Epidemiologia molecular das infecções por rotavírus G2 ao longo de 16 anos (1992 a 2008) na região amazônica, Brasil

In Brazil it is estimated that rotavirus causes 3,352,053 episodes of diarrhea, 655 853 visits to emergency rooms, 92,453 hospitalizations and 850 deaths involving children under 5 years of age. Rotavirus belongs to the family Reoviridae, genus Rotavirus. The viral particle consists of three concentric layers of protein and the viral genome of 11 segments making up a double-stranded RNA. Currently, 23 G genotypes and 31 P genotypes. have been recognized. Among the G genotypes detected so far, G2 represents one of the most important and it is usually associated with the genotype P [4]. Over the past three years it has been observed on a continental scale the reemergence of genotype G2, throughout the years following the introduction of universal rotavirus vaccination, particularly in Brazil. This study aimed at the molecular characterization of samples of G2 strains obtained from children participating in several studies on rotavirus gastroenteritis in the Amazon region, Brazil, from 1992 to 2008. We selected 53 rotavirus G2 samples which were sequenced for VP4 and 38 samples for VP7. These samples were genotyped by RTPCR and its products being purified, quantified and sequenced. Samples were also subjected to electrophoresis of RNA segments. The obtained sequences of VP4 and VP7 genes were aligned and edited using the program Bioedit (v.6.05) and compared with other sequences registered in the RV gene bank using the BLAST program. The phylogenetic tree was made using the program Mega 2.1. Of the total 53 samples sequenced for the VP7 gene, phylogenetic analysis revealed two lineages (II and III) and three sublineages (IIa, IIc, IId) that circulated in different periods in the population. Samples of sub-lineages IIa and IIc showed mutation at amino acid position 96(Asp/Asn). This modification may result in a conformational change of epitopes recognized by neutralizing antibodies. The G2 strains that circulated in Belém were identical to those circulating in other states in the Amazon region which were included in the study. The VP[4] gene was sequenced in the region of VP8*, yielding 36 which-belonged to genotype P[4] and tree to P[6] we could identify two strains: P[4]-4, occurring during 1998-2000 and the P[4]-5 during 1993-1994 and 2006-2008 periods. Our findings sustain recent findings indicating a worldwide reemergence of G2 genotypes of variant IIc, which were established in the population in combination with genotype P[4]-5. In our study, the high homology among G2 strains in various states suggests that detected mutations have even surpassed geographical and temporal barriers.CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoNo Brasil, estima-se que os rotavírus causem 3.352.053 episódios de diarreia, 655.853 ambulatoriais, 92.453 hospitalizações e 850 mortes envolvendo crianças menores de 5 anos de idade. Os rotavírus pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus. A partícula viral é constituída por três camadas proteicas concêntricas e pelo genoma viral reunindo 11 segmentos de RNA com dupla fita. Reconhecem-se 23 genótipos G e 31 genótipos P. Dentre os genótipos G detectados até o momento, o G2 atua como um dos mais importantes, estando geralmente associado ao genótipo P[4]. Nos últimos três anos se tem observado em larga escala global a reemergência do genótipo G2, sendo um dos mais detectados nos anos que sucederam a implantação da vacina contra rotavírus, particularmente no Brasil. Este estudo teve como objetivo a caracterização molecular de amostras do tipo G2 obtidas de crianças participantes de estudos em gastroenterites virais na região amazônica, Brasil, no período de 1992 a 2008. Foram selecionadas 53 amostras positivas para rotavírus genótipo G2 que foram sequenciadas para VP7 e 38 para VP4. Inicialmente, as amostras foram genotipadas por RT-PCR e seus produtos purificados, quantificados e sequenciados. As amostras também foram testadas quanto ao perfil de migração dos segmentos de RNA. As sequências obtidas dos genes VP4 e VP7 foram alinhadas e editadas no programa Bioedit (v.6.05) e comparadas a outras sequências de RV registradas no banco de genes utilizando o programa BLAST. A árvore filogenética foi feita utilizando o programa Mega 2.1. Do total de 53 amostras sequenciadas para o gene VP7, a análise filogenética revelou a existência de duas linhagens (II e III) e três sublinhagens (IIa, IIc, IId) que circularam em períodos diferentes na população. Amostras das sub-linhagem IIa e IIc apresentaram mutação na posição no aminoácido da posição 96 (Asp/ Asn) . Essa modificação pode resultar em uma alteração conformacional dos epítopos reconhecidos por anticorpos neutralizantes. As linhagens de G2 que circularam em Belém foram idênticas àquelas de outros Estados da região amazônica envolvidos no estudo. O gene VP[4] foi sequenciado na região da VP8*, sendo 36 pertencentes do genótipo P[4] e 3 ao P[6]. No genótipo P[4] foi identificada a circulação de duas linhagens, P[4]-4 ocorrendo nos anos de 1998-2000, e P[4]-5 que circulou nos períodos de 1993-1994 e 2006-2008. Nossos resultados reforçam dados de ocorrência continental que evidenciam a reemergência do genótipo G2 com a variante gênica IIc, a qual se estabeleceu na população em associação com o genótipo P[4]-5. A grande homologia entre as cepas de G2 que circularam entre os diferentes estados envolvidos no estudo sugere que as mutações registradas ultrapassaram barreiras geográficas e temporais

