Researching Less-Resourced Languages : the DigiSami Corpus

Peer reviewe

Acoustic Features of Different Types of Laughter in North Sami Conversational Speech

Peer reviewe

Perinnöllisten riskitekijöiden tunnistaminen koirien autoimmuunisairauksissa

Autoimmune diseases are more common in dogs than in humans and are already threatening the future of some highly predisposed dog breeds. Susceptibility to autoimmune diseases is controlled by environmental and genetic factors, especially the major histocompatibility complex (MHC) gene region. Dogs show a similar physiology, disease presentation and clinical response as humans, making them an excellent disease model for autoimmune diseases common to both species. The genetic background of canine autoimmune disorders is largely unknown, but recent annotation of the dog genome and subsequent development of new genomic tools offer a unique opportunity to map novel autoimmune genes in various breeds. Many autoimmune disorders show breed-specific enrichment, supporting a strong genetic background. Furthermore, the presence of hundreds of breeds as genetic isolates facilitates gene mapping in complex autoimmune disorders. Identification of novel predisposing genes establishes breeds as models and may reveal novel candidate genes for the corresponding human disorders. Genetic studies will eventually shed light on common biological functions and interactions between genes and the environment. This study aimed to identify genetic risk factors in various autoimmune disorders, including systemic lupus erythematosus (SLE)-related diseases, comprising immune-mediated rheumatic disease (IMRD) and steroid-responsive meningitis arteritis (SMRA) as well as Addison s disease (AD) in Nova Scotia Duck Tolling Retrievers (NSDTRs) and chronic superficial keratitis (CSK) in German Shepherd dogs (GSDs). We used two different approaches to identify genetic risk factors. Firstly, a candidate gene approach was applied to test the potential association of MHC class II, also known as a dog leukocyte antigen (DLA) in canine species. Secondly, a genome-wide association study (GWAS) was performed to identify novel risk loci for SLE-related disease and AD in NSDTRs. We identified DLA risk haplotypes for an IMRD subphenotype of SLE-related disease, AD and CSK, but not in SMRA, and show that the MHC class II gene region is a major genetic risk factor in canine autoimmune diseases. An elevated risk was found for IMRD in dogs that carried the DLA-DRB1*00601/DQA1*005011/DQB1*02001 haplotype (OR = 2.0, 99% CI = 1.03-3.95, p = 0.01) and for ANA-positive IMRD dogs (OR = 2.3, 99% CI = 1.07-5.04, p-value 0.007). We also found that DLA-DRB1*01502/DQA*00601/DQB1*02301 haplotype was significantly associated with AD in NSDTRs (OR = 2.1, CI = 1.0-4.4, P = 0.044) and the DLA-DRB1*01501/DQA1*00601/DQB1*00301 haplotype with the CSK in GSDs (OR=2.67, CI=1.17-6.44, p= 0.02). In addition, we found that homozygosity for the risk haplotype increases the risk for each disease phenotype and that an overall homozygosity for the DLA region predisposes to CSK and AD. Our results have enabled the development of genetic tests to improve breeding practices by avoiding the production of puppies homozygous for risk haplotypes. We also performed the first successful GWAS for a complex disease in dogs. With less