Identificación de variantes alélicas de genes candidatos involucrados en producción de leche en un rodeo de bovinos de raza Holando y cruzas Holando por Jersey

Tesis para obtener el grado de Doctor en Ciencias Veterinarias, área Genética, de la Universidad de Buenos Aires, en 2015Las razas bovinas Holando y Jersey son dos de las razas productoras de leche más importantes a nivel mundial y las principales en nuestro país. El objetivo del trabajo de tesis fue realizar un análisis exploratorio que permitiera identificar variantes alélicas asociadas a la producción de leche en un rodeo comercial con vacas Holando y cruzas Holando x Jersey. El material utilizado consistió en una base de datos de controles lecheros y registros de pedigrí de 1.859 bovinos pertenecientes a 25 familias de medias hermanas paternas de 16 tambos de la cuenca lechera central de la Argentina. A través de un abordaje con genes candidatos, todos los animales se genotipificaron para 56 SNPs de genes seleccionados por estar relacionados con características productivas y calidad de leche en bovinos mediante el sistema SNPlex®. Por otra parte, en 821 animales, se determinaron los genotipos de 12.460 SNPs incluidos en un microarreglo de mediana densidad y localizados en las regiones cromosómicas que contenían los genes candidatos seleccionados previamente. Con la información genotípica y los valores de cría (EBV) para producción de leche acumulada a 305 días durante la primera lactancia, estimados a través de un modelo lineal mixto, se realizó un análisis de asociación mediante la estrategia FASTA-GC del paquete GenABEL de R. Luego de realizar los respectivos controles de calidad de los genotipos, 10.227 SNPs se utilizaron en el análisis de asociación. Este análisis permitió la detección de 12 SNPs asociados al EBV para producción de leche en los BTAs 1, 20, 23 y 24. Por su cercanía a estos SNPs y por estar relacionados con la producción o composición de la leche, se secuenciaron regiones específicas de los genes PRMT2, BTN1A1 y S100B en 34 vacas con EBVs extremos. Con las secuencias obtenidas se exploró la presencia de polimorfismos que pudieran contribuir a las diferencias observadas en los valores de EBV para producción de leche de la población bajo estudio. Para las regiones PRMT2, BTN1A1_A y BTN1A1_B se obtuvo el 7%, el 22% y el 24% de los SNPs reportados, respectivamente, mientras que en S100B no se halló ningún SNP. Nueve de los SNPs del gen BTN1A1 generan mutaciones con cambio de sentido. Algunos de los SNPs hallados muestran diferencias apreciables de frecuencias alélicas en animales con diferentes fenotipos (bajo y alto EBV para producción de leche). Este análisis ha revelado tendencias que sería interesante estudiar en una población más numerosa, especialmente para el caso de SNPs en exones que dan lugar a un cambio en la estructura proteica que pueda afectar directamente la producción y las características composicionales de la leche. Los resultados obtenidos son de interés para la caracterización genotípica de los bovinos de Argentina de raza Holando y cruzas Holando x Jersey por cuanto la población analizada es representativa de la genética utilizada actualmente en la actividad tambera y podría constituir parte de una población de referencia para la utilización de la metodología de Selección Genómica en mejoramiento de bovinos para leche del país.Holstein and Jersey cattle breeds are two of the most important dairy breeds and the majors in our country. The aim of this study was to conduct an exploratory analysis that could identify allelic variants associated with milk production on a commercial herd with Holstein and Holstein x Jersey crossbred cows. The material used consisted in a database containing information about dairy production and pedigree records of 1,859 animals belonging to 25 half-sib families from 16 dairy farms located in the central dairy area of Argentina. Through a candidate gene approach, 1,859 animals were genotyped for 56 SNPs in selected genes, using the SNPlex® system. Those genes were selected for being related to productivity and milk quality in cattle. Moreover, in 821 animals, 12,460 SNPs genotypes included in a medium-density microarray and located in chromosomal regions containing the candidate genes selected previously, were determined. With the genotypic data and estimated breeding values (EBV) for first-lactation 305-days milk yield, estimated through a linear mixed model, an association analysis was performed using the FASTA-GC strategy of GenABEL package in R. After performing the respective genotypes quality controls, 10,227 SNPs were used in the association analysis. This analysis allowed the detection of 12 SNPs associated with EBVs for milk yield in BTAs 1, 20, 23 and 24. Due to its proximity to these SNPs and for being related to milk production or composition, specific regions of PRMT2, BTN1A1 and S100B genes were sequenced in 34 cows with extreme EBVs. The obtained sequences were used to explore the presence of polymorphisms that could contribute to the observed differences in the studied population EBVs for milk yield. For PRMT2, BTN1A1_A and BTN1A1_B regions, the 7%, 22% and 24% of the SNPs previously reported were obtained, respectively, while in S100B none SNP was found. Nine of BTN1A1 gene SNPs generate missense mutations. Some of the SNPs found showed significant differences in allele frequencies in animals with opposite phenotypes (lower and higher EBV values for milk yield). This analysis has revealed trends that would be interesting to study in a larger population, especially in the case of SNPs in coding regions that result in a change in the protein structure that may affect milk yield and compositional characteristics. The results obtained are of interest for the genotypic characterization of Argentinean Holstein and Holstein x Jersey cattle, because the studied population is representative of the genetic currently used in the dairy industry and could form part of a reference population to use the Genomic Selection methodology in dairy breeding cattle programs in the country.Instituto de GenéticaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; Argentin

