Emergence of G12P[6] rotavirus strains among hospitalised children with acute gastroenteritis in Belém, Northern Brazil, following introduction of a rotavirus vaccine

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Species A rotavirus still remains a major cause of acute gastroenteritis in infants and young children. Globally, six genotypes (G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[8], G9P[8] and G12P[8]) account for >90% of circulating strains; however, genotype G12 in combination with P[6] or P[9] has been detected at increasing rates. We sought to broaden our knowledge about the rotavirus strains circulating during the early post-vaccine-introduction period. Stool samples were obtained from children hospitalised for acute gastroenteritis in Belém, Northern Brazil, from May 2008 to May 2011 and examined by reverse transcription polymerase chain reaction and nucleotide sequencing. A total of 122 out of the original 1076 rotavirus strains were judged to be non-typeable in the first analysis and were therefore re-examined. G2P[4] was the most prevalent genotype (58.0%), followed by G1P[8] (16.9%), and G12P[6] (7.5%). G12P[6] strains were identified at similar rates during the first (2.5%) and second (3.9%) years, and the rate jumped to 15.6% in the third year. Analysis of VP7 sequences of the G12P[6] strains showed that they belonged to lineage III. In addition, co-circulating G12P[6] strains displaying long and short RNA patterns were found to belong to the Wa-like and DS-1-like constellation, respectively. Additional unusual circulating strains G12P[9] and G3P[9] were also identified. This hospital-based study showed a high prevalence of G12P[6] strains in the third year of surveillance. Our results highlight the need for continuous longitudinal monitoring of circulating rotavirus strains after introduction of rotavirus vaccines in Brazil and elsewhere

Molecular analysis of G3P[6] rotavirus in the Amazon region of Brazil: evidence of reassortment with equine-like strains

Instituto Evandro Chagas. Secretaria de Vigilância em Saúde. Ministério da Saúde.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Aim: To perform a molecular analysis of rotavirus A (RVA) G3P[6] strains detected in 2012 and 2017 in the Amazon region of Brazil. Materials & methods: Eighteen RVA G3P[6] strains were collected from children aged under 10 years hospitalized with acute gastroenteritis, and partial sequencing of each segment genome was performed using Sanger sequencing. Results: Phylogenetic analysis showed that all G3P[6] strains had a DS-1-like genotype constellation. Two strains had the highest nucleotide identities with equine-like G3P[6]/G3P[8] genotypes. Several amino acid alterations in VP4 and VP7 neutralizing epitopes of equine-like RVA G3P[6] strains were observed in comparison with vaccine strains. Conclusion: These findings suggest that equine-like RVA G3P[6] strains have been circulating in the Amazon region of Brazil as a result of direct importation, and support natural RVA evolutionary mechanisms

Detection and genetic characterization of the emergent GII.17_2014 norovirus genotype among children with gastroenteritis from Northern Brazil.

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Norovirus is the most important cause of viral gastroenteritis outbreaks worldwide. Recently, a novel GII.17 norovirus variant emerged and caused epidemics in Asian countries, replacing the GII.4 Sydney 2012 strain in hospitalized cases. In this study we describe the emergence of this novel NoV GII.17_2014 strain in Brazil

DETECÇÃO E CARACTERIZAÇÃO GENÉTICA DE VÍRUS SINCICIAL RESPIRATÓRIO HUMANO EM CASOS DE INFECÇÃO RESPIRATÓRIA AGUDA NO ESTADO DO AMAPÁ, BRASIL, DURANTE O ANO DE 2023

