 1er œuf, 126 ± 11 j. Pour les nombres d’oeufs pondus aux âges de 245, 280 et 360 jours, on a respectivement 107 ± 13, 139 ± 15, 207 ± 26. Pour l’épaisseur de la coquille 0,37 ± 0,02 mm et pour sa solidité, 3,8 ± 0,5 kg/cm2. Les poids de l’oeuf, respectivement aux âges de 30 et 40 semaines sont 64,2 ± 4,3 g et 67,8 ± 4,3 g. Les paramètres génétiques ont été calculés: estimation des héritabilités à partir des composantes père (formule, voir document attaché) et mère (formule, voir document attaché) de la variance. Les poids corporels aux âges de 8, 16, 20, 30 et 40 semaines présentent une variabilité génétique additive forte (formule, voir document attaché). Pour le poids de l’oeuf à 30 et 40 semaines d’âge, (formule, voir document attaché). Pour les caractères de production d’oeufs, les valeurs de (formule, voir document attaché) sont faibles et s’accroissent avec l’âge : (formule, voir document attaché). Par contre les héritabilités calculées à partir des composantes mères de la variance sont significatives : (formule, voir document attaché). L’existence d’une variabilité génétique non additive pour ces caractères conduira à envisager une sélection de souches et leur croisement

A Zero-shot and Few-shot Study of Instruction-Finetuned Large Language Models Applied to Clinical and Biomedical Tasks

We evaluate four state-of-the-art instruction-tuned large language models (LLMs) -- ChatGPT, Flan-T5 UL2, Tk-Instruct, and Alpaca -- on a set of 13 real-world clinical and biomedical natural language processing (NLP) tasks in English, such as named-entity recognition (NER), question-answering (QA), relation extraction (RE), etc. Our overall results demonstrate that the evaluated LLMs begin to approach performance of state-of-the-art models in zero- and few-shot scenarios for most tasks, and particularly well for the QA task, even though they have never seen examples from these tasks before. However, we observed that the classification and RE tasks perform below what can be achieved with a specifically trained model for the medical field, such as PubMedBERT. Finally, we noted that no LLM outperforms all the others on all the studied tasks, with some models being better suited for certain tasks than others.Comment: Under review proces

Génétique du lapin (Oryctolagus Cuniculus)

International audienc