Virtual Instruments in Dimensional Metrology

During the last five years, in order to improve understanding of content related to "Coordinate Metrology", the Laboratorio de Metrología y Metrotecnia (LMM) from the Polytechnic University of Madrid offers its PhD students, as a course work, the construction of a virtual instrument. This virtual instrument simulates the imaging of a part to be measured by optical dimensional metrology instruments (microscopes, profile projectors, vision machines). The LMM provides students with images similar to those they would obtain with real instrumentation for the instrument adjustment and calibration process. Working with these images, students should determine the adjustment parameters of the virtual instrument. Once these parameters are set, the student can perform the proper calibration of the virtual instrument. Beyond this process, the instrument is already able to perform traceable measurement. In order to do that, LMM offers students some images of parts. Students should perform some measurements using those images and estimate the corresponding uncertainties

Illness Severity in Hospitalized Influenza Patients by Virus Type and Subtype, Spain, 2010-2017

We conducted a retrospective cohort study to assess the effect of influenza virus type and subtype on disease severity among hospitalized influenza patients in Spain. We analyzed the cases of 8,985 laboratory-confirmed case-patients hospitalized for severe influenza by using data from a national surveillance system for the period 2010-2017. Hospitalized patients with influenza A(H1N1)pdm09 virus were significantly younger, more frequently had class III obesity, and had a higher risk for pneumonia or acute respiratory distress syndrome than patients infected with influenza A(H3N2) or B (p<0.05). Hospitalized patients with influenza A(H1N1)pdm09 also had a higher risk for intensive care unit admission, death, or both than patients with influenza A(H3N2) or B, independent of other factors. Determining the patterns of influenza-associated severity and how they might differ by virus type and subtype can help guide planning and implementation of adequate control and preventive measures during influenza epidemics.S

Efectividad de la vacuna COVID-19: Información para la acción en la vigilancia centinela de Infección Respiratoria Aguda Grave

Comunicación presentada en las II Jornada del Centro Nacional de Epidemiología - 2021.Se presentan resultados sobre la efectividad de la vacuna COVID-19 a partir de la información de la vigilancia centinela de Infección Respiratoria Aguda Grave. Las conclusiones del estudio son las siguientes: 1. Alta protección de las vacunas (>90%) frente a hospitalización por IRAG confirmada de COVID-19 para todas las edades, algo menor (83%) en la población de 80 y más años. 2. Las vacunas mRNA (Pfizer, Moderna) presentan la EV más alta (90%), seguidas por Janssen (79%) y AstraZeneca (73%). 3. Bajada progresiva de la EV después de cinco meses de la vacunación. 4. Alta protección frente a las variantes Alpha y Delta, aunque ligera menor EV frente a la hospitalización de IRAG con variante Delta, en comparación con Alpha

Predominance of influenza A(H3N2) virus genetic subclade 3C.2a1 during an early 2016/17 influenza season in Europe - Contribution of surveillance data from World Health Organization (WHO) European Region to the WHO vaccine composition consultation for northern hemisphere 2017/18

Erratum to "Predominance of influenza A(H3N2) virus genetic subclade 3C.2a1 during an early 2016/17 influenza season in Europe - Contribution of surveillance data from World Health Organization (WHO) European region to the WHO vaccine composition consultation for northern hemisphere 2017/18". Vaccine. 2018 May 3;36(19):2740-2741. doi: 10.1016/j.vaccine.2017.12.039. PMID: 29274700.During the European 2016/17 influenza season, A(H3N2) viruses have predominated and the majority clustered in genetic subclade 3C.2a1. Genetic analyses showed that circulating viruses have undergone considerable genetic diversification of the haemagglutinin gene from the current vaccine virus A/Hong Kong/4801/2014 (clade 3C.2a), but the antigenic data that is limited by the challenges with the antigenic characterisation of currently circulating A(H3N2) viruses, showed no clear evidence of antigenic change. The recommended A(H3N2) vaccine component for the northern hemisphere 2017/18 influenza season remained unchanged. However, early and mid-season vaccine effectiveness (VE) estimates were suggestive of reduced VE against A(H3N2) viruses.S

Incidence of new HIV diagnoses in Spain, 2004-2009.

