Amplificação cruzada e padronização de marcadores microssatélites em Colossoma macropomum (tambaqui)

A espécie Colossoma macropomum (tambaqui), muito cultivada em piscicultura por todo o Brasil, já apresenta perda de variabilidade genética em alguns estoques. O objetivo deste trabalho foitestar para esta espécie a amplificação cruzada de 52 locos microsatélites desenvolvidos originalmente para outras espécies da ictiofauna. Para tanto, foram coletados indivíduos de tambaqui de pisciculturada região de Goiânia, Brasil, e a extração do DNA para amplificação foi feita a partir de tecido muscular. Os testes de amplificação cruzada foram realizados alterando as temperaturas de cada loco, buscando a padronização da amplificação. Dos 52 locos testados, 16 apresentaram resultados satisfatórios de amplificação cruzada, o que permitiu a definição dos genótipos. Esses resultados indicam que existeum grande potencial de transferibilidade de marcadores microssatélites entre espécies diferentes da ictiofauna. Esses marcadores podem ser usados em estudos genético-populacionais desta espécie nosprogramas de conservação, manejo e melhoramento deste recurso pesqueiro

Variabilidade genética em bandos de queixada (Tayassu pecari) do Parque Nacional das Emas utilizando marcadores RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Nowadays, the analysis of genetic variability has a highlighted roll in the definition of conservation strategies and natural populations management. In this context, the goal of this study was to evaluate the pattern of genetic variability on Tayassu pecari groups from Emas National Park, using RAPD markers. DNA from 182 individuals, distributed among eight groups, were extracted and used to amplify 10 primers previously selected through PCR. The obtained data were used to estimate the magnitude and distribution of variability within and among the groups using AMOVA. In order to analyze, in an explicit way, the patterns of spatial variation patterns, Pearson correlation coefficient (r) was estimated between the matrix of genetic distances and geographic among the groups, considering their central area of life, estimated from telemetry data. From the ten primers, 129 loci were obtained, which 88% (114) were polymorphic, ranging between 37% and 78% in the groups. The value of ?sT obtained from AMOVA was equal to 0.11 (P < 0.0001 - 10000 permutations); a high value considering the only local population distributed in regional scale. Distances among pares of groups (?sT) ranged between 4% and 29%, illustrating the heterogeneity of variability on spatial scale. Key words: Tayassu pecari, RAPD, genetic variability.O estudo das espécies presentes nos fragmentos remanescentes e/ou preservadas nos parques e reservas ainda existentes ajuda a definir estratégias de manejo, de conservação e de uso sustentado dos recursos naturais dos diferentes biomas. A análise da variabilidade genética possui hoje um papel de destaque na definição dessas estratégias. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi avaliar os padrões de variabilidade genética em bandos de queixada (Tayassu pecari) do Parque Nacional das Emas (PNE), utilizando marcadores do tipo RAPD. O DNA de 182 indivíduos, distribuídos em oito bandos, foi extraído e utilizado para a amplificação via PCR (reação em cadeia da polimerase) de dez primers previamente selecionados. Os dados foram utilizados para estimar a magnitude e a distribuição da variabilidade entre bandos e dentro dos bandos por meio da Análise de Variância Molecular (AMOVA). Com base nos dez primers, foram obtidos 129 locos, dos quais 88% (114) foram polimórficos, variando entre 37% e 78% nos bandos. O valor das distâncias dos pares de bandos ?sT obtido pela AMOVA foi igual a 0,11 (P < 0,0001 - 10.000 permutações), que pode ser considerado elevado, já que se trata, de uma única grande população local distribuída em uma escala regional (PNE). As distâncias entre os pares de bandos (?sT) variaram entre 4% e 29%, ilustrando a heterogeneidade da variabilidade nessa escala espacial. Com base no cálculo indireto do fluxo gênico, podese perceber que o número médio de indivíduos migrantes, por geração, entre os bandos de queixada, foi igual a dois, valor suficiente para suprimir a maior parte dos efeitos da deriva genética sob a diferenciação entre os bandos. Palavras-chave: Tayassu pecari, RAPD, variabilidade genética

