Onychomycoses. Journal of Medical Mycology

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Identification des dermatophytes par spectrométrie de masse MALDI-TOF

Introduction L’identification des dermatophytes par les méthodes microbiologiques conventionnelles est souvent longue et fastidieuse. La technique de spectrométrie de masse et sa variante MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight) est un nouvel outil utilisé pour l’identification des bactéries et des levures dans les laboratoires d’analyses médicales. Nous avons récemment développé une méthode standardisée pour l’identification en routine des champignons filamenteux à partir de culture en milieu solide. L’objectif de cette étude est d’étendre cette méthode standardisée à l’identification des dermatophytes dans l’activité de routine du laboratoire. Matériel et méthode Une banque de référence contenant les spectres de masse de 44 souches parfaitement caractérisées correspondants à 13 espèces de dermatophytes a été générée sur un UltraFlex (BruckerDaltonics, Allemagne) couplé au logiciel MaldiBiotyper v2.1. Par la suite, 133 souches isolées de prélèvements cliniques ont été identifiées en comparant leur spectre à ceux inclus dans la banque de référence : l’identification d’espèce a été retenue si le Log Score (LS) obtenu était supérieur ou égal à 1,7. Enfin, l’identification par MALDI-TOF a été considérée comme correcte en cas de concordance avec l’identification morphologique ou moléculaire des isolats cliniques. Résultats L’identification par spectrométrie de masse(SM) a été correcte pour 130 (97,8 %) des isolats. Pour 2 isolats identifiés conventionnellement comme Microsporum canis, l’identification par SM n’a pas pu générer de spectre avec un LS valide. Pour un isolat correspondant à Microsporum audouinii, la SM a généré une mauvaise identification. Tous les isolats ont pu être identifiés après seulement 3 à 6 jours de culture avant l’apparition des caractères morphologiques conventionnels d’identification. Conclusion Le protocole de SM utilisé pour l’identification des champignons filamenteux au laboratoire est applicable aux dermatophytes. Une identification d’espèce peut être obtenue en 3 à 6 jours alors qu’une identification conventionnelle qui nécessite notamment des milieux de cultures complémentaires demande 2 à 3 semaines

Diagnostic moléculaire des onychomycoses

International audienceOnychomycosis is a frequent cause of nail infections due to dermatophytes. Molds and yeast may also be responsible of these pathologies. Antifungal treatments are frequently given without a mycological diagnosis, partly because of the requisite time for obtaining the biological results. The mycological diagnosis requires a direct microscopic examination and a culture in order to accurately identify the fungal genus and species. Nevertheless, this conventional diagnosis is often time consuming due to the delay of fungal cultures and presents disadvantages that make it not sufficient enough to give a precise and confident response to the clinicians. Therefore additional tests have been developed to help distinguish onychomycosis from other nail disorders. Among them, molecular biology techniques offer modern and rapid tools to improve traditional microbiological diagnosis. In this review, we first present the conventional diagnosis methods for onychomycosis and then we describe the main molecular biology tools and the currently available commercial kits that allow a rapid detection of the pathology.L’onychomycose est une cause fréquente d’infection des ongles due aux dermatophytes. Les moisissures et les levures peuvent également être responsables de ces pathologies. Des traitements sont fréquemment donnés sans diagnostic mycologique, en partie à cause du délai important d’obtention des résultats biologiques. Le diagnostic mycologique nécessite un examen microscopique direct et une culture de façon à identifier précisément le genre et l’espèce fongique en présence. Néanmoins, ce diagnostic conventionnel peut s’avérer long du fait des délais de pousse des cultures fongiques et présente le désavantage d’être souvent insuffisant pour donner un résultat précis et de confiance aux cliniciens. C’est pourquoi des tests supplémentaires ont été développés pour aider à distinguer les onychomycoses des autres onychopathies. Parmi ceux-ci, les techniques de biologie moléculaire offrent des outils rapides et modernes pour améliorer le diagnostic traditionnel microbiologique. Dans cette revue, après avoir présenté les méthodes conventionnelles de diagnostic, nous décrivons les principaux outils de biologie moléculaire et les kits commerciaux disponibles actuellement et permettant une détection rapide de cette pathologie

Development of a new MLST scheme for differentiation of Fusarium solani Species Complex (FSSC) isolates

Fungi belonging to the Fusarium solani Species Complex (FSSC) are well known plant pathogens. In addition to being the causative agent of some superficial infections, FSSC has recently emerged as a group of common opportunistic moulds, mainly in patients with haematological malignancies. Molecular typing methods are essential in order to better understand the epidemiology of such opportunistic agents with the final goal of preventing contamination. A three-locus typing scheme has thus been developed for FSSC; based on polymorphisms in the domains of the ITS, EF-1 alpha, and RPB2 genes. This method is now considered to be a useful reference for phylogenetic and taxonomic studies. In other significant clinical fungi (e.g., Candida sp., Cryptococcus neoformans, and Aspergillus fumigatus), genes coding for metabolic enzymes have been widely used and proven to be very informative for diagnosis and epidemiology. The contribution of these genes has never been evaluated for Fusarium sp. and more specifically for F. solani Species Complex. Here, we have evaluated the contribution of 25 genes for diagnosis and epidemiological purposes. We then report a new five-locus MLST scheme useful for diagnosis and typing of clinical FSSC isolates. The method has been validated on 51 epidemiologically unrelated strains of FSSC and presents a high power of discrimination calculated at 0.991

Onychomycosis: Beyond cosmetic distress

Onychomycosis, or fungal infection of the nail, is the most common nail disease affecting children (although to a lesser extent) as well as adults. The distress it provokes is not only of a cosmetic kind; it may impair the quality of life. The different clinical types of onychomycos is should be differentiated from similar-looking nail diseases. As far as therapy is concerned, the appearance of new antifungal drugs in the 1990s makes our job easier, but it does not allow us to cure 100% of the patients. Relapses still exist. The aim of this article is to help dermatologists achieve a tail or-made treatment for their patients. The clinical type, the compulsory mycological investigations, the age of the patient, his medical history (drug intake), as well as the use of nail cosmetics, must be considered. © 2006 Blackwell Publishing.SCOPUS: ar.jFLWINinfo:eu-repo/semantics/publishe