than 100 cases and 100 controls, we identified five risk loci for SLE-related disease and AD and found strong candidate genes involved in a novel T-cell activation pathway. We show that an inbred dog population has fewer risk factors, but each of them has a stronger genetic risk. Ongoing studies aim to identify the causative mutations and bring new knowledge to help diagnostics, treatment and understanding of the aetiology of SLE-related diseases.Autoimmuunisairaudet vaikuttavat oleellisesti koirien hyvinvointiin ja osa roduista on erityisen alttiita tietyille sairauksille, mikä viittaa perinnöllisten riskitekijöiden merkittävään vaikutukseen. Autoimmuunisairauksissa yksilön oma immuunipuolustusjärjestelmä hyökkää yksilön omaa kudosta vastaan ja taudin puhkeamiseen vaikuttavat usein sekä ympäristötekijät, että lukuisat perinnölliset riskitekijät, joista yleisin on major histocompatibility complex (MHC) geenialue (koirilla dog leukocyte antigen, DLA). Koirat kärsivät samoista perinnöllisistä sairauksista kuin ihmiset ja niiden puhkeamiseen vaikuttavat usein samat geenit ja signaalireitit. Koiraa voidaan siis käyttää mallintamaan myös ihmisten sairauksia. Koiran genomin emäsjärjestyksen selvittäminen, uudet tutkimuksen työkalut ja sadat geneettisesti erilaistuneet koirarodut mahdollistavat monitekijäisten sairauksien geenikartoituksen. Uusien alttiusgeenien löytäminen auttaa ymmärtämään myös yleisiä biologisia toimintoja ja geenien ja ympäristön vuorovaikutussuhteita. Tutkimuksen tarkoituksena oli tunnistaa perinnöllisiä riskitekijöitä seuraavien koirien autoimmuuniperäisten sairauksien taustalla: Novascotiannoutajien systemic lupus erythematosus (SLE)-tyyppinen sairaus, johon kuuluvat reumaattinen muoto (immune-mediated rheumatic disease, IMRD) ja steriili aivokalvontulehdus (steroid-responsive meningitis arteritis) sekä samalla rodulla esiintyvä Addisonin tauti ja saksanpaimenkoirilla yleisimmin esiintyvä silmäsairaus, pannus eli krooninen pinnallinen keratiitti (chronic superficial keratitis). Selvitimme DLA-alueen kolmen ehdokasgeenin DRB1, DQA1 ja DQB1 alleelit ja niiden muodostamat haplotyypit. Tunnistimme kolme riskihaplotyyppiä, jotka altistavat SLE-tyyppisen sairauden reumaattiseen muotoon, Addisonin tautiin tai pannukseen (OR=2.0 - 2.67) ja osoitimme MHC luokan II alueen olevan merkittävä riskitekijä myös koirien autoimmuunisairauksien taustalla. Lisäksi havaitsimme riskihaplotyypin homotsygotian lisäävän sairastumisriskiä huomattavasti (OR=4.9 8.9) ja yleisen, haplotyypistä riippumattoman DLA-alueen homotsygotian altistavan pannukselle (OR=4.37) ja Addisonin taudille (OR=6.7). Tutkimustuloksemme mahdollistavat geenitestit yhtenä osana jalostussuunnitelmia riskihaplotyypin suhteen homotsygoottisten pentueiden välttämiseksi. Teimme myös ensimmäisen menestyksekkään genominlaajuisen geenikartoituksen koirien monitekijäiseen sairauteen. Paikansimme viisi kromosomialuetta, jotka vaikuttavat SLE-tyyppiseen sairauteen ja Addisonin tautiin vertaamalla lähes 100:n sairaan ja 100 terveen kontrollikoiran perimää keskenään. Tunnistimme useita lupaavia ehdokasgeenejä, kuten DAPP1, PPP3CA, BANK1, SNRPE, VRK1, PTPN3 ja HOMER2, sekä uuden T-solujen aktivointireitin. Osoitimme myös, että sisäsiittoinen koirapopulaatio on erinomainen eläinmalli monitekijäisten sairauksien geenitaustan selvittämiseksi