Introdução/Objetivos: As infecções respiratórias agudas (IRA) constituem um importante problema em saúde pública, especialmente aquelas desencadeadas pelo Vírus Sincicial Respiratório (VSR), um dos principais agentes virais associados à doença grave na população pediátrica em todo o mundo. O VSR pertence à família Pneumoviridae, gênero Orthopneumovirus e baseado em suas características antigênicas é classificado em dois subgrupos, VSRA e VSRB. Deste modo, este estudo objetivou identificar o subgrupo mais frequente e caracterizar geneticamente cepas de VSR em amostras oriundas de um surto de IRA, em pacientes de zero a dois anos de idade, ocorrido no Estado do Amapá, no período de março a maio de 2023. Métodos: Para tal, o Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amapá enviou 188 amostras de secreção respiratória para a pesquisa de etiologia viral ao Laboratório de Vírus Respiratórios do Instituto Evandro Chagas (LVR-IEC), Laboratório de Referência junto a Rede Nacional de Vigilância de Influenza e outros vírus respiratórios do Ministério da Saúde. A análise das amostras envolveu a extração do ácido nucleico viral utilizando kit comercial, detecção e definição do subgrupo de VSR por Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em tempo real precedida de Transcrição Reversa (RT-qPCR) e sequenciamento do genoma completo pela abordagem de metagenômica shotgun, na plataforma NextSeq 500 Illumina. Resultados: Das 188 amostras analisadas, 96 (51,06%) foram positivas para VSR, destas 61 (63,54%) pertencem ao subgrupo A e 16 (16,66%) ao B, em 19 amostras não foi possível identificar o subgrupo. O sequenciamento genômico foi realizado em duas cepas do subgrupo A e quatro do B. A análise genômica demonstrou que as cepas de VSRA agruparam no clado GA2.3.5 e as do subgrupo VSRB no clado GB5.0.5a. Conclusão: Nossos dados corroboram o importante papel do VSR na indução de IRA em pacientes pediátricos, com o VSRA sendo predominante na população investigada. A análise genética não evidenciou mudanças que possam conferir maior virulência, patogenicidade e/ou transmissibilidade das cepas detectadas no Amapá. Acredita-se que as medidas de proteção adotadas durante a pandemia de COVID-19 afetaram a circulação de outros vírus respiratórios, como o VSR, criando, desta forma, grupos suscetíveis à infecção. Nossos dados reforçam a importância do monitoramento constante do VSR, para auxiliar no melhor manejo clínico e controle de infecções por esse patógeno em crianças

Detection and molecular characterization of rotavirus and picobirnavirus in wild avians from Amazon Forest

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Geoprocessamento. Ananindeua, PA, Brasil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.Indian Veterinary Research Institute. IndiaUniversity of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.The present study reports the detection and molecular characterization of rotavirus A (RVA), rotavirus D (RVD), rotavirus F (RVF), rotavirus G (RVG) and picobirnavirus (PBV) in fecal specimens of wild and exotic birds (n = 23) from different cities of Pará state, which were hospitalized at Veterinary Hospital of the Federal University of Pará, Brazil, between January 2018 to June 2019. The animals exhibited different clinical signs, such as diarrhea, malnutrition, dehydration and fractures. The results showed 39.1% (9/23) of positivity for RVA by RT-qPCR. Among these, one sample (1/9) for the NSP3 gene of T2 genotype was characterized. About 88.9% (8/9) for the VP7 gene belonging to G1, equine-like G3 and G6 genotypes, and 55.5% (5/9) for the VP4 gene of P[2] genotype were obtained. In the current study, approximately 4.5% of the samples (1/23) revealed coinfection for the RVA, RVD and RVF groups. Furthermore, picobirnavirus (PBV) was detected in 1 of the 23 samples tested and was classified in the Genogroup I. The findings represent the first report of the circulation of RVA, RVD, RVF, RVG and PBV genotypes in wild birds in Brazil and suggest the possible interspecies transmission of RVs and PBVs

Ocurrence of rotavirus and picobirnavirus in wild and exotic avian from amazon forest

