Protein Repeats from First Principles

Some natural proteins display recurrent structural patterns. Despite being highly similar at the tertiary structure level, repeating patterns within a single repeat protein can be extremely variable at the sequence level. We use a mathematical definition of a repetition and investigate the occurrences of these in sequences of different protein families. We found that long stretches of perfect repetitions are infrequent in individual natural proteins, even for those which are known to fold into structures of recurrent structural motifs. We found that natural repeat proteins are indeed repetitive in their families, exhibiting abundant stretches of 6 amino acids or longer that are perfect repetitions in the reference family. We provide a systematic quantification for this repetitiveness. We show that this form of repetitiveness is not exclusive of repeat proteins, but also occurs in globular domains. A by-product of this work is a fast quantification of the likelihood of a protein to belong to a family.Fil: Turjanski, Pablo Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; ArgentinaFil: Parra, Rodrigo Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Espada, Rocío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Becher, Veronica Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; ArgentinaFil: Ferreiro, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentin

El cero entre la ecuaciones: concepciones en alumnos de secundaria superior

El presente trabajo forma parte de una tesis de licenciatura en vías de desarrollo, cuyo principal objetivo es identificar y formular los conceptos y teoremas en acto que estudiantes de 4to año de una escuela Secundaria de la ciudad de La Plata, ponen en juego cuando aparece el Cero en las soluciones de Sistemas de Ecuaciones Lineales con dos incógnitas. Para ello se diseño e implementó una secuencia didáctica cuyos resultados están siendo analizados a la luz de la Teoría de los Campos Conceptuales y así poder describir, analizar e interpretar los abordajes y las conceptualizaciones de los participantes. Las dificultades observadas en el trabajo áulico y las producciones escritas de los alumnos son indicadores de la complejidad de su construcción

LA MELIPONICULTURA UNA PRÁCTICA TRADICIONAL PARA EL DESARROLLO REGIONAL DE LA COMUNIDAD DE MANÍ, YUCATÁN

El presente trabajo aborda el análisis de la actividad de la meliponicultura en la comunidad de Maní, estudiando a grupos de mujeres que se dedican al cuidado y manejo de las abejas meliponas. La metodología aplicada es la combinación de la observación de campo y la recolección de información a partir de entrevistas abiertas y experiencias de las mujeres dedicadas a esta actividad, todo con la finalidad de recopilar los conocimientos, experiencias y relatos de vida de las mujeres en el municipio antes mencionado. La comunidad de Maní es un municipio que se caracteriza por actividades productivas, tales como la agricultura, la gastronomía, la confección de prendas de vestir (bordados) y la meliponicultura. La comunidad tiene una población de 5,637 habitantes según la encuesta intercensal 2015, de los cuales 2,756 son hombres y 2,881 son mujeres. El municipio ocupa una superficie de 85.59 km2 y se encuentra aproximadamente a una hora de la capital del estado. La meliponicultura llamada así por la conservación y cuidado de la abeja melipona que se caracterizan por la ausencia de aguijón, almacenan recursos en sus colonias, tales como miel, polen y propóleo. Estas abejas nativas del sur de Yucatán han sido aprovechadas tradicionalmente por las culturas prehispánicas, alcanzando su máximo desarrollo con la Maya Márquez (1994). La abeja sin aguijón representa “salud ambiental” para los ecosistemas donde habitan y equilibrio en la medida que participan activamente en los procesos de polinización de la mayoría de las plantas con flores (González, 2012). De ahí radica la importancia de analizar dicha actividad e identificar las potencialidades de los procesos y productos que se derivan de la misma, ya que debido a esto y a la producción de miel de varias especies existe la posibilidad de desarrollar actividades que generen ingresos permanentes

Synthesis and Properties of Carbonized Silicate Ceramics

Temperature treatment of compositions based on red clay, grinded wastes of basalt (tezontle) and cullet makes it possible to reduce the sintering temperature and sintering time of ceramic products of different applications within the framework of a traditional technology, i.e., realize an energy-saving technology. The principle of formation of low-temperature eutectics is the basis for the energy-saving technology. The use of biowaste of sewage water treatment plants (WAS) enables us to perform plastic formation of products without addition of free water, thereby realizing a water-saving technology. The sintering of mixtures under conditions of a shortage of oxygen (in argon) leads to the formation of carbonized porous ceramics. Depending on the sintering regime, ceramics of different application (from building ceramics to adsorbing ceramics) can be obtained

Aportes para la constitución de los estudiantes como sujetos sociales desde la clase de Ciencias.

