Padrão de variação intra e intergenérica na estrutura proteica do Citocromo b em oito gêneros de Oryzomyini (Rodentia)

Background: O gene Citocromo b (Citb) é utilizado para elucidar as relações filogenéticas entre famílias, gêneros e espécies de eucariotos, destacando-se na identificação de diversas linhagens crípticas do gênero de roedor Oryzomys(Coues, 1890) na década de 2000. Em 2006, Oryzomys havia sido subdividido em onze gêneros, baseado em estudos de morfologia, e as análises do gene Citb (anteriores e posteriores à subdivisão) mostraram-se congruentes com a nova organização. Por esse motivo, esse estudo se tornou clássico em evidenciar a importância do Citb como um marcador gêneroe espécie-específico em roedores. Diferentes trabalhos demonstram que, ainda que o Citb seja considerado um gene de evolução rápida, é possível observar porções mais variáveis do que outras ao longo da estrutura terciária da proteína. Assim, no presente estudo, nosso objetivo foi a) investigar se as mutações que sustentam a subdivisão dos gêneros e espécies derivadas do antigo gênero Oryzomys alteram as sequências primárias e estruturas tridimensionais da proteína Citb; b) mapear se as mutações ocorrem em regiões específicas do gene, e se podem ser associadas à uma variação intra e/ou intergênerica da proteína Citb; e c) se há zonas quentes de variação do gene para gênero ou espécies. Dessa forma, foram tomadas 75 sequências do gene Citb obtidas disponíveis no GenBank de 24 espécies de oito dos 10 gêneros derivados de Oryzomys: Aegialomys, Cerradomys, Euryoryzomys, Hylaeamys, Nephelomys, Oreoryzomys, Sooretamys e Transandinomys. Foi realizada uma análise filogenética a fim de identificar as mutações que diferenciavam gêneros (análise intergenérica) e espécies de um mesmo gênero (análise intragenérica), sendo essas mutações mapeadas na cadeia proteica do Citb. A modelagem da proteína do Citb foi realizada pelas metodologias de modelagem por homologia e pela fragmentbased assembly. Resultados: As análises filogenéticas recuperaram o monofiletismo de todos os oito gêneros analisados, revelando 58 haplótipos exclusivos, tanto para espécies como gêneros. Embora variável na estrutura primária dos 1143 pb do gene, a estrutura tridimensional da proteína com 380 resíduos mostrou-se conservada, exceto por uma variação estrutural na posição 14, uma região de loop próxima ao N-Terminal da proteína, com 28% das sequências contendo Valina (V14) e 72% Isoleucina (I14), ambos aminoácidos alifáticos e de propriedades semelhantes. A mutação V14 foi observada somente em Euryoryzomys e Hylaeamys. O mapeamento das mutações ao longo da estrutura do Citb apontou que as mutações corresponderam majoritariamente a mutações sinônimas (MS), tanto para a análise inter quanto para a intragenérica (81 e 88%, respectivamente), distribuídas ao longo de toda a extensão da proteína. Porém, as mutações ocorrem com maior frequência em regiões de α-Hélice, seguidas por mutações em região de loop e Folha-β, tanto nas análises intra como intergenéricas, sendo observado um maior grau de conservação nos primeiros 267 resíduos da proteína. Quanto às mutações não sinônimas (MNS), observa-se que aquelas capazes de diferenciar os gêneros ocorrem em porções distintas daquelas que diferenciam espécies. Há uma região gênero-específica (intergenérica) nos primeiros 80 aminoácidos, enquanto que uma região espécie-específica (intragenérica) ocorre entre as posições 110 e 123. Além disso, observa-se que tanto para a análise intragenérica quanto para a intergenérica, as MNS ocorreram entre aminoácidos de propriedade semelhantes quanto à classificação, carga, polaridade e tamanho da cadeia lateral. Ainda, as MNS registradas no presente estudo estão distantes dos principais sítios ativos do Citb, como os sítios Qi e Qo, demonstrando a sensibilidade desses locais à mutação. Conclusões: Nosso estudo demonstra que, apesar da estrutura terciária do Citb mostrarse altamente conservada, é possível identificar a presença de MNS em porções distintas quando comparadas homologias entre gêneros e entre espécies. A estrutura primária do Citb é mais variável do que a estrutura terciária, sendo a sequência de DNA informativa para as análises filogenéticas. Isso se explica pois a maioria das mutações registradas correspondem à MS e porque a maioria das MNS ocorrerem entre aminoácidos com propriedades semelhantes de tamanho e carga da cadeia lateral. Além disso, a distribuição das mutações ao longo das estruturas secundárias do Citb segue a proporcionalidade com que essas ocorrem na proteína, sendo observada uma maior quantidade de mutações em regiões de α-Hélice, seguido por mutações em loop e Folha β, tanto para as análises intergenéricas quanto para as intragnéricas. Ainda, foi possível observar que a ação da seleção natural mantém os principais sítios ativos do Citb inalterados, uma vez que mutações nesses locais corresponderam majoritariamente à MS ou a MNS entre aminoácidos de propriedades semelhantes. Isso explica o maior grau de conservação observado nos primeiros 267 resíduos da proteína, uma vez que essa região abriga os principais sítios ativos do Citb

Diffuse postoperative peritonitis -value of diagnostic parameters and impact of early indication for relaparotomy

