Maldi-Tof mass spectometry as a routine technique for identification of typical and atypical mycobacteria in the Laboratory of Clinical Microbiology

Introducción y Objetivo: Del género Mycobacterium se han descrito más de 120 especies de micobacterias diferentes de crecimiento lento y rápido. Estos microorganismos producen una importante morbilidad en humanos, incluyendo infecciones de tipo pulmonar, en la piel y tejidos blandos y enfermedad diseminada siendo el diagnóstico rápido y preciso es de gran importancia. Material y Métodos: La población de estudio de nuestro trabajo fueron 75 aislados de micobacterias procedentes de cultivo en medio sólido Lowenstein-Jensen. El diagnóstico fue realizado mediante técnicas moleculares de PCR e hibridación inversa: GenoType Mycobacterium CM y GenoType Mycobacterium AS. De forma paralela las cepas se identificaron mediante espectrometría de masas MALDITOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization– Time of Flight Mass Spectrometry). Resultados: La concordancia global de resultados entre la identificación realizada mediante PCR y la tecnología MALDI-TOF fue del 97%, con un coeficiente kappa de correlación de 0.929 (correlación excelente entre 0.081-1.0). Conclusiones: Nuestros resultados indican que es bastante factible incorporar MALDI-TOF MS para la identificación rutinaria de micobacterias en el flujo de trabajo del laboratorio de microbiología clínica.Introduction and aim: in the Mycobacterium genus have been described more than 120 species of Mycobacteria other than growth slow and fast. These microorganisms produce significant morbidity in humans, including type pulmonary infections, skin and soft tissues and disseminated disease being the rapid and precise is of great importance. Material and methods: the study population of our work were 75 isolated Mycobacteria from cultivation in solid Lowenstein-Jensen medium. The diagnosis was made by molecular techniques of PCR and reverse hybridization: GenoType Mycobacterium CM and GenoType Mycobacterium AS. Parallel strains were identified by mass spectrometry MALDITOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry). Results: The overall agreement of results between the identification made by PCR and MALDI-TOF technology was 97, with a coefficient of correlation of 0.929 kappa (excellent correlation between 0.081-1.0). Conclusions: Our results indicate that it is quite feasible to incorporate MALDI-TOF MS for routine identification of Mycobacteria in the clinical microbiology laboratory workflow

3d model identification of a soft robotic neck

Soft robotics is becoming an emerging solution to many of the problems in robotics, such as weight, cost and human interaction. In order to overcome such problems, bio-inspired designs have introduced new actuators, links and architectures. However, the complexity of the required models for control has increased dramatically and geometrical model approaches, widely used to model rigid dynamics, are not enough to model these new hardware types. In this paper, different linear and non-linear models will be used to model a soft neck consisting of a central soft link actuated by three motor-driven tendons. By combining the force on the different tendons, the neck is able to perform a motion similar to that of a human neck. In order to simplify the modeling, first a system input¿output redefinition is proposed, considering the neck pitch and roll angles as outputs and the tendon lengths as inputs. Later, two identification strategies are selected and adapted to our case: set membership, a data-driven, nonlinear and non-parametric identification strategy which needs no input redefinition; and Recursive least-squares (RLS), a widely recognized identification technique. The first method offers the possibility of modeling complex dynamics without specific knowledge of its mathematical representation. The selection of this method was done considering its possible extension to more complex dynamics and the fact that its impact in soft robotics is yet to be studied according to the current literature. On the other hand, RLS shows the implication of using a parametric and linear identification in a nonlinear plant, and also helps to evaluate the degree of nonlinearity of the system by comparing the different performances. In addition to these methods, a neural network identification is used for comparison purposes. The obtained results validate the modeling approaches proposed.Funding: The research leading to these results has received funding from the project Desarrollo de articulaciones blandas para aplicaciones robóticas, with reference IND2020/IND-1739, funded by the Comunidad Autónoma de Madrid (CAM) (Department of Education and Research), and from RoboCity2030-DIH-CM, Madrid Robotics Digital Innovation Hub (Robótica aplicada a la mejora de la calidad de vida de los ciudadanos, FaseIV; S2018/NMT-4331), funded by “Programas de Actividades I+D en la Comunidad de Madrid” and cofunded by Structural Funds of the EU

In vitro efficacy of daptomycin and teicoplanin combined with ethanol, clarithromycin or gentamicin as catheter lock solutions

