El caso Lomborg

En apenas unos meses, The Skeptical Environmentalist, de Bjørn Lomborg, ha levantado tal volumen de críticas, alabanzas, réplicas y contrarréplicas que intentar su reseña en estos momentos supone toparse con un avispero en pleno mes de agosto. No cabe ya ceñirse al estricto comentario del libro en sí, sino que es inevitable abordar también su turbulenta estela. No hay más remedio que tratar «el caso Lomborg» en su conjunto. Un debate científico sobre la coyuntura actual de la humanidad («Evaluando el estado real del mundo» es el subtítulo del libro) debe partir de unos datos fiables y comúnmente aceptados, junto con un correcto tratamiento estadístico de los mismos, como algo previo a las inevitables divergencias en su interpretación y valoració

Inactivation of the sapA to sapF locus of Erwinia chrysanthemi reveals common features in plant and animal bacterial pathogens

We investigated the role in pathogenesis of bacterial resistance to plant antimicrobial peptides. The sapA to sapF (for sensitive to antimicrobial peptides) operon from the pathogenic bacterium Erwinia chrysanthemi has been characterized. It has five openreading frames that are closely related (71% overall amino acid identity) and are in the same order as those of the sapA to sapF operon from Salmonella typhimurium. An E. chrysanthemi sap mutant strain was constructed by marker exchange. This mutant was more sensitive than was the wild type to wheat -thionin and to snakin-1, which is the most abundant antimicrobial peptide from potato tubers. This mutant was also less virulent thanwas the wild-type strain in potato tubers: lesion area was 37% that of the control, and growth rate was two orders of magnitude lower. These results indicate that the interaction of antimicrobial peptides from the host with the sapA to sapF operon from the pathogen plays a similar role in animal and in plant bacterial pathogenesis

Análisis genómico y transcriptómico de los efectores del sistema de secreción tipo III en Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335

Presentación oralLa especie Pseudomonas savastanoi pertenece al complejo Pseudomonas syringae, el cual está constituido por un conjunto de bacterias fitopatógenas Gram (-) de alto interés agrícola y económico. Dentro de esta especie se han descrito hasta la fecha cuatro patovares capaces de infectar huéspedes leñosos: pv. savastanoi (aislados de olivo), pv. nerii (aislados de adelfa), pv. fraxini (aislados de fresno) y pv. retacarpa (aislados de retama). La cepa NCPPB 3335 del patovar savastanoi (Psv), establecida como modelo para el estudio de la interacción de Pseudomonas patógenas con plantas leñosas, es el agente causal de la tuberculosis del olivo, enfermedad caracterizada por la aparición de tumores en las partes aéreas de la planta. Uno de los factores de patogenicidad de Psv más relevante es el sistema de secreción tipo III (T3SS) y su repertorio de efectores (T3E). La disponibilidad de la secuencia de Psv NCPPB 3335 nos ha permitido la predicción bioinformática de los genes que codifican su T3SS y su repertorio de T3E en base a la homología con otros efectores previamente descritos. Esta cepa presenta un repertorio de efectores constituido por 28 T3E. Con el objetivo de analizar la expresión del repertorio de T3E en Psv, se ha llevado a cabo un análisis RNAseq comparativo entre la cepa silvestre Psv NCPPB 3335 y un mutante de la misma del gen hrpL, el cual codifica un activador transcripcional de los genes del T3SS y de la mayoría de sus T3E. Las secuencias procedentes de este RNAseq se están analizando actualmente y los resultados que se obtengan del mismo nos permitirá no sólo analizar la expresión de los T3E que hemos identificado en esta cepa, sino también caracterizar el regulón HrpL completo en la misma y quizás identificar nuevos posibles T3E. Los resultados obtenidos, se compararán con una predicción de promotores regulados por HrpL (hrp-box), que se llevará a cabo utilizando una herramienta bioinformática generada por nuestro equipo.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Natural variability in the Arabidopsis response to infection with Erwinia carotovora subsp. carotovora