[ES] Objetivo Describir la incidencia de nuevos diagnósticos de infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y su tendencia. Métodos Se incluyeron los nuevos diagnósticos de VIH notificados en 2009 en las 15 comunidades autónomas con sistemas de información (64% de la población española). Para analizar las tendencias durante 2004-2009 se incluyeron las nueve comunidades con datos en ese periodo. Se obtuvo información clínico-epidemiológica de las hojas de notificación de casos y se realizaron distribuciones de nuevos diagnósticos y diagnóstico tardío según distintas variables. Para evaluar las tendencias se ajustó un modelo de Poisson. Resultados En 2009 se notificaron 2.264 nuevos diagnósticos de VIH, la mayoría en hombres (80%). La mediana de edad al diagnóstico fue de 36 años (rango intercuartílico 29-43) y el 37,6% de los casos eran inmigrantes, destacando los latinoamericanos y los subsaharianos. La categoría de transmisión más común (42,5%) fue la de hombres que tienen sexo con hombres, seguida de la heterosexual (34,5%) y la parenteral (8,1%). Al diagnóstico, la mediana de CD4/μl era de 347 (rango intercuartílico: 152-555) y un 50,2% tenían <350. La tasa media de incidencia de nuevos diagnósticos entre 2004 y 2009 fue de 91,14 por millón de habitantes; se observó una tendencia creciente de las tasas entre los hombres que tienen sexo con hombres, y decreciente de la transmisión parenteral. Conclusiones La epidemiología del VIH en España ha cambiado mucho respecto a los años 1990. Actualmente predomina la transmisión sexual, sobre todo entre los hombres que tienen sexo con hombres, y los inmigrantes son parte importante de la epidemia. En 2004-2009, la tendencia es heterogénea en las tres categorías de transmisión más relevantes. [EN] To describe the incidence of new HIV diagnoses and its trend in Spain. All new HIV diagnoses notified to the case-registries of 15 autonomous regions (64% of the total Spanish population) in 2009 were analyzed. To evaluate trends from 2004 to 2009, data from only nine regions were available. Clinical-epidemiological data were obtained from the notification forms. Distributions of new HIV diagnoses and late diagnoses according to several variables were performed. The Poisson distribution was used to evaluate trends. In 2009, 2264 new HIV diagnoses were notified, mostly in men (80%). The median age at diagnosis was 36 years (interquartile range 29-43) and 37.6% of affected individuals were immigrants, mostly from Latin-America and sub-Saharan Africa. The most common transmission category (42.5%) was men who have sex with men (MSM) followed by the heterosexual and parenteral modes of transmission (34.5% and 8.1%, respectively). The median CD4 count at diagnosis was 347 (interquartile range: 152-555), and CD4 count was <350 in 50.2% of patients. From 2004 to 2009, the mean incidence rate of new HIV diagnoses was 91.14 per million inhabitants; an increasing trend for rates in MSM, as well as a decreasing trend for the parenteral mode of transmission, were observed. In Spain, the epidemiology of HIV infection has changed since the mid-1990s. Currently, the most frequent transmission category is sexual transmission, particularly among MSM, and immigrants are an important part of the epidemic. Heterogeneous trends for the three main transmission categories were observed from 2004 to 2009.S

Dominant influenza A(H3N2) and B/Yamagata virus circulation in EU/EEA, 2016/17 and 2017/18 seasons, respectively

We use surveillance data to describe influenza A and B virus circulation over two consecutive seasons with excess all-cause mortality in Europe, especially in people aged 60 years and older. Influenza A(H3N2) virus dominated in 2016/17 and B/Yamagata in 2017/18. The latter season was prolonged with positivity rates above 50% among sentinel detections for at least 12 weeks. With a current west-east geographical spread, high influenza activity might still be expected in eastern Europe.S

Current practices for respiratory syncytial virus surveillance across the EU/EEA Member States, 2017

Background: Respiratory syncytial virus (RSV) is a major contributor to lower respiratory tract infections worldwide and several vaccine candidates are currently in development. Following vaccine introduction, reliable RSV surveillance should enable monitoring of vaccination impact. Data on the RSV disease burden in the European Union and European Economic Area (EU/EEA) are sparse. Aim: The aim of this study was to gather knowledge on current practices of national RSV surveillance in the EU/EEA. Methods: National Coordinators and National Focal Points for Influenza (epidemiologists and virologists) from the EU/EEA countries (n = 31) were invited to participate in an online survey in August and September 2017. The questionnaire covered questions on epidemiological and laboratory aspects of RSV surveillance. Results: All EU/EEA countries except Liechtenstein replied to the survey. Eighteen countries reported to have a sentinel surveillance system, 26 countries a non-sentinel surveillance system and three countries to have neither. RSV data collection was mostly done within the context of influenza surveillance. A wide range of diagnostic and characterisation assays was used for the detection of RSV. Discussion: The majority of EU/EEA countries have some surveillance for RSV in place. The prevailing integration of RSV surveillance into the existing influenza sentinel surveillance system may lead to under-reporting of RSV. The documented variations in existing RSV surveillance systems and their outputs indicate that there is scope for developing guidelines on establishing comparable methods and outcomes for RSV surveillance across the EU/EEA, to ensure the availability of a consistent evidence base for assessing future vaccination programmes.S