Genetic variability and inbreeding on a quail (Coturnix japonica) commercial flock

Submitted by Cássia Santos ([email protected]) on 2017-01-03T13:41:19Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lucileide Vilela Resende - 2013.pdf: 3679172 bytes, checksum: 19c64d2dca0756ea4259ae775b9de738 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)Approved for entry into archive by Luciana Ferreira ([email protected]) on 2017-01-04T09:56:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lucileide Vilela Resende - 2013.pdf: 3679172 bytes, checksum: 19c64d2dca0756ea4259ae775b9de738 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)Made available in DSpace on 2017-01-04T09:56:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Lucileide Vilela Resende - 2013.pdf: 3679172 bytes, checksum: 19c64d2dca0756ea4259ae775b9de738 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-03-15Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEGThis study aimed to estimate the genetic diversity and inbreeding, perform genetic relationships analysis, and estimate heritability for morphometric variables in quails using microsatellite markers. We used the following morphometric measurements: weight (PO), length (CO), and width (LO) of eggs, weight (P), body length (CC), length (CB), height (AB), and width (LB) of beak, wing length (CA), tarsus length (CT), and toe length (CD). We verified the genetic association for the morphometric variables in the progenies. Also, we checked whether features P, CC, CB, AB, LB, CA, CT, and CD were related to the amount of offspring (QF) from adults in quail families from a commercial flock. We used seven cages containing six females and two males each, which resulted in a progeny of 672 individuals. The genotypes of the individuals were obtained in an automated DNA sequencer. Genotypes were used for genetic diversity, inbreeding, and genetic link analyzes of two generations, and to perform analyzes of variance components, descriptive statistics, Pearson correlations, heritability, t-test, and Utest of Mann-Whitney. In the parental generation we found high probability of combined paternity exclusion (PE = 0.999956), low probability of combined identity (PI = 1.47 x 10-13), and that null alleles frequency was near zero. The values of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity, and polymorphism information content (PIC) were equal to 0.768, 0.766 and 0.734, respectively, indicating a high genetic diversity. When we assessed only the progenies, the genetic diversity was maintained (He = 0.760, Ho = 0.757 and PIC = 0.725). The inbreeding coefficient (f) was low and not significant. The genetic link analysis was efficient to assign paternity and maternity for 97% of the progeny. The weight of the offspring at birth and the variables analyzed in eggs are highly correlated. There is also a significant correlation between most measures analyzed. Estimates of heritability values were considered moderate to high. The average number of offspring was 15.93 per female, and 44.6 for males. Females were, on average, heavier than males. The QF was only correlated with the CC in females. We found significant difference between the weight of heavier males when compared to lighter males, but the comparison between QF and weight category was not significant. These results indicated that the 12 microsatellite markers used in the study were robust for the genetic relationships and genetic variability analysis in this species. We also found that the egg’s variables