On the capacity of survival analysis with the R language

In order to make the big data mining analysis we meet the limit of computer capacity.We concentrate here on such a situation. We describe the problem, test the key fragment of thealgorithm and conclude on the possibilities of similar computations

Czynniki biochemiczne i genetyczne w diagnostyce i prognozowaniu przebiegu chorób nowotworowych

Pomimo rozwoju nauki, coraz doskonalszych technik diagnostycznych, nowych terapii opartych na lekach działających wybiórczo na komórki nowotworowe, nowotwory złośliwe stanowią po chorobach układu krążenia najczęstszą przyczynę zgonów. W Polsce w 2006 roku na nowotwory złośliwe zachorowało ponad 120 tysięcy osób. Do najczęstszych przyczyn zgonu z powodu schorzeń nowotworowych wśród mężczyzn należą: rak płuca, prostaty, jelita grubego, trzustki oraz białaczki. Natomiast u kobiet są to: rak płuca, piersi, układu rozrodczego, jelita grubego i trzustki. Polska zajmuje ostatnie miejsce pod względem skuteczności leczenia nowotworów wśród krajów Unii Europejskiej. Jest to spowodowane wieloma czynnikami, które często nakładają się na siebie. Zaliczyć tu należy między innymi niewiedzę lub lekceważenie pierwszych objawów choroby, zbyt późno rozpoczęty proces diagnostyczny, uwarunkowania ekonomiczne oraz utrudnienia administracyjne. Historyczne pojęcie markera nowotworowego oznacza biochemiczną substancję wybiórczo uwalnianą przez komórki guza do krążenia, która może być następnie wykryta w surowicy krwi lub innych płynach ciała w celu klinicznego monitorowania procesu nowotworowego. Z biegiem lat termin ten został rozszerzony o cechy charakteryzujące tkanki czy komórki nowotworowe (ekspresja receptorów, enzymów, mutacje w onkogenach i genach supresorowych, aberracje chromosomalne). Idealny marker nowotworowy jest substancją normalnie niewystępującą w organizmie, której wykrycie odzwierciedla obecność, progresję lub regresję toczącego się procesu nowotworowego (antygeny swoiste dla nowotworu powstałe w wyniku mutacji kodujących je genów). Dużą wartość diagnostyczną mają także antygeny wspólne występujące na komórkach nowotworowych oraz gametach i komórkach łożyska. Najczęściej jednak oznacza się antygeny różnicowania (swoiste dla tkanek, z których wywodzi się nowotwór (np. CYFRA 21.1) oraz powszechnie występujące, których stężenie u chorych z procesem nowotworowym jest znamiennie wyższe niż u osób zdrowych. W tej grupie znajdują się także antygeny embrionalno-nowotworowe, podlegające ekspresji podczas rozwoju płodowego, które u dorosłych mogą pojawić w wyniku procesów naprawczych lub nowotworowych (np. antygen karcynoembrionalny [CEA] i α-fetoproteiny [AFP]). Przy obecnym stanie służby zdrowia w Polsce (braku odpowiednich rozwiązań strukturalnych, ograniczonego zaufania lekarzy do nowych metod diagnostycznych oraz uwarunkowań ekonomicznych) w najbliższym czasie diagnostyka molekularna nowotworów (zwłaszcza guzów litych) może napotykać na duże trudności. Nie dotyczy to rutynowo oznaczanych markerów, takich jak CA 125, CA 19.9 czy PSA, należących jednak do antygenów powszechnie występujących. Istnieje jednak nadzieja szybkiego wdrożenia badań molekularnych w oznaczaniu czynników predykcyjnych w kwalifikacji chorych do terapii ukierunkowanych molekularnie. Forum Medycyny Rodzinnej 2010, tom 4, nr 2, 122-13

