Common Inflammation-Related Candidate Gene Variants and Acute Kidney Injury in 2647 Critically Ill Finnish Patients

Acute kidney injury (AKI) is a syndrome with high incidence among the critically ill. Because the clinical variables and currently used biomarkers have failed to predict the individual susceptibility to AKI, candidate gene variants for the trait have been studied. Studies about genetic predisposition to AKI have been mainly underpowered and of moderate quality. We report the association study of 27 genetic variants in a cohort of Finnish critically ill patients, focusing on the replication of associations detected with variants in genes related to inflammation, cell survival, or circulation. In this prospective, observational Finnish Acute Kidney Injury (FINNAKI) study, 2647 patients without chronic kidney disease were genotyped. We defined AKI according to Kidney Disease: Improving Global Outcomes (KDIGO) criteria. We compared severe AKI (Stages 2 and 3, n = 625) to controls (Stage 0, n = 1582). For genotyping we used iPLEX(TM) Assay (Agena Bioscience). We performed the association analyses with PLINK software, using an additive genetic model in logistic regression. Despite the numerous, although contradictory, studies about association between polymorphisms rs1800629 in TNFA and rs1800896 in IL10 and AKI, we found no association (odds ratios 1.06 (95% CI 0.89-1.28, p = 0.51) and 0.92 (95% CI 0.80-1.05, p = 0.20), respectively). Adjusting for confounders did not change the results. To conclude, we could not confirm the associations reported in previous studies in a cohort of critically ill patients.Peer reviewe

Heme oxygenase-1 repeat polymorphism in septic acute kidney injury

Acute kidney injury (AKI) is a syndrome that frequently affects the critically ill. Recently, an increased number of dinucleotide repeats in the HMOX1 gene were reported to associate with development of AKI in cardiac surgery. We aimed to test the replicability of this finding in a Finnish cohort of critically ill septic patients. This multicenter study was part of the national FINNAKI study. We genotyped 300 patients with severe AKI (KDIGO 2 or 3) and 353 controls without AKI (KDIGO 0) for the guanine-thymine (GTn) repeat in the promoter region of the HMOX1 gene. The allele calling was based on the number of repeats, the cut off being 27 repeats in the S-L (short to long) classification, and 27 and 34 repeats for the S-M-L2 (short to medium to very long) classification. The plasma concentrations of heme oxygenase-1 (HO-1) enzyme were measured on admission. The allele distribution in our patients was similar to that published previously, with peaks at 23 and 30 repeats. The S-allele increases AKI risk. An adjusted OR was 1.30 for each S-allele in an additive genetic model (95% CI 1.01-1.66; p = 0.041). Alleles with a repeat number greater than 34 were significantly associated with lower HO-1 concentration (p<0.001). In septic patients, we report an association between a short repeat in HMOX1 and AKI risk

Adjektiivit ja diskurssit morsianten ja sulhasten kirjoittamissa blogiteksteissä

Tutkin pro gradu -työssäni adjektiiveja ja diskursseja morsianten ja sulhasten kirjoittamissa blogiteksteissä. Tutkimuskysymyksinäni tarkastelen sitä, millaisia morsianten ja sulhasten käyttämät adjektiivit ovat ja millaisissa diskursiivisissa ympäristöissä ne esiintyvät. Lisäksi vertailen morsianten ja sulhasten käyttämiä adjektiiveja: tutkin sitä, käyttävätkö morsiamet ja sulhaset samanlaisiin semanttisiin ryhmiin sijoittuvia adjektiiveja samanlaisissa diskursseissa. Tutkimusmateriaalini koostuu kahden morsiamen ja kahden sulhasen yli sadan sanan mittaisista blogiteksteistä. Jokaiselta kirjoittajalta on tutkimusaineistossani yhteensä 27 tekstiä. Kaikki tekstit olen kerännyt yhden päivän (25.6.2013) aikana. Teoreettisena ja metodisena lähtökohtana tutkimuksessani ovat leksikaalinen semantiikka ja kriittinen diskurssianalyysi. Leksikaalisen semantiikan avulla tarkastelen adjektiivien merkityksiä. Käytännössä adjektiivien merkityksiin syvennyn etenkin Kielitoimiston sanakirjan verkkoversion (2012) avulla. Diskurssianalyysin osalta nojaan työni etenkin Norman Fairclough’n (esim. 1989) ajatuksille. Diskurssianalyysin avulla tarkastelen, millaisia diskursiivisia merkityksiä adjektiiveihin liittyy. Adjektiivien luokittelussa käytän Eila Leppäjärven ja Tuomo Jämsän (1976) luokittelumallia. Tässä semanttisessa luokittelussa adjektiivit jaetaan fyysisiin ja psyykkisiin adjektiiveihin sekä niiden alaryhmiin. Kaikista aineistoni adjektiiveista 72 % on psyykkisiä ja 28 % fyysisiä. Määrällisesti morsianten ja sulhasten tekstien adjektiiviesiintymät vastaavat toisiaan: kaikista aineistoni adjektiiveista 51 % on sulhasten teksteissä ja 49 % morsianten teksteissä. Aineistostani nousi esiin kaksi päädiskurssia, [tunteet] sekä [konkreettiset järjestelytoimenpiteet]. [tunteet] -päädiskurssin taajimmin esiintyviksi aladiskursseiksi nousivat [stressi ja huolet] sekä [kiire]. [konkreettiset järjestelytoimenpiteet] -päädiskurssissa aineistossani korostuivat aladiskurssit [pukeutuminen], [koristelu], [tarjoilu] ja [juhlapaikka]. Analyysissani tarkastelen morsianten ja sulhasten käyttämiä adjektiiveja näissä diskursseissa. Morsianten ja sulhasten käyttämät adjektiivit eroavat hieman toisistaan eri diskursseissa. Häiden aiheuttamista tunteista sekä morsiamet että sulhaset kirjoittavat ainoastaan psyykkisin adjektiivein. Häiden konkreettisista järjestelytoimenpiteistä morsiamet ja sulhaset kirjoittavat käyttäen sekä fyysisiä että psyykkisiä adjektiiveja. Useimmissa [konkeettiiset järjestelytoimenpiteet] -päädiskurssin aladiskursseissa morsiamet käyttävät adjektiiveja useammasta adjektiivien semanttisesta ryhmästä kuin sulhaset. Ainoastaan diskurssissa [tarjoilu] sulhaset käyttävät adjektiiveja useammasta adjektiivien semanttisesta ryhmästä kuin morsiamet. Sekä morsiamet että sulhaset käyttävät tutkimusaineistoni teksteissä enemmän psyykkisiä kuin fyysisiä adjektiiveja. Morsianten käyttämistä adjektiiveista 70 % ja sulhasten käyttämistä adjektiiveista 79 % on psyykkisiä. Psyykkisistä adjektiiveista taajimmin aineistossani esiintyivät psyykkiset emotionaaliset adjektiivit, joka on sekä morsianten että sulhasten teksteissä eniten esiintyvä psyykkisten adjektiivien alaryhmä. Fyysisistä adjektiiveista suurin aineistossani esiintyvä semanttinen alaryhmä on fyysiset reseptiiviset adjektiivit

