Evaluation of preanalytical and postanalytical phases in clinical biochemistry laboratory according to IFCC laboratory errors and patient safety specifications

IntroductionThe aim of the study was to determine the current state of laboratory’s extra-analytical phase performance by calculating preanalytical and postanalytical phase quality indicators (QIs) and sigma values and to compare obtained data according to desired quality specifications and sigma values reported by The International Federation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (IFCC) Working Group – Laboratory errors and Patient Safety. Materials and methodsPreanalytical and postanalytical phase data were obtained through laboratory information system. Rejected samples in preanalytical phase were grouped according to reasons for rejection and frequencies were calculated both monthly and for 2019. Sigma values were calculated according to “short term sigma” table. ResultsThe number of rejected samples in laboratory was 643 out of 191,831 in 2019. Total preanalytical phase rejection frequency was 0.22%. According to the reasons for rejection, QIs and sigma values were: “Samples with excessive transportation time”: 0.0036 and 5.47; “Samples collected in wrong container” 0.02 and 5.11. In December, QIs and sigma values were: “Samples with excessive transportation time”: 0.01 and 5.34; “Samples collected in wrong container”: 0.03 and 4.98. The postanalytical QIs and sigma values were: “Reports delivered outside the specified time”: 0.34 and 4.21; “Turn around time of potassium”: 56 minute and 3.84, respectively. There were no errors in “Critical values of inpatients and outpatients notified after a consensually agreed time”. ConclusionsExtra-analytical phase was evaluated by comparing it with the latest quality specifications and sigma values which will contribute to improving the quality of laboratory medicine

Unpleasant Souvenir: Imported Plasmodium falciparum Malaria in Türkiye

Objective: Each year, approximately 125 million people visit malaria-endemic countries. This study aimed to investigate the clinical characteristics of imported Plasmodium falciparum malaria infections in Türkiye. Methods: The study included patients diagnosed with P. falciparum malaria between 1996 and 2022. A retrospective evaluation was conducted on whole blood samples and/or blood smears, as well as detailed medical histories, clinical manifestations, and laboratory findings. A total of 131 imported cases of P. falciparum were included in the study. Results: Among the patients, 121 were male. Of these, 101 had traveled to Africa, while 30 had visited Asia. Among the patients, 109 were returned travelers, and 22 were refugees/migrants. Early trophozoites were observed in all patients, while gametocytes were detected in 30 patients. Cerebral malaria developed in 15 patients, resulting in the death of two individuals. Additionally, 10 patients received preventive chemoprophylaxis. Conclusion: Turkey is situated on migration routes that connect two continents to Europe, where more than 95% of the global malaria burden exists. The importation of malaria through returned travelers poses a risk of malaria reintroduction in our country, given the presence of suitable vectors, climate conditions, and environmental factors. Importantly, 30 patients (22.9%) exhibited gametocyte forms of P. falciparum, which have the potential to infect Anopheles species, thus establishing a basis for local malaria transmission

