Comparison of 2016–17 and Previous Epizootics of Highly Pathogenic Avian Influenza H5 Guangdong Lineage in Europe

We analyzed the highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5 epizootic of 2016–17 in Europe by epidemiologic and genetic characteristics and compared it with 2 previous epizootics caused by the same H5 Guangdong lineage. The 2016–17 epizootic was the largest in Europe by number of countries and farms affected and greatest diversity of wild birds infected. We observed significant differences among the 3 epizootics regarding region affected, epidemic curve, seasonality, and outbreak duration, making it difficult to predict future HPAI epizootics. However, we know that in 2005–06 and 2016–17 the initial peak of wild bird detections preceded the peak of poultry outbreaks within Europe. Phylogenetic analysis of 2016–17 viruses indicates 2 main pathways into Europe. Our findings highlight the need for global surveillance of viral changes to inform disease preparedness, detection, and control

Comparison of 2016–17 and Previous Epizootics of Highly Pathogenic Avian Influenza H5 Guangdong Lineage in Europe

We analyzed the highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5 epizootic of 2016–17 in Europe by epidemiologic and genetic characteristics and compared it with 2 previous epizootics caused by the same H5 Guangdong lineage. The 2016–17 epizootic was the largest in Europe by number of countries and farms affected and greatest diversity of wild birds infected. We observed significant differences among the 3 epizootics regarding region affected, epidemic curve, seasonality, and outbreak duration, making it difficult to predict future HPAI epizootics. However, we know that in 2005–06 and 2016–17 the initial peak of wild bird detections preceded the peak of poultry outbreaks within Europe. Phylogenetic analysis of 2016–17 viruses indicates 2 main pathways into Europe. Our findings highlight the need for global surveillance of viral changes to inform disease preparedness, detection, and control

Airborne Detection of H5N8 Highly Pathogenic Avian Influenza Virus Genome in Poultry Farms, France

In southwestern France, during the winter of 2016–2017, the rapid spread of highly pathogenic avian influenza H5N8 outbreaks despite the implementation of routine control measures, raised the question about the potential role of airborne transmission in viral spread. As a first step to investigate the plausibility of that transmission, air samples were collected inside, outside and downwind from infected duck and chicken facilities. H5 avian influenza virus RNA was detected in all samples collected inside poultry houses, at external exhaust fans and at 5 m distance from poultry houses. For three of the five flocks studied, in the sample collected at 50–110 m distance, viral genomic RNA was detected. The measured viral air concentrations ranged between 4.3 and 6.4 log10 RNA copies per m3, and their geometric mean decreased from external exhaust fans to the downwind measurement point. These findings are in accordance with the possibility of airborne transmission and question the procedures for outbreak depopulation

Role of Backyard Flocks in Transmission Dynamics of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N8) Clade 2.3.4.4, France, 2016-2017.

Highly pathogenic avian influenza A(H5N8) clade 2.3.4.4 spread in France during 2016-2017. We assessed the biosecurity and avian influenza virus infection status of 70 backyard flocks near H5N8-infected commercial farms. One flock was seropositive for clade 2.3.4.4. Backyard flocks linked to commercial farms had elevated risk for H5 infection

Phylodynamic analysis of the highly pathogenic avian influenza H5N8 epidemic in France, 2016-2017

In 2016-2017, France experienced a devastating epidemic of highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N8, with more than 400 outbreaks reported in poultry farms. We analyzed the spatiotemporal dynamics of the epidemic using a structured-coalescent-based phylodynamic approach that combined viral genomic data (n = 196; one viral genome per farm) and epidemiological data. In the process, we estimated viral migration rates between departements (French administrative regions) and the temporal dynamics of the effective viral population size (Ne) in each departement. Viral migration rates quantify viral spread between departements and Ne is a population genetic measure of the epidemic size and, in turn, is indicative of the within-departement transmission intensity. We extended the phylodynamic analysis with a generalized linear model to assess the impact of multiple factors-including large-scale preventive culling and live-duck movement bans-on viral migration rates and Ne. We showed that the large-scale culling of ducks that was initiated on 4 January 2017 significantly reduced the viral spread between departements. No relationship was found between the viral spread and duck movements between departements. The within-departement transmission intensity was found to be weakly associated with the intensity of duck movements within departements. Together, these results indicated that the virus spread in short distances, either between adjacent departements or within departements. Results also suggested that the restrictions on duck transport within departements might not have stopped the viral spread completely. Overall, we demonstrated the usefulness of phylodynamics in characterizing the dynamics of a HPAI epidemic and assessing control measures. This method can be adapted to investigate other epidemics of fast-evolving livestock pathogens.ISSN:1865-1674ISSN:1865-168

Avis de l'Anses relatif à un retour d’expérience sur la crise influenza aviaire hautement pathogène 2020-2021 (2eme partie)

