5 research outputs found
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways β hepatocellular carcinoma case report
Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using several publicly available databases and bioinformatics tools. Results. We identified several differentially expressed genes linked to the classical sorafenib treatment as well as additional pathways potentially druggable by therapies studied in clinical trials (Erlotinib, Lapatinib and Temsirolimus). Several germline mutations, found in XRCC1, TP53 and DPYD, according to the data from other clinical trials, could be related to the increased sensitivity to platinum therapies and reduced sensitivity to 5-Fluorouracil. We also identified several potentially driving mutations that could not be currently linked to therapies, like deletion in CIRBP, SNVs in BTG1, ERBB3, TCF7L2 et al. Conclusions. The presented study shows the potential usefulness of the integrated approach to the NGS data analysis, including the analysis of germline mutations and transcriptome in addition to the cancer panel or the exome sequencing data.ΠΠ΅ΡΠ°. ΠΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΡΠΊΡΠ²Π°ΡΠΈ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ ΠΎΠ½ΠΊΠΎΠ΄ΡΠ°ΠΉΠ²Π΅ΡΠ½Ρ Π°Π±ΠΎ ΠΊΠ»ΡΠ½ΡΡΠ½ΠΎ Π·Π½Π°ΡΡΡΡ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½Ρ ΠΏΠΎΠ΄ΡΡ Ρ ΠΏΠ°ΡΡΡΠ½ΡΠ° Π· Π³Π΅ΠΏΠ°ΡΠΎΠΊΠ»ΡΡΠΈΠ½Π½ΠΎΡ ΠΊΠ°ΡΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΠΎΡ. ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΈ. Π ΠΠ- ΡΠ° Π΅ΠΊΠ·ΠΎΠΌΠ½Π΅ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΡΠ²Π°Π½Π½Ρ ΠΏΡΡ
Π»ΠΈΠ½Π½ΠΎΡ ΡΠΊΠ°Π½ΠΈΠ½ΠΈ ΡΠ° Π²ΡΠ΄ΠΏΠΎΠ²ΡΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΊΠΎΠ½ΡΡΠΎΠ»Ρ. ΠΠ½ΠΎΡΡΠ²Π°Π½Π½Ρ Π·Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½ΠΈΡ
Π·ΠΌΡΠ½, Π²ΠΈΠΊΠΎΡΠΈΡΡΠΎΠ²ΡΡΡΠΈ Π΄Π΅ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° Π·Π°Π³Π°Π»ΡΠ½ΠΎΠ΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ½ΠΈΡ
Π±Π°Π· Π΄Π°Π½ΠΈΡ
ΡΠ° Π±ΡΠΎΡΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ½ΠΈΡ
ΠΏΡΠΎΠ³ΡΠ°ΠΌ. ΠΠΈ ΡΠ°ΠΊΠΎΠΆ ΠΏΠΎΡΡΠ²Π½ΡΠ»ΠΈ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΡΠΉΠ½ΠΈΠΉ ΠΏΡΠΎΡΡΠ»Ρ Π΄ΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΡΠ²Π°Π½ΠΎΡ ΠΏΡΡ
Π»ΠΈΠ½ΠΈ Π· ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ°ΠΌΠΈ ΠΊΠ»ΡΡΠΈΠ½Π½ΠΈΡ
Π»ΡΠ½ΡΠΉ Π· Π±Π°Π·ΠΈ Π΄Π°Π½ΠΈΡ
Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΠΈ. ΠΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΡΠΊΠΎΠ²Π°Π½ΠΎ ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° Π³Π΅Π½ΡΠ², ΡΠΎ Π΄ΠΈΡΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ Π΅ΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΡΡΡΡΡ, Ρ ΠΏΠΎΠ²βΡΠ·Π°Π½Ρ ΡΠΊ Π· ΠΊΠ»Π°ΡΠΈΡΠ½ΠΎΡ ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΡΡ ΡΠΎΡΠ°ΡΠ΅Π½ΡΠ±ΠΎΠΌ, ΡΠ°ΠΊ Ρ Π· Π΄ΠΎΠ΄Π°ΡΠΊΠΎΠ²ΠΈΠΌΠΈ ΡΠΈΠ³Π½Π°Π»ΡΠ½ΠΈΠΌΠΈ ΡΠ»ΡΡ
Π°ΠΌΠΈ, ΡΠΎ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ Π²ΡΠ°Π·Π»ΠΈΠ²Ρ Π΄ΠΎ ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΡ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠ°ΠΌΠΈ, ΡΠΊΡ Π΄ΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΡΠ²Π°Π»ΠΈΡΡ Ρ ΠΊΠ»ΡΠ½ΡΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
Π²ΠΈΠΏΡΠΎΠ±ΡΠ²Π°Π½Π½ΡΡ
(Π΅ΡΠ»ΠΎΡΡΠ½ΡΠ±, Π»Π°ΠΏΠ°ΡΡΠ½ΡΠ± ΡΠ° ΡΠ΅ΠΌΡΡΡΠΎΠ»ΡΠΌΡΡ). ΠΠ΅ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° Π³Π΅ΡΠΌΡΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΠΈΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΡΠΉ, Π·Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½ΠΈΡ
Π² XRCC1, TP53 ΡΠ° DPYD, Π·Π³ΡΠ΄Π½ΠΎ Π· Π΄Π°Π½ΠΈΠΌΠΈ ΡΠ½ΡΠΈΡ
ΠΊΠ»ΡΠ½ΡΡΠ½ΠΈΡ
Π²ΠΈΠΏΡΠΎΠ±ΡΠ²Π°Π½Ρ, ΠΌΠΎΠΆΡΡΡ Π±ΡΡΠΈ ΠΏΠΎΠ²βΡΠ·Π°Π½Ρ Π· ΠΏΡΠ΄Π²ΠΈΡΠ΅Π½ΠΎΡ ΡΡΡΠ»ΠΈΠ²ΡΡΡΡ Π΄ΠΎ ΠΏΠ»Π°ΡΠΈΠ½ΠΎΠ²ΠΈΡ
ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΠΉ ΡΠ° Π·ΠΌΠ΅Π½ΡΠ΅Π½ΠΎΡ ΡΡΡΠ»ΠΈΠ²ΡΡΡΡ Π΄ΠΎ 5-ΡΡΠΎΡΡΡΠ°ΡΠΈΠ»Ρ. ΠΠΈ ΡΠ°ΠΊΠΎΠΆ ΡΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΡΠΊΡΠ²Π°Π»ΠΈ Π΄Π΅ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ Π΄ΡΠ°ΠΉΠ²Π΅ΡΠ½ΠΈΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΡΠΉ, ΡΠΊΡ Π½Π° ΡΠ΅ΠΉ ΡΠ°Ρ Π½Π΅ ΠΌΠΎΠΆΡΡΡ Π±ΡΡΠΈ ΠΏΠΎΠ²βΡΠ·Π°Π½Ρ Π· ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΡΠΌΠΈ, Π½Π°ΠΏΡΠΈΠΊΠ»Π°Π΄ Π΄Π΅Π»Π΅ΡΡΡ Ρ CIRBP, Π·Π°ΠΌΡΠ½ΠΈ Π² BTG1, ERBB3, TCF7L2 ΡΠΎΡΠΎ. ΠΠΈΡΠ½ΠΎΠ²ΠΊΠΈ. ΠΠ°ΠΏΡΠΎΠΏΠΎΠ½ΠΎΠ²Π°Π½Π΅ Π΄ΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΠ΅Π½Π½Ρ Π΄Π΅ΠΌΠΎΠ½ΡΡΡΡΡ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½Ρ ΠΊΠΎΡΠΈΡΠ½ΡΡΡΡ ΡΠ½ΡΠ΅Π³ΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΡΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄Ρ Π΄ΠΎ NGS Π°Π½Π°Π»ΡΠ·Ρ Π΄Π°Π½ΠΈΡ