Hepatit c virüs (HCV) enfeksiyonlarında kemokinlerin rolü

HCV yoğun inflamatuar cevap sonucunda karaciğerde fibrozis ile siroza ve hepatoselüler karsinoma kadar ilerleyebilen ve yüksek mortalite ile giden bir tablo oluşturmaktadır. İnflame karaciğere lökosit göçünde kemokinler ve reseptörleri kilit role sahiptir. İnflamasyonun devamlılığı ile sağlanan karaciğer rejenerasyonu, karaciğer fibrozisi ve malign transformasyonla da kemokinlerin ilişkili olabilecekleri bildirilmektedir. Virüsün hastaya verdiği zararın dışında antiviral tedavide kullanılan ajanların da ciddi yan etkileri bulunmaktadır. Tedavi süresinin ve dozunun belirlenmesinde HCV?nin genotipi karar verdiricidir ancak tedavi yanıtına ilişkin kesinleşmiş bir belirteç henüz mevcut değildir. Bu çalışma HCV ile enfekte hastalarda kemokin reseptörlerinin ve bu reseptörlerle ilişkili kemokin düzeylerinin ve CCR5 delta-32 delesyonunun HCV enfeksiyonunun patogenez ve özellikle tedavi yanıtındaki rolünü incelemek amacıyla planlanmıştır. Çalışmaya Pamukkale Üniversitesi Eğitim Uygulama ve Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Polikliniği?ne başvuran 50 kronik HCV enfeksiyonlu hasta ve 28 sağlıklı kontrol dahil edildi. Hasta ve kontrol gruplarında serum CCL3, CCL4, CCL5, CXCL9 ve CXCL10 düzeyleri, periferik kan CD8+ hücrelerin CCR5 ve CXCR3 yüzey ekspresyonları ve CCR5 delta 32 delesyonunun varlığı incelendi. Tedavi yanıtlarına göre gruplandırılan hastalar (33 yanıtlı, 17 yanıtsız) incelenen parametreler için kontrol grubu ile ve birbirleri ile kıyaslandı. Hasta gruplarında hem CCR5+-CD8+ lenfositlerin hem de CXCR3+-CD8+ lenfositlerin yüzdesi kontrol grubundan anlamlı olarak yüksek bulundu (sırasıyla p=0.001 ve p=0.021) ancak hasta grupları arasında anlamlı fark saptanmadı (p=0.872). Hasta gruplarında serum CCL3, CXCL9 ve CXCL10 düzeyleri kontrol grubundan anlamlı olarak yüksek bulunur iken, serum CCL4 ve CCL5 düzeyleri açısından gruplar arasında anlamlı fark saptanmadı. Serum CCL3, CCL4, CCL5 ve CXCL9 düzeyleri açısından yanıtlı ve yanıtsız hasta grupları arasında anlamlı fark bulunmaz iken, CXCL10 düzeyleri yanıtsız hasta grubunda yanıtlı hasta grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulundu (p=0.001). Viremi varlığına göre hastalar gruplandırıldığında CCR5+-CD8+ lenfositlerin yüzdesi açısından ve CXCR3+-CD8+ lenfositlerin yüzdesi açısından anlamlı fark bulunmadı. Serum CCL3, CCL4 ve CCL5 düzeyleri açısından viremik hastalarla viremik olmayan hastalar arasında anlamlı fark bulunmaz iken CXCL9 ve CXCL10 düzeyleri viremik hastalarda viremik olmayan hastalara göre anlamlı olarak yüksek bulundu (sırasıyla p=0.008 ve p0.001). Çalışmadaki katılımcıların tamamı CCR5 geni için homozigot doğal tip olarak bulundu. Bu araştırmadan elde edilen bulgulara göre kronik HCV enfeksiyonu bulunanlarda CD8+ hücrelerin yüzeyinde CCR5 ve CXCR3 kemokin reseptörlerinin ekspresyonu yüksektir ancak tedavi grupları arasında fark bulunmamıştır. Bu araştırma CCR5 ile ilişkili ligand CCL3 ve CXCR3 ile ilişkili ligandlar olan CXCL9 ve CXCL10 kemokinlerinin HCV enfeksiyonunda rolü olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte bu ligandlardan sadece CXCL10 tedavi yanıtı ile ilişkili bulunmuştur.HCV causes a clinical course with liver fibrosis which progress to cirrhosis and hepatocellular carcinoma, as a result of an intense inflammatory response, that causes high mortality. Chemokines and their receptors are shown as the key players for leukocytes circulation into inflamed liver in several studies. Chemokines have been reported to be related with liver regeneration provided by continuous inflammation, fibrosis and malignant transformation. Except for the harm caused by the virus itself, there are also serious side effects of antiviral agents used in the treatment. HCV genotype is used for determining the duration and the dose of treatment but there is not yet a definitive marker of treatment response. This study is designed to investigate the relationship between chemokine receptors, their related chemokines, CCR5 delta-32 deletion and HCV infection pathogenesis and especially treatment response. Fifty chronic HCV-infected patients and 28 healthy controls who referred to Pamukkale University Hospital Infectious Diseases Outpatient Clinic were included in this study. For patient and control groups, serum CCL3, CCL4, CCL5, CXCL9 and CXCL10 levels, CCR5 and CXCR3 surface expression of peripheral blood CD8+ cells, and CCR5 delta 32 deletion were evaluated. The patients divided into groups according to treatment responses (33 responders and 17 nonresponders) and were compared with the control group and with each other for these parameters evaluated. In both groups of patients the percentage of CCR5+-CD8+ lymphocytes as well as the percentage of CXCR3+-CD8+ lymphocytes were significantly higher than the control group (p=0.001 and p=0.021, respectively), but there was no significant difference between the patient groups (p=0.872). Serum levels of CCL3, CXCL9 and CXCL10 were significantly higher in patient groups than the control group, while the serum levels of CCL4 and CCL5 were not significantly different between the groups. Serum CCL3, CCL4, CCL5, and CXCL9 levels were not significantly different between responders and nonresponders patient groups, while CXCL10 levels in nonresponders patient group were significantly higher than those of responders patient group (p=0.001). While patients were grouped according to the presence of viremia, the percentage of CCR5+-CD8+ lymphocytes or CXCR3+-CD8+ lymphocytes were not significantly different between the patient groups. For serum CCL3, CCL4, and CCL5 levels, no significant difference was found between non-viremic patients and viremic patients, while CXCL9 and CXCL10 levels were significantly higher in viremic patients than non-viremic patients (p=0.008 and p0.001, respectively). All participants in the study were wild-type homozygous for the CCR5 gene. According to findings of this study, CCR5 and CXCR3 surface expression of the CD8+ cells were increased in chronic hepatitis C infection but there were no difference between the patient groups. The present study showed that CCR5 associated ligand CCL3 and CXCR3 associated ligands CXCL9 and CXCL10 were involved in HCV infection. However, only CXCL10 was associated with response to treatment