Informe de situación: Actividad gripal en la temporada 2018-19 Evaluación de riesgo hasta semana 03/2019

[ES] La epidemia gripal 2018-19 se ha iniciado en España en la semana 01/2019, tres semanas más tarde que en las dos temporadas previas, pero en el rango de las temporadas post-pandémicas previas. La incidencia de gripe se asocia de forma casi exclusiva a la circulación de virus de la gripe tipo A. Aunque la proporción entre subtipos A(H1N1)pdm09 y A(H3N2) es similar, la tendencia de las últimas semanas indica un aumento en la proporción del primero. Los datos de vigilancia en hospitales señalan una distribución similar por tipo/subtipo de virus. Si bien el grupo de mayores de 65 años es el mayoritario (53%), este porcentaje es inferior al que se puede observar en aquellas temporadas en las que predomina A(H3N2) y se parece más a aquellas temporadas en las que predominó A(H1N1)pdm09. Hasta el momento, la epidemia gripal 2018-19 presenta un nivel bajo de transmisibilidad en todos los grupos de edad. El impacto ocasionado en la población española se estima medio, en términos de tasa de hospitalización y bajo en términos de excesos de mortalidad por todas las causas. Ambos indicadores, así como la gravedad clínica de la enfermedad, se seguirán evaluando en las semanas próximas de la epidemia gripal. Las estimaciones preliminares de EV antigripal de esta temporada en Canadá señalan un valor de EV frente a A(H1N1)pdm09 por encima del 70%, en consonancia con datos preliminares de la red Europea I-MOVE. La EV antigripal frente a A(H3N2) es subóptima hasta el momento. Sin embargo, se han estimado valores moderados de EV antigripal frente a todos los virus A en grupos recomendados de vacunación, lo que refuerza la recomendación oficial de vacunación antigripal en estos grupos de riesgo de complicaciones por gripe. En definitiva, las características de la epidemia 2018-19 hasta el momento se mueven en un patrón intermedio entre las temporadas de A(H1N1)pdm09 y las de A(H3N2), de forma que según derive la circulación mayoritaria de uno u otro virus, cabe esperar que predominen unas u otras características. [EN] Influenza activity in Spain started this 2018-19 season in week 01/2019, three weeks later than in the previous two seasons, but in the range of the previous post-pandemic seasons. So far, the influenza season 2018-19 is characterized by the predominant circulation of type A. Although both A(H1N1) pdm09 and A(H3N2) subtypes are co-circulating in similar proportions, the trend of the last weeks indicates an increase in the proportion of the first. Surveillance data in hospitals indicate a similar distribution by type/subtype. Although 53% were adults 65 years of age and older, this percentage is lower than that observed in seasons associated with A(H3N2) predominance, and more similar to those seasons in which A(H1N1)pdm09 predominated. So far, the influenza season 2018-19 has a low level of transmissibility in all age groups. The impact caused in the Spanish population is estimated as “medium”, in terms of hospitalization rates, and “low” in terms of all causes excess mortality. Both indicators, as well as the clinical severity of the disease, will continue to be evaluated in the next few weeks of the flu epidemic. Preliminary estimates of the effectiveness of influenza vaccine this season in Canada indicate good vaccine effectiveness (VE) (above 70%), in line with preliminary data from the European I-MOVE network. The VE against influenza A(H3N2) viruses is suboptimal so far. However, moderate values of VE have been estimated against all A viruses in recommended groups of vaccination, which reinforces the official recommendation of influenza vaccination in these risk groups of complications due to influenza. In short, the characteristics of the influenza season 2018-19 so far move in an intermediate pattern between the A(H1N1)pdm09 seasons and those with A(H3N2) predominance. It is expected that some or other characteristics will prevail depending on the predominance of the circulation of one or the other virus.N

Situación de la actividad gripal en España en el pico de la epidemia 2017-18 (semana 03/2018)