Journal Article;BACKGROUND Despite widespread use, optimum choice of antimicrobial agents, concentrations, combinations and exposure times have not been determined for antibiotic lock technique (ALT). Our objective was to evaluate the efficacy of different antibiotic combinations using an in vitro model of catheter-related infection. Daptomycin (DAP) 5 mg/mL, teicoplanin (TEC) 5 mg/mL, both alone and combined with gentamicin (GM) 2.5 mg/mL, clarythromycin (CLA) 5 mg/mL or ethanol 35 % were evaluated against four clinical strains of methicillin resistant coagulase negative staphylococci. Lock solutions were renewed every 24 h. RESULTS After 72 h catheters were reincubated with culture media to investigate bacterial regrowth. All antibiotic combinations resulted in significant reductions (p < 0.05) of Log(10) cfu/mL at 72 h for both organisms compared with controls. DAP resulted in significant reductions of Log(10) for all organism versus TEC (p = 0.001). Only DAP reached the limit of detection at 72 h, however did not prevent regrowth after 24 h of ALT removal. DAP + Ethanol and TEC + ethanol eradicated biofilm at 72 h, but only DAP + ethanol (against all strains) and DAP + CLA (against two strains) prevented regrowth at 24 h after ALT removal. CONCLUSIONS Based on these data, ALT with DAP + ethanol and DAP + CLA should be explored in clinical trials.Ye

Carbapenemase detection in Pseudomonas aeruginosa by MALDI-TOF MS mass spectrometry

Introducción: Las bacterias gramnegativas, especialmente Pseudomonas, presentan con frecuencia resistencia a múltiples antibióticos incluyendo carbapenemes. La resistencia a carbapanemes se ha incrementado en los últimos años causada por alteraciones de membrana o por la producción de carbapenemasas. Objetivo: Valorar la utilización de la espectrometría de masas MALDI-TOF MS® para la detección de carbapenemasas clase A o B en Pseudomonas aeruginosa. Material y métodos: Partiendo de 12 aislados de Pseudomonas aeruginosa productoras de carbapenemasas clase A o B identificados mediante método de difusión disco-placa, tipificadas usando los discos: meropenem 10µg, meropenem 10µg + ácido borónico, meropenem 10µg + cloxacilina y meropenem 10µg + ácido dipicolínico (Rosco Diagnostica), hemos analizado posibles picos de hidrólisis del meropenem tras la acción de las carbapenemasas mediante espectrometría de masas MALDI-TOF MS®. Como controles negativos se utilizaron 25 cepas de Pseudomonas aeruginosa sensibles a meropenem y 8 cepas de Pseudomonas aeruginosa con impermeabilidad de membrana, no detectables mediante la metodología utilizada. Resultados: De las 12 cepas productoras de carbapenemasas clase A o B, (2/12 clase A, 10/12 clase B), la técnica de espectrometría de masas MALDI-TOF MS® detectó picos de degradación del antibiótico en estudio correspondientes a la presencia de carbapenemasas en 11/12 casos (94.4%). En las cepas usadas como controles negativos, la espectrometría de masas MALDI-TOF MS® indicó la ausencia de carbapenemasas clase A o B en 31/33 (93.9%) casos. Conclusión: La espectrometría de masas MALDI-TOF MS® puede ser una herramienta útil para la confirmación de carbapenemasas clase A y B en Pseudomonas aeruginosa.Introduction: Gram-negative bacteria especially Pseudomonas are resistance to multiple antibiotics including carbapenems. Carbapanemes resistance has increased in recent years caused by alterations of membrane or the production of carbapenemases. Objective: Assess the use of MALDI-TOF MS® mass spectrometry for the detection of carbapenemases class A or B in Pseudomonas aeruginosa. Material and methods: From isolated from Pseudomonas aeruginosa producing carbapenemases 12 class A or B identified by diffusion method disco-plate, classified using disks: meropenem 10μg, meropenem 10μg + boronic acid, meropenem 10μg + cloxacillin and meropenem 10μg + acid dipicolinic (Rosco Diagnostica), we analyzed possible hydrolysis of meropenem peaks after the action of the carbapenemases by MALDI-TOF MS® mass spectrometry. As negative controls were used 25 strains of Pseudomonas aeruginosa sensitive to meropenem and 8 strains of Pseudomonas aeruginosa with waterproof membrane, not detectable by the methodology used. Results: Of the 12 strains producing carbapenemases class A or B, (2/12 class A, 10/12 class B), MALDI-TOF MS® mass spectrometry technique detected peaks of degradation of the antibiotic in study to the presence of carbapenemases in 11/12 cases (94.4%). The strains used as controls negative, MALDI-TOF MS® mass spectrometry indicated the absence of carbapenemases class A or B at 31/33 cases (93.9%). Conclusion: MALDI-TOF MS® mass spectrometry can be a useful tool for the confirmation of carbapenemases class A and B in Pseudomonas aeruginosa

Sepsityper® for rapid identification of microorganisms from positive blood cultures