, Π² ΡΠΎΠΌΡ ΡΠΈΡΠ»Ρ Π°Π½Π°Π»ΡΠ·Ρ Π³Π΅ΡΠΌΡΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΠΈΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΡΠΉ ΡΠ° ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΡ Ρ Π΄ΠΎΠ΄Π°ΡΠΎΠΊ Π΄ΠΎ Π²ΠΈΠΊΠΎΡΠΈΡΡΠ°Π½Π½Ρ ΠΎΠ½ΠΊΠΎΠ»ΠΎΠ³ΡΡΠ½ΠΈΡ
Π³Π΅Π½Π½ΠΈΡ
ΠΏΠ°Π½Π΅Π»Π΅ΠΉ Π°Π±ΠΎ Π΄Π°Π½ΠΈΡ
ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΡΠ²Π°Π½Π½Ρ Π΅ΠΊΠ·ΠΎΠΌΡ.Π¦Π΅Π»Ρ. ΠΡΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΠΈ ΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π²ΡΡ
ΠΈΠ»ΠΈ ΠΊΠ»ΠΈΠ½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈ Π·Π½Π°ΡΠΈΠΌΡΡ
ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½ΡΡ
ΡΠΎΠ±ΡΡΠΈΠΉ Π΄Π»Ρ ΠΏΠ°ΡΠΈΠ΅Π½ΡΠ° Ρ Π³Π΅ΠΏΠ°ΡΠΎΡΠ΅Π»Π»ΡΠ»ΡΡΠ½ΠΎΠΉ ΠΊΠ°ΡΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΠΎΠΉ. ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄Ρ. Π ΠΠ- ΠΈ ΡΠΊΠ·ΠΎΠΌΠ½ΠΎΠ΅ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΠΎΠΏΡΡ
ΠΎΠ»Π΅Π²ΠΎΠΉ ΠΈ Π½ΠΎΡΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ ΡΠΊΠ°Π½ΠΈ. ΠΡ ΠΏΡΠΎΠ°Π½Π½ΠΎΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π»ΠΈ Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½Π½ΡΠ΅ Π³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅ Π½Π°ΡΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ, ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΡΡ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ ΠΎΠ±ΡΠ΅Π΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ½ΡΡ
Π±Π°Π· Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΈ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΈΠ½ΡΡΡΡΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ². Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ. ΠΡ ΠΎΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»ΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π΄ΠΈΡΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½Π½ΡΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ², ΡΠ²ΡΠ·Π°Π½Π½ΡΡ
Ρ ΠΊΠ»Π°ΡΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ ΡΡ
Π΅ΠΌΠΎΠΉ Π»Π΅ΡΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠΎΠΌ ΡΠΎΡΠ°ΡΠ΅Π½ΠΈΠ±, Π° ΡΠ°ΠΊΠΆΠ΅ Π΄ΠΎΠΏΠΎΠ»Π½ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΡΠ΅ ΠΏΡΡΠΈ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ ΠΏΠΎΠ΄Π΄Π°ΡΡΠΈΠ΅ΡΡ ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΠΈΠΈ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠ°ΠΌΠΈ, Π²ΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΠΌΠΈ Π² ΠΊΠ»ΠΈΠ½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅ ΠΈΡΠΏΡΡΠ°Π½ΠΈΡ (ΠΡΠ»ΠΎΡΠΈΠ½ΠΈΠ±, ΠΠ°ΠΏΠ°ΡΠΈΠ½ΠΈΠ± ΠΈ Π’Π΅ΠΌΡΠΈΡΠΎΠ»ΠΈΠΌΡΡ). ΠΠ΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π³Π΅ΡΠΌΠΈΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΡΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΉ, Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½Π½ΡΡ
Π² XRCC1, TP53 ΠΈ DPYD, ΠΏΠΎ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌ ΠΈΠ· Π΄ΡΡΠ³ΠΈΡ
ΠΊΠ»ΠΈΠ½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΈΡΠΏΡΡΠ°Π½ΠΈΠΉ, ΠΌΠΎΠ³ΡΡ Π±ΡΡΡ ΡΠ²ΡΠ·Π°Π½Ρ Ρ ΠΏΠΎΠ²ΡΡΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΡΠ²ΡΡΠ²ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΡΡ ΠΊ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠ°ΠΌ ΠΏΠ»Π°ΡΠΈΠ½Ρ ΠΈ ΠΏΠΎΠ½ΠΈΠΆΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΡΠ²ΡΡΠ²ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΡΡ ΠΊ 5-ΡΡΠΎΡΡΡΠ°ΡΠΈΠ»Ρ. ΠΡ ΡΠ°ΠΊΠΆΠ΅ ΠΎΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»ΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ Π΄ΡΠ°ΠΉΠ²Π΅ΡΠ½ΡΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΉ Π² Π³Π΅Π½Π°Ρ
CIRBP, Π·Π°ΠΌΠ΅Π½Ρ Π² BTG1, ErbB3, TCF7L2 ΠΈ Π΄Ρ., ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠ΅ Π² Π½Π°ΡΡΠΎΡΡΠ΅Π΅ Π²ΡΠ΅ΠΌΡ Π½Π΅ ΡΠ²ΡΠ·Π°Π½Ρ Ρ ΡΠ΅ΡΠ°ΒΠΏΠΈΠ΅ΠΉ. ΠΡΠ²ΠΎΠ΄Ρ. ΠΠ°Π½Π½ΠΎΠ΅ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·ΡΠ²Π°Π΅Ρ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΡΡ Π·Π½Π°ΡΠΈΠΌΠΎΡΡΡ ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΠΎΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄Π° ΠΊ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Ρ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