Hybridityön johtaminen : Esihenkilöiden kokemuksia case-yrityksessä

Tässä tutkimuksessa tutkitaan hybridityön johtamista case-yrityksessä esihenkilön näkökulmasta. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää hybridityön johtamisen erityispiirteitä tiimin jäsenten motivoinnin ja itseohjautuvuuden tukemisessa, kommunikoinnissa alais-esihenkilösuhteessa sekä tiimin jäsenten välillä ja tiimin yhteisöllisyyden tunteen rakentumisessa ja ylläpitämisessä. Lisäksi tavoitteena oli selvittää yrityksen hybridityökäytäntöihin liittyviä seikkoja ja niiden vaikutusta esihenkilötyöhön. Tutkimuksen teoreettisessa viitekehyksessä tutustutaan hybridityön luonteeseen motivaation, itseohjautuvuuden, kommunikoinnin, luottamuksen ja yhteisöllisyyden aihepiireissä. Hybridityön johtamisen osalta perehdytään hybridityön johtamisen erityispiirteisiin, tarvittaviin esihenkilötaitoihin sekä hybridityötapoihin ja -käytäntöihin. Tutkimuksen empiirinen osuus on toteutettu kvalitatiivisin menetelmin. Tutkimusaineisto on kerätty haastattelemalla seitsemää case-yrityksen esihenkilöä. Haastattelumenetelmänä on käytetty teemahaastattelua. Tutkimustuloksista selvisi, että hybridityömalli koetaan positiivisena työelämän muutoksena. Esihenkilötyö hybridiorganisaatiossa keskittyy ihmisten johtamiseen, jossa esihenkilön tehtävänä on luoda työntekijöille työn onnistumisen edellyttämät olosuhteet. Esihenkilötyössä korostuvat ihmissuhteiden hallinta, yksilöllisyyden huomioiminen, empaattisuus, välittäminen ja tuen antaminen tiimiläisille. Kaikissa teemoissa nousi tärkeäksi kasvokkain järjestettävät kohtaamiset. Tutkimukseen osallistuneille hybridityön johtaminen oli tuttua ja heillä oli työnantajan tuki esihenkilötyön onnistumisen takaamiseksi. Hybridityön johtamisessa koettiin tärkeäksi yhteiset pelisäännöt, joiden laatiminen oli tehty yhteistyössä työntekijöiden kanssa. Esihenkilötyössä näyttäytyi aito välittäminen tiimiläisten hyvinvoinnista ja työssä onnistumisesta. Yhteisöllisyyden tunteen luomiseen ja ylläpitämiseen tarvitaan esihenkilöiden aktiivista otetta yhteydenpidon osalta. Haastavimmaksi esihenkilötyöksi koettiin kommunikointiin liittyvät järjestelyt

Laughter and Body Movements as Communicative Actions in Encounters

Peer reviewe

Simulator training and residents' first laparoscopic hysterectomy : A randomized controlled trial

Background Hysterectomy rates are decreasing in many countries, and virtual reality simulators bring new opportunities into residents' surgical education. The objective of this study was to evaluate the effect of training in laparoscopic hysterectomy module with virtual reality simulator on surgical outcomes among residents performing their first laparoscopic hysterectomy. Methods This randomized study was carried out at the Department of Obstetrics and Gynecology in Helsinki University Hospital and Hyvinkaa Hospital. We recruited twenty residents and randomly signed half of them to train ten times with the laparoscopic hysterectomy module on a virtual reality simulator, while the rest represented the control group. Their first laparoscopic hysterectomy was video recorded and assessed later by using the Objective Structured Assessment of Technical Skills (OSATS) forms and Visual Analog Scale (VAS). The scores and surgical outcomes were compared between the groups. Results The mean OSATS score for the Global Rating Scale (GRS) was 17.0 (SD 3.1) in the intervention group and 11.2 (SD 2.4) in the control group (p = 0.002). The mean procedure-specific OSATS score was 20.0 (SD 3.3) and 16.0 (SD 2.8) (p = 0.012), and the mean VAS score was 55.0 (SD 14.8) and 29.9 (SD 14.9) (p = 0.001). Operative time was 144 min in the intervention group and 165 min in the control group, but the difference did not reach statistical significance (p = 0.205). There were no differences between the groups in blood loss or direct complications. Conclusion Residents training with a virtual reality simulator prior to the first laparoscopic hysterectomy seem to perform better in the actual live operation. Thus, a virtual reality simulator hysterectomy module could be considered as a part of laparoscopic training curriculum.Peer reviewe