National Development Agency Council for Scientific and Technological Development (Grant: 133547/2018-3 and Grant: 308459/2019-9); Coordination for the Improvement of Higher Education (Grant: 88882.459702/2019-01); Amazon Foundation for Support to Studies and Research in Pará (Grant: PRO3958- 2019)Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Geoprocessamento . Ananindeua, PA, Brasil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.University of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.Federal University of Pará. Belém, PA, Brazil.Indian Veterinary Research Institute. Izatnagar, Bareilly, IndiaUniversity of the State of Pará. Institute of Veterinary Medicine. Castanhal, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.The present study reports the occurrence of rotavirus A (RVA), rotavirus D (RVD), rotavirus F (RVF), rotavirus G (RVG), and picobirnavirus (PBV) in fecal specimens of wild (n = 22), and exotic birds (n = 1) from different cities of Para´ state. These animals were hospitalized at Veterinary Hospital of the Federal University of Para´, Brazil, in a period from January 2018 to June 2019. The animals exhibited different clinical signs, such as diarrhea, malnutrition, dehydration, and fractures. The results showed 39.1% (9/23) of positivity for RVA by RT-qPCR. Among these, one sample (1/9) for the NSP3 gene of T2 genotype was characterized. About 88.9% (8/9) for the VP7 gene belonging to G1, G3 equine like and G6 genotypes, and 55.5% (5/9) for the VP4 gene of P[2] genotype were obtained. In the current study, approximately 4.5% of the samples (1/23) revealed coinfection for the RVA, RVD and RVF groups. Furthermore, picobirnavirus (PBV) was detected in one of the 23 samples tested, and was classified in the Genogroup I. The findings represent the first report of RVA, RVD, RVF, RVG, and PBV genotypes in wild birds in Brazil, and due to wide distribution it can implies potential impacts of RVs, and PBVs on avian health, and other animals contributing to construction of new knowledge, and care perspectives

Prevalence of rotavirus and human bocavirus in immunosuppressed individuals after renal transplantation in the Northern Region of Brazil

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Epidemiologia e Vigilância em Saúde. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Immunosuppressive therapy causes severe impairment of host defense and diarrhea is a frequent complication in renal transplant recipients. This study aimed to describe the occurrence of Rotavirus A (RVA) and Human Bocavirus (HBoV) in fecal samples of immunosuppressed patients submitted to renal transplantation during posttransplant follow‐up. A longitudinal study was carried out involving a 25‐patient cohort, selected for kidney transplantation. A total of 126 fecal samples were collected between May 2014 and May 2016. Molecular techniques were used to detect and characterize circulating RVA and HBoV genotypes and statistical analysis were applied to verify the association between epidemiological and clinical characteristics. The prevalence of RVA and HBoV was 24% (6/25) and 40% (10/25), respectively. Among RVA and HBoV positive cases, the majority was female; did not conduct water treatment nor had adequate sewage facilities. The most detected genotypes were RVA G3 (62.5%) and HBoV‐3 (95%). Phylogenetic analysis of HBoV strains indicated that studied samples were similar to those found in Asian and American countries. The present study point out the circulation of these viral agents among immunosuppressed individuals and these findings will enable the construction of new knowledge and care perspectives on the cause of diarrhea in this population

Correction: Rotavirus A in wild and domestic animals from areas with environmental degradation in the Brazilian Amazon.

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pone.0209005.]

Rotavirus A in wild and domestic animals from areas with environmental degradation in the Brazilian Amazon.

Acute gastroenteritis is one of the main causes of mortality in humans and young animals. Domestic and mainly wild animals such as bats, small rodents and birds are highly diversified animals in relation to their habitats and ecological niches and are widely distributed geographically in environments of forest fragmentation in some areas of the Amazon, being considered important sources for viruses that affect humans and other animals. Due to the anthropical activities, these animals changed their natural habitat and adapted to urbanized environments, thus representing risks to human and animal health. Although the knowledge of the global diversity of enteric viruses is scarce, there are reports demonstrating the detection of rotavirus in domestic animals and animals of productive systems, such as bovines and pigs. The present study investigated the prevalence of Rotavirus A in 648 fecal samples of different animal species from the northeastern mesoregion of the state of Pará, Brazil, which is characterized as an urbanized area with forest fragments. The fecal specimens were collected from October 2014 to April 2016 and subjected to a Qualitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR), using the NSP3 gene as a target. It was observed that 27.5% (178/648) of the samples presented positive results for RVA, with 178 samples distributed in birds (23.6%), canines (21.35%), chiropterans (17.98%), bovines (14.6%), horses (8.43%), small rodents (6.74%), pigs (3.93%) and felines (3.37%), demonstrating the circulation of RVA in domestic animals and suggesting that such proximity could cause transmissions between different species and the occurrence of rearrangements in the genome of RVA as already described in the literature, associated to the traces of environmental degradation in the studied areas