Esta tesis propone aportes para la constitución de los estudiantes como sujetos sociales a través de las dinámicas de construcción de conocimiento desde la clase de ciencias. El reconocimiento de la categoría de sujeto social muestra las relaciones que el sujeto entreteje con los otros, con su entorno y con los objetos que constituye, desde donde adquiere nuevos sentidos, para construir explicaciones del mundo. Esto conlleva a que el sujeto construya su realidad, la comparta, contraste y enriquezca; pero sobre todo le permite asumir posiciones y promover acciones como participe y actor principal del acontecer político, económico, social y cultural. De esta manera se propicia la capacidad crítica, propositiva, emprendedora y autónoma de los estudiantes en el proceso de construcción de conocimiento. Por ello, la escuela se constituye como un espacio para la cohesión del tejido social, que brinda la posibilidad de reconocer el aula como el lugar donde a parte del desarrollo formativo en las diferentes áreas de conocimiento, se generan intercambios de características comunes entre sujetos disímiles que confluyen en la construcción de proyectos de vida y sociedad. El documento se organiza en seis capítulos titulados: Contextualización de nuestra práctica docente, Delimitación del problema, Acercamiento teórico, Componente Metodológico, El aula como escenario de construcción de conocimiento y constitución de los estudiantes como sujetos sociales y Consideraciones finales; a través de los cuales se muestra la dinámica investigativa que se despliega en tono al trabajo en el aula. En las consideraciones finales, aspecto fundamental de este trabajo, se plantea desde cuatro apartados, los aportes del trabajo, desde la concepción de sujeto social y sus implicaciones en la construcción de conocimiento, teniendo en cuenta las dinámicas en la clase de ciencias naturales, así como los retos y proyección de la enseñanza de las ciencias y los docentes.Magister en Docencia de las Ciencias NaturalesMaestrí

ANÁLISIS DEL COMPORTAMIENTO AMBIENTAL Y SOCIAL DE LA INDUSTRIA DE LA CONFECCIÓN DE TEKIT YUCATÁN

Abatir la contaminación industrial es un desafío esencial para el desarrollo sustentable de cualquier región. Es por ello que el presente documento, trata acerca de una investigación iniciada desde el 2015 con un diagnóstico de la industria de la confección de prendas de vestir de la comunidad de Tekit, localizada en el Estado de Yucatán, donde ahí se pudo detectar que era importante centrarse en un análisis más profundo del comportamiento ambiental y social de la industria, debido a que se pudo observar que en las fábricas generan impactos ambientales y sociales y esto repercute en los mismos trabajadores y sobre todo en la comunidad de Tekit. La industria de la confección es una de las actividades predominantes en la comunidad de Tekit, que incluso les genera empleos a los pueblos circunvecinos, es una industria conformada por aproximadamente 399 entre fábricas y talleres, donde se confeccionan diversas prendas desde ropa interior, guayaberas y uniformes para las empresas. El análisis del comportamiento ambiental empresarial puede ser una de las estrategias para evaluar los impactos ambientales y sociales, así como también es una estrategia de negocio actual, ya que la sustentabilidad integra procesos y productos que minimizan los impactos ambientales, impulsa a un mayor involucramiento de los actores de decisión para mitigar y reducir los riesgos e impactos sociales, debido a que esta problemática no solo es tarea de las industrias sino de todos los actores vinculados como las políticas públicas, las universidades y la sociedad misma. De ahí la importancia de abarcar el presente estudio

The Prevalence of Fatigue Following Deep Brain Stimulation Surgery in Parkinson's Disease and Association with Quality of Life

Fatigue is a common and disabling nonmotor symptom seen in Parkinson's disease (PD). While deep brain stimulation surgery (DBS) improves motor symptoms, it has also been associated with non-motor side effects. To date no study has utilized standardized instruments to evaluate fatigue following DBS surgery. Our objective was to determine the prevalence of fatigue following DBS surgery in PD its impact on quality of life and explore predictive factors. We recruited 44 PD subjects. At least one year following DBS placement, we administered the Fatigue Severity Scale (FSS), the Parkinson's Disease Questionnaire (PDQ-39), the Beck Depression Inventory, the Beck Anxiety Inventory, the UPDRS, and a neuropsychological battery. Fifty-eight percent of subjects had moderate to severe fatigue. Fatigue was significantly associated with quality of life, depression, and anxiety. Depression preoperatively was the only predictive factor of fatigue. Fatigue is common following DBS surgery and significantly impacts quality of life

Automatic Diagnosis of Ocular Toxoplasmosis from Fundus Images with Residual Neural Networks.

Ocular toxoplasmosis (OT) is commonly diagnosed through the analysis of fundus images of the eye by a specialist. Despite Deep Learning being widely used to process and recognize pathologies in medical images, the diagnosis of ocular toxoplasmosis(OT) has not yet received much attention. A predictive computational model is a valuable time-saving option if used as a support tool for the diagnosis of OT. It could also help diagnose atypical cases, being particularly useful for ophthalmologists who have less experience. In this work, we propose the use of a deep learning model to perform automatic diagnosis of ocular toxoplasmosis from images of the eye fundus. A pretrained residual neural network is fine-tuned on a dataset of samples collected at the medical center of Hospital de Clínicas in Asunción, Paraguay. With sensitivity and specificity rates equal to 94% and 93%,respectively, the results show that the proposed model is highly promising. In order to replicate the results and advance further in this area of research, an open data set of images of the eye fundus labeled by ophthalmologists is made available.CONACYT - Consejo Nacional de Ciencia y TecnologíaPROCIENCI

