Salmonella enterica serotypes from human and nonhuman sources in Sao Paulo State, Brazil, 2004-2020

Salmonellosis ranks among the most frequently reported zoonosis worldwide and is often associated with foodborne outbreaks. Since the 1950s, the distribution of Salmonella serotypes in Sao Paulo State, Brazil, has been documented and periodically reported. In this study, we updated the data on the distribution of Salmonella serotypes received in our reference laboratory, isolated from human infections and nonhuman sources, from 2004 to 2020. In that period, a total of 9,014 Salmonella isolates were analyzed, of which 3,553 (39.4%) were recovered from human samples, mainly of stool (65%) and blood (25.6%), and 5,461 (60.6%) were isolated from nonhuman origins, such as animals (47.2%), food (27.7%) and animal environments (18.6%). In human isolates, a total of 104 serotypes were identified and the most frequent ones were Enteritidis, Typhimurium, S . I. 4,[5],12:i:-, Dublin and Typhi. A consistent reduction of the Enteritidis proportion was observed over the years. Among the 156 serotypes identified in isolates with nonhuman origins, Enteritidis, Mbandaka, Typhimurium, Agona and Anatum were ranked as the top five Salmonella serotypes; in more recent years, S . Heidelberg has increased in frequency. Although with different proportions, the top 10 prevalent serotypes were identified in both human and nonhuman origins, underscoring the role of animals, food products and environment as reservoirs of Salmonella with potential to cause human salmonellosis

Emergence and Persistence of High-Risk Clones Among MDR and XDR A. baumannii at a Brazilian Teaching Hospital

Dissemination of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii is currently one of the priority themes discussed around the world, including in Brazil, where this pathogen is considered endemic. A total of 107 carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) isolates were collected from patients with bacteraemia attended at a teaching hospital in Brazil from 2008 to 2014. From these samples, 104 (97.2%) carried blaOXA−23−like, all of them associated with ISAba1 The blaOXA−231 (1.9%) and blaOXA−72 (0.9%) genes were also detected in low frequencies. All isolates were susceptible to minocycline, and 38.3% of isolates presented intermediate susceptibility to tigecycline (MIC = 4 μg/ml). Molecular typing assessed by multi-locus sequence typing demonstrated that the strains were mainly associated with clonal complexes CC79 (47.4%), followed by CC1 (16.9%), and CC317 (18.6%), belonging to different pulsotypes and in different prevalences over the years. Changes in the clones' prevalence reinforce the need of identifying and controlling CRAB in hospital settings to preserve the already scarce therapeutic options available

AVALIAÇÃO DE DESEMPENHO DO TESTE RÁPIDO K.N.I.V.O (GENOBIO) PARA DETECÇÃO DE CARBAPENEMASES KPC, NDM, IMP, VIM E OXA-48

A detecção rápida e acurada de carbapenemases em bactérias Gram-negativas é de suma importância para prevenção da disseminação de patógenos resistentes no ambiente de assistência à saúde, e para racionalização da antibioticoterapia, uma vez que o tratamento correto tem impacto positivo na sobrevida dos pacientes. Os testes imunocromatográficos foram desenvolvidos para fornecer resultados qualitativos rápidos e confiáveis sem necessidade de profissionais especializados para realização do método, auxiliando desta maneira, na identificação de carbapenemases. O objetivo do estudo foi avaliar o desempenho do teste rápido Carbapenem-resistant K.N.I.V.O. Detection K-Set Lateral Flow Assay (Genobio, China) para detecção das carbapenemases KPC, NDM, IMP, VIM e OXA-48 em um painel de bactérias previamente caracterizadas por PCR convencional, PCR em tempo real ou sequenciamento de genoma completo. Para realização do teste K.N.I.V.O., uma colônia do isolado bacteriano foi homogeneizada em solução de tratamento do kit, com posterior inoculação de 50 µL desta suspensão no local indicado do cassete; a leitura foi realizada após 15 minutos. No total, foram avaliados 44 isolados, sendo 32 deles com no mínimo uma carbapenemase, e 12 isolados negativos. Houve alta sensibilidade (97%) e especificidade (100%) do teste imunocromatográfico; o único resultado discordante foi um resultado falso negativo para o isolado de Klebsiella pneumoniae produtor de KPC-33. Os Valores Preditivos Positivo (VPP) e Negativo (VPN) foram de 100% e 92% respectivamente; e acurácia de 98%. O teste apresentou-se eficiente para detecção de dupla produção das carbapenemases KPC e NDM, além de variantes de KPC (como KPC-2, KPC-3, KPC-44), IMP-1, VIM-2 e outras enzimas. Apesar do custo ainda elevado, o teste imunocromatográfico que pode ser utilizado como opção de detecção de carbapenemase em casos específicos, praticamente à beira do leito. De forma geral, o teste imunocromatográfico apresentou elevada acurácia com as vantagens da rapidez, simplicidade de execução e de leitura do resultado, e multiplexação de alvos. Agradecimento: Empresa pH7id pela doação dos kits usados neste estudo