The natural variation in the response of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. to Erwinia carotovora subsp. carotovora has been studied in seven ecotypes and two mutants. The susceptibility of all the plant types was investigated by (i) macroscopic symptoms, (ii) fluorescence microscopy using green fluorescent protein (GFP) and (iii) bacterial growth in planta. Although all the plants were susceptible to the bacterium, there was no correlation in the degree of infection as ascertained by the three methods. The induction, upon infection, of several genes known to be involved in defense was analyzed by RNA blot hybridization. The patterns of expression of these genes differed according to the genotype. These results suggest that both salicylic and jasmonic acid play a role in the response of Arabidopsis to this bacterium

Mutants of Ralstonia (Pseudomonas) solanacearum sensitive to antimicrobial peptides are altered in their lipopolysaccharide structure and are avirulent in tobacco

Ralstonia solanacearum K60 was mutagenized with the transposon Tn5, and two mutants, M2 and M88, were isolated. Both mutants were selected based on their increased sensitivity to thionins, and they had the Tn5 insertion in the same gene, 34 bp apart. Sequence analysis of the interrupted gene showed clear homology with the rfaF gene from Escherichia coli and Salmonella typhimurium (66% similarity), which encodes a heptosyltransferase involved in the synthesis of the lipopolysaccharide (LPS) core. Mutants M2 and M88 had an altered LPS electrophoretic pattern, consistent with synthesis of incomplete LPS cores. For these reasons, the R. solanacearum gene was designated rfaF. The mutants were also sensitive to purified lipid transfer proteins (LTPs) and to an LTP-enriched, cell wall extract from tobacco leaves. Mutants M2 and M88 died rapidly in planta and failed to produce necrosis when infiltrated in tobacco leaves or to cause wilting when injected in tobacco stems. Complemented strains M2* and M88* were respectively obtained from mutants M2 and M88 by transformation with a DNA fragment harboring gene rfaF. They had a different degree of wild-type reconstituted phenotype. Both strains retained the rough phenotype of the mutants, and their LPS electrophoretic patterns were intermediate between those of the wild type and those of the mutants

Signal peptide homology between the sweet protein thaumatin II and unrelated cereal α-amylase/trypsin inhibitors

A cDNA clone (pUP-23) corresponding to a member of a protein family that includes inhibitors of trypsin and of heterologous α-amylases has been selected from a library derived from developing barley endosperm and its sequence has been determined. A stretch of 95 nucleotides that included the signal peptide and the first 8 residues of the mature protein was found to be homologous to an exactly equivalent region of the nucleotide sequence encoding the sweet protein thaumatin II. Evolutionary implications of this finding are discussed

Nucleotide sequence and endosperm-specific expression of the structural gene for the thionin alpha-hordothionin in barley (Hordeum vulgare L.)

A barley genomic library, obtained by cloning in the vector λEMBL-4, was screened with a cDNA probe encoding the α-hordothionin toxin. A positive clone, designated λTH1, was selected for further characterization. The coding and flanking regions of the α-hordothionin gene (Hth-1) were sequenced. Hth-1 has two introns of 420 and 91 nucleotides (nt), respectively. The promoter region has the following main features: one TATA box; three CATC boxes; an enhancer-like sequence, starting at nt position −282 from the first ATG codon, which is homologous to sequences appearing at similar positions in other endosperm genes; two versions of an 18-nt sequence that is more highly repeated in structural domains of several prolamin genes; two extensive regions close to the first ATG codon that are homologous to a sequence located much further upstream in the B-hordein promoter. The transcription start point was determined at nt positions −46 to −47, both by the S1 nuclease-protection and by the primer-extension assays. A maximum of 2–4 copies of the Hth-1 gene per haploid genome was determined by Southern-blot hybridization. Expression of the Hth-1 gene was detected during the cell proliferation stage of endosperm development (maximum at 13–16 days after pollinization) and was not detected in either etiolated or green coleoptile

Identificación bioinformática y análisis funcional de factores de transcripción de Pseudomonas savastanoi potencialmente implicados en la infección de Mandevilla spp.

