The Dilemma of Influenza Vaccine Recommendations when Applied to the Tropics: The Brazilian Case Examined Under Alternative Scenarios

Since 1999 the World Health Organization issues annually an additional influenza vaccine composition recommendation. This initiative aimed to extend to the Southern Hemisphere (SH) the benefits—previously enjoyed only by the Northern Hemisphere (NH)—of a vaccine recommendation issued as close as possible to the moment just before the onset of the influenza epidemic season. A short time between the issue of the recommendation and vaccine delivery is needed to maximize the chances of correct matching between putative circulating strains and one of the three strains present in the vaccine composition. Here we compare the effectiveness of the SH influenza vaccination adopted in Brazil with hypothetical alternative scenarios defined by different timings of vaccine delivery and/or composition. Scores were based on the temporal overlap between vaccine-induced protection and circulating strains. Viral data were obtained between 1999 and 2007 from constant surveillance and strain characterization in two Brazilian cities: Belém, located at the Equatorial region, and São Paulo, at the limit between the tropical and subtropical regions. Our results show that, among currently feasible options, the best strategy for Brazil would be to adopt the NH composition and timing, as in such case protection would increase from 30% to 65% (p<.01) if past data can be used as a prediction of the future. The influenza season starts in Brazil (and in the equator virtually ends) well before the SH winter, making the current delivery of the SH vaccination in April too late to be effective. Since Brazil encompasses a large area of the Southern Hemisphere, our results point to the possibility of these conclusions being similarly valid for other tropical regions

Gripe

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil

La aparición de Bocavirus Humano asociado con las infecciones respiratorias agudas en niños de 0 a 2 años de edad en Belém (Estado de Pará, Brasil)

Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Belém, PA, Brasil.INTRODUÇÃO: As Infecções Respiratórias Agudas (IRA) permanecem como um dos principais problemas de saúde pública em todo o mundo. Essas infecções são associadas a diversos patógenos sendo os vírus os prevalentes. Recentemente, foi descrito na literatura um novo parvovírus denominado Bocavírus Humano (HBoV). Investigações ainda são escassas na associação deste novo agente a casos de IRA na população em geral. Neste contexto, o presente artigo relata a pesquisa do HBoV em um segmento populacional da Amazônia. MATERIAIS E MÉTODOS: Neste estudo, foram analisadas amostras de aspirado nasofaríngeo de pacientes com diagnóstico de IRA atendidos ambulatorialmente na Cidade de Belém, Pará, Brasil. A pesquisa, com a identificação laboratorial do vírus, foi realizada mediante o emprego da técnica de reação em cadeia mediada pela polimerase, utilizando pares de oligonucleotídeos específicos, seguida da análise filogenética das sequências nucleotídicas encontradas. RESULTADOS: Das 397 amostras clínicas analisadas, encontrou-se positividade em amostras de três pacientes, sendo um destes em coinfecção com o vírus respiratório sincicial. DISCUSSÃO: O percentual de positividade obtido na investigação se revelou inferior ao descrito na literatura. Entretanto, vale ressaltar que os estudos já publicados envolveram pacientes hospitalizados, diferentemente do grupo populacional presentemente abordado. As análises filogenéticas realizadas evidenciaram expressiva similaridade dos vírus encontrados com as cepas virais já descritas. CONCLUSÃO: A presente pesquisa se caracteriza como o primeiro relato associando o HBoV à IRA na Região Amazônica.INTRODUCTION: Acute Respiratory Infections (ARI) are one of the main public health problems in the world. Most of these infections are associated with several pathogens, and viruses are the most prevalent agents. Recently, a new parvovirus named Human Bocavirus (HBoV) has been described. Investigations on the relationship between this new agent and cases of ARI in individuals are still scarce. Herein, we review a study of HBoV in a population segment in the Amazon. MATERIALS AND METHODS: In this study, samples of nasopharyngeal aspirates from patients with ARI treated in Health Care Units in Belém, Brazil, were analyzed. Identification of the virus was carried out by polymerase chain reaction using pairs of specific oligonucleotides, followed by phylogenetic analysis of the nucleotide sequences obtained. RESULTS: Of the 397 samples studied, three specimens were HBoV-positive, and one presented as a co-infection with the respiratory syncytial virus. DISCUSSION: The positivity rate obtained in this investigation was lower than that described in other studies; however, previous studies involved hospitalized patients, which constitute a different population group. The phylogenetic analyses revealed a significant similarity between the virus strains found and those previously described. CONCLUSION: This is the first report associating HBoV with ARI in the Amazon

Molecular epidemiology of rhinovirus strains circulating in Belém, Pará State, Brazil