MONITORAMENTO DA RESISTÊNCIA ANTIMICROBIANA DE BACTÉRIAS GRAM-NEGATIVAS EM DIFERENTES FASES DA PANDEMIA DA COVID-19 EM LABORATÓRIO DE REFERÊNCIA DO ESTADO DE SÃO PAULO

A resistência aos antimicrobianos é uma das maiores ameaças à saúde pública. Diversos patógenos estão envolvidos na disseminação e resistência a várias classes, incluindo os β-lactâmicos, tornando as opções terapêuticas escassas. O objetivo deste trabalho foi de fornecer um panorama do monitoramento laboratorial de bactérias Gram-negativas causadoras de infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS) no estado de São Paulo, analisando dados pré-pandemia (2019), fase crítica (2020/2021), redução na taxa de letalidade (2022) e fim da emergência sanitária (2023). No total, 3.327 isolados foram recebidos no Instituto Adolfo Lutz, provenientes de 46 municípios do estado. Os patógenos mais prevalentes pertencem ao Complexo Acinetobacter baumannii (Acb 36,3%), Complexo Klebsiella pneumoniae (Kpn 28,3%) e Pseudomonas aeruginosa (Pa 11,1%). Houve aumento expressivo na frequência de Acb entre 2019 (13%), 2020 (39,2%) e 2021 (48,2%), com destaque para 2021, responsável por 50% do total de Acb de todo o período, e queda em 2022 (36,3%) e 2023 (18,1%). Cerca de 99% dos isolados de Acb foram sensíveis a polimixina B (CIM <4 mg/L), ocorrendo em 2019 a maior taxa de resistência (23,3%) e houve aumento estatisticamente significante de produtores de NDM dos anos de 2020/2021 para 2022 (p=0,002). Com relação a Kpn, a frequência manteve estabilidade durante os anos analisados, variando entre 24‒33%. Em todos os anos, a maioria dos isolados Kpn resistentes a polimixina B também foram produtores de KPC com variação dessa relação de 77,8‒93% e a curva de produtores de KPC seguiu a curva do número de isolados recebidos por ano. Já para Acb o mesmo não foi constatado, uma vez que no ano de maior ocorrência (2021; n=1256) a resistência à polimixina B e a produção de NDM não passou de 1% dos isolados, mas em 2023 observa-se aumento nos dois aspectos analisados. Após 2021, houve aumento na frequência de Pa de 5‒9% até 2021, para 18‒25% em 2022/2023, assim como de Pa produtor de NDM (p=0,03) quando comparado aos anos anteriores. Deve-se considerar importante o aumento progressivo da frequência de bactérias resistentes em ritmo acelerado, que se tornou mais evidente com a pandemia. A resistência antimicrobiana é um dos maiores problemas enfrentados na área da saúde, e seu monitoramento é de grande importância para o controle e ações de prevenção. Os presentes dados fornecem uma visão geral da situação do estado de São Paulo e um alerta para o aumento da resistência pós-pandemia

ATIVIDADE IN VITRO DE NOVOS ANTIMICROBIANOS/COMBINAÇÕES CONTRA ISOLADOS CLÍNICOS DE KLEBSIELLA E PSEUDOMONAS RESISTENTES AOS CARBAPENÊMICOS