NGS, Π² ΡΠΎΠΌ ΡΠΈΡΠ»Π΅ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° Π³Π΅ΡΠΌΠΈΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΡΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΉ ΠΈ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ° Π² Π΄ΠΎΠΏΠΎΠ»Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΊ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌ ΠΈΠ· Π³Π΅Π½Π½ΡΡ
ΠΏΠ°Π½Π΅Π»Π΅ΠΉ ΠΈΠ»ΠΈ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΡΠΊΠ·ΠΎΠΌΠ°
ΠΡΠΎΡΠ΅ΠΎΠΌΠ½ΡΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· Π²ΠΎΡΡΠΈΠ½ Ρ ΠΎΡΠΈΠΎΠ½Π° ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° ΠΏΡΠΈ Π°Π½ΡΠΌΠ±ΡΠΈΠΎΠ½ΠΈΠΈ
In this study, the proteomic approach based on high performance liquid chromatography connected with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and bioinformatics analysis were applied to identify differentially abundant proteins in chorionic villus samples (CVS) from women with blighted ovum and normal pregnancy. We identified about 600 proteins in the solubilized fraction of CVS. Comparative proteomic analysis revealed differences in the content (Average Normalized Abundances) of 187 proteins in blighted ovum. These included 134 down-regulated proteins and 53 up-regulated proteins. According to bioinformatics analysis these proteins participate in a variety of metabolic processes, including alcohol and tricarboxylic acid metabolism, response to endoplasmic reticulum stress, small molecular catabolic process, cellular respiration, and others. Proteins that demonstrated growing content in blighted ovum were mainly encoded by genes located on chromosomes 7 and 16 whereas proteins which demonstrated reducing abundance were mainly encoded by genes located on chromosomes 1, 2, and 11. We also revealed changes in the content of proteins encoded by genes located on the human chromosome 18; they are involved in apoptotic and drug metabolic processes with an important role in early pregnancy loss. Our pilot results demonstrate the efficiency of the LC-MS/MS approach for detecting the differences at the qualitative and semi-quantitative levels in the protein profiles of the CVS at anembryonic pregnancy compared to normal gestation. We conclude that globally profiled and differentially regulated proteins of CVS are helpful in obtaining molecular insights into biological processes of the pregnancy pathology.Π Π΄Π°Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΠ°Π±ΠΎΡΠ΅ ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΠΎΠΌΠ½ΡΠΉ ΠΏΠΎΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄, ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΡΠΉ Π½Π° ΠΆΠΈΠ΄ΠΊΠΎΡΡΠ½ΠΎΠΉ Ρ
ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΎΠ³ΡΠ°ΡΠΈΠΈ, ΡΠΎΠ²ΠΌΠ΅ΡΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ Ρ ΡΠ°Π½Π΄Π΅ΠΌΠ½ΠΎΠΉ ΠΌΠ°ΡΡ-ΡΠΏΠ΅ΠΊΡΡΠΎΠΌΠ΅ΡΡΠΈΠ΅ΠΉ (LC-MS/MS), ΠΈ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· Π±ΡΠ»ΠΈ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅Π½Π΅Π½Ρ Π΄Π»Ρ Π²ΡΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΡ ΡΠ°Π·Π»ΠΈΡΠΈΠΉ ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ²ΡΠΌ ΠΏΡΠΎΡΠΈΠ»Π΅ΠΌ Π²ΠΎΡΡΠΈΠ½ Ρ
ΠΎΡΠΈΠΎΠ½Π° ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° ΠΏΡΠΈ Π°Π½ΡΠΌΠ±ΡΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ Π±Π΅ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎΡΡΠΈ ΠΏΠΎ ΡΡΠ°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΡ Ρ Π½ΠΎΡΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ. ΠΡΠ΅Π³ΠΎ Π² ΡΠΎΠ»ΡΠ±ΠΈΠ»ΠΈΠ·ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΡΠ°ΠΊΡΠΈΠΈ Ρ
ΠΎΡΠΈΠΎΠ½Π° Π±ΡΠ»ΠΎ ΠΈΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΠΈΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΎ ΠΎΠΊΠΎΠ»ΠΎ 600 Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ². Π‘ΡΠ°Π²Π½ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΡΠΉ ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΠΎΠΌΠ½ΡΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· Ρ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ ΠΏΡΠΎΠ³ΡΠ°ΠΌΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΎΠ±Π΅ΡΠΏΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈΡ Progenesis LS-MS ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π» ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠΎΠ΄Π΅ΡΠΆΠ°Π½ΠΈΡ 187 Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΏΡΠΈ Π°Π½ΡΠΌΠ±ΡΠΈΠΎΠ½ΠΈΠΈ, ΠΈΠ· Π½ΠΈΡ