Nuestro estudio ha evaluado las ventajas de la utilización del kit Sepsityper® para la identificación rápida de microorganismos a partir de hemocultivos positivos, acompañado de la tecnología de espectrometría de masas MALDITOF MS®, en comparación con los métodos tradicionales empleados para el diagnóstico de bacteriemia. Para la identificación del microorganismo en 379 hemocultivos positivos en el Departamento de Microbiología del Hospital Universitario San Cecilio, se aplicó la espectrometría de masas MALDITOF MS® utilizando el sistema Sepsityper® (Bruker) y se comparó con la identificación mediante métodos convencionales (Wider, Vitek II, Api). La correlación de resultados de los dos esquemas diagnósticos fue determinada estadísticamente por el coeficiente de correlación kappa. La distribución de los aislamientos fue de un 24,7 % de Bacilos Gram negativos (BGN) y 75,3 % de microorganismos Cocos Gram positivos (CGP). La concordancia global de resultados fue del 95,8 % en la especie (k = 0,928) y del 98,7 % en el género (k = 0,977), siendo el porcentaje de identificaciones fallidas del 1,3%. Para BGN hubo una concordancia de resultados del 95,2 % (k = 0,928, especie), y 100 % (k = 1, género). Respecto a los CGP, la concordancia fue del 98,2 % en género (k = 0,931), y del 82,5 % (k = 0,627) a nivel de especie. En nuestra experiencia se ha observado una ganancia de al menos 13–23h en la identificación a nivel de especie. La utilización del kit Sepsityper® para la identificación rápida de microorganismos a partir de hemocultivos positivos, acompañado de MALDITOF MS®, muestra una excelente correlación respecto a la identificación realizada a través de la metodología convencional, con una importante disminución del tiempo hasta la identificación.Our study has evaluated the advantages of using Sepsityper® kit for a fast identification of microorganisms from positive blood cultures, along with the mass spectrometry technology MALDITOF-MS®, compared to traditional methods used for diagnosis of bacteremia. To identify the microorganism isolated from the 379 positive blood cultures (BC +) the Department of Microbiology, University Hospital San Cecilio, MALDITOFMS® mass spectrometry along with Sepsityper® (Bruker) were applied and it was compared to the conventional methods for the identification of this organism. The correlation of results between these two diagnostic schemes was statistically determined by kappa correlation coefficient. The distribution of the isolates was 24.7% for Gram negative bacilli (GNB) and 75.3% for Gram-positive cocci (GPC). The overall concordance of results was 95.8% within the species (k = 0.928) and 98.7% within the genus (k = 0.977), with a failed-identification percentage of 1.3%. For GNB there was a concordance of results of 95.2% (k = 0.928, species), and 100% (k = 1, genus). Regarding the GPC, the concordance was 98.2% within the genus (k = 0.931), and 82.5% (k = 0.627) at the species level. According to our experience there was a gain of at least 13-23 hours in the identification of the microorganisms at the species level. The use of Sepsityper® kit for the rapid identification of microorganisms from positive blood cultures, along with MALDITOF-MS®, show an excellent correlation compared to identification made by the conventional methods, with a significant reduction in time until identification

Asistencia virtual para apoyo de profesores en nuestra página web

El desarrollo de la inteligencia artificial ofrece metodologías innovadoras. El asistente virtual puede resultar de gran utilidad para un contacto y formación permanente, y es una realidad en creciente expansión en el ámbito empresarial. Este proyecto de innovación se apoya en cuestiones de desarrollo tecnológico de nuestra realidad social, cada vez más inmersa en un mundo de ciencia, tecnología e ingeniería, que se va extendiendo rápidamente al resto de disciplinas científicas. El principal objetivo del proyecto es incorporar de forma beneficiosa la tecnología y utilizarla al servicio del aprendizaje. En un entorno de aprendizaje que requiere capacidad de juicio y de pensamiento crítico para la de toma de decisiones, es importante hacer partícipes a los profesores en la búsqueda de sus necesidades no resueltas y la adopción de posibles soluciones, utilizando la tecnología más moderna. Además, también en una sociedad que avanza a una velocidad imparable en el ámbito digital, facilitar el acceso a información de forma global, beneficia no sólo a los alumnos, sino también a los profesores, y aporta valor añadido a la Universidad Complutense de Madrid. Tras la experiencia del confinamiento en la etapa Covid19 y el teletrabajo la asistencia virtual es una necesidad. La originalidad del Proyecto estriba precisamente en el planteamiento de la incorporación de la asistencia virtual e inteligencia artificial para la asistencia y apoyo a los profesores. En el ámbito europeo es cada vez mayor la preocupación por el uso y aplicaciones de la tecnología. Por ello, en primer lugar, es importante detectar las necesidades reales de los profesores, las lagunas de información y las dificultades para encontrarla, habilitando encuestas y grupos de trabajo, y profundizar sobre las cuestiones de interés a juicio de todos los implicados

¿Necesitamos un asistente virtual para apoyo y formación permanente de profesores, alumnos y egresados en nuestra página web?

