Metagenomics-Based Phylogeny and Phylogenomic

Phylogenetic relationships among microbial taxa in natural environments provide key insights into the mechanisms that shape community structure and functions. In this chapter, we address the current methodologies to carry out community structure profiling, using single-copy markers and the small subunit of the rRNA gene to measure phylogenetic diversity from next-generation sequencing data. Furthermore, the huge amount of data from metagenomics studies across the world has allowed us to assemble thousands of draft genomes, making necessary the comparison of whole genomes composites through phylogenomic approximations. Several computational tools are available to carry out these analyses with considerable success; we present a compendium of those open source tools, easy to use and with modest hardware requirements, with the aim that they can be applied by biologists non-specialists to study microbial diversity in a phylogenetic context

Preferences in ‘Jalapeño’ pepper attributes: a choice study in Mexico

Background: According to Mexican growers of ‘Jalapeño’ peppers, its commercialization is the primary limitation. Thus, consumer knowledge is critical to develop added-value strategies. The objective of this study was to identify ‘Jalapeño’ quality attributes to determine consumer preferences and willingness to pay, based on socioeconomic characteristics. Methods: A nationwide face-to-face survey was carried out using the discrete choice experiment method. The survey included 1200 consumers stratified by gender, age and region. Results: Heterogeneity analysis using the probabilistic segmentation model revealed three types of consumers: A price-sensitive segment, non-demanding consumers without specific preferences and selective consumers with a preference shifted toward specific ‘Jalapeño’ characteristics. Thus, detail-oriented producers must compete through price strategies, based on the marketplace (markets on wheels, grocery stores, or supermarkets) and through some quality attributes preferred by selective consumers. Therefore, results suggest that farmers should grow the correct varieties with appropriate agronomic management to cope consumer preferences. Conclusions: This paper contributes to the growing body of the ‘Jalapeño’ literature by explicitly investigating consumer preferences and willingness to pay for them.Postprint (published version

Northernmost distribution of the andean bear (Tremarctos ornatus) in South America, and fragmentation of its associated andean forest and paramo ecosystems

Current northernmost distribution of the Andean bear (Tremarctos ornatus) is not defined precisely; mentioned to be located “at the Serranía del Perijá” without accurate/confirmed distribution records, and placed by the IUCN at the Serranía de Portuguesa (Venezuela). There is an information gap on the fragmentation of the Andean bear associated ecosystems (Andean forest and Paramo) throughout its distribution in Colombia and Venezuela. The aim of this study is to provide precise knowledge on the current northernmost distribution of the Andean bear in South America at the Serranía del Perijá, besides quantifying spatial trends of the fragmentation of its associated ecosystems at the eastern and western slopes. Confirmed distribution records were obtained from field surveys (2009 to 2016), literature, scientific collections and biodiversity databases. The fragmentation degree of Andean bear associated ecosystems was characterized using FRAGSTATS (V 4.2) software with satellite images from 2008. A current population block with at least three sectors of incidence is present along both slopes of the Serranía del Perijá. Although the Colombian slope comprises greater raw area of Andean bear associated ecosystems, it is highly fragmented and isolated. Core area analysis (extracting a disturbance buffer of 1,000 m into the border of each patch) exhibits a Venezuelan slope maintaining greater amount of Andean bear associated ecosystems at few, large and less fragmented patches. This study extends the distribution of the species 180 km until the north of the Serranía del Perijá (regarding the current distribution recognized by the IUCN) and provides the northernmost confirmed distribution records for South America: Barrancas (Colombia) and Mara (Venezuela) municipalities. This study provides the first fine-scale information on Andean bear associated ecosystems fragmentation for Colombia and Venezuela, with traceable landscape measurements permitting future long-term comparative analyses. A high fragmentation degree of the Andean bear associated ecosystems is present at the Colombian slope of the Serranía del Perijá due to extensive legal and illegal agricultural activities and wood extraction. The lack of information about the Andean bear distribution and its associated ecosystems fragmentation could be putting the survival of local populations at risk, while a clear knowledge on these issues could generate planned conservation actions by the governmental environmental authorities.La distribución más septentrional actual del oso andino (Tremarctos ornatus) no está definida con precisión; generalmente se le localiza “en la Serranía del Perijá” sin registros precisos/confirmados, y la UICN la ubica en la Serranía de Portuguesa (Venezuela). Existe un vacío de información de la fragmentación de los ecosistemas asociados al oso andino (bosque Andino y Páramo) en Colombia y Venezuela. El objetivo de este estudio es brindar conocimiento preciso sobre la distribución más septentrional del oso andino en Suramérica en la Serranía del Perijá, además de cuantificar las tendencias espaciales de la fragmentación de sus ecosistemas asociados en las vertientes occidental y oriental. Los registros de distribución confirmados se obtuvieron de exploraciones de campo (2009 to 2016), literatura, colecciones científicas y bases de datos de biodiversidad. El grado de fragmentación de los ecosistemas asociados al oso andino se caracterizó utilizando el software FRAGSTATS (V 4.2) con imágenes satelitales del 2008. Un bloque poblacional actual con al menos tres sectores de incidencia está presente en ambas laderas de la Serranía del Perijá. Si bien la vertiente colombiana presenta una mayor área en bruto de los ecosistemas asociados del oso andino, está altamente fragmentada y aislada. Análisis de área de nucleo (extrayendo un área de influencia de perturbación de 1,000 m desde el borde de cada parche) exhiben que la vertiente venezolana contiene una mayor cantidad de ecosistemas asociados al oso en pocos parches, grandes, y menos fragmentados. Este estudio extiende la distribución de la especie 180 km hasta el norte de la Serranía del Perijá (en relación con la distribución actual reconocida por la UICN) y proporciona los registros de distribución mas septentrionales confirmado para Sudamérica: municipio de Barrancas (Colombia) y Mara (Venezuela). Este estudio proporciona la primera información a escala fina sobre la fragmentación de los ecosistemas asocia- dos al oso andino para Colombia y Venezuela, con mediciones espaciales del paisaje monitoreables, permitiendo análisis comparativos a largo plazo. Un alto grado de fragmentación de los ecosistemas asociados al oso andino está presente en la vertiente colombiana de la Serranía del Perijá debido a actividades agrícolas legales e ilegales y extracción de madera. La falta de información sobre la distribución del oso andino y la fragmentación de sus ecosistemas asociados podría poner en riesgo la supervivencia de las poblaciones locales, mientras que un conocimiento claro sobre estos temas podría generar acciones de conservación planificadas por parte de las autoridades ambientales gubernamentalesFil: Rodríguez, Daniel. Fundación Wii; ColombiaFil: Shisley, Adriana Reyes. Fundación Wii; ColombiaFil: Reyes Amaya, Nicolás Rafael. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; ArgentinaFil: Gallegos Sánchez, Silvana. Universidad Central de Ecuador; EcuadorFil: Gutierrez, Jorge. Fundación Wii; ColombiaFil: Suárez, Raúl. Corporación Autónoma Regional del Cesar; ColombiaFil: Prieto, Fernando. Corporación Autónoma Regional de la Guajira; Colombi