Simultaneous Culturing of Cell Monolayers and Spheroids on a Single Microfluidic Device for Bridging the Gap between 2D and 3D Cell Assays in Drug Research

Two‐dimensional (2D) cell cultures have been the primary screening tools to predict drug impacts in vitro for decades. However, owing to the lack of tissue‐specific architecture of 2D cultures, secondary screening using three‐dimensional (3D) cell culture models is often necessary. A microfluidic approach that facilitates side‐by‐side 2D and 3D cell culturing in a single microchannel and thus combines the benefits of both set‐ups in drug screening; that is, the uniform spatiotemporal distributions of oxygen, nutrients, and metabolic wastes in 2D, and the tissue‐like architecture, cell–cell, and cell–extracellular matrix interactions only achieved in 3D. The microfluidic platform is made from an organically modified ceramic material, which is inherently biocompatible and supports cell adhesion (2D culture) and metal adhesion (for integration of impedance electrodes to monitor cell proliferation). To induce 3D spheroid formation on another area, a single‐step lithography process is used to fabricate concave microwells, which are made cell‐repellant by nanofunctionalization (i.e., plasma porosification and hydrophobic coating). Thanks to the concave shape of the microwells, the spheroids produced on‐chip can also be released, with the help of microfluidic flow, for further off‐chip characterization after culturing. In this study, the methodology is evaluated for drug cytotoxicity assessment on human hepatocytes.Peer reviewe

Single Cell Trapping by Superhydrophobic/Superhydrophilic Microarrays

Single cell trapping is demonstrated on superhydrophobic-superhydrophilic patterned microarrays. Superhydrophilic spots that are twice the size of the cells to be trapped are found to be optimal for obtaining single cell trapping. The single cell trapping is based on size exclusivity instead of heavy dilution of the cell suspension and relying on Poisson statistics. The superhydrophobic areas of the array are found to be very resistant toward unwanted adhesion of the cells and thus cleaning steps are not needed after deposition. Based on these properties, 20 mu m superhydrophilic spots are utilized for trapping two types of immune cells, primary peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and THP-1 cells. The cells are trapped from a 10 mu l cell suspension droplet dragged across the surface with different velocities. Single cell trapping efficiencies in the range of 10-30% are shown based on the cell type, the spot type, the seeding velocity and the cell suspension concentration.Peer reviewe

Mechanistic study of oxygen-scavenging properties of off-stoichiometric thiol-enes

Peer reviewe

The material-enabled oxygen control in thiol-ene microfluidic channels and its feasibility for subcellular drug metabolism assays under hypoxia in vitro

Tissue oxygen levels are known to be critical to regulation of many cellular processes, including the hepatic metabolism of therapeutic drugs, but its impact is often ignored in in vitro assays. In this study, the material-induced oxygen scavenging property of off-stoichiometric thiol-enes (OSTE) was exploited to create physiologically relevant oxygen concentrations in microfluidic immobilized enzyme reactors (IMERs) incorporating human liver microsomes. This could facilitate rapid screening of, for instance, toxic drug metabolites possibly produced in hypoxic conditions typical for many liver injuries. The mechanism of OSTE-induced oxygen scavenging was examined in depth to enable precise adjustment of the on-chip oxygen concentration with the help of microfluidic flow. The oxygen scavenging rate of OSTE was shown to depend on the type and the amount of the thiol monomer used in the bulk composition, and the surface-to-volume ratio of the chip design, but not on the physical or mechanical properties of the bulk. Our data suggest that oxygen scavenging takes place at the polymer-liquid interface, likely via oxidative reactions of the excess thiol monomers released from the bulk with molecular oxygen. Based on the kinetic constants governing the oxygen scavenging rate in OSTE microchannels, a microfluidic device comprising monolithically integrated oxygen depletion and IMER units was designed and its performance validated with the help of oxygen-dependent metabolism of an antiretroviral drug, zidovudine, which yields a cytotoxic metabolite under hypoxic conditions.Peer reviewe