and progeny’s weight were highly correlated, and heritability estimates ranged from moderate to high in the variables analyzed. Females were heavier than males, QF was correlated only with CC in females, and there was no significant difference between heavier males and lighter males. All these information may be useful in future breeding programs for Coturnix japonica.O objetivo deste estudo foi utilizar marcadores microssatélites para estimar diversidade genética e endogamia, realizar análises de vínculo genético, estimar a herdabilidade para as variáveis morfométricas: peso (PO), comprimento (CO) e largura do ovo (LO), peso (P), comprimento do corpo (CC), comprimento do bico (CB), altura do bico (AB), largura do bico (LB), comprimento da asa (CA), comprimento do tarso (CT) e comprimento do dedo (CD) e verificar a associação genética para estas variáveis nas progênies e verificar quais características: P, CC, CB, AB, LB, CA, CT e CD estão relacionadas com quantidade de filhos (QF) nos adultos em famílias oriundas de um plantel comercial de codornas. Para o desenvolvimento do trabalho foi instalado um experimento com sete gaiolas contendo seis fêmeas e dois machos, resultando em uma progênie de 672 indivíduos. O genótipo dos indivíduos foi obtido em sequenciador automático de DNA. Os genótipos foram utilizados para realização das análises de diversidade genética, endogamia e vínculo genético nas duas gerações e para realizar análises de componentes de variância, estatísticas descritivas, correlações de Pearson, herdabilidade, teste t e teste U de Mann-Whitney. Considerando a geração parental foi encontrada alta probabilidade de exclusão de paternidade combinada (PE = 0,999956), baixa probabilidade de identidade combinada (PI = 1,47x10-13) e frequência de alelos nulos próximas a zero. Os valores de heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) e conteúdo de informação polimórfica (PIC) foram iguais a 0,768, 0,766 e 0,734 respectivamente, indicando uma elevada diversidade genética. A diversidade genética foi mantida quando se avaliou apenas as progênies (He = 0,760, Ho = 0,757 e PIC = 0,725). O coeficiente de endogamia (f) foi baixo e não significativo. A análise de vínculo genético foi eficiente para atribuir a paternidade e maternidade para 97% das progênies. O peso das progênies ao nascimento e as variáveis analisadas nos ovos estão altamente correlacionadas e também existe correlação significativa entre a maioria das medidas. As estimativas de herdabilidade encontradas são consideradas de moderada a alta. A média de filhotes por fêmea foi 15,93 e de machos 44,6, com fêmeas, em média, mais pesadas que os machos. A QF só foi correlacionada com o CC das fêmeas. Houve diferença significativa entre o peso dos machos mais pesados em relação aos mais leves, mas a comparação da QF por categoria de peso não foi significativa. Esses resultados permitem concluir que este painel de 12 marcadores microssatélites é robusto para a realização de análises de vínculo genético e para estudos de variabilidade genética nesta espécie, com as variáveis analisadas nos ovos e peso das progênies altamente correlacionadas, estimativas de herdabilidades moderadas a altas para as variáveis analisadas. As fêmeas são mais pesadas que os machos, QF só está correlacionada com o CC das fêmeas, não apresentando diferença significativa entre o peso dos machos mais pesados em relação aos mais leves. Essas informações podem ser úteis em futuros programas de melhoramento genético para Coturnix japonica