134 Π±Π΅Π»ΠΊΠ° ΠΏΡΠΎΠ΄Π΅ΠΌΠΎΠ½ΡΡΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π»ΠΈ ΡΠ½ΠΈΠΆΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΈ 53 Π±Π΅Π»ΠΊΠ° β ΠΏΠΎΠ²ΡΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΊΠΎΠ½ΡΠ΅Π½ΡΡΠ°ΡΠΈΠΈ (average normalized abundances). ΠΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· ΡΠ²ΠΈΠ΄Π΅ΡΠ΅Π»ΡΡΡΠ²ΡΠ΅Ρ, ΡΡΠΎ ΡΡΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ ΠΏΡΠΈΠ½ΠΈΠΌΠ°ΡΡ ΡΡΠ°ΡΡΠΈΠ΅ Π² ΡΠ°Π·Π»ΠΈΡΠ½ΡΡ
ΠΌΠ΅ΡΠ°Π±ΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡΠ°Ρ
, Π²ΠΊΠ»ΡΡΠ°Ρ ΠΌΠ΅ΡΠ°Π±ΠΎΠ»ΠΈΠ·ΠΌ Π°Π»ΠΊΠΎΠ³ΠΎΠ»Ρ ΠΈ ΡΡΠΈΠΊΠ°ΡΠ±ΠΎΠ½ΠΎΠ²ΡΡ
ΠΊΠΈΡΠ»ΠΎΡ, Π² ΡΠ΅Π°ΠΊΡΠΈΡΡ
, Π°ΡΡΠΎΡΠΈΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡΡ
ΡΠΎ ΡΡΡΠ΅ΡΡΠΎΠΌ ΡΠ½Π΄ΠΎΠΏΠ»Π°Π·ΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠ³ΠΎ ΡΠ΅ΡΠΈΠΊΡΠ»ΡΠΌΠ°, ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡΠ°Ρ
ΠΊΠ°ΡΠ°Π±ΠΎΠ»ΠΈΠ·ΠΌΠ°, ΠΊΠ»Π΅ΡΠΎΡΠ½ΠΎΠΌ Π΄ΡΡ
Π°Π½ΠΈΠΈ ΠΈ Π΄ΡΡΠ³ΠΈΡ
. ΠΡΠΎΠΌΠ΅ ΡΠΎΠ³ΠΎ, Π·Π°ΡΠ΅Π³ΠΈΡΡΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΎ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠΎΠ΄Π΅ΡΠΆΠ°Π½ΠΈΡ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ², ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡΡ
Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌΠΎΠΉ 18 ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ°, ΠΏΡΠΈΠ½ΠΈΠΌΠ°ΡΡΠΈΡ
ΡΡΠ°ΡΡΠΈΠ΅ Π² Π°ΠΏΠΎΠΏΡΠΎΠ·Π΅ ΠΈ ΡΠ΅Π°ΠΊΡΠΈΡΡ
ΠΌΠ΅ΡΠ°Π±ΠΎΠ»ΠΈΠ·ΠΌΠ° Π»Π΅ΠΊΠ°ΡΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΡΡ
ΡΡΠ΅Π΄ΡΡΠ², Π° ΡΠ°ΠΊΠΆΠ΅ ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡΠ°Ρ
, ΠΈΠ³ΡΠ°ΡΡΠΈΡ
Π²Π°ΠΆΠ½ΡΡ ΡΠΎΠ»Ρ ΠΏΡΠΈ ΠΏΠΎΡΠ΅ΡΡΡ
Π² ΡΠ°Π½Π½ΠΈΠ΅ ΡΡΠΎΠΊΠΈ Π±Π΅ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎΡΡΠΈ. ΠΠ°ΡΠΈ ΠΏΡΠ΅Π΄Π²Π°ΡΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΡΠ΅ ΡΠ΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ Π΄Π΅ΠΌΠΎΠ½ΡΡΡΠΈΡΡΡΡ ΡΡΡΠ΅ΠΊΡΠΈΠ²Π½ΠΎΡΡΡ LC-MS/MS Π΄Π»Ρ Π²ΡΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΡ ΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΡΡ
ΠΈ ΠΏΠΎΠ»ΡΠΊΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΡΡ
ΡΠ°Π·Π»ΠΈΡΠΈΠΉ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ²ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΡΠΎΡΠΈΠ»Ρ Π²ΠΎΡΡΠΈΠ½ Ρ
ΠΎΡΠΈΠΎΠ½Π° ΠΏΡΠΈ Π°Π½ΡΠΌΠ±ΡΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ Π±Π΅ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎΡΡΠΈ ΠΏΠΎ ΡΡΠ°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΡ Ρ Π½ΠΎΡΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ. Π‘Π΄Π΅Π»Π°Π½ Π²ΡΠ²ΠΎΠ΄ ΠΎ ΡΠΎΠΌ, ΡΡΠΎ ΡΠΈΡΠΎΠΊΠΎΠΌΠ°ΡΡΡΠ°Π±Π½ΠΎΠ΅ ΠΏΡΠΎΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π΄ΠΈΡΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ ΡΠ΅Π³ΡΠ»ΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡΡ
Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² Π²ΠΎΡΡΠΈΠ½ Ρ
ΠΎΡΠΈΠΎΠ½Π° ΠΌΠΎΠΆΠ΅Ρ Π±ΡΡΡ ΠΏΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΎ Π΄Π»Ρ ΠΏΠΎΠ½ΠΈΠΌΠ°Π½ΠΈΡ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡΠΎΠ², ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΠΊΠ°ΡΡΠΈΡ
ΠΏΡΠΈ ΠΏΠ°ΡΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ Π±Π΅ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎΡΡΠΈ
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report
Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using several publicly available databases and bioinformatics tools. Results. We identified several differentially expressed genes linked to the classical sorafenib treatment as well as additional pathways potentially druggable by therapies studied in clinical trials (Erlotinib, Lapatinib and Temsirolimus). Several germline mutations, found in XRCC1, TP53 and DPYD, according to the data from other clinical trials, could be related to the increased sensitivity to platinum therapies and reduced sensitivity to 5-Fluorouracil. We also identified several potentially driving mutations that could not be currently linked to therapies, like deletion in CIRBP, SNVs in BTG1, ERBB3, TCF7L2 et al. Conclusions. The presented study shows the potential usefulness of the integrated approach to the NGS data analysis, including the analysis of germline mutations and transcriptome in addition to the cancer panel or the exome sequencing data.ΠΠ΅ΡΠ°. ΠΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΡΠΊΡΠ²Π°ΡΠΈ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ ΠΎΠ½ΠΊΠΎΠ΄ΡΠ°ΠΉΠ²Π΅ΡΠ½Ρ Π°Π±ΠΎ ΠΊΠ»ΡΠ½ΡΡΠ½ΠΎ Π·Π½Π°ΡΡΡΡ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½Ρ ΠΏΠΎΠ΄ΡΡ Ρ ΠΏΠ°ΡΡΡΠ½ΡΠ° Π· Π³Π΅ΠΏΠ°ΡΠΎΠΊΠ»ΡΡΠΈΠ½Π½ΠΎΡ ΠΊΠ°ΡΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΠΎΡ. ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΈ. Π ΠΠ- ΡΠ° Π΅ΠΊΠ·ΠΎΠΌΠ½Π΅ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΡΠ²Π°Π½Π½Ρ ΠΏΡΡ
