Desenvolvimento da PCR em tempo real para amplificação do gene da Enzima Málica (ME) em isolados de Giardia duodenalis

Submitted by Anderson Silva ([email protected]) on 2012-07-17T17:10:52Z No. of bitstreams: 1 Desenvolvimento da PCR em Tempo Real para.pdf: 2139383 bytes, checksum: 1075a6c994ede19cfbf82267ae9a76b9 (MD5)Made available in DSpace on 2012-07-17T17:10:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Desenvolvimento da PCR em Tempo Real para.pdf: 2139383 bytes, checksum: 1075a6c994ede19cfbf82267ae9a76b9 (MD5) Previous issue date: 2010CNPq e FAPESPFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Giardia duodenalis (G. duodenalis) é um protozoário entérico patogênico distribuído mundialmente e apresenta amplo espectro de hospedeiros mamíferos, incluindo humanos. Isolados deste parasito possuem grande diversidade genética, apresentando sete genótipos (A-G) e diversos subtipos. No entanto, apenas os genótipos A e B infectam o homem e no subtipo A1 concentra-se o potencial zoonótico do parasito. Análise das sequências de amplicons de determinados marcadores moleculares demonstrou resultados discordantes na genotipagem de G. duodenalis evidenciando a necessidade de identificar novos marcadores. A proposta desse trabalho foi avaliar a aplicabilidade do locus da enzima málica (ME) comparando os resultados obtidos com o gene da β-giardina (βg) usando a PCR convencional seguida de sequenciamento para detecção e genotipagem de amostras clínicas. Foi desenvolvida uma PCR em Tempo Real - ME para detectar, quantificar e genotipar isolados de G. duodenalis diretamente de amostras de fezes. Foram usadas 100 amostras clínicas (83 humanas e 17 caninas) positivas segundo exame parasitológico e imunológico. A N - PCR convencional - βg amplificou 61% destas (52 amostras humanas e sete caninas) e todas foram caracterizadas como genótipo A, sendo 42 subtipo A1 (38 humanas e quatro caninas) e 19 subtipo A2 (16 humanos e três caninas). A N - PCR convencional - ME detectou apenas nove amostras (9%) positivas e todas pertencentes ao genótipo A, sendo seis humanas (quatro pertencentes ao subtipo A1, uma subtipo A2 e uma com subtipo indeterminado) e três caninas (todas A1). Ao correlacionar a genotipagem por ambos marcadores, observou-se concordância na identificação do genótipo. A comparação do limite de detecção da PCR convencional ME com a PCR em Tempo Real - ME demonstrou que esta última foi aproximadamente 10 4 vezes mais sensível. Análise estatística dos resultados obtidos com as réplicas da curva-padrão indicou reprodutibilidade do método e determinou que amostras negativas são aquelas com valores de Ct > 37. Desta forma, 71 amostras clínicas (71%) foram positivas na PCR em Tempo Real - ME com sonda para subtipo A1, destas 62 (87,3%) eram amostras humanas e nove (13,4%) caninas. A quantificação relativa de DNA de G. duodenalis nas amostras clínicas com a PCR em Tempo Real - ME, demonstrou que a concentração de cistos nas amostras analisadas variou de 4,21 ng a 204 fg (respectivamente, 22.000 e 1,0 cistos). A PCR em Tempo Real - ME apresentou maior sensibilidade em relação à N - PCR convencional - ME, indicando a necessidade de utilização de novos iniciadores, pois os utilizados encontram-se em regiões polimórficas, como demonstrado pela análise das sequências de ME. Apesar da necessidade de mais estudos, os resultados obtidos neste trabalho indicam que a PCR em Tempo Real - ME possui potencial aplicabilidade nos estudos de epidemiologia molecular da giardíase.Giardia duodenalis (G. duodenalis) is an intestinal protozoan parasite found worldwide in various mammalian hosts, including humans. G. duodenalis isolates display high genetic diversity with seven genotypes (A-G) and subtypes. However, only A and B assemblages have been detected in humans. The subtype A1 parasite presents the strongest zoonotic potential. Discordant genotyping and detection results of G. duodenalis isolates have been previously reported using amplicon sequence analysis from certain molecular markers. Therefore, this leads to the search of novel ones. The purpose of this work was to compare conventional PCR, followed by sequencing, using malic enzyme (ME) and β-giardin gene (βg) as molecular markers for the detection and genotyping of the parasite found in faecal samples. Likewise, an approach involving Real Time PCR - ME for detecting, quantifying and genotyping G. duodenalis isolates was developed. We collected 100 positive faecal samples (83 humans and 17 canines) according to parasitological exam and immunoassays. N - PCR - βg detected 61 positive samples (61%) from which 52 were human and seven were canine. All those samples were characterized as genotype A. Subtype A1 and A2 were determined in 42 (38 humans/4 canines) and 19 (16 humans/3 canines) samples, respectively. However N - PCR - ME analyses revealed that only nine faecal samples (9%) were positive (6 humans/3 canines) for genotype A. Six human samples were subtyped as A1 (4), A2 (1) and one not-determined, and the three canine samples were subtype A2. However, when correlating the sample genotyping using both markers, we have observed an agreement in the identification of the genotypes. The comparison of the detection limit between the N - PCR - ME and the Real Time PCR - ME showed that the latter one was approximately 104-fold more sensitive. The statistical analysis of the data from the standard curve replicates indicated reproducibility of the method. Furthermore, Ct values > 37 were established as an indicative for negative samples. Therefore, Real Time PCR - ME analysis revealed that 71 samples (71%) were positive for subtype A1 from which 62 (87.3%) and nine (13.4%) samples were humans and canines, respectively. The relative quantification of G. duodenalis DNA in the clinical samples using Real Time PCR - ME varied from 4.21 ng to 204.0 fg corresponding to 22.000 and one cyst, respectively. Overall, Real Time PCR – ME analysis showed to be more sensitive than N - PCR - ME. It, thus, suggest the need to design different primers, because the ones used were within a polymorphic region of the ME sequence. Although more investigation is yet to be done, the results achieved in this work indicate that Real Time PCR - ME has a great potential in the applicability for molecular epidemiological studies of giardiasis