Heme oxygenase-1 repeat polymorphism in septic acute kidney injury

Abstract Acute kidney injury (AKI) is a syndrome that frequently affects the critically ill. Recently, an increased number of dinucleotide repeats in the HMOX1 gene were reported to associate with development of AKI in cardiac surgery. We aimed to test the replicability of this finding in a Finnish cohort of critically ill septic patients. This multicenter study was part of the national FINNAKI study. We genotyped 300 patients with severe AKI (KDIGO 2 or 3) and 353 controls without AKI (KDIGO 0) for the guanine–thymine (GTn) repeat in the promoter region of the HMOX1 gene. The allele calling was based on the number of repeats, the cut off being 27 repeats in the S–L (short to long) classification, and 27 and 34 repeats for the S–M–L₂ (short to medium to very long) classification. The plasma concentrations of heme oxygenase-1 (HO-1) enzyme were measured on admission. The allele distribution in our patients was similar to that published previously, with peaks at 23 and 30 repeats. The S-allele increases AKI risk. An adjusted OR was 1.30 for each S-allele in an additive genetic model (95% CI 1.01–1.66; p = 0.041). Alleles with a repeat number greater than 34 were significantly associated with lower HO-1 concentration (p&lt;0.001). In septic patients, we report an association between a short repeat in HMOX1 and AKI risk

Using research to prepare for outbreaks of severe acute respiratory infection

Abstract Severe acute respiratory infections (SARI) remain one of the leading causes of mortality around the world in all age groups. There is large global variation in epidemiology, clinical management and outcomes, including mortality. We performed a short period observational data collection in critical care units distributed globally during regional peak SARI seasons from 1 January 2016 until 31 August 2017, using standardised data collection tools. Data were collected for 1 week on all admitted patients who met the inclusion criteria for SARI, with follow-up to hospital discharge. Proportions of patients across regions were compared for microbiology, management strategies and outcomes. Regions were divided geographically and economically according to World Bank definitions. Data were collected for 682 patients from 95 hospitals and 23 countries. The overall mortality was 9.5%. Of the patients, 21.7% were children, with case fatality proportions of 1% for those less than 5 years. The highest mortality was in those above 60 years, at 18.6%. Case fatality varied by region: East Asia and Pacific 10.2% (21 of 206), Sub-Saharan Africa 4.3% (8 of 188), South Asia 0% (0 of 35), North America 13.6% (25 of 184), and Europe and Central Asia 14.3% (9 of 63). Mortality in low-income and low-middle-income countries combined was 4% as compared with 14% in high-income countries. Organ dysfunction scores calculated on presentation in 560 patients where full data were available revealed Sequential Organ Failure Assessment (SOFA) scores on presentation were significantly associated with mortality and hospital length of stay. Patients in East Asia and Pacific (48%) and North America (24%) had the highest SOFA scores of &gt;12. Multivariable analysis demonstrated that initial SOFA score and age were independent predictors of hospital survival. There was variability across regions and income groupings for the critical care management and outcomes of SARI. Intensive care unit-specific factors, geography and management features were less reliable than baseline severity for predicting ultimate outcome. These findings may help in planning future outbreak severity assessments, but more globally representative data are required