Π»ΠΈΠ½Π½ΠΎΡ ΡΠΊΠ°Π½ΠΈΠ½ΠΈ ΡΠ° Π²ΡΠ΄ΠΏΠΎΠ²ΡΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΊΠΎΠ½ΡΡΠΎΠ»Ρ. ΠΠ½ΠΎΡΡΠ²Π°Π½Π½Ρ Π·Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½ΠΈΡ
Π·ΠΌΡΠ½, Π²ΠΈΠΊΠΎΡΠΈΡΡΠΎΠ²ΡΡΡΠΈ Π΄Π΅ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° Π·Π°Π³Π°Π»ΡΠ½ΠΎΠ΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ½ΠΈΡ
Π±Π°Π· Π΄Π°Π½ΠΈΡ
ΡΠ° Π±ΡΠΎΡΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ½ΠΈΡ
ΠΏΡΠΎΠ³ΡΠ°ΠΌ. ΠΠΈ ΡΠ°ΠΊΠΎΠΆ ΠΏΠΎΡΡΠ²Π½ΡΠ»ΠΈ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΡΠΉΠ½ΠΈΠΉ ΠΏΡΠΎΡΡΠ»Ρ Π΄ΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΡΠ²Π°Π½ΠΎΡ ΠΏΡΡ
Π»ΠΈΠ½ΠΈ Π· ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ°ΠΌΠΈ ΠΊΠ»ΡΡΠΈΠ½Π½ΠΈΡ
Π»ΡΠ½ΡΠΉ Π· Π±Π°Π·ΠΈ Π΄Π°Π½ΠΈΡ
Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΠΈ. ΠΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΡΠΊΠΎΠ²Π°Π½ΠΎ ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° Π³Π΅Π½ΡΠ², ΡΠΎ Π΄ΠΈΡΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ Π΅ΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΡΡΡΡΡ, Ρ ΠΏΠΎΠ²βΡΠ·Π°Π½Ρ ΡΠΊ Π· ΠΊΠ»Π°ΡΠΈΡΠ½ΠΎΡ ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΡΡ ΡΠΎΡΠ°ΡΠ΅Π½ΡΠ±ΠΎΠΌ, ΡΠ°ΠΊ Ρ Π· Π΄ΠΎΠ΄Π°ΡΠΊΠΎΠ²ΠΈΠΌΠΈ ΡΠΈΠ³Π½Π°Π»ΡΠ½ΠΈΠΌΠΈ ΡΠ»ΡΡ
Π°ΠΌΠΈ, ΡΠΎ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ Π²ΡΠ°Π·Π»ΠΈΠ²Ρ Π΄ΠΎ ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΡ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠ°ΠΌΠΈ, ΡΠΊΡ Π΄ΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΡΠ²Π°Π»ΠΈΡΡ Ρ ΠΊΠ»ΡΠ½ΡΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
Π²ΠΈΠΏΡΠΎΠ±ΡΠ²Π°Π½Π½ΡΡ
(Π΅ΡΠ»ΠΎΡΡΠ½ΡΠ±, Π»Π°ΠΏΠ°ΡΡΠ½ΡΠ± ΡΠ° ΡΠ΅ΠΌΡΡΡΠΎΠ»ΡΠΌΡΡ). ΠΠ΅ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° Π³Π΅ΡΠΌΡΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΠΈΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΡΠΉ, Π·Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½ΠΈΡ
Π² XRCC1, TP53 ΡΠ° DPYD, Π·Π³ΡΠ΄Π½ΠΎ Π· Π΄Π°Π½ΠΈΠΌΠΈ ΡΠ½ΡΠΈΡ
ΠΊΠ»ΡΠ½ΡΡΠ½ΠΈΡ
Π²ΠΈΠΏΡΠΎΠ±ΡΠ²Π°Π½Ρ, ΠΌΠΎΠΆΡΡΡ Π±ΡΡΠΈ ΠΏΠΎΠ²βΡΠ·Π°Π½Ρ Π· ΠΏΡΠ΄Π²ΠΈΡΠ΅Π½ΠΎΡ ΡΡΡΠ»ΠΈΠ²ΡΡΡΡ Π΄ΠΎ ΠΏΠ»Π°ΡΠΈΠ½ΠΎΠ²ΠΈΡ
ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΠΉ ΡΠ° Π·ΠΌΠ΅Π½ΡΠ΅Π½ΠΎΡ ΡΡΡΠ»ΠΈΠ²ΡΡΡΡ Π΄ΠΎ 5-ΡΡΠΎΡΡΡΠ°ΡΠΈΠ»Ρ. ΠΠΈ ΡΠ°ΠΊΠΎΠΆ ΡΠ΄Π΅Π½ΡΠΈΡΡΠΊΡΠ²Π°Π»ΠΈ Π΄Π΅ΠΊΡΠ»ΡΠΊΠ° ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½ΠΎ Π΄ΡΠ°ΠΉΠ²Π΅ΡΠ½ΠΈΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΡΠΉ, ΡΠΊΡ Π½Π° ΡΠ΅ΠΉ ΡΠ°Ρ Π½Π΅ ΠΌΠΎΠΆΡΡΡ Π±ΡΡΠΈ ΠΏΠΎΠ²βΡΠ·Π°Π½Ρ Π· ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΡΡΠΌΠΈ, Π½Π°ΠΏΡΠΈΠΊΠ»Π°Π΄ Π΄Π΅Π»Π΅ΡΡΡ Ρ CIRBP, Π·Π°ΠΌΡΠ½ΠΈ Π² BTG1, ERBB3, TCF7L2 ΡΠΎΡΠΎ. ΠΠΈΡΠ½ΠΎΠ²ΠΊΠΈ. ΠΠ°ΠΏΡΠΎΠΏΠΎΠ½ΠΎΠ²Π°Π½Π΅ Π΄ΠΎΡΠ»ΡΠ΄ΠΆΠ΅Π½Π½Ρ Π΄Π΅ΠΌΠΎΠ½ΡΡΡΡΡ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΡΠΉΠ½Ρ ΠΊΠΎΡΠΈΡΠ½ΡΡΡΡ ΡΠ½ΡΠ΅Π³ΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΡΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄Ρ Π΄ΠΎ NGS Π°Π½Π°Π»ΡΠ·Ρ Π΄Π°Π½ΠΈΡ
, Π² ΡΠΎΠΌΡ ΡΠΈΡΠ»Ρ Π°Π½Π°Π»ΡΠ·Ρ Π³Π΅ΡΠΌΡΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΠΈΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΡΠΉ ΡΠ° ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΡ Ρ Π΄ΠΎΠ΄Π°ΡΠΎΠΊ Π΄ΠΎ Π²ΠΈΠΊΠΎΡΠΈΡΡΠ°Π½Π½Ρ ΠΎΠ½ΠΊΠΎΠ»ΠΎΠ³ΡΡΠ½ΠΈΡ
Π³Π΅Π½Π½ΠΈΡ
ΠΏΠ°Π½Π΅Π»Π΅ΠΉ Π°Π±ΠΎ Π΄Π°Π½ΠΈΡ
ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΡΠ²Π°Π½Π½Ρ Π΅ΠΊΠ·ΠΎΠΌΡ.Π¦Π΅Π»Ρ. ΠΡΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΠΈ ΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π²ΡΡ
ΠΈΠ»ΠΈ ΠΊΠ»ΠΈΠ½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈ Π·Π½Π°ΡΠΈΠΌΡΡ
ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½ΡΡ
ΡΠΎΠ±ΡΡΠΈΠΉ Π΄Π»Ρ ΠΏΠ°ΡΠΈΠ΅Π½ΡΠ° Ρ Π³Π΅ΠΏΠ°ΡΠΎΡΠ΅Π»Π»ΡΠ»ΡΡΠ½ΠΎΠΉ ΠΊΠ°ΡΡΠΈΠ½ΠΎΠΌΠΎΠΉ. ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄Ρ. Π ΠΠ- ΠΈ ΡΠΊΠ·ΠΎΠΌΠ½ΠΎΠ΅ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΠΎΠΏΡΡ
ΠΎΠ»Π΅Π²ΠΎΠΉ ΠΈ Π½ΠΎΡΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ ΡΠΊΠ°Π½ΠΈ. ΠΡ ΠΏΡΠΎΠ°Π½Π½ΠΎΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π»ΠΈ Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½Π½ΡΠ΅ Π³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅ Π½Π°ΡΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ, ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΡΡ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ ΠΎΠ±ΡΠ΅Π΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ½ΡΡ