Impacto dos Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) nos genes humanos da interleucina 28B (IL28B) e da inosina trifosfato pirofosfatase (ITPA) sobre o tratamento da Hepatite C

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:23:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 nathalia_ramos_ioc_dout_2015.pdf: 5459718 bytes, checksum: e0b760351d18c4b9bdd34e2ba0fe3de2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, BrasilA infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) representa um grave problema de saúde pública no Brasil e apesar dos recentes progressos, o tratamento ainda é um dos maiores desafios tanto em termos de efetividade clínica como de custo-benefício. A anemia hemolítica induzida pela ribavirina (RBV) é o principal efeito colateral no tratamento antiviral. Além dos fatores virais, fatores do hospedeiro têm papel fundamental no controle da infecção. Estudos recentes demonstraram que polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) nos genes da interleucina 28B (IL28B) estão fortemente associadas com a resolução espontânea (RE) da doença e com resposta virológica sustentada (RVS) e, no gene da inosina trifosfato pirofosfatase (ITPA) estão relacionados com a proteção contra a anemia. No gene IL28B, os genótipos CC no rs12979860, e TT no rs8099917 estão associados com a cura espontânea e com a resposta à terapia. No gene da ITPA, os genótipos CC no rs1127354 e AA no rs7270101 apresentam associação com a anemia. No entanto, a maioria dos métodos de identificação destes polimorfismos, atualmente disponíveis, é custosa. O objetivo geral deste trabalho foi determinar o perfil alélico dos genes IL28B e ITPA em amostras de pacientes com hepatite C, avaliar a associação dos polimorfismos do gene IL28B com resolução espontânea e terapêutica e, do gene da ITPA com a redução dos níveis de hemoglobina durante o tratamento antiviral. Neste trabalho, numa etapa inicial para o gene IL28B, quatro metodologias foram avaliadas em termos de especificidade, custo e tempo de execução: tetra-primer amplification-refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR), polimorfismo no comprimento do fragmento de restrição (RFLP); reação em cadeia da polimerase quantitativa (qPCR) e sequenciamento nucleotídeo Devido a próxima localização dos SNPs do gene ITPA, a genotipagem foi realizada por meio de sequenciamento nucleotídico. Um total de 281 amostras de sangue total de pacientes com infecção crônica pelo HCV foi estudado. Protocolos próprios para as técnicas ARMS-PCR e RFLP foram desenvolvidos e otimizados e, os resultados comparados com os do sequenciamento. Todos os métodos foram específicos, contudo o método ARMS-PCR apresentou os melhores resultados de acordo com a análise de custo-benefício. Em um segundo estudo, a frequência de polimorfismos do rs1127354 e rs7270101 do gene da ITPA foi avaliada em 200 pacientes com hepatite C crônica, e em 100 indivíduos saudáveis e, a associação com o desenvolvimento de anemia foi investigado em 97 pacientes que concluíram a terapia antiviral. A frequência global de distribuição alélica em rs7270101 e rs1127354 mostrou altas taxas dos genótipos AA (84,0%) e CC (94,3%), respectivamente, sugerindo que a coorte estudada possui uma grande propensão para o desenvolvimento de anemia induzida pela RBV. Ademais, constatamos uma diminuição progressiva de hemoglobina durante a terapia antiviral, sendo mais significante na 12ª semana e em pacientes do sexo masculino. No terceiro estudo, analisamos a associação entre os genótipos dos SNPs da IL28B com RE em 24 pacientes com hepatite aguda e em 111 pacientes crônicos com RVS tratados com PEG-IFN/RBV. O genótipo CC (rs12979860) e o genótipo TT (rs8099917) apresentaram associação com RE e o alelo C (rs12979860) apresentou forte associação (p=0,0045) com