Évaluation d'un kit diagnostic des infections respiratoires basses à l'AP-HM, intérêt et application en médecine générale

Introduction : la pneumonie aigüe est une des pathologies infectieuses les plus fréquentes et les plus sévères. La prise en charge thérapeutique actuelle est basée sur une antibiothérapie probabiliste qui peut être adaptée lorsque le diagnostic microbiologique est établi. La mise en place d’outils diagnostics en médecine de ville permettrait de guider le clinicien dans sa prise en charge thérapeutique et favoriserait le bon usage des antibiotiques. Le but de cette étude est d’évaluer l’intérêt de la réalisation systématique d’examens microbiologiques à visée diagnostique en cas de pneumonies et la faisabilité d’un tel dispositif diagnostic en médecine de ville.Matériels et méthodes : il s’agit d’une étude rétrospective descriptive monocentrique à l’Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille (AP-HM) du 1er janvier 2013 au 30 juin 2019 sur les prélèvements microbiologiques issus d’un kit diagnostic chez les patients présentant un tableau clinique de pneumonie aigüe. Les kits étaient constitués de différents examens microbiologiques : sérologies, PCR sur écouvillons rhinopharyngés, hémocultures, antigénuries.Résultats : 1766 kits pneumonie ont été réalisés, 521 diagnostics microbiologiques ont été établit soit dans 29,5% des cas. Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, le virus de la grippe A, le rhinovirus/entérovirus ont été les plus documentées (respectivement 89, 40, 137 et 68 cas). 52 co-infections ont été documentées (soit 10% des pneumonies documentées) dont 34 cas d’infections mixtes.Conclusion : un tiers des pneumonies a été documenté. Le nombre de co-infections et notamment d’infections mixtes (bactériennes et virales) est très élevé. Proposition d’un nouveau kit diagnostic adapté aux résultats microbiologiques retrouvés et à la médecine de ville qui pourrait améliorer la prise en charge thérapeutique des pneumonies aigüe en médecine ambulatoire

Contagion Management at the Méditerranée Infection University Hospital Institute

International audienceThe Méditerranée Infection University Hospital Institute (IHU) is located in a recent building, which includes experts on a wide range of infectious disease. The IHU strategy is to develop innovative tools, including epidemiological monitoring, point-of-care laboratories, and the ability to mass screen the population. In this study, we review the strategy and guidelines proposed by the IHU and its application to the COVID-19 pandemic and summarise the various challenges it raises. Early diagnosis enables contagious patients to be isolated and treatment to be initiated at an early stage to reduce the microbial load and contagiousness. In the context of the COVID-19 pandemic, we had to deal with a shortage of personal protective equipment and reagents and a massive influx of patients. Between 27 January 2020 and 5 January 2021, 434,925 nasopharyngeal samples were tested for the presence of SARS-CoV-2. Of them, 12,055 patients with COVID-19 were followed up in our out-patient clinic, and 1888 patients were hospitalised in the Institute. By constantly adapting our strategy to the ongoing situation, the IHU has succeeded in expanding and upgrading its equipment and improving circuits and flows to better manage infected patients