Variations on bayesian optimization applied to numerical flow simulations

Bayesian Optimization (BO) has recently regained interest in optimization problems involving expensive black-box objective functions. Several variants have been proposed in the literature, such as including gradient and/or multi-fidelity information, and it has been extended to multi-objective optimization problems. Despite its recent applications to numerical flow simulations, the efficiency of this method and its variants remains to be characterized in typical applications involving canonical flows. In this work, the efficiency of classical BO and alternative derivative-free methods is compared on a simplified flow case, i.e. drag reduction in the two-dimensional flow around a cylinder. The application of BO to complex flows is then showcased by considering a three-dimensional case at Reynolds number Re = 3900. Next, the performance of BO with gradient and/or multi-fidelity information is investigated for global modelling and optimization on typical benchmark objective functions and on the cylinder case at Re = 200. Finally, an algorithm combining dimension reduction and Multi-objective Bayesian Optimization (MOBO) is proposed. It is found that BO was more efficient than other derivative-free alternatives and showed promising results on the three-dimensional cylinder at Re = 3900 by reducing drag by 23 %. The performance of the algorithm was further improved when multi-fidelity and/or gradient information was included, both for modelling and optimization. Including gradient information on the low-fidelity model was useful for global modelling and to decrease rapidly the objective function in a BO framework. On the contrary, adding derivative information on the high-fidelity model generally gave the most accurate approximation of the minimum but was inefficient for global modelling when the computational cost of the gradient was high. Finally, the developed algorithm combining dimension reduction and MOBO enabled us to obtain more precise and diverse minima.136 página

Comparison of Chronic Depression Inventory Scores of Children Diagnosed with Chronic Renal Disease at Two Points in duration of their illness

Hypothesis: Children with a diagnosis of chronic renal disease (CRD) for longer than 2.5 years will have higher T-scores of the Childrens Depression Inventory (CDI) as compared to children with CRD who have been diagnosed with less than 2.5 years ago. Background: Current estimates are that 7.4 million Americans suffer from chronic renal disease. The annual incidence of pediatric kidney disease is 15 per million, ages 0-19. CRD is a serious and progressive disease affecting many different aspects of a childs life. Studies to date have examined the correlation between depression and chronic kidney disease in adults. One study noted 40% of adults with kidney disease also suffered some type of depressive disorder. Research involving children has been very minimal. There is not much research to see if a child has depressive symptoms or if they get better or worse over the duration of their illness. Pervious studies have shown children with chronic medical problems tend to be at higher risk of suffering from depression. Methods: This project will use pediatric patients who are receiving treatment at the University of New Mexico pediatric nephrology clinic. These patients are part of a larger study involving children with CRD and comparing them to the general pediatric population. Thirty-two children between the ages of seven and seventeen, who are currently being treated for a chronic renal disease, will be identified using certain established eligibility requirements. Each patient will be given a CDI, which is standardized survey that assesses depression in children aged seven to seventeen. Each survey will generate a T-score. A T-score above 65 indicates the child may be experiencing some depressive symptoms. The results will then be categorized into two groups. Those that have had a diagnosis of CRD less than 2.5 years in one and those greater than 2.5 years in another. The mean score for these two groups will then be analyzed using a Two-sample t-test. Expected results: It is expected that children who have had a diagnosis of CRD greater than 2.5 years will show more depressive symptoms, based on CDI survey results. Conclusion: This study provides some more information on children and CRD. The results show that children diagnosed with CRD less than 2.5 years did have higher overall T-scores. Being a small study it is difficult to make any major conclusions, however it did appear to show a trend that children in the earlier stages of kidney disease maybe at risk for depressive symptoms.\u2

Drug-resistant epimastigotes of Trypanosoma cruzi and persistence of this phenotype after differentiation into amastigotes

