Finding Function in the Unknown

Through high-throughput RNA sequencing (RNAseq), transcriptomes for a single cell, tissue, or organism(s) can be ascertained at a high resolution. While a number of bioinformatic tools have been developed for transcriptome analyses, significant challenges exist for studies of non-model organisms. Without a reference sequence available, raw reads must first be assembled de novo followed by the tedious task of BLAST searches and data mining for functional information. We have created a pipeline, PyRanger, to automate this process. The pipeline includes functionality to assess a single transcriptome and also facilitate comparative transcriptomic studies

First-line immunotherapy for lung cancer with MET exon 14 skipping and the relevance of TP53 mutations

Background The efficacy of checkpoint inhibitors for non-small cell lung cancer (NSCLC) with MET exon 14 skipping (METΔ14ex) remains controversial. Materials and methods 110 consecutive METΔ14ex NSCLC patients receiving first-line chemotherapy (CHT) and/or immunotherapy (IO) in 10 German centers between 2016–2022 were analyzed. Results Combined CHT-IO was given to 35/110 (32%) patients, IO alone to 43/110 (39%), and CHT to 32/110 (29%) upfront. Compared to CHT, CHT-IO showed longer progression-free survival (median PFS 6 vs. 2.5 months, p = 0.004), more objective responses (ORR 49% vs. 28%, p = 0.086) and numerically longer overall survival (OS 16 vs. 10 months, p = 0.240). For IO monotherapy, OS (14 vs. 16 months) and duration of response (26 vs. 22 months) were comparable to those of CHT-IO. Primary progressive disease (PD) was more frequent with IO compared to CHT-IO (13/43 vs. 3/35, p = 0.018), particularly for never-smokers (p = 0.041). Higher PD-L1 TPS were not associated with better IO outcomes, but TP53 mutated tumors showed numerically improved ORR (56% vs. 32%, p = 0.088) and PFS (6 vs. 3 months, p = 0.160), as well as longer OS in multivariable analysis (HR=0.54, p = 0.034) compared to their wild-type counterparts. Any second-line treatment was administered to 35/75 (47%) patients, with longer survival for capmatinib or tepotinib compared to crizotinib (PFS 10 vs. 3 months, p = 0.013; OS 16 vs. 13 months, p = 0.270). Conclusion CHT-IO is superior to CHT, and IO alone also effective for METΔ14ex NSCLC, especially in the presence of TP53 mutations and independent of PD-L1 expression, but never-smokers are at higher risk of primary PD

Project #91: Optimizing Vascular Access to Reduce CLABSI

Henry Ford Macomb Hospital experienced an increase in Central Line Associated Bloodstream Infections (CLABSI) in 2021. A significant portion were occurring in the MICU and were associated with Candida sp. Bloodstream infections negatively impact patient outcomes, provider workload, and are costly, with a median cost of $48,108 based on a meta-analysis conducted by AHRQ in 2017. By end of 2022, HFM aimed to reduce CLABSI incidence by 50%.https://scholarlycommons.henryford.com/qualityexpo2023/1004/thumbnail.jp

Catching Element Formation In The Act

Gamma-ray astronomy explores the most energetic photons in nature to address some of the most pressing puzzles in contemporary astrophysics. It encompasses a wide range of objects and phenomena: stars, supernovae, novae, neutron stars, stellar-mass black holes, nucleosynthesis, the interstellar medium, cosmic rays and relativistic-particle acceleration, and the evolution of galaxies. MeV gamma-rays provide a unique probe of nuclear processes in astronomy, directly measuring radioactive decay, nuclear de-excitation, and positron annihilation. The substantial information carried by gamma-ray photons allows us to see deeper into these objects, the bulk of the power is often emitted at gamma-ray energies, and radioactivity provides a natural physical clock that adds unique information. New science will be driven by time-domain population studies at gamma-ray energies. This science is enabled by next-generation gamma-ray instruments with one to two orders of magnitude better sensitivity, larger sky coverage, and faster cadence than all previous gamma-ray instruments. This transformative capability permits: (a) the accurate identification of the gamma-ray emitting objects and correlations with observations taken at other wavelengths and with other messengers; (b) construction of new gamma-ray maps of the Milky Way and other nearby galaxies where extended regions are distinguished from point sources; and (c) considerable serendipitous science of scarce events -- nearby neutron star mergers, for example. Advances in technology push the performance of new gamma-ray instruments to address a wide set of astrophysical questions.Comment: 14 pages including 3 figure

ERVATERAPIA: A democratização do uso e cultivo das ervas medicinais por meio de plataformas digitais/ The democratization of the use and cultivation of medicinal herbs through digital platforms