Intestinal Protozoa in HIV-Infected Patients: A Retrospective Analysis

Amaç: Bağışık yetmezliklilerde intestinal parazitik enfeksiyonlar sıktır. Gelişmekte olan ülkelerde HIV (insan immünyetmezlik virüsü) pozitif olgularda parazitik enfeksiyonlara bağlı ishal sıklığı %90’ın üzerindedir. Bu çalışmada HIV pozitifliği nedeni ile takip edilen ve gastrointestinal yakınmaları olan hastalarda bağırsak protozoonlarının varlığının retrospektif olarak incelenmesi amaçlandı. Yöntemler: Çalışmaya 14 kadın (%21,5), 51 erkek (%78,5) olmak üzere toplam 65 HIV pozitif hastanın dışkı örneği dahil edildi. Hastalara ait laboratuvar sonuçları laboratuvar bilgi sistemi kullanılarak retrospektif olarak taranırken, klinik veriler hasta dosyalarından elde edildi. Hastaların yaş, cinsiyet, dışkı incelemelerinde saptanan parazitler, CD4 sayısı, HIV-RNA düzeyi ve antiretroviral tedavi bilgileri kaydedildi. Bulgular: Dışkı örneklerinden 14’ünde (%21,5) Cryptosporidium spp., 2’sinde (%3,1) Cyclospora spp., 7’sinde (%10,8) Blastocystis spp., 1 örnekte ise Cryptosporidium spp.+ Blastocystis spp. (%1,5) tespit edildi. Dışkısında parazite rastlanan hastalarda antiretroviral tedavinin ortanca süresi 3 ay, dışkısında parazite rastlanmayan hastalarda 12 ay olarak hesaplandı. Dışkısında parazite rastlanmayan hastalarda antiretroviral tedavi süresi anlamlı olarak yüksek bulundu (p=0,002). Dışkıda parazit saptanması ile CD4+ T hücre sayısı ve HIV-RNA düzeyleri arasında anlamlı korelasyon saptanmadı. Sonuç: Bu çalışmanın bulgularına göre, HIV ile enfekte hastalarda antiretroviral tedavinin hastanın bağışıklık sistemi üzerindeki olumlu etkilerinin intestinal paraziter enfeksiyon riskini azalttığı ve korunma açısından bu tedavinin önemli rol oynayabileceği sonucuna varılmıştır.Objective: Intestinal parasitic infections are common in immunodeficient patients. In developing countries, the incidence of diarrhea due to parasitic infections in HIV (human immunodeficiency virus)-positive individuals is reported to be over 90%. The present study aimed to investigate the presence of intestinal protozoa in HIV-positive patients with gastrointestinal complaints. Methods: The fecal samples of 65 HIV-positive patients (14 women, 51 men) were included. Clinical data obtained from patients’ files and laboratory results were retrospectively scanned using laboratory information system. Age, sex, parasite positivity, CD4+ count, HIV RNA level, and antiretroviral therapy information were recorded. Results: Fourteen Cryptosporidium spp. (21.5%), 2 Cyclospora spp. (3.1%), 7 Blastocystis spp. (10.8%), and 1 Cryptosporidium spp.+Blastocystis spp. (1.5%) were detected. The median duration of antiretroviral treatment was 3 months and 12 months in patients with and without parasites in fecal samples, respectively. The duration of antiretroviral treatment was significantly higher in non-infected patients (p=0.002). No significant correlations were found between parasite presence and CD4+ T cell counts or HIV RNA levels. Conclusion: Our findings suggest that positive effects of antiretroviral therapy on the immune system of HIV-infected patients reduce the risk of intestinal parasitic infection, and thus, this treatment may play an important role in protection

