Intra-host dynamics and co-receptor usage of HIV-1 quasi-species in vertically infected patients with phenotypic switch

HIV-1 infection through vertical transmission provides a good model to evaluate intra-host viral evolution and allows to gain insight into the dynamics of viral populations. Our aim was to assess the diversity and dynamics of X4- and R5-using HIV-1 variants in vertically infected children who presented a switch in SI/ NSI phenotype in MT-2 cell assays during chronic infection. Through molecular cloning and next generation sequencing of the C2-V5 env fragment, we investigated HIV-1 evolution and co-receptor usage based on V3 loop prediction bioinformatic tools of longitudinal samples obtained from 4 children. In all cases, the phylogenetic relationships were assessed by Maximum-Likelihood trees constructed with MEGA 6.0. In two cases, V3 loop sequences predicted exclusively R5-using and or X4-using strains, while in another two a higher degree of concordance was observed between the phenotypic and genotypic characteristics. In 3 of the 4 cases, C2-V5 env sequences from different time points were intermingled in phylogenetic trees, with no segregation neither by time or tropism. In only one case monophyletic clustering defined groups of sequences with different co-receptor usage. Comparison of amino acid frequency between isolates with SI and NSI phenotype allowed the identification of 9 possible genetic determinants in subtype F C2-V5 region of env associated to SI/ NSI phenotype in these patients, one of which had previously been reported for subtype B. Overall, we found a low degree of correlation between phenotypic and genotypic properties of HIV-1 quasispecies in patients under chronic infection. Whether HIV-1 subtype or other factors influence the evolution of HIV-1 in vivo will require further research.Fil: Fernández, María Florencia. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Distefano, Maximiliano Ezequiel. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; ArgentinaFil: Mangano, Andrea María Mercedes. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sen, Luisa. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

APOBEC3-mediated editing in HIV type 1 from pediatric patients and its association with APOBEC3G/CUL5 polymorphisms and Vif variability

The APOBEC3 proteins are cytidine deaminases that can introduce G→A mutations in the HIV-1 plus DNA strand. This editing process may inhibit virus replication through lethal mutagenesis (hypermutation), but could also contribute to viral diversification leading to the emergence of escape forms. The HIV-1 Vif protein has the capacity to counteract APOBEC3 factors by recruiting a CUL5-based ubiquitin ligase complex that determines their proteasomal degradation. In this work, we analyzed the APOBEC3-mediated editing in proviral HIV-1 from perinatally infected children (n=93) in order to explore its association with polymorphisms of APOBEC3G and CUL5 genes (APOBEC3G H186R, APOBEC3G C40693T, and CUL5 SNP6), the Vif protein variability, and also the time to AIDS development. To calculate the level of editing, we have developed an index exploiting the properties of a region within the HIV-1 pol gene that includes the central polypurine tract (cPPT). We detected a reduced editing associated with the CUL5 SNP6 minor allele and also with certain Vif variants (mutations at sites 46, 122, and 160), although we found no evidence supporting an impact of APOBEC3 activity on disease progression. Thus, our findings suggest that APOBEC3-mediated editing of HIV-1 could be modulated by host and virus genetic characteristics in the context of pediatric infection.Fil: de Maio, Federico Andres. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Rocco, Carlos Alberto. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; ArgentinaFil: Bologna, Rosa. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; ArgentinaFil: Mangano, Andrea María Mercedes. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sen, Luisa. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Implementación del estudio farmacogenético de hipersensibilidad al abacavir HLA-B*5701 en Argentina

