Neurological infection by chikungunya and a triple Arbovirus co-infection in Mato Grosso, Central Western Brazil during 2019

Universidade Federal de Mato Grosso - Campus Cuiabá. Faculdade de Medicina. Departamento de Ciências Básicas em Saúde. Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, BrazilUniversidade Federal de Mato Grosso - Campus Cuiabá. Faculdade de Medicina. Departamento de Ciências Básicas em Saúde. Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, BrazilUniversidade Federal de Mato Grosso - Campus Cuiabá. Faculdade de Medicina. Departamento de Ciências Básicas em Saúde. Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, BrazilUniversidade Federal de Mato Grosso - Campus Cuiabá. Faculdade de Medicina. Departamento de Ciências Básicas em Saúde. Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brazil / Hospital Universitário Júlio Muller. Cuiabá, MT, BrazilHospital Universitário Júlio Muller. Cuiabá, MT, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilUniversidade Federal de Mato Grosso, Campus Cuiabá. Faculdade de Medicina. Departamento de Ciências Básicas em Saúde. Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, BrazilBackground: Neurological viral infection is frequently associated to enterovirus, herpesvirus and arboviruses. These infections may cause severe clinical outcomes, long lasting sequelae or death. Few studies have addressed viral neurological infections etiology in Brazil. Objectives: Identification of viruses in the cerebral spinal fluid (CSF) of human neurological infections suspected of viral etiology during January and May 2019 in Midwestern Brazil. Materials and methods: Clinical, laboratory and epidemiological information was gathered from medical records. In addition, an aliquot of the sampled CSF was subjected to viral RNA/DNA extraction, randomic dscDNA amplification by PCR, DNA purification and Ilumina HiSeq 2500 sequencing. Results: Six viral genomes belonging to Chikungunya virus (CHIKV) East-Central-South African (ECSA) genotype (10.834-11.804 nt in length) confirmed lately by RT-PCR for CHIKV envelope were present in all six liquor samples. These genomes present two mutations, nsP2:T31I and nsP3:A388V, shared with other Mato Grosso State strains from 2019, not present in sequences of the virus from previous years obtained in the State. One case was a triple co-infection also confirmed through RT-PCR, with Dengue virus serotype 4 genotype II (NS5; 874 nt) and Oropouche virus genotype IA (segment S; 302 nt). CSF was clear and colorless (5/6 patients), with >10% of lymphomononuclear cells (6/6), 1-99 erythrocytes/mm3 (5/6), glucose levels >50 mg/dl (4/5) e > 10 mg/dl of proteins (4/4). One patient evolved to death, and another, a newborn, presented sequelae after recovery. Conclusions: Despite herpesviruses and enteroviruses are frequent etiologies of neurological infections, the casuistic here reported was associated to arboviruses already known to be responsible for acute febrile illness outbreaks in the state of Mato Grosso, Midwestern Brazil

Insect-specific viruses and arboviruses in adult male culicids from Midwestern Brazil

Universidade Federal de Mato Grosso. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Laboratório de Virologia. Cuiabá, MT, Brazil.Universidade Federal de Mato Grosso. Instituto de Saúde Coletiva. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brazil.Palácio Paiaguás. Centro Político Administrativo. Secretaria Estadual de Saúde. Cuiabá, MT, Brazil.Universidade Federal de Mato Grosso. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Laboratório de Virologia. Cuiabá, MT, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Mato Grosso. Instituto de Saúde Coletiva. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Laboratório de Virologia. Cuiabá, MT, Brazil.Viruses were identified from male anthropophilic mosquitoes from Mato Grosso (MT) State, Midwest Brazil from February 2017 to January 2018. Mosquitoes tested included Aedes (Stegomyia) aegypti (1139 males; 84 pools), Culex quinquefasciatus (9426 males; 179 pools), Culex sp. (3 males; 3 pools) and Psorophora albigenu (1 male; 1 pool) collected from four cities of MT. Pools were subjected to viral RNA extraction followed by RT-PCRs specific for ten flaviviruses, five alphaviruses and Simbu serogroup of orthobunyaviruses. Positive pools were passaged three times in VERO cells (alphavirus and orthobunyavirus) or C6/36 cells (flavivirus), with isolates confirmed through RT-PCR and nucleotide sequencing. We detected pools positive for Ilhéus (1 pool), dengue serotype 4 (1), Mayaro (12), equine encephalitis virus (1) yellow fever (1), Oropouche (2), Zika (4) and chikungunya (12) viruses. High throughput sequencing of arbovirus positive pools identified 35 insect-specific viruses (ISVs) from the families Circoviridae (2), Parvoviridae (2), Totiviridae (1), Flaviviridae (1), Iflaviridae (2), Mesoniviridae (4), Nodaviridae (2), Luteoviridae (1), Phasmaviridae (1) Phenuiviridae (2), Rhabdoviridae (2), Orthomyxoviridae (1), Xinmoviridae (1), and unclassified Bunyavirales (1), unclassified Picornavirales (3), unclassified Riboviria (4) and taxon Negevirus (5). From these, five novel viruses were tentatively named Mojica circovirus, Kuia iflavirus, Muxirum negevirus, Lambada picorna-like virus and Tacuru picorna-like virus. Our findings underscore the diversity and wide geographical distribution of ISVs and arboviruses infecting male culicids

Sialovirome of Brazilian tropical anophelines

Brazilian Government Coordination of Improvement of Higher Education Personnel (CAPES) scholarships (code 001); National Counsel of Technological and Scientific Development (CNPq) grant for Central Western Biodiversity (number 407817/2013-1). RDS receives a CNPq research productivity grant (309750/2020-2).Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.Universidade de Brasília. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular. Brasília, DF, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Curso de Graduação em Medicina,. Cuiabá, MT, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de Brasília. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular. Brasília, DF, Brasil.Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.Anophelinae is a widely dispersed Culicidae subfamily that may carry a unique virome. Here we herein report the set of viruses found in 323 salivary glands of 16 anopheline species sampled at Upper Pantanal, Chapada dos Guimarães National Park and Coxipó river basin, South Central Mato Grosso, Brazil, pooled (n = 11) and subjected to high throughput sequencing. Metagenomics revealed the presence of nine viral sequences belonging to novel viruses from seven viral families: Purunga is a putative novel orbivirus sharing 74% and 65% aa identity, respectively, with the VP1 and VP3 segments of Changuinola serogroup, Jaracatiá flavivirus shares 60% amino-acid (aa) identity with Aedes flavivirus. Coxipó dielmovirus and Chapada dielmovirus shared 51% and 39% aa identity with Merida virus. Coloiado-orthomyxo like virus is 57.1–64.8% identical at aa level to Aedes albonnulatus orthomyxo-like virus. Mujica picorna-like virus shares 49% aa identity with Flen picorna-like virus and Chiquitos virus is 50% similar to Ista virus, both from Picornavirales order. Cerrado partiti-like-virus shares 75–86% aa identity with Atrato partiti-like virus 2. We also found the S and L segments of Anopheles triannulatus orthophasmavirus (92% identity) in Anopheles lutzi from Chapada dos Guimarães. The identification of these putative novel viruses underscore the wide dispersion of viruses in culicid hosts contributing to extensions on mosquito virome descriptions