Genotipificación de variantes de beta-caseína bovina mediante ACRSPCR- RFLP = Genotyping of bovine beta-casein variants by ACRS-PCR-RFLP

Presentación y resumenLas variantes de la beta-caseína bovina pueden clasificarse en dos grupos, tipo-A1 y tipo-A2, según el aminoácido que esté presente en la posición 67 de la proteína (His, tipo A1; Pro, tipo A2)1. En los últimos años se ha observado un creciente interés en la producción y comercialización de “leche A2”, debido a las propiedades beneficiosas para la salud humana atribuidas a la variante A22. El objetivo de este trabajo fue determinar la frecuencia de variantes tipo-A1 y tipo-A2 de -caseína en ganado lechero de dos establecimientos. Las variantes de -caseína presentes en el ADN de 1528 vacas de raza Holando fueron determinadas mediante la técnica de ACRS-PCR-RFLP3. Brevemente, se amplificó un fragmento de 316 pb del gen CSN2, creándose un sitio de restricción para la enzima DdeI en el amplicon obtenido. El producto de PCR luego se digirió con las enzimas DdeI y HinfI. La identificación de variantes se realizó mediante electroforesis en geles de agarosa y posterior visualización de los fragmentos obtenidos. Se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas para las variantes tipo-A1 y tipo-A2. Las frecuencias genotípicas fueron de 0,046, 0,497 y 0,457 para A1A1, A2A2 y A1A2, respectivamente, con frecuencias alélicas de 0,274 y 0,726 para las variantes tipo-A1 y tipo-A2, respectivamente. El método utilizado demostró ser confiable para la identificación y diferenciación de variantes de -caseína tipo-A1 y tipo-A2, permitiendo la determinación del genotipo de animales individuales. Los animales pertenecían a dos establecimientos con sistemas de producción de leche distintos y que nunca se seleccionó por variantes de -caseína, por lo tanto, estos resultados permiten brindar a los productores asesoramiento sobre los cruzamientos a realizar en caso de orientar su producción a la comercialización de “leche A2A2”.Instituto de GenéticaFil: Caffaro, Marí­a Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Agronomía; Argentin

Análisis de la duración de la gestación y de los loci que influyen sobre ella en bovinos Holando y cruzas

Presentación en diapositivasIntroducción: La intensa selección para producción lechera junto con una consideración insuficiente de parámetros de fertilidad y salud va en detrimento de estos últimos rasgos. Muchos países ampliaron los objetivos de sus programas de cría de bovinos lecheros, desde un enfoque meramente productivo hacia uno integral que considera además aspectos reproductivos y sanitarios. Objetivos: Estudiar la variabilidad en la duración de la gestación y la incidencia de abortos. Identificar las regiones del genoma que influyen sobre la duración de gestaciones a término en bovinos lecheros.Instituto de GenéticaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidal del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias; Argentin

Machine learning algorithms identified relevant SNPs for milk fat content in cattle