Polymorphism of the ACE gene and the risk of obstructive sleep apnoea

WSTĘP: Zespół obturacyjnego bezdechu w czasie snu (obturacyjny bezdech śródsenny, OBŚ) charakteryzuje się pojawianiem nawracających epizodów bezdechów lub spłyceń oddychania. Wśród genów kandydatów, wpływających na ryzyko wystąpienia OBŚ wymienia się geny, których polimorfizmy wpływają na rozwój chorób o podobnej patogenezie co OBŚ: APOE, geny dla leptyny i receptora leptyny, TNFA1, ADRB2 oraz ACE (gen dla enzymu konwertującego angiotensynę). Dotychczas opisano zależność pomiędzy polimorfizmem genu ACE a chorobami sercowo-naczyniowymi, a jego wpływ na zachorowanie na OBŚ jest dyskusyjny. Celem pracy było zbadanie wpływu polimorfizmu insercyjno/delecyjnego (I/D) genu ACE na ryzyko zachorowania na OBŚ.MATERIAŁ I METODY: Badaniem objęto grupę 55 chorych, którzy zgłaszali się w celu rozpoczęcia terapii CPAP. Grupę kontrolną stanowiło 50 osób, które nie zgłaszały zaburzeń snu. Rozpoznanie ustalano na podstawie wyniku polisomnografii (wg klasyfikacji AASM) i wartości punktowej Skali Senności Epworth. DNA izolowano z leukocytów krwi obwodowej za pomocą zestawu Qiagen DNA mini Kit. Polimorfizm genu ACE oceniano na podstawie długości fragmentów produktów reakcji PCR w żelu agarozowym.WYNIKI: Nie wykazano statystycznie istotnych różnic w rozkładzie poszczególnych genotypów genu ACE w grupie chorych z OBŚ i w grupie kontrolnej. Wykazano natomiast, że allel D występował istotnie rzadziej w grupie chorych na OBŚ niż w grupie kontrolnej (χ² = 4,25, p = 0,04). Ponadto, nosiciele allela I mieli trzykrotnie większe ryzyko wystąpienia OBŚ (HR = 2,748, 95% CI = 1,029–7,340, p < 0,05).WNIOSKI: Analiza polimorfizmu genu ACE może być przydatna w ocenie ryzyka wystąpienia OBŚ u osób klinicznie predysponowanych do rozwoju tej choroby.INTRODUCTION: Obstructive sleep apnoea/hypopnea syndrome (OSA) is characterized by obstruction of the upper airway during sleep, resulting in repetitive breathing pauses accompanied by oxygen desaturation and arousal from sleep. Among the candidate genes affecting the risk of OSA, genes whose polymorphisms influence the development of diseases with similar pathogenesis such as OSA could be listed: APOE, genes for leptin and leptin receptor, TNFA1, ADRB2 and ACE (gene for angiotensin-converting enzyme). Until now there has been a confirmed relationship between ACE gene polymorphism and cardiovascular diseases, but its effect on the incidence of OSA is debatable. The aim of this study was to investigate the effect of ACE gene insertion/deletion (I/D) polymorphism on the risk of OSA.MATERIAL AND METHODS: Fifty-five patients with confirmed diagnose of OSA and qualified to CPAP therapy entered the study. The control group included 50 subjects who did not complain of any sleep related symptoms. Diagnose of OSA was set on the basis of full overnight polysomnography together with Epworth Sleepiness Scale according to American Academy of Sleep Medicine guidelines. DNA was isolated from peripheral blood leukocytes with Qiagen DNA mini Kit. ACE gene polymorphism was determined in genomic DNA using allele specific polymerase chain reaction. Different sizes of PCR products were observed on agarose gel electrophoresis.RESULTS: There were non-significant differences in the frequency of ACE genotypes. However, allele D had significantly lower prevalence in the study group than in the control group. (χ² = 4.25 p = 0.04). Moreover, I allele carriers had a threefold greater risk of developing OSA (HR = 2.748, 95% CI = 1.029–7.340, p < 0.05).CONCLUSIONS: Analysis of ACE gene polymorphism might be useful to determine the risk of developing OSA in clinically predisposed patients

Predictive value of ERCC1 single-nucleotide polymorphism in patients receiving platinum-based chemotherapy for locally-advanced and advanced non-small cell lung cancer — a pilot study

Platinum-based chemotherapy is the main type of I-line treatment of advanced and non-operative NSCLC patients without EGFR gene mutation. The excision repair cross-complementation group 1 (ERCC1) is an enzyme that executes the incision of the damaged DNA strand and removes platinum-induced DNA adducts. We investigated whether ERCC1 gene polymorphism has an effect on the response to chemotherapy and survival in 43 patients with NSCLC treated with platinum-based chemotherapy. ERCC1 19007 T>C SNPs were assessed using a PCR-RFLP methods in DNA isolated from peripheral blood lymphocytes. Disease control occurred significantly (p = 0.045) more frequently in patients with CC or CT genotype compared to patients with TT genotype. Median PFS and OS for CC homozygous were 4 and 10.5 months, 4 and 12.5 months for CT heterozygous, but only 0.3 and 1.5 months for TT homozygous patients, respectively. The probability of PFS was significantly higher (HR = 0.438, 95% CI: 0.084–0.881, p = 0.03) and probability of OS was insignificantlyhigher (HR = 0.503, 95% CI: 0.129–1.137, p = 0.084) in patients with CC or CT genotype than in patients with TT genotype. Uncommon TT genotype of ERCC1 19007 T>C polymorphism could predict poor response and shortening of progression free survival in NSCLC patients treated with platinum-based I-line chemotherapy. The analysis of this polymorphism may serve as a promising tool in the qualification of advanced NSCLC patients for appropriate chemotherapy