Distribuição espacial da variabilidade genética intrapopulacional de Dipteryx alata

O objetivo deste trabalho foi avaliar o padrão espacial da variabilidade genética entre plantas, dentro de três populações naturais de barueiro (Dipteryx alata Vogel), pela genotipagem por RAPD e técnicas de autocorrelação espacial. Os cinco iniciadores RAPD permitiram a codificação de 45 locos, utilizados nas análises de diversidade, estrutura e distribuição espacial da variabilidade genética entre populações. As populações apresentaram diversidade genética (Hs) com valor médio 0,314. Verificou-se que 12% da variação total se encontra entre as populações, o que indica que estas mantêm um considerável nível de variabilidade genética. Foi observada tendência de autocorrelação espacial positiva nas primeiras classes de distâncias, nas três populações, o que indica a formação de grupos de vizinhança com estruturação familiar, dentro das populações de barueiro. Entretanto, o tamanho desses grupos de vizinhança varia entre as populações; isso mostra que outros processos ecológicos influenciaram a distribuição espacial da variabilidade genética. As populações naturais de barueiro apresentam consideráveis níveis de diversidade genética, com base nos 45 locos RAPD avaliados

Spatial distribution of intrapopulational genetic variability in Dipteryx alata

Submitted by Franciele Moreira ([email protected]) on 2017-06-05T14:52:48Z No. of bitstreams: 2 Artigo - Thanny Nascimento Soares - 2008.pdf: 414416 bytes, checksum: fa60ec22f5dd4014b36e6a23c2085751 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)Approved for entry into archive by Luciana Ferreira ([email protected]) on 2017-06-06T12:46:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Artigo - Thanny Nascimento Soares - 2008.pdf: 414416 bytes, checksum: fa60ec22f5dd4014b36e6a23c2085751 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)Approved for entry into archive by Luciana Ferreira ([email protected]) on 2017-06-06T12:47:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Artigo - Thanny Nascimento Soares - 2008.pdf: 414416 bytes, checksum: fa60ec22f5dd4014b36e6a23c2085751 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)Made available in DSpace on 2017-06-06T12:49:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Artigo - Thanny Nascimento Soares - 2008.pdf: 414416 bytes, checksum: fa60ec22f5dd4014b36e6a23c2085751 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2008-09O objetivo deste trabalho foi avaliar o padrão espacial da variabilidade genética entre plantas, dentro de três populações naturais de barueiro (Dipteryx alata Vogel), pela genotipagem por RAPD e técnicas de autocorrelação espacial. Os cinco iniciadores RAPD permitiram a codificação de 45 locos, utilizados nas análises de diversidade, estrutura e distribuição espacial da variabilidade genética entre populações. As populações apresentaram diversidade genética (Hs) com valor médio 0,314. Verificou-se que 12% da variação total se encontra entre as populações, o que indica que estas mantêm um considerável nível de variabilidade genética. Foi observada tendência de autocorrelação espacial positiva nas primeiras classes de distâncias, nas três populações, o que indica a formação de grupos de vizinhança com estruturação familiar, dentro das populações de barueiro. Entretanto, o tamanho desses grupos de vizinhança varia entre as populações; isso mostra que outros processos ecológicos influenciaram a distribuição espacial da variabilidade genética. As populações naturais de barueiro apresentam consideráveis níveis de diversidade genética, com base nos 45 locos RAPD avaliados.The aim of this paper was to evaluate the spatial pattern of the genetic variability among plants, within local populations of “barueiro” (Dipteryx alata Vogel), using RAPD markers and spatial autocorrelation analyses. The five RAPD primers used allowed the coding of 45 loci used for standard analyses of diversity, structure and spatial distribution of genetic variability within each local population. These populations showed considerable amount of genetic diversity, with an average Hs of 0.314. From the total genetic variation 12% occur among the three local populations studied, indicating that each of these contains a significant amount of variation. Within each population, this variability is structured with significant and positive spatial autocorrelation in the first three distance classes, suggesting the existence of neighbor groups of genetically similar individuals. The size of these neighbor groups, however, varies among local populations; this shows that other ecological components affected the spatial structure of genetic diversity. Natural populations of “barueiro” present considerable levels of genetic diversity, based on 45 RAPD loci analysed

AVALIAÇÃO DO PADRÃO DE AMPLIFICAÇÃO DE MARCADORES RAPD EM BANDOS DE QUEIXADA (Tayassu pecari) DO PARQUE NACIONAL DAS EMAS

A análise da variabilidade genética das espécies nativas passou a ter hoje um papel de destaque na definição das estratégias de conservação e manejo de populações naturais, dentro de um contexto de pecuária alternativa. O objetivo deste trabalho foi avaliar o padrão de amplificação de diversos primers de marcador tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) a fim de fazer uma seleção com base na resolução das bandas no gel e no nível de polimorfismo encontrado para cada primer, para bandos de queixada (Tayassu pecari) na região do Parque Nacional das Emas, GO. Foram amplificados 40 primers utilizando-se reações de PCR a partir do DNA de 18 indivíduos. Os fragmentos amplificados foram analisados por eletroforese em gel de agarose. Trinta primers foram amplificados com sucesso, fornecendo um total de 203 locos, com uma média de 7 locos por primer. Considerando os dois bandos analisados, cerca de 72% dos locos são polimórficos. A análise de variância molecular (AMOVA) realizada para todos os locos mostrou que existe uma tendência de estruturação da variabilidade genética nos bandos, com um fST igual a 0,081 (P=0,07). Uma análise de coordenadas principais confirma esses resultados, sugerindo que a espécie tende a formar bandos que podem ser unidades reprodutivas.
 PALAVRAS-CHAVE: Divergência genética, queixadas, RAPD, Tayassu pecari