Se trata de identificar las necesidades no resueltas y otras cuestiones de interés, y proponer la utilización del asistente virtual como herramienta de apoyo en el acceso, la formación presente y futura, con carácter permanente, al alumno y al profesor; ello supone su utilidad en el momento presente y en el futuro, como herramienta de formación y acceso permanente. La originalidad del Proyecto estriba precisamente en el planteamiento de la incorporación de la asistencia virtual e inteligencia artificial para la asistencia y apoyo a los alumnos y profesores. El uso de la tecnología es cada vez más mayor, y puede revertir en beneficio al alumno desde una perspectiva más amplia de la que un profesor individualmente puede ofrecerle; se lograría así el acceso a la información con una intervención humana mínima, en cualquier momento y en cuestiones generales de amplio espectro, al que cada profesor en su especialidad no llega a abarcar, y los programas voluntarios de mentorías tampoco

Role of age and comorbidities in mortality of patients with infective endocarditis

[Purpose]: The aim of this study was to analyse the characteristics of patients with IE in three groups of age and to assess the ability of age and the Charlson Comorbidity Index (CCI) to predict mortality. [Methods]: Prospective cohort study of all patients with IE included in the GAMES Spanish database between 2008 and 2015.Patients were stratified into three age groups:<65 years,65 to 80 years,and ≥ 80 years.The area under the receiver-operating characteristic (AUROC) curve was calculated to quantify the diagnostic accuracy of the CCI to predict mortality risk. [Results]: A total of 3120 patients with IE (1327 < 65 years;1291 65-80 years;502 ≥ 80 years) were enrolled.Fever and heart failure were the most common presentations of IE, with no differences among age groups.Patients ≥80 years who underwent surgery were significantly lower compared with other age groups (14.3%,65 years; 20.5%,65-79 years; 31.3%,≥80 years). In-hospital mortality was lower in the <65-year group (20.3%,<65 years;30.1%,65-79 years;34.7%,≥80 years;p < 0.001) as well as 1-year mortality (3.2%, <65 years; 5.5%, 65-80 years;7.6%,≥80 years; p = 0.003).Independent predictors of mortality were age ≥ 80 years (hazard ratio [HR]:2.78;95% confidence interval [CI]:2.32–3.34), CCI ≥ 3 (HR:1.62; 95% CI:1.39–1.88),and non-performed surgery (HR:1.64;95% CI:11.16–1.58).When the three age groups were compared,the AUROC curve for CCI was significantly larger for patients aged <65 years(p < 0.001) for both in-hospital and 1-year mortality. [Conclusion]: There were no differences in the clinical presentation of IE between the groups. Age ≥ 80 years, high comorbidity (measured by CCI),and non-performance of surgery were independent predictors of mortality in patients with IE.CCI could help to identify those patients with IE and surgical indication who present a lower risk of in-hospital and 1-year mortality after surgery, especially in the <65-year group

All-cause mortality in the cohorts of the Spanish AIDS Research Network (RIS) compared with the general population: 1997Ł2010

Abstract Background: Combination antiretroviral therapy (cART) has produced significant changes in mortality of HIVinfected persons. Our objective was to estimate mortality rates, standardized mortality ratios and excess mortality rates of cohorts of the AIDS Research Network (RIS) (CoRIS-MD and CoRIS) compared to the general population. Methods: We analysed data of CoRIS-MD and CoRIS cohorts from 1997 to 2010. We calculated: (i) all-cause mortality rates, (ii) standardized mortality ratio (SMR) and (iii) excess mortality rates for both cohort for 100 personyears (py) of follow-up, comparing all-cause mortality with that of the general population of similar age and gender. Results: Between 1997 and 2010, 8,214 HIV positive subjects were included, 2,453 (29.9%) in CoRIS-MD and 5,761 (70.1%) in CoRIS and 294 deaths were registered. All-cause mortality rate was 1.02 (95% CI 0.91-1.15) per 100 py, SMR was 6.8 (95% CI 5.9-7.9) and excess mortality rate was 0.8 (95% CI 0.7-0.9) per 100 py. Mortality was higher in patients with AIDS, hepatitis C virus (HCV) co-infection, and those from CoRIS-MD cohort (1997. Conclusion: Mortality among HIV-positive persons remains higher than that of the general population of similar age and sex, with significant differences depending on the history of AIDS or HCV coinfection

Mutaciones en la región determinante de sensibilidad a Interferón (ISDR) en el virus de la hepatitis C. Relación con la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina

Tesis Univ. Granada. Departamento de Microbiología. Leída el 8 de junio de 200