Bone sarcoma patient-derived xenografts are faithful and stable preclinical models for molecular and therapeutic investigations

Standard therapy of osteosarcoma (OS) and Ewing sarcoma (EW) rests on cytotoxic regimes, which are largely unsuccessful in advanced patients. Preclinical models are needed to break this impasse. A panel of patient-derived xenografts (PDX) was established by implantation of fresh, surgically resected osteosarcoma (OS) and Ewing sarcoma (EW) in NSG mice. Engraftment was obtained in 22 of 61 OS (36%) and 7 of 29 EW (24%). The success rate in establishing primary cell cultures from OS was lower than the percentage of PDX engraftment in mice, whereas the reverse was observed for EW; the implementation of both in vivo and in vitro seeding increased the proportion of patients yielding at least one workable model. The establishment of in vitro cultures from PDX was highly efficient in both tumor types, reaching 100% for EW. Morphological and immunohistochemical (SATB2, P-glycoprotein 1, CD99, caveolin 1) studies and gene expression profiling showed a remarkable similarity between patient's tumor and PDX, which was maintained over several passages in mice, whereas cell cultures displayed a lower correlation with human samples. Genes differentially expressed between OS original tumor and PDX mostly belonged to leuykocyte-specific pathways, as human infiltrate is gradually replaced by murine leukocytes during growth in mice. In EW, which contained scant infiltrates, no gene was differentially expressed between the original tumor and the PDX. A novel therapeutic combination of anti-CD99 diabody C7 and irinotecan was tested against two EW PDX; both drugs inhibited PDX growth, the addition of anti-CD99 was beneficial when chemotherapy alone was less effective. The panel of OS and EW PDX faithfully mirrored morphologic and genetic features of bone sarcomas, representing reliable models to test therapeutic approaches

MEDIDAS PARA PROTEGER O FETO DE MÃE DIABÉTICA: REVISÃO INTEGRATIVA

ResumoObjetivo: identificar o estado da arte do conhecimento sobre as medidas para proteção do feto de mãe diabética, divulgado por meio de artigos científicos no período entre 2014 e 2018. Metodologia: revisão integrativa realizada nas bases de dados PubMed e Lilacs, utilizando os descritores: Feto; Gravidez em diabéticas e seus correspondentes em inglês, associados entre si com o emprego do operador booleano AND. Foram selecionados nove artigos originais publicados em português, inglês ou espanhol, no período compreendido entre 2014-2018, com texto completo e disponível na íntegra e que permitiram resposta à questão norteadora desta revisão. Os artigos selecionados foram caracterizados em um quadro e analisados. Resultados: no cenário do diabetes materno, diferentes facetas imbricadas à gestação e à saúde fetal e infantil foram abordadas nos estudos selecionados. As principais medidas de proteção do feto dirigem-se ao controle glicêmico materno e avaliações da saúde fetal, assim como diagnóstico precoce do DM. O controle do índice de massa corporal (IMC) e o estilo de vida saudável com prática de exercícios físicos, inclusive antes da gestação, podem resultar em melhorias na resistência à insulina fetal, apontando para a importância do planejamento familiar e acompanhamento pré-concepcional. Conclusões: observou-se os diferentes fatores envolvidos no diabetes materno e as possíveis abordagens para a proteção do feto, com destaque para as ações voltadas à promoção da saúde e à prevenção de complicações, que têm forte impacto na saúde não só materna, mas também fetal.Palavras-chave: diabetes mellitus; gravidez; prevenção; feto. Abstract Objective: to identify the state of the art of knowledge about the measures to protect the fetus of diabetic mothers, published through scientific articles in the period between 2014 and 2018. Methodology: integrative review performed in PubMed and Lilacs databases, using the descriptors: Fetus; Pregnancy in diabetics; and their Portuguese correspondents, associated with each other using the Boolean operator AND. Nine original articles, published in Portuguese, English or Spanish, from 2014-2018, with full text and available in full, which provided answers to the guiding question of this review, were selected. The selected articles were characterized in a frame and analyzed. Results: in the scenario of maternal diabetes, different facets imbricated to gestation and fetal and infant health were addressed in the selected studies. The main measures of protection of the fetus are directed towards maternal glycemic control and fetal health assessments, as well as early diagnosis of DM. Control of body mass index (BMI) and healthy lifestyle with physical exercise, even before pregnancy, may result in improvements in fetal insulin resistance, pointing to the importance of family planning and preconception monitoring. Conclusion: the different factors involved in maternal diabetes and possible approaches to the protection of the fetus were observed, with emphasis on actions aimed at promoting health and preventing complications, which have a strong impact on maternal and fetal health.Descriptors: diabetes mellitus; pregnancy; prevention; fetus. Figshare DOI: 10.6084/m9.figshare.1187419