Des formes épimastigotes du parasite #Trypanosoma cruzi ont été rendues résistantes au benznidazole en utilisant, in vitro, une pression médicamenteuse continue. Les parasites ont été sélectionnés en fonction de la caractérisation génétique antérieure de leurs loci isoenzymatiques. Tous les clones résistants sont capables de croître en culture à long terme en présence d'une concentration d'au moins 50 microM de benznidazole qui est la dose circulante de drogue chez un patient en cours de traitement. Le niveau le plus élevé de résistance atteint est 220 microM. Après la différenciation des formes épimastigotes en amastigotes, le niveau de résistance n'est pas altéré. La vitesse de croissance des formes résistantes d'épimastigotes et d'amastigotes est inférieure à celle des formes sauvages mais leur viabilité n'est pas affectée. Ces résultats peuvent avoir des conséquences à la fois pour entreprendre l'étude du phénotype résistant de clones du parasite #T. cruzi mais également pour suivre le devenir de ce phénotype résistant au cours du développement du cycle expérimental in vivo. (Résumé d'auteur

Recruitment of ubiquitin-activating enzyme UBA1 to DNA by poly(ADP-ribose) promotes ATR signalling

The DNA damage response (DDR) ensures cellular adaptation to genotoxic insults. In the crowded environment of the nucleus, the assembly of productive DDR complexes requires multiple protein modifications. How the apical E1 ubiquitin activation enzyme UBA1 integrates spatially and temporally in the DDR remains elusive. Using a human cell-free system, we show that poly(ADP-ribose) polymerase 1 promotes the recruitment of UBA1 to DNA. We find that the association of UBA1 with poly(ADP-ribosyl)ated protein–DNA complexes is necessary for the phosphorylation replication protein A and checkpoint kinase 1 by the serine/threonine protein kinase ataxia-telangiectasia and RAD3-related, a prototypal response to DNA damage. UBA1 interacts directly with poly(ADP-ribose) via a solvent-accessible and positively charged patch conserved in the Animalia kingdom but not in Fungi. Thus, ubiquitin activation can anchor to poly(ADP-ribose)-seeded protein assemblies, ensuring the formation of functional ataxia-telangiectasia mutated and RAD3-related-signalling complexes

Une éthique de la gestion des déchets : du modèle technocratique au modèle démocratique

Thèse en cotutelle : Université Laval Québec, Canada et Université Paris 1, Panthéon Sorbonne Paris, FranceCette thèse examine les questions éthiques, sociales et politiques posées par la gestion des déchets mise en place par les sociétés industrielles. La réflexion prend son point de départ dans le constat qu’en philosophie l’analyse de la gestion des déchets se limite à une approche symbolique des rapports que nous entretenons avec eux. Il s’agit de montrer qu’une telle approche occulte l’arrière-plan politique et social du problème et qu’elle ne fait pas de la gestion des déchets l’objet d’un questionnement sur le rapport entre l’homme et la nature, reléguant l’enjeu environnemental posé par les déchets au domaine technique. Ce travail propose de dépasser la logique dualiste selon laquelle il reviendrait aux techniciens de prendre en charge le traitement physique des déchets et aux philosophes de s’occuper de l’examen d’une signification symbolique (intrasociale). Il s’agit de démontrer que loin d’être circonscrite à la sphère technico-économique, la gestion des déchets par les sociétés industrielles est en interaction permanente avec le monde social et soulève des problèmes de justice. Dans cette perspective, le problème environnemental soulevé par les déchets ne peut être saisi que si l’on adopte une conception de la nature comme communauté : les déchets en atteignant (de façon inégale) l'environnement des populations affectent également celles-ci parce qu'elles entretiennent avec lui une relation d’interdépendance. Afin de déterminer les principes normatifs d’une justice détritique et de penser une juste gestion des déchets, la thèse soutient alors une conception culturelle des inégalités environnementales.This thesis aims at examining the ethical, social and political issues raised by waste management of industrialized societies. Philosophical analyses of waste management generally adopt a symbolic approach that tends, in one hand, to ignore political and social issues and, on the other hand, to disregard the human-nature relation since environmental issues of waste management are limited to technical sphere. Yet, I suggest that this dual approach must be criticized and question the idea that technicians should deal with the waste treatment while philosophers (or sociologists) should only considerer the symbolic significance. This work argues that waste management of industrialized societies is not only a technical issue since its continuously in relation with the social sphere and among other things raises issues of justice. In this regard, I support that the environmental issue caused by waste management can only be grasped if we assume a conception of nature as community: when wastes affect (unevenly) the environment in which people live, wastes also have an impact on the populations because people nurture interdependent relationship with their environment. Once this has been established, I demonstrate that a cultural vision of environmental inequalities should be defended in order to identify and determine normative principles of waste justice