Salvatio

Este proyecto abarca toda la preproducción, haciendo especial hincapié en el diseño artístico del cortometraje. Es por eso que, para un formato puramente visual e interactivo, se llevarán a cabo de forma digital muchos de los escenarios, personajes y objetos que sean de vital importancia dentro de la historia. Todo esto teniendo en cuenta el proceso creativo que llevaría producción real, desde los primeros bocetos hasta los diseños finales. El objetivo final de este Trabajo de Fin de Grado es presentar un libro, tanto en digital como en papel, que nos permita reflejar todo el universo detrás del cortometraje y, sobre todo, la totalidad de procesos creativos y artísticos que se llevan a cabo en una producción cinematográfica. Aparte, desarrollaremos y llevaremos a cabo la idea de un teaser con la canción original, mezclando planos reales con planos totalmente digitalizados. Esta producción será el clímax de nuestro proyecto, donde se recogerá toda la emoción y creatividad puesta en él.Universidad de Sevilla. Grado en Comunicación Audiovisua

Bronchobiliary fistula: a rare complication after biliodigestive surgery for bile duct injury

A bronchobiliary fistula (BBF) is an abnormal communication between the biliary and bronchial systems. It is a rare condition with an unclear etiology. The principal causes are hepatic hydatid cysts, obstructive and iatrogenic processes. Presenting symptoms are variable and range from productive cough to recurrent pneumonia. The finding of bilioptisis is patognomonic. This case report presented a 22-year-old female patient who underwent a Roux-en-Y hepaticojejunostomy (RYHJ) for a bile duct injury and who later on, developed a bronchobiliary fistula

Elaboración de un plan de gestión del riesgo para el manejo del vertimiento; caso: trapiche la Esperanza ubicado en el municipio de la paz Santander

En el presente documento se describen las acciones guiadas a prevenir, mitigar y controlar los riesgos que puedan originarse al recurso por las actividades propias del Molino La Esperanza. Para ello se cuenta con información como: planos de ubicación geográfica del punto del vertimiento, el EOT del municipio de La Paz (Santander), el diseño del proceso de aguas residuales y la información de campo recolectada durante la elaboración del presente trabajo. Según el ministerio de ambiente refiere que: Si en las labores de mantenimiento “preventivo, correctivo o emergencia” el sistema de tratamiento presentara una falla, de inmediato el responsable debe detener las actividades que esté ocasionando el vertimiento, descartando aquellas directamente asociadas con la generación de aguas residuales (Ministerio de Ambiente, 2012, p.1). “Si su reparación y reinicio requiere de más de tres (3) horas diarias se le debe informar a la autoridad ambiental competente y/o de la puesta en marcha del Plan de Gestión de Riesgo” (Ministerio de Ambiente, 2012, p.1)Universidad Libre Seccional Socorro - Facultad de Ingenierías y Ciencias AgropecuariasUniversidad Libre Seccional Socorro - Facultad de Ingenierías y Ciencias Agropecuarias“This document describes the guided actions to prevent, mitigate and control the risks that may arise from the resource due to the activities of the La Esperanza Mill. To do this, it has information such as: maps of the geographical location of the point of vertimiento, the EOT of the municipality of La Paz (Santander), the designs of the Wastewater Treatment System and the field information collected during the elaboration of this work”. In case of faults in the treatment systems: If there is a failure in the treatment system that is present in the preventive or corrective maintenance work or emergencies and accidents that limit or impede compliance with the dumping rule, immediately the person responsible for the activity that generates the dumping to a body of water or soil, must suspend the activities that generate the discharge, except those directly associated with the generation of domestic wastewater. Additionally, if its repair and restart requires more than three (3) hours a day, the competent environmental authority must be informed about the suspension of activities and / or the implementation of the Risk Management Plan.