Avaliação temporal e genética do rotavírus genótipo G2 circulante na Região Norte do Brasil antes e após a introdução da vacina contra rotavírus

Rotavirus group A (RVA) is the most important cause of diarrhea, accounting for about 40% of morbidity and mortality related to this disease in children around the world before the introduction of the vaccine. After the introduction of the vaccine against the RVA in Brazil in 2006 genotype G2RVA he rose again, being detected in up to 82% of children under five years of age performed post vaccination studies, leading to questions about the protection afforded by the vaccine facing the G2 type, as well as the occurrence of a selective pressure vaccine. Little is known about the evolution and diversity of G2 genotype and the possible influence of the vaccine on this. To provide a better understanding of the flow and genetic diversity of RVA genotype G2, we perform the time of circulation analysis of genotype over 31 years and analysis of structural and non-structural genes from samples that have circulated over 20 years in northern region of Brazil. The temporal assessment of movement of different genotype circulating in this region has observed that the G2 type RVA presented over the years a cyclical pattern of occurrence that did emerge in a post deployment of the vaccine scenario, suggesting a natural fluctuation due to variations natural occurring over time. Phylogenetic analyzes showed that for VP7 lines G2 there is a continuous, responsible for a movement of rotation in the lines being detected two lines and three sublineages over 20 years. Three important substitutions in antigenic regions of VP7 (A87T, D96N and S213D) were identified in samples that circulated from the 90. These changes may have increased the capacity of the circulating strains in environments where there is vaccine coverage for RVA. All G2P[4] strains analyzed revealed a DS-1-like genome constellation: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. However, several viral variants circulated during the study period. No differences were observed in the antigenic sites of the VP8 * and VP7 proteins between samples that circulated in the period before and after the introduction of the vaccine. For VP2 and VP3 genes was evident in some samples a strong correlation with animal genes. This study provides evidence of genetic diversity in G2 genotype RVA, suggesting that this type has natural characteristics fluctuation and its emergence after the implementation period of the vaccine is more directly associated with ecological characteristics of the virus than a vaccine pressure.CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoO rotavírus do grupo A (RVA) é a causa mais importante de diarreia, sendo responsável por cerca de 40% da morbidade e mortalidade relacionada a esta doença em crianças de todo o mundo antes da introdução da vacina. Após a introdução da vacina contra o RVA no Brasil no ano de 2006 o genótipo G2 de RVA ressurgiu, sendo detectado em até 82% das crianças menores de cinco anos de idade em estudos realizados pós vacinação, levando a questionamentos quanto à proteção conferida pela vacina frente ao tipo G2, bem como a ocorrência de uma pressão seletiva da vacina. Pouco se conhece sobre a evolução e a diversidade do genótipo G2 e a possível influência da vacina sobre este. Para proporcionar um maior conhecimento sobre a circulação e diversidade genética dos RVA genótipo G2, realizamos a análise temporal da circulação deste genótipo ao longo de 31 anos e a análise dos genes estruturais e não estruturais de amostras que circularam ao longo de 20 anos na região norte do Brasil. A avaliação temporal da circulação de diferentes genótipo que circularam nesta região permitiu observar que o tipo G2 de RVA apresentou ao longo desses anos um padrão cíclico de ocorrência que o fez emergir em um cenário de pós implantação da vacina, sugerindo uma flutuação natural devido a variações naturais ocorridas ao longo do tempo. Análises filogenéticas mostraram que para as linhagens de VP7 G2 existe uma continua evolução, responsável por uma rotatividade na circulação de linhagens, sendo detectada duas linhagens e três sublinhagens ao longo de 20 anos. Três substituições importantes nas regiões antigênicas de VP7 (A87T, D96N e S213D) foram identificadas em amostras que circularam a partir dos anos 90. Estas modificações podem ter aumentado a capacidade das cepas de circular em ambientes onde há cobertura vacinal para RVA. Todas as cepas G2P[4] para as quais foram analisados os 11 segmentos gênicos apresentaram uma constelação gênica DS-1-like: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2, apesar de que diversas variantes virais circularam no período estudado. Não foram observadas diferenças nos sítios antigênicos das proteínas VP8* e VP7 entre amostras que circularam no período anterior e posterior à introdução da vacina. Para os genes VP2 e VP3 foi evidenciado em algumas amostras uma forte correlação com genes de origem animal. Este estudo fornece evidências da diversidade genética existente no genótipo G2 de RVA, sugerindo que este tipo apresenta características naturais de flutuação e que sua emergência após o período de implantação da vacina está mais diretamente associado a características ecológicas do vírus do que a uma pressão vacinal