Comparaison des données cytologiques et histologiques pour le diagnostic de l'endométrie chez la vache

La technique de référence pour le diagnostic des endométrites de la vache en post-partum, est actuellement la cytologie, sur la base d'un prélèvement réalisé à l’aide d’une cytobrosse stérile au niveau du corps utérin. Néanmoins, la cytologie n'évalue que l'état de la muqueuse et de plus en un seul site de l'appareil génital. L’objectif de cette étude était double : évaluer la concordance entre les résultats cytologiques et les résultats histologiques et apprécier l’homogénéité de l’inflammation au sein de l'appareil génital. Une étude ex vivo a été réalisée sur 100 utérus collectés à l’abattoir en réalisant deux prélèvements à 4 sites différents de l’utérus (col, corps utérin, corne droite et corne gauche), un pour l’examen cytologique et un pour l’histologie. D’après cette étude, pour un secteur donné, on observe une relation entre la sévérité des notes histologiques et le taux de neutrophiles sur le frottis, et entre la sévérité des notes histologiques et l’augmentation de la proportion de vaches diagnostiquées malades par la cytologie. Néanmoins, la concordance entre les résultats des deux techniques est moyenne (ĸcornes utérines=0,56-0,59). Nous avons pu définir un seuil de la note d’histologie pathologique de 3 pour la couche profonde et également de 3 pour la lame entière du corps utérin. L'épithélium, souvent absent des lames, n'est pas indispensable à la notation. En ce qui concerne l’homogénéité de l’inflammation au sein de l’appareil génital, l'histologie et la cytologie montrent toutes deux l'existence de deux compartiments : l'utérus d'une part (corps et les deux cornes) et le col d'autre part. Les taux de neutrophiles des deux cornes et du corps utérin sont fortement concordants (ĸ=0,63-0,75), les notes histologiques de ces secteurs sont fortement à très fortement concordantes (ĸ=0,64-0,87). Au contraire, les taux de neutrophiles du secteur utérin (cornes et corps utérin) et ceux du col ne sont que faiblement concordants (ĸ=0,28-0,37) et les notes d’histologie sont légèrement à moyennement concordantes (ĸ=0,25-0,44). Quant à l’homogénéité au sein de la paroi utérine (entre l’épithélium et les couches profondes), elle a été évaluée par l’examen histologique qui a montré une forte concordance entre eux, uniquement pour le secteur utérin (ĸ=0,67-0,74). En conclusion, la cytologie ne reflèterait pas de façon convenable l’inflammation de la totalité de la paroi. Néanmoins, une étude complémentaire entre les résultats de l'examen histologique et les performances de reproduction de la vache serait indispensable pour fixer une note seuil définissant un état inflammatoire pathologique. Ce travail montre également le clivage de l'appareil génital en termes de statut inflammatoire entre le secteur cervical et le secteur utérin : en pratique, il n'est donc pas possible de substituer un prélèvement cervical à un prélèvement endométrial, plus complexe à réaliser

The Grammaticalization of done in Non-Standard English

Il semble que d’une manière générale l’emploi de done en anglais non-standard dans des schémas tels que DONE + V-ed/-en ou DONE + V passe par la grammaticalisation du participe passé du verbe do dans les constructions perfectives. Cette étude examine la fonction syntaxique et sémantique de done en position préverbale en se fondant sur l’hypothèse d’Antoine Meillet (1912 : 140) selon laquelle les mots les plus fréquemment utilisés s’affaiblissent et évoluent vers des formes plus intenses. On peut, en effet, se demander si, dans ce type de construction, done doit être considéré comme un adverbe dont le sens se rapprocherait de celui de already ou comme un modal renvoyant à une attitude prise à l’égard du contenu propositionnel. Entre ces deux valeurs on observe une ré-analyse du verbe en auxiliaire qui met en évidence l’engagement de l’énonciateur