ABC for GRASPing enzyme kinetics in metabolic models

Large scale kinetic models of metabolism are required to explore and explain the molecular basis for homeostasis, the self-regulating processes evolved to maintain metabolic equilibrium. Studying homeostasis is relevant for the understanding and treatment of complex diseases, particular with the emergence of personalized medicine. It is equally important when we seek to repurpose the cellular machinery for the production of desired chemicals, materials and pharmaceuticals. In the latter process, the cells’ homeostatic control mechanisms must be either disabled or exploited. However, estimation of in vivo parameters is hard due to the large amount of data needed and the fact that homeostatic control typically renders many parameters practically unobservable. We have developed a General Reaction Assembly and Sampling Platform (GRASP) capable of consistently parameterizing and sampling thermodynamically feasible kinetics using minimal reference data (1). The former integrates the concerted MWC model and elementary reaction formalism to describe both simple and complex (e.g., allosteric) kinetics. Application of this approach enabled assessment of the impact of thermodynamics on reaction kinetics, as well as the exploration of complex allosteric behaviours (2). Formulation of the sampling problem within the Bayesian framework provides a natural interface for the addition of experimental data, hereby improving sampling accuracy. Approximate Bayesian Computation (ABC) methods were used to unravel the dynamic properties of metabolic networks (3). A posteriori analysis of the parameter distribution enabled prediction of metabolic states, identification of critical parameters as well as unravelling the control structure of the network. We have illustrated the capabilities of our framework in several cases ranging from simple enzymatic mechanisms to tightly-regulated pathways. Overall, this framework demonstrates that detailed kinetic representation is possible without sacrificing complexity and with low amounts of data. Expanding this framework to large metabolic networks requires further algorithmic advances, including the development of efficient and robust sequential sampling schemes. Recent advances in algorithmics will be Please click Additional Files below to see the full abstract

FruitGrowth - Gasburning in orchards - Environment friendly weed control

Gas burning makes treatment of weed organic. The new ENVO-DAN burner saves 40% gas and treats 1/2 meter in width.It can be mounted on a standard lawn tractor, orchard tractor or a mobile robot. The modular burner system for burning weeds in orchards can be configurated to your needs

MONA i Middelfart – konference om flere og bedre naturfagslærere

Introduktion (af Sebastian Horst, MONA-redaktør). Den 18. november 2009 blev den første MONAkonferenceafholdt. Temaet var lærermanglen i matematik og naturfagene. Efterfølgende bad MONAredaktionenKeld Nielsen om at skrive sin analyse af konferencen og de forslag der fremkom på dagen.Keld Nielsen har igennem mange år været deltager i og kritisk iagttager af diskussionerne om hvordaninteressen for naturvidenskabelige uddannelser kan øges, og hvordan naturvidenskab er en væsentligdel af den almene dannelse. I denne aktuelle analyse giver Keld Nielsen sine betragtninger, som erpositive i forhold til konferencens idé, men på den anden side kritiske i forhold til de forslag der fremkom.Keld Nielsen opfordrer til at MONA følger op med et forum for uddannelsespolitiske diskussioner,hvilket vi bestemt vil overveje. I mellemtiden kan man på www.ind.ku.dk/mona/konference se oplægog referater fra konferencen

Ny ledelse på Steno Museet

Bag Steno Museets stilfulde facade er der de sidste par år foregået store administrative ændringer, som institutleder Keld Nielsen her gør rede for

Delphi-studiet er en gave – nu gælder det om at bruge gaven fornuftigt

Kommentar til Lars Brian Krogh, Jens Dolin & Morten Rask Petersen:”De vigtigste udfordringer i det danske naturfagsdidaktiske felt”, MONA, 2022(2)

Implementations of FroboMind using the Robot Operating System framework

Several different architectures has been suggested for agricultural robotic vehicles like Agriture, The Hortibot and AgroBot linux shared memory based architecture, or the FroboMind.This work present the implementation of the latter conceptual architecture FroboMind utilising the open-source cross language robotic framework ROS.Secondly a rugged hardware platform FroboBox is presented

Teknologiforstyrrelse : Hvad mener Børne- og Undervisningsministeriet, når de skriver “teknologi”?

I denne analyse problematiserer vi, at der ikke findes en entydig operationel definition af teknologibegrebet som kan bruges i grundskolen og den tilhørende læreruddannelse. Vi argumenterer for at Børne- og Undervisningsministeriet har et ansvar for en del af forvirringen omkring begrebet. Der findes mindst to betydninger af teknologibegrebet: Digital teknologiforståelse og den brede teknologiforståelse, og manglen på en entydig definition af begrebet manifesterer sig på forskellig vis i grundskolens naturfag, det nye fagområde “Teknologiforståelse” og i læreruddannelsen. Vi foreslår at Børne- og Undervisningsministeriet igangsætter en konkretisering af begrebet teknologisk dannelse, præcisering af T i STEM og får udarbejdet en bred definition af teknologibegrebet

En tiltrængt røst

Kommentar til Jette Reuss Schmidt “Hvem definerer STEM i skolen og i skoleforskningen?”, MONA, 2019(2)

Ny Nordisk Skole - hvad med naturfagene?

I denne analyse tager vi afsæt i initiativet Ny Nordisk Skole og relaterer det til naturfagsområdet. Vi diskuterer de udfordringer der er for naturfagene, og forsøger at opsummere hvad en ny nordisk naturfagsundervisning kunne fokusere på, nemlig demokratiudfordringen, individudfordringen og rekrutteringsudfordringen. Dette fører os til at anbefale at Ny Nordisk Skole styrker læreres udvikling af undervisning og samarbejde, skaber en samtænkning af målbeskrivelser og bedre efteruddannelse og gør uddannelse til en folkesag hvor alle kan se det betydningsfulde i naturfagenes bidrag

Udsigt til bedre læreruddannelse - Erfaringer fra to udviklingsprojekter

Artiklen fortæller med afsæt i et statusmøde hos Lundbeckfonden om erfaringerne fra to udviklingsprojekter vedr. henh. læreruddannelse og lærerefteruddannelse (ASTE og QUEST). Begge projekter bliver vurderet til at være udbytterige og succesrige, om end de også begge oplever udfordringer. Artiklen diskuterer herefter udfordringer ved at udbrede projekterne til større skala i Danmark.