Preferential carriage of class 2 integrons in Acinetobacter baumannii CC113 and novel singletons.

Our understanding of the distribution of integrons associated with multidrug resistance in Acinetobacter baumannii isolates around the world remains incomplete. The association between the class 1 and 2 integron A. baumannii-positive isolates (n = 60), recovered since 1982 from 11 Argentinean hospitals, and the circulating lineages, was investigated. While class 2 integrons were highly significantly associated with clonal lineage CC113B/CC79P (P = 0·009) and novel singletons (P = 0·001), class 1 integrons were found not to be associated with CC109B/CC1P or other lineages. The study reveals a differential distribution of class 2 integrons in lineages, and suggests that the prevalence of intI2 in Argentina is related to the emergence of novel singletons in recent years and to the abundance of CC113B/CC79P, which has been the local dominant lineage for several decades.Fil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones En Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina; Argentina. Califiornia State University Fullerton,; Estados UnidosFil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones En Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina; ArgentinaFil: Cassini, Marcelo Hernan. Universidad Nacional de Lujan; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental (i); ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones En Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Presence of New Delhi metallo-β-lactamase gene (NDM-1) in a clinical isolate of Acinetobacter junii in Argentina

Here we report the presence of a clinically significant A. junii blaNDM-1 positive in a 38-year-old woman who was admitted to the emergency department with a fever and leg ulcers with signs of infection. The NDM-1 carbapenemase has been dramatically spread among Gram-negative bacilli, thus imposing a new challenge on the health system to fight bacterial infections.These data expand the number of Acinetobacter species harbouring blaNDM-1. The wide existence of Acinetobacter harbouring and dispersing this carbapenemase emphasizes the importance of non-previously recognized pathogens as reservoirs of dangerous resistance determinants. These resistance determinants can be later easily transferred to other menacing pathogens.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Cittadini, Roxana. Sanatorio Mater Dei; ArgentinaFil: Del Castillo M,. Sanatorio Mater Dei; ArgentinaFil: Uong, S.. California State University; Estados UnidosFil: Lazzaro, T.. California State University; Estados UnidosFil: Almuzara, Marisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Barberis, Claudia. Sanatorio Mater Dei; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Vay, Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Ramírez, M. S.. California State University; Estados Unido

First Francisella novicida Case Report in Argentina

The authors present a case report caused by Francisella novicida, a rare opportunistic human pathogen that may cause a tularemia-like disease in patients who are immunocompromised. The diagnosis is a challenge since it can be confused with Pasteurella or Brucella, and matrix-assisted laser desorption ionisation time-offlight systems are limited due to its poor performance in identification.Fil: Vilches, Viviana. Universidad Austral. Hospital Universitario Austral; ArgentinaFil: Barberis, Claudia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Fisiopatología y Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Sadorin, Roxana. Universidad Austral. Hospital Universitario Austral; ArgentinaFil: Montaña, Sabrina Daiana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Fisiopatología y Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Cervino, Iván. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Fisiopatología y Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Harispe, Eugenia. Universidad Austral. Hospital Universitario Austral; ArgentinaFil: Vay, Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Fisiopatología y Bioquímica Clínica; Argentin

Molecular characterization of KPC-2–positive Klebsiella pneumoniae isolates from a neurosurgical centre in Argentina

Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae is a growing concern worldwide. Klebsiella pneumoniae is an important nosocomial pathogen with a high capacity for nosocomial spread. We described the occurrence of plasmid-encoded KPC-2–harbouring K. pneumoniae isolates recovered from a neurosurgical centre in Argentina. The blaKPC-2 gene was surrounded by ISkpn6 and ISkpn7.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Hernandez, M.. California State University; Estados UnidosFil: Fernandez, J. S.. California State University; Estados UnidosFil: Penini, M.. Stamboulian Servicios de Salud; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Sucari, A.. Stamboulian Servicios de Salud; ArgentinaFil: Iriarte, A.. Universidad de la República; UruguayFil: Ramirez, Maria Soledad. California State University; Estados Unido

Genomics helps to decipher the resistance mechanisms present in a Pseudomonas chlororaphis strain recovered in an HIV patient

Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Lazzaro, T.. California State University; Estados UnidosFil: Uong, S.. California State University; Estados UnidosFil: Place, K.. California State University; Estados UnidosFil: Iriarte, A.. Universidad de la República; UruguayFil: Ocampo, C. V.. Sanatorio Mater Dei; ArgentinaFil: Vay, C.. Sanatorio Mater Dei; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Ramírez, M. S.. California State University; Estados Unido

Interspecies DNA acquisition by a naturally competent Acinetobacter baumannii strain

The human pathogen Acinetobacter baumannii possesses high genetic plasticity and frequently acquires antimicrobial resistance genes. Here we investigated the role of natural transformation in these processes. Genomic DNA from different sources, including from carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains, was mixed with A. baumannii A118 cells. Selected transformants were analysed by whole-genome sequencing. In addition, bioinformatics analyses and in silico gene flow prediction were also performed to support the experimental results. Transformant strains included some that became resistant to carbapenems or changed their antimicrobial susceptibility profile. Foreign DNA acquisition was confirmed by whole-genome analysis. The acquired DNA most frequently identified corresponded to mobile genetic elements, antimicrobial resistance genes and operons involved in metabolism. Bioinformatics analyses and in silico gene flow prediction showed continued exchange of genetic material between A. baumannii and K. pneumoniae when they share the same habitat. Natural transformation plays an important role in the plasticity of A. baumannii and concomitantly in the emergence of multidrug-resistant strains.Fil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Place, Kori. California State University; Estados UnidosFil: Dotto, Cristian Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernandez, Jennifer. California State University; Estados UnidosFil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Bahiense, Camila dos Santos. California State University; Estados UnidosFil: Soler Bistue, Alfonso J. C.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Iriarte, Andres. Universidad de la Republica. Facultad de Medicina; UruguayFil: Perez, Federico. Louis Stokes Cleveland Department Of Veterans Affairs; Estados UnidosFil: Tolmasky, Marcelo E.. California State University; Estados UnidosFil: Bonomo, Robert A.. Louis Stokes Cleveland Department Of Veterans Affairs; Estados UnidosFil: Melano, Roberto Gustavo. Public Health Ontario Laboratories; CanadáFil: Ramirez, Maria Soledad. California State University; Estados Unido

Genetic Variability of AdeRS Two-Component System Associated with Tigecycline Resistance in XDR-Acinetobacter baumannii Isolates

The emergence of tigecycline resistance has increased in the last years. Although tigecycline-resistant Acinetobacter baumannii isolates were described all over the world, few reports regarding the molecular basis of this resistance are available. It has been recognized that the overexpression of AdeABC efflux pump is related to the tigecycline-resistant phenotype. In 37 clinical A. baumannii isolates we first determined the tigecycline-resistant phenotype and then, within a selected group, we analyzed the sequence of the adeRS operon, which is involved in the expression of the AdeABC efflux pump. Nucleotide sequence analysis of adeR and adeS showed the presence of 5 and 16 alleles, respectively. These results expose a high genetic variability in both genes, the adeS gene being more susceptible to genetic variation. The presence of 2 AdeR and 2 AdeS new variants were reported. Two of the new AdeRS variants were present in the intermediate and the resistant tigecycline A. baumannii isolates, suggesting a putative role in the development of the observed phenotype. More studies need to be addressed to determine the role of the genetic variability observed in the adeRS operon.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Almuzara, Marisa. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos ; ArgentinaFil: Pennini, M.. Stamboulian Laboratorio. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Fernández, A.. Universidad Favaloro; Argentina. Fundación Favaloro; ArgentinaFil: Sucari, A.. Stamboulian Laboratorio. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Genomic analysis of two Acinetobacter baumannii strains belonging to two different sequence types (ST172 and ST25)

