Complete Draft Genome Sequence of the Actinobacterium Nocardiopsis sinuspersici UTMC102 (DSM 45277T), Which Produces Serine Protease.

Tokovenko B, Rückert C, Kalinowski J, et al. Complete Draft Genome Sequence of the Actinobacterium Nocardiopsis sinuspersici UTMC102 (DSM 45277T), Which Produces Serine Protease. Genome Announc. 2017;5(20): e00362-17.The genome sequence of alkalohalophilic actinobacterium Nocardiopsis sinuspersici UTMC102 is provided. N. sinuspersici UTMC102 produces a highly active serine alkaline protease, and contains at least 11 gene clusters encoding the biosynthesis of secondary metabolites. The N. sinuspersici UTMC102 genome was assembled into a single chromosomal scaffold

Blood serum 48 kDa form of unconventional myosin 1c characterizes the early stage of multiple sclerosis

In accordance with the modern ideas of multiple sclerosis (MS) B-lymphocytes play a significant role in the pathological process development. In this regard, it is relevant to search for new biomarkers of B-lymphocytic origin, which can reflect the clinical features of this disease. Aim of study – to assess the relationships between the level of blood serum 48 kDa form of unconventional myosin 1c (48 kDa Myo1c) in patients with multiple sclerosis and stage of this disease, its severity and type. Materials and methods. 1 ml of blood serum was diluted 2-fold with phosphate buffer saline and then trichloroacetic acid (TCA) was added to 10 % of final concentration. The supernatant containing TCA-soluble compounds was isolated and mixed with acetone. Then, centrifugation and electrophoresis in the presence of sodium dodecylsulphate were performed. The 48 kDa Myo1c was identified by its molecular weight comparing after Coomassie Brillant Blue G staining of gel and Western blot analysis using polyclonal anti-Myo1c rabbit antibodies. Results. The level of the 48 kDa Myo1c was significantly higher in the MS patients compared with that in healthy controls. The disease duration was shorter in patients with high level of the 48 kDa Myo1c, compared to patients with low level of the 48 kDa Myo1c. High level of the 48 kDa Myo1c was associated with a relapsing-remitting MS, while low level – with secondary progressive type of the disease. In the group with the low 48 kDa Myo1c level a disability rate was significantly higher, unlike in patients with the medium level of 48 kDa Myo1c. Conclusions. An increased blood serum level of the 48 kDa Myo 1c in MS patients is combined with the early stage of the MS when its diagnostics is the most complicated

48 кДа форма неконвенційного міозину 1с у сироватці крові характеризує ранню стадію розсіяного склерозу