Identificación de genotipos G y P de rotavirus en lechones en fase de amamantamiento y destetados en la región metropolitana de Belém, Estado de Pará, Región Norte de Brasil

Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Rotaviruses are an important agent of diarrhea in piglets, primarily during nursing and post-weaning with severity. The aim of this study was to identify rotavirus G and P genotypes obtained from piglets reared at five piggeries in Belém, Pará State, Northern Brazil. Fecal specimens were collected from nursing and weaned piglets. A total of 172 samples were tested, of which 17 (9.9%) were positive for group A rotaviruses all of them from piglets kept at nursing and then were sequenced for the of VP7 and VP4 genotyping. The consistency of positive fecal samples were 53% (9/17) diarrheic, 23.5% (4/17) pasty and 23.5% (4/17) normal. The most common G genotype was G3 representing 53% (9/17), followed by G5 genotype (17%, 3/17). The P genotype recorded was P[23] corresponding to 23.5% (4/17). This study showed that rotaviruses circulated in swine herds in the metropolitan region of Belém, in Northern region. G3P[23] combination was recorded for the first time in Brazil.Os rotavírus são um importante agente de diarreia em leitões, principalmente durante a amamentação e pósdesmame com gravidade. O objetivo deste estudo foi identificar os genótipos G e P de rotavírus obtidos de leitões de cinco criadouros em Belém, Estado do Pará, Norte do Brasil. Espécimes fecais foram coletados de leitões em fase de amamentação e desmamados. Foi testado um total de 172 amostras, das quais 17 (9,9%) foram positivas para rotavírus do grupo A, a partir de leitões amamentados e, em seguida, foram sequenciadas pela genotipagem do VP7 e VP4. A consistência das amostras de fezes positivas foi de 53% (9/17) diarreico, 23,5% (4/17) pastosa e 23,5% (4/17) normal. O genótipo G mais comum foi o G3 com 53% (9/17), seguido pelo genótipo G5 (17%, 3/17). O genótipo P registrado foi de P[23] que corresponde a 23,5% (4/17). Este estudo mostrou a circulação dos rotavírus em rebanhos suínos na região metropolitana de Belém, na Região Norte. A combinação de G3P[23] foi registrada pela primeira vez no Brasil

Identification of lineage III of G12 rotavirus strains in diarrheic children in the Northern Region of Brazil between 2008 and 2010

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.This study reports on the surveillance forrotavirus genotypes and the identification of G12 human rotavirus in the Northern Region of Brazil. Rotavirus positive samples were collected from children years of age with acute diarrhea from January 2008 to October2010. G2P[4] was the most prevalent genotype, accounting for 45.6 per cent (126/303) of cases. Five rotavirus strains bearing G12P[6] genotype specificity were detected. Phylogeneticanalysis of the VP7 gene showed that G12 strains clustered into lineage III. This is the first detection of G12 strainsfrom lineage III in Latin America, broadening the current evidence for the worldwide emergence of this genotype