Introdução/Objetivo: Infecções por bactérias resistentes aos antimicrobianos são difíceis de tratar e podem resultar em pior prognóstico ao paciente. Neste estudo, avaliamos a atividade in vitro de novos antimicrobianos/concentrações contra isolados clínicos de Klebsiella e Pseudomonas resistentes aos carbapenêmicos. Métodos: Foram incluídos neste estudo 149 isolados clínicos (57 P. aeruginosa e 92 K. pneumoniae KPC+), de pacientes não repetidos, atendidos em 57 diferentes hospitais de 21 municípios brasileiros. Isolados produtores de metalo-carbapenemases foram excluídos. Todos os isolados foram caracterizados como imipenem-resistente (disco-difusão ou método dilucional). Estes isolados foram testados contra meropenem-vaborbactam (MV), cefiderocol (FDC), ceftazidime-avibactam (CZA), imipenem-relebactam (IR), plazomicina (PLZ), cefoperazone-sulbactam (CPS), eravaciclina (ERV), e ceftolozane-tazobactam (CT) (por fitas de gradiente de concentração), e colistina e polimixina B (por microdiluição em caldo). Resultados: Os antimicrobianos mais ativos contra K. pneumoniae foram CZA (96,7% de sensibilidade), MV (94,6%) e FDC (93,5%); colistina e polimixina B foram ativas contra 56,5% dos isolados de K. pneumoniae. Para P. aeruginosa, o antimicrobiano mais ativo foi FDC (100% de sensibilidade), seguido por CT (87,7) e CZA (84,2%); 5,3% e 3,5% dos isolados foram resistentes à colistina e polimixina, respectivamente. Conclusão: Altas taxas de sensibilidade foram detectadas para antimicrobianos com uso restrito no país, indicando a necessidade de contínuo monitoramento e fortalecimento de políticas de controle de seu uso. Com isso, espera-se preservar a atividade destes fármacos contra patógenos resistentes causadores de infecções, principalmente no ambiente hospitalar. Apoio: CNPq, FAPESP, FESIMA

In vivo influence of in vitro up-regulated genes in the virulence of an APEC strain associated with swollen head syndrome

Avian Pathogenic Escherichia coli is responsible for significant economic losses in the poultry industry by causing a range of systemic or localized diseases collectively termed colibacillosis. The virulence mechanisms of these strains that are pathogenic in poultry and possibly pathogenic in humans have not yet been fully elucidated. This work was developed to study if over-expressed genes in a microarray assay could be potentially involved in the pathogenicity of an Avian Pathogenic Escherichia coli strain isolated from a swollen head syndrome case. For this study, five over-expressed genes were selected for the construction of null mutants [flgE (flagellar hook), tyrR (transcriptional regulator), potF (putrescine transporter), yehD (putative adhesin) and bfr (bacterioferritin)]. The constructed mutants were evaluated for their capacity for the adhesion and invasion of in vitro cultured cells, their motility capacity, and their pathogenic potential in one-day-old chickens compared with the wild-type strain (WT). The Delta bfr strain showed a decreased adhesion capacity on avian fibroblasts compared with WT, in the presence and absence of alpha-D-mannopyranoside, and the Delta potF strain showed decreased adhesion only in the absence of alpha-D-mannopyranoside. The Delta tyrR mutant had a reduced ability to invade Hep-2 cells. No mutant showed changes in invading CEC-32 cells. The mutants Delta flgE and Delta tyrR showed a decreased ability to survive in HD-11 cells. The motility of the mutant strains Delta bfr, Delta yehD and Delta potF was increased, while the Delta tyrR mutant showed reduction, and the Delta flgE became non-motile. No mutant strain caused the same mortality of the WT in one-day-old chickens, showing attenuation to different degrees45194105FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA DO ESTADO DE SÃO PAULO - FAPESP2010/50596-

Frequency, serotyping and antimicrobial resistance pattern of Salmonella from feces and lymph nodes of pigs

ABSTRACT: Salmonellosis is a foodborne disease caused by bacteria of the genus Salmonella, being pigs and pork-products potentially important for its occurrence. In recent decades, some serovars of Salmonella have shown increase of resistance to conventional antimicrobials used in human and animal therapy, with serious risks for public health. The aim of this study was to evaluate feces (n=50), mediastinal (n=50), mesenteric (n=50) and mandibular (n=50) lymph nodes obtained from slaughter houses for Salmonella spp. Positive samples were serotyped and subjected to an in vitro antimicrobial susceptibility test, including the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production. Salmonella species were identified in 10% (20/200) of total samples. From these, 20% (10/50) were identified in the submandibular lymph nodes, 18% (9/50) in the mesenteric lymph nodes, 2% (1/50) in feces and 0% (0/50) in the mediastinal lymph nodes. The serotypes found were Salonella Typhimurium (55%), S. enterica subsp. enterica 4,5,12: i: - (35%), S. Brandenburg and S. Derby with 5% (5% each). All strains showed resistance to at least one antimicrobial; 90% were resistant to four or more antimicrobials, and 15% were multidrug-resistant. Resistance to ciprofloxacin, tetracycline and nalidixic acid was particularly prevalent amongst the tested serovars. Here, we highlighted the impact of pigs in the epidemiological chain of salmonellosis in domestic animals and humans, as well as the high antimicrobial resistance rates of Salmonella strains, reinforcing the necessity for responsible use of antimicrobials for animals as an emergent One Health issue, and to keep these drugs for human therapy approaches