La bacteria fitopatógena Pseudomonas savastanoi, perteneciente al complejo Pseudomonas syringae, incluye 4 patovares aislados de diferentes plantas leñosas: pv. savastanoi (olivo), pv. nerii (adelfa), pv. fraxini (fresno) y pv. retacarpa (retama). Recientemente, se ha caracterizado en nuestro grupo un nuevo patovar causante de necrosis bacteriana en la planta ornamental dipladenia (Mandevilla spp.) (Caballo-Ponce, E, 2017, Tesis Doctoral). Estudios filogenéticos han demostrado la estrecha relación entre cepas del patovar nerii (Psn) y las aisladas de Mandevilla spp. (Psm), sin embargo, éstas difieren en el rango de huésped. En este trabajo hemos llevado a cabo un análisis bioinformático comparativo del repertorio de posibles factores de transcripción codificados en los genomas de la cepa Ph3 de Psm y de las cepas de Psn ICMP16943 (capaz de infectar dipladenia y adelfa) y ESC23 (infecta solamente adelfa). De la comparativa bioinformática de un total de 500 posibles factores de transcripción, se han seleccionado 9 de ellos: 3 factores exclusivos de Psm Ph3, 2 factores truncados en Psm Ph3 y 4 factores ausentes en las cepas capaces de infectar dipladenia (Psn ICMP16943 y Psm Ph3). La ausencia/presencia o el truncamiento de los genes codificadores de estos factores se ha comprobado en estas y otras cepas de P. savastanoi mediante técnicas de PCR y secuenciación. Actualmente estamos llevando a cabo la construcción de mutantes en los factores seleccionados para determinar su papel en la infección de dipladenia. Este trabajo pretende contribuir en el conocimiento de los determinantes genéticos implicados en la especificidad de huésped de los diversos patovares de la especie P. savastanoi.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Identificación bioinformática y análisis funcional de factores de transcripción de Pseudomonas savastanoi potencialmente implicados en la infección de Mandevilla spp.

La bacteria fitopatógena Pseudomonas savastanoi, perteneciente al complejo Pseudomonas syringae, incluye cuatro patovares aislados de diferentes plantas leñosas: pv. savastanoi (olivo), pv. nerii (adelfa), pv. fraxini (fresno) y pv. retacarpa (retama). Recientemente, se ha caracterizado en nuestro grupo un nuevo patovar (Psm) causante de necrosis bacteriana en la planta ornamental dipladenia (Mandevilla spp.) (Caballo-Ponce, E, 2017, Tesis Doctoral). Estudios filogenéticos han demostrado la estrecha relación existente entre cepas del patovar nerii (Psn) y las aisladas de Mandevilla spp., aun cuando éstas difieren en el rango de huésped. En este trabajo hemos llevado a cabo un análisis bioinformático comparativo del repertorio de posibles factores de transcripción (Fts) codificados en los genomas de la cepa Ph3 de Psm y de las cepas de Psn ICMP16943 y ESC23. La búsqueda se centró en aquellos Fts posiblemente implicados en la infección de dipladenia, seleccionando un total de nueve posibles Fts: tres factores exclusivos de Psm Ph3, dos factores truncados exclusivamente en Psm Ph3 y cuatro factores ausentes tanto en Psn ICMP16943 como Psm Ph3 (las dos cepas que infectan dipladenia). De entre los TFs identificados, hemos seleccionados tres que forman parte de un posible operón junto a otros genes implicados en quimiotaxis. Se han construido mutantes de este operón en cada uno de los tres genes codificadores de los Fts seleccionados y en dos genes codificadores de Methyl Chemotaxis proteins (MCP). Actualmente estamos analizando el papel de estos genes en la patogenicidad en plantas de dipladenia y su implicación en quimiotaxis. Este trabajo pretende contribuir en el conocimiento de los determinantes genéticos implicados en la especificidad de huésped de los diversos patovares de la especie P. savastanoi.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Leishmania donovani: thionins, plant antimicrobial peptides with leishmanicidal activity

The leishmanicidal activity of plant antibiotic peptides (PAPs) from the principal families, such wheat thionins, a barley lipid transfer protein and potato defensins and snakins were tested in vitro against Leishmania donovani. Only thionins and defensins were active against this human pathogen at a low micromolar range of concentrations. Thionins resulted as the most active peptides tested until now. They collapsed ionic and pH gradients across the parasite plasma membrane together with a rapid depletion of intracellular ATP without affecting mitochondrial potential. Hence the lethal effect of thionins was mostly associated to permeabilization of the plasma membrane leading to an immediate death of the parasite. The present work is the first evidence for leishmanicidal activity in plant peptides. Future prospects for their development as new antiparasite agents on human diseases are considere