L’épizootie d’influenza de type A hautement pathogène (IAHP) de sous type H5N8 qui a sévi, en France, au cours de l'hiver 2020-2021 dans le compartiment élevage, principalement dans le Sud-Ouest1 et dans une bien moindre mesure en Vendée/Deux-Sèvres, ainsi que dans la filière animalerie/ornement en Corse/Yvelines, a causé près de 500 foyers et entraîné l’abattage de plus de 3 millions de canards et autres volailles, répétant ainsi les épizooties de 2015-2016 et 2016-2017. Ces épizooties récurrentes posent des questions de fond sur l'organisation des filières, notamment dans le Sud-Ouest, et sur les facteurs de risque de diffusion de l’infection, à partir du moment où un premier élevage se trouve infecté. L’Anses a été saisie pour conduire un retour d’expérience suite à cette nouvelle épizootie, après avoir rendu différents avis et AST2 en urgence tout au long de l’hiver 2020-2021. L’analyse des données épidémiologiques, ainsi que des actions gouvernementales ou professionnelles lors de cette épizootie, a été réalisée dans la première partie de l’avis 2021-SA-0022, du 26/05/2021, publié sur le site de l’Anses. Le présent avis complète les premières conclusions des experts par une approche d’évaluation des facteurs de risque comparée.Au 16/09/2021, la plateforme ESA dresse le bilan3 suivant pour l’épizootie d’IAHP 2020-2021 : cette épizootie se caractérise notamment par une plus grande ampleur que les précédentes (2016-2017 et 2019-2020), en touchant les compartiments sauvages et domestiques dans 29 pays (voir bilan européen en annexe 3). Il ressort de ce bilan que le sous-type H5N8 est majoritaire. Si d’autres sous-types ont été identifiés, ils étaient tous du clade 2.3.4.4b.Il est à noter que la France est le pays qui a compté le plus de foyers chez les volailles domestiques, avec une épizootie très localisée dans le Sud-Ouest. Les premiers foyers déclarés chez des volailles ont été identifiés en Corse (n=7) à partir du 16/11/2020, en lien épidémiologique avec un autre foyer détecté dans une animalerie des Yvelines. Le neuvième foyer a été confirmé le 06/12/2020 dans les Landes. Puis le virus s'est propagé rapidement, dans le Sud-Ouest de la France, avec des foyers dans les Landes, les Hautes-Pyrénées, les Pyrénées-Atlantiques, le Lot-et-Garonne et le Gers. Le 12/12/2020, un foyer a été détecté en Vendée, puis le 13/12/2020 dans le département limitrophe des Deux-Sèvres.Au total, 492 foyers en élevages de volailles (475 dans le Sud-Ouest et 17 hors Sud-Ouest) ont été déclarés au cours de cette saison 2020-2021. Le dernier foyer déclaré chez des volailles a été détecté le 26/04/2021.Vingt-deux cas ont été confirmés en avifaune libre et oiseaux sauvages captifs, dont deux cas concernant des oiseaux captifs. Sept oiseaux sauvages infectés H5N8 auraient été contaminés secondairement, à partir de foyers en élevages de volailles : en Corse (2), dans les Landes (1), dans les Ardennes (3) et dans le Haut-Rhin (1) (Anses 2021, BHVSI 2021).Trois sous-types différents de virus IAHP (H5N8, H5N3 et H5N1) ont été caractérisés. Un épisode de mortalité massive a été observé dans le département de la Manche à partir du 17/01/2021, où des bécasseaux maubèches (Calidris canutus) ont été retrouvés morts sur une plage (au moins 300 oiseaux morts sur un effectif d’environ 10 000 bécasseaux maubèches).Les quatre cas confirmés chez cette espèce (sur quatre testés) étaient associés à une infection par un virus d’IAHP H5N3 (sources : LNR, OFB). Des liens avec des cas dans d’autres pays européens ont été mis en évidence.Le dernier cas en avifaune sauvage libre a été collecté le 28/04/2021 (poussin de faucons pèlerins à St Nicolas du Port en Meurthe-et-Moselle). Le dernier cas chez des oiseaux captifs a été observé le 02/07/2021 dans une basse-cour.Les virus IAHP ont très probablement été introduits en France continentale lors de la migration postnuptiale « descendante » de fin d’automne (Anses 2021). La présence de virus IAHP a été confirmée sur douze espèces d’oiseaux sauvages, appartenant à quatre familles Dans la zone Sud-Ouest, deux introductions distinctes de virus IAHP H5N8 ont été identifiées chez des volailles : - Une dans les Landes, suivie d’une très large diffusion entre élevages de proche en proche et à distance via des contacts directs ou indirects (mouvements d’animaux, de personnes ou de matériel), et responsable de la quasi-totalité des foyers observés dans cette zone. - L’autre dans une basse-cour de particulier dans les Hautes-Pyrénées, le virus responsable de l’infection n’ayant pas été retrouvé ailleurs.Dans les départements de la Vendée et des Deux-Sèvres, les analyses phylogénétiques montrent qu’il y a eu trois souches distinctes introduites. Ce nombre de trois introductions serait attribuable à une exposition plus forte de cette zone à l’avifaune sauvage à risque car située plus au nord que celle du Sud-Ouest (Anses 2021). Un seul foyer secondaire est à déplorer.La situation s’est stabilisée à partir de début mai : un seul foyer d'infection par un virus IAHP H5N8 a été détecté après le 28 avril 2021, celui-ci ayant été identifié chez des oiseaux captifs en basse-cour, plus de deux mois après la précédente détection. Les mesures de sécurité sanitaire renforcées, parmi lesquelles figuraient la claustration des oiseaux, ont été levées sur l’ensemble du territoire national métropolitain : classé « élevé » au regard de l’influenza aviaire, depuis le 17 novembre 2020, le niveau de risque est devenu « modéré » le 24 puis "négligeable" le 28 mai 2021. Ces éléments ne tiennent pas compte des évènements survenus ultérieurement.Le statut indemne a été retrouvé le 02 septembre 2021