Introducción: El abacavir (ABC) es un antirretroviral inhibidor de la transcriptasa reversa del virus HIV-1 que está fuertemente asociado al desarrollo de reacciones de hipersensibilidad en individuos portadores del alelo HLA-B*5701. Objetivos: determinar la prevalencia del alelo HLA-B*5701 en pacientes HIV-1 positivos y en una población control de Argentina. Materiales y métodos: desde enero de 2012 hasta octubre de 2013 se estudiaron 869 pacientes HIV-1 positivos y 63 individuos no infectados con HIV-1. La detección del alelo HLA-B*5701 se realizó mediante un ensayo in house basado en la técnica de PCR en tiempo real, diseñado en nuestro laboratorio y validado según guías internacionales. Resultados: el primero de enero de 2012 se implementó el estudio farmacogenético para la detección de hipersensibilidad al ABC en los pacientes incluidos en el Programa VIH/sida de la Dirección de SIDA y ETS, y en los niños infectados con HIV-1 del Hospital Garrahan. Para ello se adoptó un protocolo de envío, recepción y procesado de las muestras, con un informe detallado de los resultados. El alelo HLA-B*5701 se detectó en 42 individuos infectados con HIV-1 y en 3 individuos no infectados. Conclusiones: La prevalencia del alelo HLA-B*5701 en la población de pacientes infectados con HIV-1 y la población control fue similar (4,8 %), lo cual sugiere que la presencia de este alelo no influye en la infección por HIV-1. Esta prevalencia fue similar a la reportada para otras poblaciones de origen caucásico.Fil: Moragas, Matías. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gurevich Messina, Juan Manuel. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mecikovsky, Debora. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; ArgentinaFil: Bologna, Rosa. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; ArgentinaFil: Bissio, Emiliano. Ministerio de Salud de la Nación; ArgentinaFil: Falistoco, Carlos. Ministerio de Salud de la Nación; ArgentinaFil: Sen, Luisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; ArgentinaFil: Mangano, Andrea María Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría ; Argentin

Composition and dynamics of the fungal population in a typical Phaeozem luvico in Argentina

The decomposer soil community maintains the arable soil ecosystem for the nutrient turnover. Here, we studied the dynamics of the soil fungal populations in a typical Phaeozem luvico in Argentina and related it to the management practices. Soil samples (at 0–10 cm depth) were collected from a field cultivated with wheat, at different sampling times: at post-harvest, before sowing, and at tillering. The relative abundance of individuals in the population on Nash Snyder and Oxgall agar media was assessed as colony forming units (CFU). The fungal population was classified by numerical taxonomy at the different sampling times. The highest values of CFU g−1 of soil were found at post-harvest under reduced tillage and differed significantly from those at conventional tillage. The genera Trichoderma, Fusarium, Aspergillus, Penicillium, and Fusarium oxysporum were present in the largest number of samples and discriminated the fungal community between times. This discrimination could be related to alterations in the availability of carbon sources during stubble degradation at post-harvest and before sowing and were of lesser importance at tillering.Centro de Investigaciones en Fitopatologí

SISGENHIV - Sistema Informático de Secuencias Genéticas de HIV

SISGENHIV es la primera herramienta bioinformática para el análisis conjunto de datos clínicos y genéticos aplicada al ámbito hospitalario. Fue construida por un equipo interdisciplinario de especialistas en biología molecular y en informática, que tomaron el desafío de unir distintos conocimientos y experiencias para mejorar la calidad del seguimiento de los niños con HIV.SISGENHIV is the first bioinformatics tool applied to the hospital setting for joint analysis of clinical and genetic data. It was built by an interdisciplinary team of specialists in molecular biology and computer science, who took the challenge of joining different knowledge and experiences to improve the quality of monitoring of children with HIV.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

SISGENHIV - Sistema Informático de Secuencias Genéticas de HIV

SISGENHIV es la primera herramienta bioinformática para el análisis conjunto de datos clínicos y genéticos aplicada al ámbito hospitalario. Fue construida por un equipo interdisciplinario de especialistas en biología molecular y en informática, que tomaron el desafío de unir distintos conocimientos y experiencias para mejorar la calidad del seguimiento de los niños con HIV.SISGENHIV is the first bioinformatics tool applied to the hospital setting for joint analysis of clinical and genetic data. It was built by an interdisciplinary team of specialists in molecular biology and computer science, who took the challenge of joining different knowledge and experiences to improve the quality of monitoring of children with HIV.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

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