Π±Π°Π· Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΈ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΈΠ½ΡΡΡΡΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ². Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ. ΠΡ ΠΎΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»ΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π΄ΠΈΡΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½Π½ΡΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ², ΡΠ²ΡΠ·Π°Π½Π½ΡΡ
Ρ ΠΊΠ»Π°ΡΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ ΡΡ
Π΅ΠΌΠΎΠΉ Π»Π΅ΡΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠΎΠΌ ΡΠΎΡΠ°ΡΠ΅Π½ΠΈΠ±, Π° ΡΠ°ΠΊΠΆΠ΅ Π΄ΠΎΠΏΠΎΠ»Π½ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΡΠ΅ ΠΏΡΡΠΈ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ ΠΏΠΎΠ΄Π΄Π°ΡΡΠΈΠ΅ΡΡ ΡΠ΅ΡΠ°ΠΏΠΈΠΈ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠ°ΠΌΠΈ, Π²ΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΠΌΠΈ Π² ΠΊΠ»ΠΈΠ½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅ ΠΈΡΠΏΡΡΠ°Π½ΠΈΡ (ΠΡΠ»ΠΎΡΠΈΠ½ΠΈΠ±, ΠΠ°ΠΏΠ°ΡΠΈΠ½ΠΈΠ± ΠΈ Π’Π΅ΠΌΡΠΈΡΠΎΠ»ΠΈΠΌΡΡ). ΠΠ΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π³Π΅ΡΠΌΠΈΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΡΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΉ, Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½Π½ΡΡ
Π² XRCC1, TP53 ΠΈ DPYD, ΠΏΠΎ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌ ΠΈΠ· Π΄ΡΡΠ³ΠΈΡ
ΠΊΠ»ΠΈΠ½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΈΡΠΏΡΡΠ°Π½ΠΈΠΉ, ΠΌΠΎΠ³ΡΡ Π±ΡΡΡ ΡΠ²ΡΠ·Π°Π½Ρ Ρ ΠΏΠΎΠ²ΡΡΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΡΠ²ΡΡΠ²ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΡΡ ΠΊ ΠΏΡΠ΅ΠΏΠ°ΡΠ°ΡΠ°ΠΌ ΠΏΠ»Π°ΡΠΈΠ½Ρ ΠΈ ΠΏΠΎΠ½ΠΈΠΆΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΡΠ²ΡΡΠ²ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΡΡ ΠΊ 5-ΡΡΠΎΡΡΡΠ°ΡΠΈΠ»Ρ. ΠΡ ΡΠ°ΠΊΠΆΠ΅ ΠΎΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»ΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ Π΄ΡΠ°ΠΉΠ²Π΅ΡΠ½ΡΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΉ Π² Π³Π΅Π½Π°Ρ
CIRBP, Π·Π°ΠΌΠ΅Π½Ρ Π² BTG1, ErbB3, TCF7L2 ΠΈ Π΄Ρ., ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠ΅ Π² Π½Π°ΡΡΠΎΡΡΠ΅Π΅ Π²ΡΠ΅ΠΌΡ Π½Π΅ ΡΠ²ΡΠ·Π°Π½Ρ Ρ ΡΠ΅ΡΠ°ΒΠΏΠΈΠ΅ΠΉ. ΠΡΠ²ΠΎΠ΄Ρ. ΠΠ°Π½Π½ΠΎΠ΅ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·ΡΠ²Π°Π΅Ρ ΠΏΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΡΡ Π·Π½Π°ΡΠΈΠΌΠΎΡΡΡ ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΠΎΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄Π° ΠΊ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Ρ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
NGS, Π² ΡΠΎΠΌ ΡΠΈΡΠ»Π΅ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° Π³Π΅ΡΠΌΠΈΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΡΡ
ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΉ ΠΈ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ° Π² Π΄ΠΎΠΏΠΎΠ»Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΊ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌ ΠΈΠ· Π³Π΅Π½Π½ΡΡ
ΠΏΠ°Π½Π΅Π»Π΅ΠΉ ΠΈΠ»ΠΈ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΡΠΊΠ·ΠΎΠΌΠ°
ΠΠ΅Π½Ρ Β«ΡΡΠ°Ρ Π°Π½ΠΎΠ²ΡΡΒ» 18 Ρ ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌΡ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ°, ΠΎΡΡΡΡΡΡΠ²ΡΡΡΠΈΠ΅ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ ΠΈ Π½Π΅ ΠΎΡ Π°ΡΠ°ΠΊΡΠ΅ΡΠΈΠ·ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΡΠ΅ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ Π² ΡΠΊΠ°Π½ΠΈ ΠΏΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈ ΠΈ ΠΊΠ»Π΅ΡΠΎΡΠ½ΠΎΠΉ Π»ΠΈΠ½ΠΈΠΈ HepG2
Missing (MP) and functionally uncharacterized proteins (uPE1) comprise less than 5% of the total number of proteins encoded by human Chr18 genes. Within half a year, since the January 2020 version of NextProt, the number of entries in the MP+uPE1 datasets changed, mainly due to the achievements of antibody-based proteomics. Assuming that the proteome is closely related to the transcriptome scaffold, quantitative PCR, Illumina HiSeq, and Oxford Nanopore Technology were applied to characterize the liver samples of three male donors in comparison with the HepG2 cell line. The data mining of the Expression Atlas (EMBL-EBI) and the profiling of biopsy samples by using orthogonal methods of transcriptome analysis have shown that in HepG2 cells and the liver, the genes encoding functionally uncharacterized proteins (uPE1) are expressed as low as for