In recent years, machine learning methods have been shown to be efficient in identifying a subset of single nucleotide polymorphisms (SNP) underlying a trait of interest. The aim of this study was the construction of predictive models using machine learning algorithms, for the identification of loci that best explain the variance in milk fat production of dairy cattle. Further objectives involve determining the genes flanking relevant SNPs and retrieving the pathways, biological processes, or molecular functions overrepresented by them. Fat production values adjusted for fixed effects (FPadj) and estimated breeding values for milk fat production (EBVFP) were used as phenotypes and SNPs as predictor variables. The models constructed for EBVFP performed better and yield considerably less relevant SNPs than models for FPadj. Among the genes flanking relevant SNPs, signaling transduction pathways and gated channel activities were detected as overrepresented. The loci obtained for EBVFP matched better with previously reported relevant loci for milk fat content than those obtained for FPadj. Based on the better performance showed by the models trained for EBVFP and their agreement with previous reported results for the trait studied, we conclude that the relationship among individuals should be accounted for in the phenotype used.Instituto de GenéticaFil: Ríos, Pablo J. Universidad de Buenos Aires; ArgentinaFil: Ríos, Pablo J. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Demitrio, Daniel Arturo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Dirección General de Sistemas de Información, Comunicación y Procesos. Gerencia de Informática y Gestión de la Información; ArgentinaFil: Demitrio, Daniel Arturo. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; Argentin

Loci de caracteres cuantitativos para rasgos reproductivos en bovinos lecheros locales

PósterIntroducción: La intensa selección para producción lechera junto con una consideración insuficiente de parámetros de fertilidad y salud, sumado a las correlaciones genéticas antagonistas o cercanas a cero entre caracteres productivos y reproductivos, va en detrimento de estos últimos rasgos(Berry y col., 2014). Muchos países ampliaron los objetivos de sus programas de cría de ganado lechero, desde un enfoque meramente productivo hacia uno más equilibrado que considera además la longevidad, la salud de la ubre, la conformación y la fertilidad (Miglior y col., 2005). En ganado lechero, se han reportado regiones del genoma asociadas con caracteres reproductivos, halladas tanto por medio de análisis de asociación a nivel del genoma completo o GWAS (Kiser y col., 2019; Höglund y col., 2015; Liu y col., 2017; Parker Gaddis y col., 2016) como mediante el abordaje con genes candidatos (Clempson y col., 2012; Kadri y col., 2014). La información genómica generada está siendo incluida en los programas de cría para ganado lechero de los países desarrollados. Continuar la investigación en esta área estudiando la población local es de vital importancia dado que la implementación de este tipo de programas requiere el conocimiento y caracterización de la población sobre la que se utilizarán.Instituto de GenéticaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela; ArgentinaFil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; Argentin

Changes in islet plasma membrane calcium-ATPase activity and isoform expression induced by insulin resistance

We studied the effect of insulin resistance (IR) induced by administration of a fructose-rich diet (FRD) to normal Wistar rats for 21 days, upon islet plasma membrane calcium ATPases (PMCAs) and insulin secretion. FRD rats showed significantly higher triglyceride and insulin levels, insulin:glucose ratio and HOMA-IR index than controls. FRD islets released significantly more insulin in response to glucose and showed (a) marked changes in PMCA isoform protein content (decreased PMCA 2 and increased PMCA 3), (b) a decrease in total PMCAs activity, and (c) higher levels of cytosolic calcium [Ca2+]i. The lower PMCAs activity with the resultant increase in [Ca2+]i would favor the compensatory greater release of insulin necessary to cope with the IR state present in FRD rats and to maintain normal glucose homeostasis. Thus, changes in PMCAs activity and isoform expression play a modulatory role upon insulin secretion during long-term adaptation to an increased hormone demand.Fil: Alzugaray, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Centro de Endocrinología Experimental y Aplicada (i); ArgentinaFil: Garcia, Maria Elisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Centro de Endocrinología Experimental y Aplicada (i); ArgentinaFil: del Zotto, Hector Herminio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Centro de Endocrinología Experimental y Aplicada (i); ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Centro de Endocrinología Experimental y Aplicada (i); ArgentinaFil: Palomeque, Julieta. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigaciones Cardiovasculares "Dr. Horacio Eugenio Cingolani". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas. Centro de Investigaciones Cardiovasculares "Dr. Horacio Eugenio Cingolani"; ArgentinaFil: Rossi, Juan Pablo Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; ArgentinaFil: Gagliardino, Juan Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Centro de Endocrinología Experimental y Aplicada (i); ArgentinaFil: Flores, Luis Emilio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico La Plata. Centro de Endocrinología Experimental y Aplicada (i); Argentin

Variación genética de la resistencia a las parasitosis gastrointestinales en ovinos Corriedale = Genetic variation in resistance to gastrointestinal parasites in Corriedale sheep