In accordance with the modern ideas of multiple sclerosis (MS) B-lymphocytes play a significant role in the pathological process development. In this regard, it is relevant to search for new biomarkers of B-lymphocytic origin, which can reflect the clinical features of this disease.Aim of study – to assess the relationships between the level of blood serum 48 kDa form of unconventional myosin 1c (48 kDa Myo1c) in patients with multiple sclerosis and stage of this disease, its severity and type.Materials and methods. 1 ml of blood serum was diluted 2-fold with phosphate buffer saline and then trichloroacetic acid (TCA) was added to 10 % of final concentration. The supernatant containing TCA-soluble compounds was isolated and mixed with acetone. Then, centrifugation and electrophoresis in the presence of sodium dodecylsulphate were performed. The 48 kDa Myo1c was identified by its molecular weight comparing after Coomassie Brillant Blue G staining of gel and Western blot analysis using polyclonal anti-Myo1c rabbit antibodies.Results. The level of the 48 kDa Myo1c was significantly higher in the MS patients compared with that in healthy controls. The disease duration was shorter in patients with high level of the 48 kDa Myo1c, compared to patients with low level of the 48 kDa Myo1c. High level of the 48 kDa Myo1c was associated with a relapsing-remitting MS, while low level – with secondary progressive type of the disease. In the group with the low 48 kDa Myo1c level a disability rate was significantly higher, unlike in patients with the medium level of 48 kDa Myo1c.Conclusions. An increased blood serum level of the 48 kDa Myo 1c in MS patients is combined with the early stage of the MS when its diagnostics is the most complicated. В соответствии с современными идеями рассеянного склероза (РС), значительную роль в развитии патологического процесса играют B-лимфоциты. В связи с этим имеет значение поиск новых биомаркеров В-лимфоцитарного происхождения, которые могут отражать клинические особенности этого заболевания.Цель работы – оценить соотношение между уровнем 48 кДа формы неконвенционного миозина 1с (48 кДа Myo 1c) в сыворотке крови больных рассеянным склерозом и стадией этого заболевания, его тяжестью и типом течения.Материалы и методы. 1 мл сыворотки крови разводили в 2 раза фосфатным буферным раствором, а затем добавляли трихлоруксусную кислоту (ТХУ) до 10 % конечной концентрации. Надосадочную жидкость, содержащую ТХУ-растворимые соединения, выделяли и смешивали с ацетоном. Затем выполняли центрифугирование и электрофорез в присутствии додецилсульфата натрия. 48 кДа Myo 1c идентифицировали по его молекулярной массе после окрашивания геля Coomassie Brillant Blue G и Вестерн-блот анализа с использованием поликлональных анти-Myo 1c антител кролика.Результаты. Уровень 48 кДа Myo 1c был значительно выше у пациентов с РС по сравнению с здоровыми донорами. Длительность заболевания была короче у пациентов с высоким уровнем 48 кДа Myo 1c по сравнению с пациентами с низким уровнем 48 кДа Myo 1c. Высокий уровень 48 кДа Myo 1c ассоциировался с рецидивирующе-ремиттирующим РС, в то время как низкий уровень – со вторично-прогрессирующим типом заболевания. В группе с низким 48 кДа Myo 1c уровень инвалидности был значительно выше, в отличие от пациентов со средним уровнем 48 кДа Myo 1c.Выводы. Повышенный уровень 48 кДа Мyо 1с в сыворотке крови больных РC сочетается с ранней стадией заболевания, когда диагностика РС является наиболее сложной. Відповідно до сучасних уявлень про розсіяний склероз (РС), істотну роль у розвитку патологічного процесу відіграють В-лімфоцити. У зв'язку з цим важливо шукати нові біомаркери B-лімфоцитарного походження, що можуть показувати клінічні особливості цього захворювання.Мета роботи – оцінити співвідношення між рівнем 48 кДа форми неконвенційного міозину 1с (48 кДа Myo 1c) у сироватці крові хворих на розсіяний склероз і стадією цього захворювання, його тяжкістю та типом перебігу.Матеріали та методи. 1 мл сироватки крові розводили у 2 рази фосфатним буферним розчином, після чого додавали трихлороцтову кислоту (ТХО) до 10 % кінцевої концентрації. Надосадову рідину, що містила ТХО-розчинну фракцію, виділяли та змішували з ацетоном. Опісля виконували центрифугування та електрофорез за присутності додецилсульфату натрію. 48 кДа Myo 1c ідентифікували за його молекулярною масою після фарбування гелю Coomassie Brillant Blue G та Вестерн-блот аналізу з використанням поліклональних анти-Myo 1c антитіл кролика.Результати. Рівень 48 кДа Myo 1c був значно вищим у хворих на РС порівняно зі здоровими донорами. Тривалість захворювання була меншою в пацієнтів із високим рівнем 48 кДа Myo 1c порівняно з низьким рівнем 48 кДа Мyо 1с. Високий рівень 48 кДа Myo 1c асоціювався з рецидивуючо-ремітуючим РС, а низький – із вторинно-прогресуючим типом перебігу захворювання. У групі з низьким рівнем 48 кДа Myo 1c інвалідність була значно вищою на відміну від пацієнтів із середнім рівнем 48 кДа Myo 1c.Висновки. Підвищений рівень 48 кДа Мyо 1с у сироватці крові хворих на РC поєднується з ранньою стадією захворювання, коли діагностика РС є найскладнішою.

Genome rearrangements of Streptomyces albus J1074 lead to the carotenoid gene cluster activation

Myronovskyi M, Tokovenko B, Brötz E, Rückert C, Kalinowski J, Luzhetskyy A. Genome rearrangements of Streptomyces albus J1074 lead to the carotenoid gene cluster activation. Applied microbiology and biotechnology. 2014;98(2):795-806.Streptomyces albus J1074 is a derivative of the S. albus G1 strain defective in SalG1 restriction-modification system. Genome sequencing of S. albus J1074 revealed that the size of its chromosome is 6.8 Mb with unusually short terminal arms of only 0.3 and 0.4 Mb. Here we present our attempts to evaluate the dispensability of subtelomeric regions of the S. albus J1074 chromosome. A number of large site-directed genomic deletions led to circularization of the S. albus J1074 chromosome and to the overall genome reduction by 307 kb. Two spontaneous mutants with an activated carotenoid cluster were obtained. Genome sequencing and transcriptome analysis indicated that phenotypes of these mutants resulted from the right terminal 0.42 Mb chromosomal region deletion, followed by the carotenoid cluster amplification. Our results indicate that the right terminal 0.42 Mb fragment is dispensable under laboratory conditions. In contrast, the left terminal arm of the S. albus J1074 chromosome contains essential genes and only 42 kb terminal region is proved to be dispensable. We identified overexpressed carotenoid compounds and determined fitness costs of the large genomic rearrangements