[ES] La onda epidémica gripal de la temporada 2017-18 se inició en España en la semana 50/2017, con mayor anticipación, junto con la temporada 2016-17, que todas las epidemias gripales desde la pandemia de 20091 . La máxima tasa de incidencia gripal se ha alcanzado en la semana 03/2018, con un nivel medio de actividad gripal2 , calificado de alto en el grupo de mayores de 64 años. La actividad se ha asociado a la circulación predominante de virus de la gripe B (68%), cuya contribución ha ido disminuyendo conforme avanzaba el mes de enero a favor de los dos subtipo de virus A circulantes [A(H3N2) y A(H1N1)pdm09]. El 86% de los virus B caracterizados hasta el momento pertenecen al linaje B/Yamagata y el 14% al linaje Victoria, incluido en la vacuna de esta temporada; entre los virus B/Victoria el 70% pertenecen a un nuevo subgrupo representado por B/Norway/2409/2017, caracterizado por presentar una deleción en los aminoácidos 162 y 163 de la hemaglutinina. Los estudios antigénicos deben confirmar las diferencias antigénicas de los virus circulantes con respecto a los virus incluidos en la vacuna estacional de la presente temporada. En términos de hospitalizaciones graves de gripe, se han notificado hasta el momento al sistema de vigilancia de casos graves hospitalizados confirmados de gripe (CGHCG) las mayores tasas de hospitalización globales y en mayores de 64 años desde la temporada 2013-14. Sin embargo, la tasa de letalidad y admisión en UCI entre los CGHCG están en el rango, o incluso son inferiores, que las de temporadas previas. Se ha identificado un exceso de mortalidad que se concentra como es habitual en las personas mayores de 64 años, concomitante en el tiempo tanto con el pico de actividad gripal como con una ola de frío en España, pudiendo ambos ser factores contribuyentes. Las estimaciones preliminares de efectividad de la vacuna antigripal en la temporada 2017-18 muestran valores moderados de protección frente casos de gripe B, el virus que ha circulado mayoritariamente La onda epidémica gripal de la temporada 2017-18 se inició en España en la semana 50/2017, con mayor anticipación, junto con la temporada 2016-17, que todas las epidemias gripales desde la pandemia de 20091 . La máxima tasa de incidencia gripal se ha alcanzado en la semana 03/2018, con un nivel medio de actividad gripal2 , calificado de alto en el grupo de mayores de 64 años. La actividad se ha asociado a la circulación predominante de virus de la gripe B (68%), cuya contribución ha ido disminuyendo conforme avanzaba el mes de enero a favor de los dos subtipo de virus A circulantes [A(H3N2) y A(H1N1)pdm09]. El 86% de los virus B caracterizados hasta el momento pertenecen al linaje B/Yamagata y el 14% al linaje Victoria, incluido en la vacuna de esta temporada; entre los virus B/Victoria el 70% pertenecen a un nuevo subgrupo representado por B/Norway/2409/2017, caracterizado por presentar una deleción en los aminoácidos 162 y 163 de la hemaglutinina. Los estudios antigénicos deben confirmar las diferencias antigénicas de los virus circulantes con respecto a los virus incluidos en la vacuna estacional de la presente temporada. En términos de hospitalizaciones graves de gripe, se han notificado hasta el momento al sistema de vigilancia de casos graves hospitalizados confirmados de gripe (CGHCG) las mayores tasas de hospitalización globales y en mayores de 64 años desde la temporada 2013-14. Sin embargo, la tasa de letalidad y admisión en UCI entre los CGHCG están en el rango, o incluso son inferiores, que las de temporadas previas. Se ha identificado un exceso de mortalidad que se concentra como es habitual en las personas mayores de 64 años, concomitante en el tiempo tanto con el pico de actividad gripal como con una ola de frío en España, pudiendo ambos ser factores contribuyentes. Las estimaciones preliminares de efectividad de la vacuna antigripal en la temporada 2017-18 muestran valores moderados de protección frente casos de gripe B, el virus que ha circulado mayoritariamente.[EN] Influenza activity in Spain started early this 2017-18 season (week 50/2017), which is, along with the 2016-17 season, the earliest week of all seasons since the 2009 pandemic. The peak of influenza incidence rate has been reached in the week 03/2018, with a medium level of influenza activity (high in people older than 64 years). So far, the influenza season 2017-18 is characterized by the predominant circulation of type B virus (68%), decreasing its contribution in favor of type A [A(H3N2) and A(H1N1)pdm09] as the month of January progressed. Eighty-six percent of the B viruses characterized so far belong to the B/Yamagata-lineage and 14% to the B/Victoria-lineage, included in the vaccine this season; among B / Victoria viruses, 70% belong to a new subgroup represented by B/Norway/2409/2017, which carries the HA1 double amino acid deletion, Δ162-163. Antigenic studies should confirm the antigenic differences of circulating viruses with respect to vaccine virus component of the current season. This season shows the highest rates of hospitalization (global and over 64 years of age group) since the 2013-14 season. However, the case-fatality rate and ICU admissions among severe hospitalized confirmed influenza cases (SHCIC) are in the range, or even lower, than in previous seasons. An excess of all-cause mortality was identified, coinciding with both the rise of the epidemic wave, as with extremely cold weather in the beginning of the year, which probably contributed to the excess mortality. This excess of all-cause mortality was concentrated as usual in people over 64 years. Preliminary estimates of the effectiveness of influenza vaccine in the 2017-18 season show moderate protection against cases of influenza B, the virus that has circulated so far in Spain. In addition, a protective effect of this season’s vaccine on ICU admissions has been observed, as well as case-fatality rate among SHCIC reported to our surveillance system.N