Presentación y resumenLas infestaciones por nematodos gastrointestinales (NGI) en ovinos producen pérdidas económicas importantes en la producción agropecuaria y la situación empeora ante la aparición de parásitos resistentes a los antihelmínticos y de residuos de las drogas en la cadena alimentaria. En este contexto y dentro de un manejo integrado de las parasitosis, la cría de ovinos genéticamente más resistentes a los NGI se visualiza como la estrategia más sustentable y limpia en el tiempo. Este estudio se centra en la variación genética subyacente a la resistencia parasitaria en ovinos, para su posible uso en programas de cría. Se realizó un desafío artificial con larvas 3 de Haemonchus contortus en la región nordeste de Argentina durante 10 años en 1072 corderos Corriedale con una edad media de 5,6 meses. Se registraron el peso corporal (PC), el recuento de huevos por gramo de materia fecal (LnHPG), el hematocrito (Hto) y el índice FAMACHA© en diferentes momentos posteriores al desafío (días 28, 35 y 42). Se estimaron sus heredabilidades y correlaciones fenotípicas y genéticas. Se utilizaron modelos animales mixtos univariados para estimar la varianza genética aditiva (y el valor genético estimado, EBV) para las medias de PC, LnHPG, Hto e índice FAMACHA©. Las correlaciones fenotípicas y genéticas se estimaron mediante modelos animales mixtos bivariados. Los resultados indican que existe suficiente variabilidad genética para los cuatro caracteres estudiados, que presentaron heredabilidades moderadas (en el intervalo de 0,29 a 0,44) y aumentaron a lo largo del periodo de desafío, con la excepción del hematocrito, que disminuyó. Las correlaciones genéticas fueron negativas entre PC – LnHPG (-044), Hto – FAMACHA© (-046) y LnHPG - Hto (-065) y positivas entre FAMACHA©- LnHPG (0,76). Estas correlaciones estarían indicando que es posible implementar un programa de cría incrementando la resistencia a las NGI sin afectar otros caracteres productivos como el peso corporal.Instituto de GenéticaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; ArgentinaFil: Donzelli, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Donzelli, María Valeria. Universidad Nacional de Lomas de Zamora. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Caffaro, María Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; Argentin

Integrating technologies for the sustainable control of gastrointestinal parasites in sheep : The Argentinean case

Gastrointestinal nematode infections in sheep are a major concern among breeders due to the economic losses they cause in terms of a reduction in both productivity and viability of animals. The situation worsens in face of the emergence of anthelmintic-resistant parasites. In this context, breeding and management practices aimed at an integrated control of parasites, such as raising parasiteresistant sheep, are required. This study focused on the genetic variation underlying parasite resistance in sheep, for potential use in breeding programmes. An artificial challenge with infectious H. contortus L3 was carried out in the northeast region of Argentina for more than 10 years in 1 072 Corriedale lambs with an average age of 5.6 months. Body weight, faecal egg count, packed cell volume, and FAMACHA© score were recorded at different time points post-challenge and their heritability and phenotypic and genetic correlations were estimated. Animals were genotyped on 173 single nucleotide polymorphisms belonging to 77 candidate genes for immune response. The results indicate that there is sufficient genetic variability for the four traits studied, which presented moderate heritabilities (in the range 0.29 to 0.44) and increased along the challenge period, with the exception of the hematocrit, which decreased. Association analyses identified seven markers associated with estimated breeding values for faecal egg count, located in genes involved in different stages of the pathogen-host interaction process. The information obtained supports the potential of markerassisted breeding schemes to enable profitable and sustainable sheep production.Instituto de GenéticaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; ArgentinaFil: Caffaro, Marí­a Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Cetra, Bibiana Maria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mercedes; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Medus, Pablo Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Garcia Podesta, Mario. Joint FAO/IAEA Division of Nuclear Techniques in Food and Agriculture, International Atomic Energy Agency. Animal Production and Health Laboratory; AustriaFil: Donzelli, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Bonelli, Rita. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; ArgentinaFil: Periasamy, Kathiravan. Joint FAO/IAEA Division of Nuclear Techniques in Food and Agriculture, International Atomic Energy Agency. Animal Production and Health Laboratory; Austri

Estudio de variables biológicas ante un desafío artificial de L3 de H. contortus en dos majadas de ovinos Corriedale