Atualmente, tem-se verificado o aumento do uso excessivo de medicamentos alopáticos, sobretudo no contexto da pandemia de Covid-19, o que nem sempre significa garantir uma boa qualidade de vida. Concomitante, nesse contexto tem-se acelerado o processo de informatização, sobretudo nas redes sociais. Frente a isso, o programa de extensão da Ervaterapia desenvolve atividades a fim de promover a conscientização sobre o malefício do uso excessivo de medicamentos alopáticos e a importância das ervas medicinais como auxílio em diferentes tratamentos, além de explorar a educação ambiental e o resgate histórico-cultural. Dentre essas atividades, tem-se o cultivo da horta comunitária e a divulgação de informações nas plataformas digitais. Através de postagens no Instagram institucional do projeto, são compartilhadas informações sobre as propriedades das ervas, dicas sobre preparação de chás, as atividades realizadas pelo grupo de trabalho (oficinas de produção de sabonetes artesanais e contação de história em quadrinhos), bem como buscam interagir com a comunidade, a fim de os aproximar do projeto e incentivar o uso de ervas medicinais. Até o presente momento, a rede social do instagram o projeto apresenta 526 seguidores representando um aumento de maior que 65% comparado ao ano de 2021. A horta comunitária é cultivada pelos próprios estudantes do projeto, que se organizam em uma escala de revezamento para manutenção da mesma. Atualmente, a horta apresenta mais de 20 espécies diferentes, como erva-doce, erva-cidreira, boldo, alfavaca, hortelã, entre outras, podem ser utilizadas pela comunidade acadêmica e nas demais atividades do projeto, como na confecção de oficinas de sabonetes artesanais e no consumo de chás. Sendo assim, por meio do cultivo da horta comunitária e da divulgação de informações nas redes sociais, se obtém uma ampla e significativa conscientização para além da comunidade acadêmica, levando conhecimento à comunidade em geral sobre formas de substituir medicamentos por derivados naturais e saudáveis de ‘’plantas’’. Sendo assim, o programa Ervaterapia contribuiu com a comunidade, auxiliando-a se tornar cada vez mais sadia, ainda que o projeto esteja consciente da necessidade e importância do acompanhamento médico no processo de tratamento de doenças. &nbsp

ERVATERAPIA: PRODUÇÃO DE SABONETES ARTESANAIS COM PROPRIEDADES MEDICINAIS

Com a pandemia do COVID-19, a automedicação se acentuou, sendo que 77% dos brasileiros fizeram uso desta, um dos motivos para que os medicamentos alopáticos ocupem a primeira posição na lista de causas de intoxicação e a segunda na lista de óbitos por agentes tóxicos no país (23% dos óbitos), perdendo somente para os agrotóxicos. Sintomas dos mais simples aos mais complicados já possuem um remédio nas prateleiras para tratá-los. A pandemia também gerou grande impacto negativo sócio-econômico, tendo o número de desempregados no Brasil ultrapassado os 15 milhões no início de 2020. Assim, com o objetivo de ofertar uma fonte extra de renda e conscientizar a população local acerca das ervas medicinais, é que surgiram as oficinas de sabonetes com ervas medicinais - voltadas, principalmente, aos eixos do microempreendedorismo e do ecofeminismo. Buscando atingir tais objetivos, a partir da volta presencial pós pandemia em setembro de 2021, foram realizadas oficinas de produção de sabonetes medicinais para o público externo mensalmente. As oficinas foram realizadas no IFC, sendo iniciadas com uma rápida descrição do projeto, das ervas medicinais utilizadas e seus benefícios, seguida da fabricação dos sabonetes utilizando os seguintes ingredientes: 500g de glicerina, 100 mL de lauril, 100 gotas de óleo essencial e 100 ml de chá, corantes naturais, como colorau, açafrão ou beterraba, podendo ainda utilizar algumas substâncias, como por exemplo chia e borra de café, como esfoliante natural. Os óleos essenciais foram combinados ampliando as áreas efetivas e melhorando os resultados, tal qual patchouli e tea tree que possuem propiedades antifúngicas, antisépticas, bactericida e imunoestimulantes, auxiliando no tratamento de acne ou lavanda e erva doce utilizada no combate da ansiedade, insônia, além de ter propriedades analgésicas e calmantes. Após o término das oficinas foram realizadas a distribuição dos sabonetes fabricados e uma conversa sobre a comercialização destes produtos artesanais. Foram efetuadas cerca de dez oficinas de sabonetes no IFC, alcançando aproximadamente 200 pessoas da comunidade externa. Tendo isso em vista, pode-se concluir que o projeto apresentou grande sucesso pois as oficinas de sabonetes naturais com propriedades medicinais, proporcionou aos participantes a possibilidade de obter uma renda adicional, além de conhecer e disseminar o uso diário de produtos naturais e terapêuticos, proporcionando a valorização da natureza e da cultura tradicional popular, interação social e o cuidado com a saúde. Vale ressaltar que as oficinas continuarão sendo realizadas no IFC nos próximos meses e pretende-se realizar oficinas para a produção de velas artesanais

The impact of TP53 co-mutations and immunologic microenvironment on outcome of lung cancer with EGFR exon 20 insertions

Background: EGFR exon20 insertions (ex20ins) are targeted by novel compounds in non-small-cell lung cancer (NSCLC). However, data about outcome under conventional therapies and the influence of molecular features are scarce. Patients and methods: We retrospectively analysed 118 patients with evaluation of radiologic response based on RECIST v1.1. TP53 status was available for 88 cases. Results: Platinum doublets and chemoimmunotherapy showed similar response rates (20-25%), disease control rates (80%) and median progression-free survival (mPFS, asymptotic to 7 months), which were longer compared to monochemotherapy (9%, 59%, 4.1 months), EGFR inhibitors (0%, 46%, 3.0) and PD-(L)1 inhibitors (0%, 30%, 2.1; p 1 year) occasionally occurred under EGFR inhibitors for both 'near-' and 'far-loop' variants. Conclusions: Platinum doublets and chemoimmunotherapy have the highest activity with ORR of 20-25% and mPFS of approximately 7 months, regardless of the cytotoxic partner, while PD-(L)1 inhibitors show limited efficacy. TP53 mutations, brain metastases and a lower tumour CD8/Th1-cell ratio are independently associated with shorter survival. (C) 2022 Elsevier Ltd. All rights reserved