Kwalitatieve bemonstering in de zandwinlocatie Hollandse Kust in 2009 Q13K en Q2D op de aanwezigheid van schelpdier voorkomens

In het kader van de vergunningverlening voor een zandwinningconcessie is het gewenst om tegemoet te komen aan de wensen van de Commissie MER om extra zekerheid te verschaffen over de aan- of afwezigheid van schelpenbanken op die plaatsen waar extractie van bodemsediment is voorzien. Daarbij gaat het om een verkenning van het gebied voorafgaande aan de exploitatie. De aandacht gaat daarbij vooral uit naar de schelpdiersoorten Ensis directus, Spisula subtruncata en Spisula solida die van belang zijn als voedsel voor de vogel en habitat richtlijnsoorten schelpdieretende zee-eenden. Op deze beide locaties gaat het dan met name om de zwarte zee-eend (Melanita nigra)

Kwalitatieve bemonsterng in het zandwingebied Zeeland in 2009 S7W, SW0 en S7X op de aanwezigheid van schelpdier banken

In het kader van de vergunningverlening voor een zandwinningconcessie is het vereist dat er voorafgaand aan exploitatie een inventarisatie naar het voorkomen van benthische organismen in het concessie gebied plaatsvindt. Deze inventarisatie wordt normaliter voor aan de aanvang van de exploitatie uitgevoerd. In dit geval bleek de concessie reeds te zijn verleend en de zandwinning was reeds in de week van 23 Maart 2009 begonnen, terwijl de bestandsopname op 1 April 2009 is uitgevoerd. Met de exploitant is evenwel vooraf afgesproken om een deel van het concessiegebied onberoerd te laten voor monitoring en in dit deel is het grootste aantal monsteropname locaties gesitueerd

Verkenning mogelijkheden voor verwijderen Japanse oesters in recreatiezones Grevelingenmeer

De wildgroei van oesters in de recreatiegebieden van het Grevelingenmeer leidt tot overlast voor surfers en badgasten die zich regelmatig verwonden aan de scherpe schelpen. In dit onderzoek is er gekeken naar de mogelijkheden die er zijn om oesters te verwijderen uit de recreatiezones bij de Brouwersdam (Kabbelaarsbank, De Punt en Westrepart)

Mesheften (Ensis directus), halfgeknotte strandschelpen (Spisula subtruncata), kokkels (Cerastoderma edule) en otterschelpen (Lutraria lutraria) in de Nederlandse kustwateren in 2008

Ten behoeve van het beleid voor de visserij op Amerikaanse zwaardschedes (mesheften) (Ensis directus), halfgeknotte strandschelpen (Spisula subtruncata) en kokkels (Cerastoderma edule) heeft Wageningen IMARES, in opdracht van LNV het bestand in de Nederlandse kustwateren geïnventariseerd. Deze inventarisatie is uitgevoerd in het voorjaar van 2008 en is daarmee de veertiende opeenvolgende survey die op deze manier sinds 1995 wordt uitgevoerd

Mesheften (Ensis directus), Strandschelpen (Spisula subtruncata), Kokkels (Cerastoderma edule), Mosselen (Mytilus edulis) en Otterschelpen (Lutraria lutraria) in de Nederlandse kustwateren in 2009

Het doel van deze inventarisaties is het in kaart brengen van de bestanden van commercieel interessante soorten en het weergeven van de fluctuaties in de tijd, ten behoeve van het visserijbeleid. Het onderzoek is in eerste instantie gericht op de Amerikaanse zwaardschede (mesheften) (Ensis directus), de halfgeknotte strandschelp (Spisula subtruncata) en de kokkel (Cerastoderma edule). Daarnaast bleek er een voortgezette toename van een voorheen minder algemene soort, de gewone otterschelp (Lutraria lutraria), tot een niveau dat commerciële exploitatie wellicht mogelijk maakt. In dat perspectief is de otterschelp in de berekening van de bestanden meegenomen

Rice Galaxy: An open resource for plant science

Background: Rice molecular genetics, breeding, genetic diversity, and allied research (such as rice-pathogen interaction) have adopted sequencing technologies and high-density genotyping platforms for genome variation analysis and gene discovery. Germplasm collections representing rice diversity, improved varieties, and elite breeding materials are accessible through rice gene banks for use in research and breeding, with many having genome sequences and high-density genotype data available. Combining phenotypic and genotypic information on these accessions enables genome-wide association analysis, which is driving quantitative trait loci discovery and molecular marker development. Comparative sequence analyses across quantitative trait loci regions facilitate the discovery of novel alleles. Analyses involving DNA sequences and large genotyping matrices for thousands of samples, however, pose a challenge to non−computer savvy rice researchers. Findings: The Rice Galaxy resource has shared datasets that include high-density genotypes from the 3,000 Rice Genomes project and sequences with corresponding annotations from 9 published rice genomes. The Rice Galaxy web server and deployment installer includes tools for designing single-nucleotide polymorphism assays, analyzing genome-wide association studies, population diversity, rice−bacterial pathogen diagnostics, and a suite of published genomic prediction methods. A prototype Rice Galaxy compliant to Open Access, Open Data, and Findable, Accessible, Interoperable, and Reproducible principles is also presented. Conclusions: Rice Galaxy is a freely available resource that empowers the plant research community to perform state-of-the-art analyses and utilize publicly available big datasets for both fundamental and applied science

New polymorphic DNA marker close to the fragile site FRAXA

Abstract DNA from a human-hamster hybrid cell line, 908-K1B17, containing a small terminal portion of the long arm of the human X chromosome as well as the pericentric region of 19q was used as starting material for the isolation of an X-chromosome-specific DNA segment, RN1 (DXS369), which identifies a XmnI RFLP. Linkage analysis in fragile X families resulted in a maximum lod score of 15.3 at a recombination fraction of 0.05 between RN1 and fra(X). Analysis of recombinations around the fra(X) locus assigned RN1 proximal to fra(X) and distal to DXS105. Analysis of the marker content of hybrid cell line 908K1B17 suggests the localization of RN1 between DXS98 and fra(X). Heterozygosity of DXS369 is approximately 50%, which extends the diagnostic potential of RFLP analysis in fragile X families significantly