a RVS Estes dados confirmaram a importância destes genótipos no controle da infecção. Os resultados obtidos neste trabalho são importantes para um melhor entendimento dos fatores do hospedeiro associados com a eliminação espontânea do vírus, com a RVS e com a anemia induzida pela ribavirina no tratamento antiviral da infecção pelo HCVHepatitis C virus (HCV) i nfection is a leading public health problem in Brazil . D espite of the recent progress, the treatment is still a major challenge in terms of both clinical - and cost - effectiveness. The r ibavirin (RBV) - induced anemi a is the major hematological effect of antiviral treatment. In addition to viral factors, the host factors play a fundamental role in infection control . Recent studies have shown that single nucleoti de polymorphisms (SNPs) in the genes of interleukin 28B ( IL28B) and inosine triphosphate pyrophosphatase (ITPA) are strongly associated with spontaneous clearence ( SC ) of the virus, with sustained virologic response (SVR) and with protection against anemia. In the IL28B gene, the CC genotype at rs12979860 and TT genotype at rs8099917 are associated with spontaneous clearance of virus and with response to therapy. In ITPA gene, CC genotype in rs1127354 and AA genotype at rs7270101 show association with anemia. However, most of the methods currently available for i dentifying these polymorphisms are costly. The aim of this study was to determine the allelic profile of IL28B and ITPA genes in samples from patients with hepatitis C, evaluate the association of polymorphisms in IL28B gene with spontaneous and treatment - induced clearance of HCV and , ITPA gene , w ith development of anemia during antiviral therapy. In this work, initially for IL28 gene , four techniques were evaluated in terms of specificity, cost and time of execution: tetra - primer amplification refractory m utation system - polymerase - chain reaction (ARMS - PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP); chain reaction quantitative polymerase (qPCR) and direct nucleotide sequencing . Due to SNPs location in ITPA gene, genotyping was performed by nucleotide sequencing. A total of 281 whole blood samples from patients with chronic HCV infection w ere studi ed. P rotocols for ARMS - PCR and RFLP techniques were developed and optimized and the results compared with those of sequencing. All methods were specific; howe ver, ARMS - PCR method showed the best results according to the cost - benefit analysis. In a second study, the frequency of rs1127354 and rs7270101 polymorphisms in ITPA gene was evaluated in 200 patients with chronic hepatitis C , and in 100 healthy individua ls, and the association with the development of anemia was investigated in 97 patients who completed the antiviral therapy. The overall allele frequency distribution at rs7270101 and at rs1127354 showed high rates of AA genotypes (84 .0 %) and CC genotypes ( 94.3%), respectively. These results suggest ed that the cohort has a high propensity for the development of RBV - induced anemia . Moreover, we noticed a progressive decrease in hemoglobin during antiviral therapy , more significant ly in the 12 th weeks and in male patients. In the third study, we analyzed the association between the IL28B SNPs with SC in 24 patients with acute hepatitis and in 111 chronic patients with SVR treated with PEG - IFN/ RBV. The CC genotype (rs12979860) and the TT genotype (rs8099917) we re associated with SC and the C allele (rs12979860) showed a strong association ( p = 0.0045) with the S VR . The data confirm the importance of these genotypes in infection control. Th ese results are also important for a better understanding of host factors associated with spontaneous clearance of the virus, with SVR and with RBV - induced anemia in antiviral treatment of HCV infectio