the missing proteins (less than 1 copy per cell), except the selected cases of HSBP1L1, TMEM241, C18orf21, and KLHL14. The initial expectation that uPE1 genes might be expressed at higher levels than MP genes, was compromised by severe discrepancies in our semi-quantitative gene expression data and in public databanks. Such discrepancy forced us to revisit the transcriptome of Chr18, the target of the Russian C-HPP Consortium. Tanglegram of highly expressed genes and further correlation analysis have shown the severe dependencies on the mRNA extraction method and the analytical platform. Targeted gene expression analysis by quantitative PCR (qPCR) and high-throughput transcriptome profiling (Illumina HiSeq and ONT MinION) for the same set of samples from normal liver tissue and HepG2 cells revealed the detectable expression of 250+ (92%) protein-coding genes of Chr18 (at least one method). The expression of slightly more than 50% protein-coding genes was detected simultaneously by all three methods. Correlation analysis of the gene expression profiles showed that the grouping of the datasets depended almost equally on both the type of biological material and the experimental method, particularly cDNA/mRNA isolation and library preparation.ΠΡΡΡΡΡΡΠ²ΡΡΡΠΈΠ΅ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ ΠΈ ΡΡΠ½ΠΊΡΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡΠ½ΠΎ Π½Π΅ ΠΎΡ
Π°ΡΠ°ΠΊΡΠ΅ΡΠΈΠ·ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΡΠ΅ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ (Π² Π°Π½Π³Π»ΠΎΡΠ·ΡΡΠ½ΠΎΠΉ Π»ΠΈΡΠ΅ΡΠ°ΡΡΡΠ΅ ΠΎΠ±ΠΎΠ·Π½Π°ΡΠ΅Π½Π½ΡΠ΅ ΠΊΠ°ΠΊ missing (MP) ΠΈ functionally uncharacterized proteins (uPE1), ΡΠΎΠΎΡΠ²Π΅ΡΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΠΎ) ΡΠΎΡΡΠ°Π²Π»ΡΡΡ ΠΌΠ΅Π½Π΅Π΅ 5% ΠΎΡ ΠΎΠ±ΡΠ΅Π³ΠΎ ΡΠΈΡΠ»Π° Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ², ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡΡ
Π³Π΅Π½Π°ΠΌΠΈ 18 Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌΡ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ°. Π ΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΠ»ΡΠ³ΠΎΠ΄Π°, Π½Π°ΡΠΈΠ½Π°Ρ Ρ ΡΠ½Π²Π°ΡΡ 2020 Π³ΠΎΠ΄Π°, Π² Π²Π΅ΡΡΠΈΠΈ NextProt Π²ΡΡΠΎΡΠ»ΠΎ ΠΊΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΡΠ²ΠΎ Π·Π°ΠΏΠΈΡΠ΅ΠΉ Π² Π½Π°Π±ΠΎΡΠ°Ρ
Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
MP+uPE1. ΠΠΎΠ΄ΠΎΠ±Π½ΡΠ΅ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΡ ΠΎΠ±ΡΡΠ»ΠΎΠ²Π»Π΅Π½Ρ ΠΏΡΠ΅ΠΈΠΌΡΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΠΎ Π΄ΠΎΡΡΠΈΠΆΠ΅Π½ΠΈΡΠΌΠΈ ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΠΎΠΌΠΈΠΊΠΈ Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π΅ Π°Π½ΡΠΈΡΠ΅Π». Π Π΄Π°Π½Π½ΠΎΠΉ ΡΠ°Π±ΠΎΡΠ΅ ΠΊΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½Π°Ρ ΠΠ¦Π , ΡΠ΅Ρ
Π½ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ Illumina HiSeq ΠΈ Oxford Nanopore Technologies Π±ΡΠ»ΠΈ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅Π½Π΅Π½Ρ Π΄Π»Ρ ΡΡΠ°Π²Π½ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΡΠΎΡΠΈΠ»Ρ ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΡΠΎΠ² ΠΏΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈ ΡΡΠ΅Ρ
Π΄ΠΎΠ½ΠΎΡΠΎΠ² ΠΌΡΠΆΡΠΊΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΠΎΠ»Π° ΠΈ ΠΊΠ»Π΅ΡΠΎΡΠ½ΠΎΠΉ Π»ΠΈΠ½ΠΈΠΈ HepG2. ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
Π°ΡΠ»Π°ΡΠ° ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΠΈ (Expression Atlas, EMBL-EBI) ΠΈ ΠΏΠΎΠ»ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΡ
ΡΠ΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΠΎΠ² ΠΏΠΎ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠΌ ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΡΠ°ΠΌ Ρ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ ΠΎΡΡΠΎΠ³ΠΎΠ½Π°Π»ΡΠ½ΡΡ
ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠ² Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ° ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π», ΡΡΠΎ Π² ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠ°Ρ
ΠΏΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈ ΠΈ HepG2 ΡΡΠΎΠ²Π΅Π½Ρ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠ², ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΡ
ΡΡΠ½ΠΊΡΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡΠ½ΠΎ Π½Π΅ ΠΎΡ
Π°ΡΠ°ΠΊΡΠ΅ΡΠΈΠ·ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΡΠ΅ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ (uPE1), Π½Π°Ρ
ΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡ Π½Π° ΡΠ°ΠΊΠΎΠΌ ΠΆΠ΅ Π½ΠΈΠ·ΠΊΠΎΠΌ ΡΡΠΎΠ²Π½Π΅, ΠΊΠ°ΠΊ ΠΈ Π² ΡΠ»ΡΡΠ°Π΅ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² MP (Π² ΠΊΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅ ΠΌΠ΅Π½Π΅Π΅ 1 ΠΊΠΎΠΏΠΈΠΈ Π½Π° ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΡ). ΠΡΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠΎΡΡΠ°Π²ΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π³Π΅Π½ΠΎΠ²: HSBP1L1, TMEM241, C18orf21 ΠΈ KLHL14. Π‘ΠΎΠ³Π»Π°ΡΠ½ΠΎ ΡΡΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΡΠΌ ΡΠ°ΡΡ
ΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΡΠΌ Π² ΡΠ°Π½Π΅Π΅ ΠΏΠΎΠ»ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΡ
ΠΏΠΎΠ»ΡΠΊΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΡΡ
Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΏΠΎ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΈ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌ Π² ΠΎΡΠΊΡΡΡΡΡ
Π±Π°Π·Π°Ρ
Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
, ΠΈΠ·Π½Π°ΡΠ°Π»ΡΠ½ΠΎ ΠΏΡΠ΅Π΄ΠΏΠΎΠ»Π°Π³Π°Π»ΠΎΡΡ, ΡΡΠΎ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΡ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² uPE1 ΠΌΠΎΠΆΠ΅Ρ Π±ΡΡΡ Π²ΡΡΠ΅, ΡΠ΅ΠΌ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² MP. ΠΠΎΠ΄ΠΎΠ±Π½ΠΎΠ΅ ΡΠ°ΡΡ
ΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΠ±ΡΠ΄ΠΈΠ»ΠΎ ΠΎΠ±ΡΠ°ΡΠΈΡΡΡΡ ΠΊ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΡ 18 Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌΡ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ°, ΡΠ²Π»ΡΡΡΠ΅ΠΉΡΡ ΡΠ΅Π»Π΅Π²ΠΎΠΉ Π΄Π»Ρ Π ΠΎΡΡΠΈΠΈ Π² ΠΏΡΠΎΠ΅ΠΊΡΠ΅ Β«ΠΡΠΎΡΠ΅ΠΎΠΌ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ°Β». ΠΠΎΠ»ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΠ΅ ΡΠ΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ ΠΎ Π½Π°ΠΈΠ±ΠΎΠ»Π΅Π΅ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡΡ
Π³Π΅Π½Π°Ρ
ΠΈ Π΄Π°Π»ΡΠ½Π΅ΠΉΡΠΈΠΉ ΠΊΠΎΡΡΠ΅Π»ΡΡΠΈΠΎΠ½Π½ΡΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π» ΡΡΡΠ΅ΡΡΠ²ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΠΎΡΡΠΈ ΠΎΡ ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄Π° ΡΠΊΡΡΡΠ°ΠΊΡΠΈΠΈ ΠΌΠ ΠΠ ΠΈ Π°Π½Π°Π»ΠΈΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ ΠΏΠ»Π°ΡΡΠΎΡΠΌΡ. ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΠΈ ΡΠ΅Π»Π΅Π²ΡΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ² 18 Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌΡ Ρ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ΠΌ ΠΊΠΎΠ»ΠΈΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΠΎΠΉ ΠΠ¦Π (qPCR) ΠΈ ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠ² Π²ΡΡΠΎΠΊΠΎΠΏΡΠΎΠΈΠ·Π²ΠΎΠ΄ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΏΡΠΎΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΎΠΌΠ° (Illumina HiSeq ΠΈ ONT MinION) Π΄Π»Ρ ΠΎΠ΄ΠΈΠ½Π°ΠΊΠΎΠ²ΡΡ
Π½Π°Π±ΠΎΡΠΎΠ² ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΡΠΎΠ² Π½ΠΎΡΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ ΡΠΊΠ°Π½ΠΈ ΠΏΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈ ΠΈ ΠΊΠ»Π΅ΡΠΎΡΠ½ΠΎΠΉ Π»ΠΈΠ½ΠΈΠΈ HepG2 Π²ΡΡΠ²ΠΈΠ» Π±ΠΎΠ»Π΅Π΅ 250 (92%) Π±Π΅Π»ΠΎΠΊ-ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ², Π΄Π΅ΡΠ΅ΠΊΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡΡ
Ρ
ΠΎΡΡ Π±Ρ ΠΎΠ΄Π½ΠΈΠΌ ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠΌ. ΠΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΡ Π±ΠΎΠ»Π΅Π΅ ΡΠ΅ΠΌ 50% Π±Π΅Π»ΠΎΠΊ-ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π±ΡΠ»Π° Π΄Π΅ΡΠ΅ΠΊΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½Π° Π²ΡΠ΅ΠΌΠΈ ΡΡΠ΅ΠΌΡ ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄Π°ΠΌΠΈ. ΠΠΎΡΡΠ΅Π»ΡΡΠΈΠΎΠ½Π½ΡΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΏΡΠΎΡΠΈΠ»Π΅ΠΉ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π», ΡΡΠΎ ΡΠ΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ Β«Π³ΡΡΠΏΠΏΠΈΡΡΡΡΡΡΒ» Π² Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΠΎΡΡΠΈ ΠΎΡ ΡΠΈΠΏΠ° Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠ³ΠΎ ΠΌΠ°ΡΠ΅ΡΠΈΠ°Π»Π° ΠΈ ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠ°Π»ΡΠ½ΡΡ
ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠ², Π² ΡΠ°ΡΡΠ½ΠΎΡΡΠΈ ΠΎΡ ΡΠΏΠΎΡΠΎΠ±Π° ΠΏΠΎΠ΄Π³ΠΎΡΠΎΠ²ΠΊΠΈ Π±ΠΈΠ±Π»ΠΈΠΎΡΠ΅ΠΊΠΈ (Π²ΡΠ΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΡ ΠΊΠΠΠ, ΠΌΠ ΠΠ). ΠΠ°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΠΎΡΡΡ ΠΎΡ Π²ΡΠ±ΠΎΡΠ° ΡΠΏΠΎΡΠΎΠ±Π° Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ ΠΎΠ±ΡΠ°Π±ΠΎΡΠΊΠΈ Π±ΡΠ»Π° ΠΎΡΠΌΠ΅ΡΠ΅Π½Π° Π² Π·Π½Π°ΡΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎ ΠΌΠ΅Π½ΡΡΠ΅ΠΉ ΡΡΠ΅ΠΏΠ΅Π½ΠΈ