PosterH. contortus es uno de los parásitos que ocasiona mayores problemas en regiones templadas, tropicales y subtropicales debido a pérdidas productivas y económicas. La utilización de drogas es fundamental para el control de la parasitosis gastrointestinales (PGI) pero su uso excesivo puede acelerar la aparición de la resistencia del parásito. El uso de reproductores resistentes a las PGI contribuiría a la sustentabilidad de los sistemas productivos ovinos. Objetivo evaluar variables biológicas indicadores de resistencia/susceptibilidad a las PGI que surgen de un desafío artificial con L 3 de H contortus.Instituto de GenéticaFil: Donzelli, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Donzelli, María Valeria. Universidad Nacional de Lomas de Zamora. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Cetra, Bibiana Maria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mercedes; ArgentinaFil: Medus, Pablo Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; ArgentinaFil: Bonelli, Rita. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Caffaro, María Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; Argentin

Relaciones filogenéticas del Criollo argentino con otros bovinos Criollos de América Latina según lo revelado por un microarray SNP de densidad media

The demographic history of the Criollo cattle in Argentina and in Latin America in general dates back to the time of Spanish colonization. The objective of this study was to investigate the potential use of a medium-density SNP microarray to describe animals from the most representative and oldest herds at the time the Argentine Association of Criollo Bovine Cattle Breeders was established and to explore the phylogenetic relationship with other Creole cattle from Latin America. With the genotypes of 51 animals in 34,008 autosomal SNPs, matrices of genetic distances were generated based on the proportion of identical alleles by state shared between animals and between animals grouped according to their origin, with the PLINK program. A phylogenetic tree based on genetic distances between pairs of animals was constructed using PHYLIP, and prepared for visualization with FigTree. A multidimensional scaling analysis was performed to evaluate the relationship in terms of genetic distance between the different groups of animals. The genetic distances between animals ranged from 0.186 to 0.357 when considering all pairs of animals, and from 0.186 to 0.338 when considering pairs of creoles. The dendrogram obtained presented three clusters. Group 1 included Creole cattle from Colombia, Guadalupe, Paraguay and Uruguay, and the reference groups Holando and Jersey. Group 2 comprised exclusively Patagonian Creole cattle, while the third group included the remaining Argentine Creoles. The genetic relationship patterns obtained through multidimensional scaling demonstrated an intimate relationship between criollos of four origins in Argentina. This can be explained in part by the early migration of animals that originated the founding herds in some Argentine localities. The results of this study will contribute to a better understanding of the formation of the founding herds of criollos in Argentina and of the relationship with other populations of creole cattle in Latin America.La historia demográfica del bovino Criollo en Argentina y en América Latina en general se remonta a la época de la colonización española. El objetivo de este estudio fue investigar el uso potencial de un microarreglo de SNP de mediana densidad para describir y reconstruir los rodeos fundadores de la Asociación Argentina de Criadores de Ganado Bovino Criollo y explorar la relación filogenética con otros bovinos criollos de Latinoamérica. Con los genotipos de 51 animales en 34.008 SNP autosómicos se generaron matrices de distancias genéticas basadas en la proporción de alelos idénticos por estado compartidos entre animales y entre animales agrupados según su origen, con el programa PLINK. Se construyó un árbol filogenético basado en distancias genéticas entre pares de animales usando PHYLIP, y se preparó para su visualización con FigTree. Se realizó un análisis de escalamiento multidimensional para evaluar la relación en términos de distancia genética entre los diferentes grupos de animales. Las distancias genéticas entre animales variaron de 0,186 a 0,357 al considerar todos los pares de animales, y de 0,186 a 0,338 al considerar pares de criollos. El dendrograma obtenido presentó tres agrupamientos. El grupo 1 incluyó ganado criollo de Colombia, Guadalupe, Paraguay y Uruguay, y los grupos de referencia Holando y Jersey. El grupo 2 comprendió exclusivamente ganado criollo patagónico, mientras que el tercer grupo incluyó los restantes criollos argentinos. Los patrones de relación genética obtenidos a través del escalamiento multidimensional demostraron una íntima relación entre criollos de cuatro orígenes de Argentina. Esto puede explicarse en parte por la migración temprana de animales que originaron los rodeos fundadores en algunas localidades argentinas. Los resultados de este estudio contribuirán a una mejor comprensión de la formación de los rodeos fundadores de criollos en Argentina y de la relación con otras poblaciones de ganado criollo de América Latina