<p>Abstract</p> <p>Objective</p> <p>Current criteria for performing relaparotomy for suspected peritonitis are non explicit and based on non-quantitative, subjective arguments or hospital practice. The aim of this study was to determine the value of routinely used clinical and diagnostic parameters in early detection of postoperative, diffuse peritonitis (PP). Furthermore, the prognosis and outcome after early indication for relaparotomy in patients with PP compared to community-aquired peritonitis (CAP) was evaluated.</p> <p>Methods</p> <p>Between 1999 and 2008, a total of 251 patients with diffuse secondary peritonitis either postoperative (PP) or community acquired (CAP) were analyzed retrospectively. PP (n = 114) and CAP (n = 137) were compared regarding physical examination, MPI-Score, APACHE II-Score, evidence of organ failure, laboratory parameters, diagnostic instruments and clinical course. The treatment regimen comprised surgical source control (with/without programmed lavage), abdominal closure and relaparotomy on demand, broad spectrum antibiotic therapy and intensive care support.</p> <p>Results</p> <p>The APACHE II-Score (20 CAP vs. 22 PP, p = 0.012), MPI-Score (27 CAP vs. 30 PP, p = 0.001) and the number of lavages differed significantly. Positive phyiscal testing and signs of sepsis [abdominal pain (81.6% PP vs. CAP 97.1%, p = 0.03), rebound tenderness (21.9% vs. 35.8%, p = 0.02), fever (35.1% vs. 51.8%, p = 0.03)] occurred significantly less often in the PP patients than in the CAP group. Conventional radiography (66.2%) and ultrasonography (44.3%) had a lower diagnostic sensitivity than did abdominal CT-scan (97.2%). Mortality was higher in the PP group but did not differ significantly between the two groups (47.4% PP vs. 35.8% CAP, p = 0.06).</p> <p>Conclusion</p> <p>The value of physical tests and laboratory parameters in diagnosing abdominal sepsis is limited. CT-scanning revealed the highest diagnostic accuracy. A treatment regimen of early relaprotomy appears to be the most reasonable strategy for as early discovery of postoperative peritonitis as possible.</p

Performance of the EUDET-type beam telescopes

Test beam measurements at the test beam facilities of DESY have been conducted to characterise the performance of the EUDET-type beam telescopes originally developed within the EUDET project. The beam telescopes are equipped with six sensor planes using MIMOSA26 monolithic active pixel devices. A programmable Trigger Logic Unit provides trigger logic and time stamp information on particle passage. Both data acquisition framework and offline reconstruction software packages are available. User devices are easily integrable into the data acquisition framework via predefined interfaces. The biased residual distribution is studied as a function of the beam energy, plane spacing and sensor threshold. Its standard deviation at the two centre pixel planes using all six planes for tracking in a 6\,GeV electron/positron-beam is measured to be (2.88\,\pm\,0.08)\,\upmu\meter.Iterative track fits using the formalism of General Broken Lines are performed to estimate the intrinsic resolution of the individual pixel planes. The mean intrinsic resolution over the six sensors used is found to be (3.24\,\pm\,0.09)\,\upmu\meter.With a 5\,GeV electron/positron beam, the track resolution halfway between the two inner pixel planes using an equidistant plane spacing of 20\,mm is estimated to (1.83\,\pm\,0.03)\,\upmu\meter assuming the measured intrinsic resolution. Towards lower beam energies the track resolution deteriorates due to increasing multiple scattering. Threshold studies show an optimal working point of the MIMOSA26 sensors at a sensor threshold of between five and six times their RMS noise. Measurements at different plane spacings are used to calibrate the amount of multiple scattering in the material traversed and allow for corrections to the predicted angular scattering for electron beams

Accumulation of the solvent vehicle sulphobutylether beta cyclodextrin sodium in critically ill patients treated with intravenous voriconazole under renal replacement therapy

BACKGROUND: Voriconazole was introduced for the treatment of life-threatening fungal infections. The intravenous form includes the solvent vehicle sulphobutylether beta cyclodextrin sodium which shows an impaired clearance under intermittent dialysis therapy. This investigation aimed to determine first clinical data on sulphobutylether beta cyclodextrin sodium blood levels to verify the risk for accumulation. METHODS: In four patients suffering from renal insufficiency and intermittent dialysis therapy who needed a treatment with intravenous voriconazole as a reserve antifungal at the intensive care unit of the Mainz University Hospital the trough levels of voriconazole and sulphobutylether beta cyclodextrin sodium were measured. RESULTS: A 75-year-old woman showed a maximal sulphobutylether beta cyclodextrin sodium plasma level of 145 μg/ml in the initial phase. After a few days renal function recovered and the plasma levels came down to less than 20 μg/ml. In contrast to this patient with a recovery of renal function the remaining three patients showed renal failure during the complete period of intravenous treatment with voriconazole. In these patients an accumulation of sulphobutylether beta cyclodextrin sodium plasma levels was determined with a maximum of 523 μg/ml in a 18-year-old man, 409 μg/ml in a 57-year-old man, and 581 μg/ml in a 47-year-old man. CONCLUSION: The present data indicate an accumulation of sulphobutylether beta cyclodextrin sodium in patients treated with intravenous voriconazole and dialysis therapy. Fortunately, no toxic effects were observed, although the accumulated dose values were lower but comparable with those used in previous toxicity studies with animals