Mikroskobik idrar analizini öngörmede idrar strip testinin performansı

Amaç: Çalışmanın amacı, manuel mikroskopik idrar analizi öngörmek için idrar strip analizinin performansını değerlendirmektir. Yöntem: İdrar yolu enfeksiyonu (İYE) şüphesi olan hastalardan alınan ve hem mikroskopik hem de strip analizi yapılan idrar örnekleri çalışmaya dahil edildi. Eritrosit strip (Erit-S) ve lökosit strip (Lök-S) testlerinin “eser”, “1+”, “2+”, “3+” kestirim değerleri için duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif olabilirlik oranları (LR+, LR-), test öncesi ve sonrası şans, test sonrası olasılık değerleri hesaplandı. Koşullu olasılığı belirlemek için Bayes teoremi kullanıldı. ROC eğrisinin altındaki alan (AUC) hesaplandı. Bulgular: Lök-S ve Erit-S için AUC sırası ile 0,923 ve 0,975 olarak bulundu. Lök-S testi “1+”, Erit-S testi “eser” kestirim değerinde yeterli duyarlılık ve özgüllükteydi (>%80). LR+ değerine göre Lök-S “3+” kestirim değerinde, Erit-S tüm kestirim değerlerinde; LR- değerine göre Lök-S eser, Erit-S eser ve “1+” kestirim değerlerinde post-test olasılıkta anlamlı farklılık sağladı (0,1). İYE dönemsel prevalans hızı test öncesi olasılığı %5,95 olarak bulundu. İYE tanısı içinidrar örneği alınan hastalarda mikroskobik incelemeye göre İYE post test olasılığı Lök-S “3+” kestirim değerinde %39, Erit-S “3+” kestirim değerinde %74 idi. Sonuç: İdrar strip analizinin manuel mikroskobik analizdeki lökosit ve eritrosit pozitifliğini öngörmede yeterli olduğu bulundu. İdrar strip analizinde tanısal güç öngörme performansı kestirim değerlerine göre farklılık gösterdi. Çalışmamızın bu konuda farkındalık sağlayacağı ve klinisyenlerin İYE ön tanılı hastalarda test istem tercihlerinin belirlemesinde ve gereksiz test istemlerinin önlenmesinde yararlı olacağı görüşündeyi

İntestinal Parazit Sıklıklarında Değişim Eğiliminin İzlenmesi; 2018 ve 2022 Yılı Verileri

Amaç: İntestinal parazit sıklıklarının takip edilmesi, bu parazitlere karşı geliştirilecek olan tanı, tedavi ve korunma stratejileri üzerinde etkilidir. Bu çalışmada parazitoloji direkt tanı laboratuvarında dışkı örneklerinde saptanan parazit tür ve sıklık verilerinin ortaya konması amaçlanmıştır. Yöntemler: Dışkı parazitolojik inceleme sonuçları laboratuvarımızın 2018 yılı ve 2022 yılı iç kalite kontrol veri tablolarından elde edilerek karşılaştırıldı. Bulgular: 2018 yılında kabul edilen 4,518 dışkı örneğinin 388’inde, 2022 yılında kabul edilen 3,537 dışkı örneğinin ise 710’unda parazit tespit edilmiştir. 2022 yılında dışkı örneklerinde parazit tespit sıklığı anlamlı olarak yüksek bulunmuştur (p0,0001). Birden fazla parazite rastlanan dışkı sayısı 2018 yılında 12, 2022 yılında 30’dur. Birden fazla etken ile enfeksiyon görülme sıklığı 2022 yılında 2018 yılına göre anlamlı olarak yüksektir (p=0,0003). En sık rastlanan beş parazit türü 2018 yılında sırasıyla Blastocystis spp., Enterobius vermicularis, Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis ve Entamoeba histolytica; 2022 yılında ise sırasıyla Cryptosporidium spp., Blastocystis spp., Cyclospora spp., Entamoeba dispar ve Giardia intestinalis olarak kaydedilmiştir. 2018 yılına göre 2022 yılında Cryptosporidium spp., Cyclospora spp. ve Entamoeba dispar görülme sıklığı anlamlı olarak artarken, Blastocystis spp. ve Enterobius vermicularis görülme sıklığı anlamlı olarak azalmıştır. Sonuç: Çalışmamızda elde edilen verilere göre laboratuvarımızın hizmet verdiği bölgede intestinal paraziter enfeksiyonlara başta Cryptosporidium spp. olmak üzere protozoon parazitler neden olmaktadır. Tek sağlık yaklaşımı ile insani kullanım amaçlı suların korunmasına yönelik önlemlerin artırılmasının, toplumun kişisel hijyen ve gıda güvenliği konusundaki eğitim ve alışkanlıklarının geliştirilmesinin bölgemizdeki intestinal parazit enfeksiyonlarının sıklığının azaltılmasında etkili olabileceği kanaatine varılmıştır