Knowledge about viral hepatitis among participants of Gay Pride Event in Brazil

Made available in DSpace on 2015-09-21T17:25:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1914 bytes, checksum: 7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81f (MD5) alexandre_vieira_etal_IOC_2013.pdf: 119976 bytes, checksum: 0de4249346bee19ce6328f0170977ff4 (MD5) Previous issue date: 2013Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Desenvolvimento Tecnológico em Virologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Desenvolvimento Tecnológico em Virologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Desenvolvimento Tecnológico em Virologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hepatites Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Male or female homosexual, bisexual and transgender individuals (HBT) can be more exposed to viral hepatitis, but few studies worldwide have been conducted about viral hepatitis knowledge among HBT.1–5 The aim of this study was to evaluate viral hepatitis knowledge and potential risk of HBT and heterosexual individuals attending a Gay Pride Event....(AU

Inosine triphosphatase allele frequency and association with ribavirin-induced anaemia in Brazilian patients receiving antiviral therapy for chronic hepatitis C

Inosine triphosphatase (ITPA) single nucleotide polymorphisms (SNPs) are strongly associated with protection against ribavirin (RBV)-induced anaemia in European, American and Asian patients; however, there is a paucity of data for Brazilian patients. The aim of this study was to evaluate the ITPA SNP (rs7270101/rs1127354) frequency in healthy and hepatitis C virus (HCV)-infected patients from Brazil and the association with the development of severe anaemia during antiviral therapy. ITPA SNPs were determined in 200 HCV infected patients and 100 healthy individuals by sequencing. Biochemical parameters and haemoglobin (Hb) levels were analysed in 97 patients who underwent antiviral therapy. A combination of AArs7270101+CCrs1127354 (100% ITPase activity) was observed in 236/300 individuals. Anaemia was observed in 87.5% and 86.2% of treated patients with AA (rs7270101) and CC genotypes (rs1127354), respectively. Men with AA (rs7270101) showed a considerable reduction in Hb at week 12 compared to those with AC/CC (p = 0.1475). In women, there was no influence of genotype (p = 0.5295). For rs1127354, men with the CC genotype also showed a sudden reduction in Hb compared to those with AC. Allelic distribution of rs7270101 and rs1127354 shows high rates of the genotypes AA and CC, respectively, suggesting that the study population had a great propensity for developing RBV-induced anaemia. A progressive Hb reduction during treatment was observed; however, this reduction was greater in men at week 12 than in women