Objectives: Acinetobacter baumannii is an opportunistic nosocomial pathogen that is the main focus of attention in clinical settings owing to its intrinsic ability to persist in the hospital environment and its capacity to acquire determinants of resistance and virulence. Here we present the genomic sequencing, molecular characterisation and genomic comparison of two A. baumannii strains belonging to two different sequence types (STs), one sporadic and one widely distributed in our region. Methods: Whole-genome sequencing (WGS) of Ab42 and Ab376 was performed using Illumina MiSeq-I and the genomes were assembled with SPAdes. ARG-ANNOT, CARD-RGI, ISfinder, PHAST, PlasmidFinder, plasmidSPAdes and IslandViewer were used to analyse both genomes. Results: Genome analysis revealed that Ab42 belongs to ST172, an uncommon ST, whilst Ab376 belongs to ST25, a widely distributed ST. Molecular characterisation showed the presence of two antibiotic resistance genes in Ab42 and nine in Ab376. No insertion sequences were detected in Ab42, however 22 were detected in Ab376. Moreover, two prophages were found in Ab42 and three in Ab376. In addition, a CRISPR-cas type I-Fb and two plasmids, one of which harboured an AbGRI1-like island, were found in Ab376. Conclusions: We present WGS analysis of twoA. baumannii strains belonging to two different STs. These findings allowed us to characterise a previously undescribed ST (ST172) and provide new insights to the widely studied ST25.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernandez, Jennifer. California State University; Estados UnidosFil: Traglia, German Matias. Universidad de la República. Facultad de Medicina; Uruguay. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sucari, Adriana. Laboratorio Stamboulian. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Pennini, Magdalena Ines. Laboratorio Stamboulian. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Iriarte, Andrés. Universidad de la República. Facultad de Medicina; UruguayFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Melano, Roberto Gustavo. Public Health Ontario. Public Health Ontario Laboratories Branch; CanadáFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. California State University; Estados Unido

Genetic analysis of a PER-2-producing Shewanella sp. strain harbouring a variety of mobile genetic elements and antibiotic resistance determinants

The objective of this study was to investigate the molecular mechanisms explaining the multidrug-resistant (MDR) phenotype found in a novel clinical Shewanella sp. strain (Shew256) recovered from a diabetic patient. Whole-genome shotgun sequencing was performed using Illumina MiSeq-I and Nextera XT DNA library. De novo assembly was performed with SPAdes. RAST Server was used to predict the open-reading frames and the predictions were confirmed using BLAST. Further genomic analysis was carried out using average nucleotide identity (ANI), ACT (Artemis), OrthoMCL, ARG-ANNOT, ISfinder, PHAST, tRNAscan-SE, plasmidSPAdes, PlasmidFinder and MAUVE. PCR and plasmid extraction were also performed. Genomic analysis revealed a total of 456 predicted genes unique to Shew256 compared with other Shewanella genomes. Moreover, the presence of different resistance genes, including blaPER-2, was found. A complex class 1 integron containing the ISCR1 gene, disrupted by two putative transposase genes, was identified. Furthermore, other resistance genes, a transposon containing aph(3′), insertion sequences, phages and non-coding RNAs were also found. In conclusion, evidence of acquisition of resistance genes and mobile elements that could explain the MDR phenotype were observed. This Shewanella sp. represents a prime example of how antibiotic resistance determinants can be acquired by uncommon pathogens.Fil: Almuzara, Marisa. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos "Eva Perón"; ArgentinaFil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Lazzaro, Terese. Universidad de la República; UruguayFil: Uong, Sylvia. Universidad de la República; UruguayFil: Parmeciano Di Noto, Gisela Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Bakai, Romina. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos "Eva Perón"; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Iriarte Odini, Andrés. Universidad de la República; UruguayFil: Quiroga, Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. Universidad de la República; Uruguay. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

A New Twist: The Combination of Sulbactam/Avibactam Enhances Sulbactam Activity against Carbapenem-Resistant

An increasing number of untreatable infections are recorded every year. Many studies have focused their efforts on developing new β-lactamase inhibitors to treat multi-drug resistant (MDR) isolates. In the present study, sulbactam/avibactam and sulbactam/relebactam combination were tested against 187 multi-drug resistant (MDR) Acinetobacter clinical isolates; both sulbactam/avibactam and sulbactam/relebactam restored sulbactam activity. A decrease ≥2 dilutions in sulbactam MICs was observed in 89% of the isolates when tested in combination with avibactam. Sulbactam/relebactam was able to restore sulbactam susceptibility in 40% of the isolates. In addition, the susceptibility testing using twenty-three A. baumannii AB5075 knockout strains revealed potential sulbactam and/or sulbactam/avibactam target genes. We observed that diazabicyclooctanes (DBOs) β-lactamase inhibitors combined with sulbactam restore sulbactam susceptibility against carbapenem-resistant Acinetobacter clinical isolates. However, relebactam was not as effective as avibactam when combined with sulbactam. Exploring novel combinations may offer new options to treat Acinetobacter spp. infections, especially for widespread oxacillinases and metallo-β-lactamases (MBLs) producers