The presence of HER2 exon 20 insertion in patients with central nervous system metastases from non-small lung cancer — a potential application in classification for therapy

 WSTĘP: HER2 (ErbB2/neu) jest białkiem należącym do rodziny receptorów HER (EGFR, HER2, HER3 i HER4), posiadających w swej części wewnątrzkomórkowej aktywność kinazy tyrozynowej. Nadekspresja EGFR i HER2 występuje w wielu typach nowotworów, ale to mutacje w genach kodujących te receptory uwrażliwiają chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC) na działanie inhibitorów kinaz tyrozynowych EGFR i HER2.MATERIAŁ I METODY: Wykorzystano technikę PCR oraz analizę długości fragmentów amplifikowanego DNA w celu zidentyfikowania u 150 chorych insercji 12 par zasad w obrębie eksonu 20 genu HER2 w przerzutach NDRP do mózgu.WYNIKI: W guzie z wykrytą mutacją HER2 nie stwierdzono mutacji EGFR ani BRAF. Insercja w eksonie 20 genu HER2 została wykryta u 77-letniego niepalącego mężczyzny chorego na niskozróżnicowanego raka gruczołowego (0,67% wszystkich chorych oraz 1,5% chorych na raka gruczołowego). U tego chorego nie zidentyfikowano innych nieprawidłowości genetycznych.WNIOSKI: W literaturze opisano, że u chorych posiadających mutację w genie HER2 mogą okazać się skuteczne inhibitory specyficzne w stosunku do kinaz tyrozynowych obu receptorów: EGFR i HER2 (np. afatynib). Dlatego też identyfikacja nowych mutacji kierujących w komórkach NSCLC wydaje się kluczem do właściwej kwalifikacji do terapii ukierunkowanych molekularnie. INTRODUCTION: HER2 (ErbB2/neu) is a member of the ErbB family of four structurally related receptors of tyrosine kinase activity. Overexpression of ErbB-1 (EGFR) and HER2 is found in many human cancers, but the presence of these genes mutations determines the effectiveness of EGFR and HER2 tyrosine kinase inhibitors in the therapy of non-small cell lung cancer (NSCLC).MATERIAL AND METHODS: To search for insertions of the HER2 gene in exon 20 in 150 brain metastases of non-small cell lung cancer patients, we used a PCR technique based on analysis of amplified DNA fragment lengths. We also compared the HER2 mutational status with clinicopathologic features and the presence of EGFR and BRAF mutations.RESULTS: HER2 mutation was present in one male, non-smoking patient with low differentiated adenocarcinoma (0.67% of all patients and 1.5% of patients with adenocarcinoma). The mutations of EGFR and BRAF genes were not found in HER2-mutated patient.CONCLUSIONS: The literature data suggests that patients with HER2 mutations may be sensitive to tyrosine kinase inhibitors of both EGFR and HER2 receptors (e.g. afatinib). Therefore, the identification of new driver mutations in NSCLC can improve the quality of patient care by enabling the use of correct molecularly targeted therapies

The Application of Real-Time PCR Technique to Detect Rare Cell Clones with Primary T790M Substitution of EGFR Gene in Metastases of Non-small Cell Lung Cancer to Central Nervous System in Chemotherapy Naive Patients

The time-limited efficacy of reversible EGFR-TKIs in patients with advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) with EGFR gene activating mutations is associated with development of treatment resistance after some period of therapy. This resistance predominantly results from secondary mutations located in EGFR gene, especially T790M substitution. There is limited information available concerning the prevalence of primary T790M mutations in patients with metastatic NSCLC tumors before treatment with EGFR-TKIs. The aim of work was to assess the prevalence of de novo T790M mutations in EGFR gene in tissue samples from NSCLC metastatases in central nervous system (CNS) in both chemotherapy and EGFR-TKI naive NSCLC patients. We analyzed DNA samples isolated from paraffin-embedded tissue from CNS metastases for T790M mutations using real-time PCR and TaqMan probe against the T790M mutant sequence. The tissue samples were taken during palliative neurosurgery in 143 NSCLC patients. Amplification of the T790M-specific sequence was detected in 25 patients (17.5 %). The quantity of mutated DNA was less than 1 % in all samples with amplification, and in vast majority (20 patients, 14 % of all samples) it was even less that 0.1 %. In 5 patients (3.5 %) quantity of mutated DNA ranged from 0.1 to 1 % and true positive results of T790M mutation presence in these patients were most possible. Amplification of this sequence was not concurrent with common EGFR mutations and was not associated with sex, smoking status and pathological type of cancer. There is a possibility to detect the primary T790M mutation in brain metastases of NSCLC in EGFR-TKIs naïve patients