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.O rinovírus humano (HRV) é o mais comum entre os agentes virais associados a infecções no trato respiratório superior, sendo reconhecido como o principal patógeno causador de resfriado comum. Com o objetivo de detectar e caracterizar cepas de HRV associadas a casos de síndrome respiratória aguda grave (SRAG) na Cidade de Belém, Estado do Pará, Brasil, foram analisadas 224 amostras de pacientes com SRAG atendidos em unidades hospitalares no período de janeiro de 2013 a janeiro de 2014. A análise das amostras foi desenvolvida utilizando-se três etapas principais: a) extração do RNA viral (RNAv); b) amplificação do RNAv pelas técnicas de reação em cadeia mediada pela polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real e RT-PCR convencional; e c) sequenciamento do genoma viral. Entre as 224 amostras analisadas, 59 (26,3%) foram positivas para HRV; dessas, em 22 foi possível realizar a caracterização das espécies de HRV por sequenciamento, sendo 13 (59%) classificadas como HRV-A, oito (36,3%) como HRV-C; uma foi classificada como enterovírus humano D68 (EV-D68). A distribuição por faixa etária evidenciou que os adultos foram os mais acometidos pelo HRV, representando 45,7% (n = 27) dos casos positivos. Notou-se ainda a grande concentração de casos positivos para o vírus no grupo de 0–4 anos de idade durante o período estudado (n = 23, 39%). Quanto à distribuição mensal do HRV em Belém, foi verificada a circulação predominantemente no primeiro semestre do ano, a qual costuma estar associada ao período de maior pluviosidade na região. Os resultados obtidos expressam uma taxa de infecção por HRV relevante, mostrando que esse vírus é um agente importante no que diz respeito às infecções respiratórias em Belém.Human rhinovirus (HRV) is the most common viral agent associated with infections of the upper respiratory tract and is the main causative agent of the common cold. This study aimed to detect and characterize HRV strains associated with severe acute respiratory syndrome (SARS) in Belém, Pará State, Brazil, by analyzing samples from 224 SARS patients admitted to hospitals between January 2013 and January 2014. Sample analysis was performed in three stages: (a) viral RNA isolation (vRNA); (b) amplification of vRNA using conventional and real-time reverse transcription polymerase chain reaction; and (c) viral genome sequencing. Among the 224 analyzed samples, 59 (26.3%) were HRV-positive, of which 22 HRV species could be characterized through sequencing. Thirteen (59%) were classified as HRV-A and eight (36.3%) as HRV-C; one sample was classified as human enterovirus D68 (EV-D68). Distribution by age revealed that adults were the most affected by HRV, accounting for 45.7% (n = 27) of total positive cases. There was an increased number of HRV-positive cases in the 0–4-year-old group (n = 23, 39%) during the study period. Relating to monthly HRV distribution in Belém, circulation was predominant during the first semester, which is typically associated with increased rainfall. The results indicate a high HRV infection rate; thus indicating that the pathogen is an important agent of respiratory infections in Belém

Human respiratory syncytial virus circulation in five States of the Brazilian Amazon Region: first description of the ON1 genotype in Pará

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e do Instituto Evandro ChagasMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará, Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilOBJETIVO: Realizar a detecção e caracterização das cepas de vírus respiratório sincicial humano (VRSH), nos casos de infecção respiratória aguda (IRA), circulantes nos estados brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Pará e Roraima, no ano de 2015. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram coletadas 1.082 amostras de aspirado de nasofaringe e swab combinado narina e garganta de pacientes de diferentes gêneros e faixas etárias com IRA e submetidas à qRT-PCR para VRSH. As amostras positivas foram inoculadas em cultura celular HEP-2 e as que apresentaram efeito citopático foram submetidas a três etapas: extração do RNA viral, amplificação do gene G pela RT-PCR e sequenciamento genético. RESULTADOS: Das 1.082 amostras, 57 (5,3%) foram positivas para VRSH, sendo 38 (66,7%) de pacientes de 0 a 4 anos de idade. A circulação predominou entre março e julho, período de transição climática na Região. Apenas no Acre, Amazonas e Pará foram detectadas amostras positivas, 15 (26,3%), 23 (40,4%) e 19 (33,3%), respectivamente. O efeito citopático foi avaliado em 45 (78,9%) amostras, nas quais foram identificados os subgrupos: 40 (88,9%) do VRSH-B com genótipo BA e cinco (11,1%) do VRSH-A do genótipo ON1. CONCLUSÃO: Este estudo revelou uma taxa de infecção viral relevante em crianças de 0 a 4 anos de idade. A circulação viral ocorreu no Acre, Amazonas e Pará durante o período de mudança climática. Foi notória a ocorrência dos genótipos BA e ON1, sendo a primeira vez que se comprova a circulação do ON1 no Pará

Siaα2-3Galβ1- Receptor Genetic Variants Are Associated with <i>Influenza A(H1N1)pdm09</i> Severity

<div><p>Different host genetic variants may be related to the virulence and transmissibility of pandemic <i>Influenza A(H1N1)pdm09</i>, influencing events such as binding of the virus to the entry receptor on the cell of infected individuals and the host immune response. In the present study, two genetic variants of the <i>ST3GAL1</i> gene, which encodes the Siaα2-3Galβ1- receptor to which <i>influenza A(H1N1)pdm09 virus</i> binds for entry into the host cell, were investigated in an admixed Brazilian population. First, the six exons encoding the <i>ST3GAL1</i> gene were sequenced in 68 patients infected with strain A(H1N1)pdm09. In a second phase of the study, the rs113350588 and rs1048479 polymorphisms identified in this sample were genotyped in a sample of 356 subjects from the northern and northeastern regions of Brazil with a diagnosis of pandemic influenza. Functional analysis of the polymorphisms was performed <i>in silico</i> and the influence of these variants on the severity of infection was evaluated. The results suggest that rs113350588 and rs1048479 may alter the function of ST3GAL1 either directly through splicing regulation alteration and/or indirectly through LD with SNP with regulatory function. In the study the rs113350588 and rs1048479 polymorphisms were in linkage disequilibrium in the population studied (D’ = 0.65). The GC haplotype was associated with an increased risk of death in subjects with influenza (OR = 4.632, 95% CI = 2.10;1.21). The AT haplotype was associated with an increased risk of severe disease and death (OR = 1.993, 95% CI = 1.09;3.61 and OR 4.476, 95% CI = 2.37;8.44, respectively). This study demonstrated for the first time the association of <i>ST3GAL1</i> gene haplotypes on the risk of more severe disease and death in patients infected with <i>Influenza A(H1N1)pdm09 virus</i>.</p></div

DIVERSIDADE GENÉTICA DAS CEPAS DE VÍRUS INFLUENZA A CIRCULANTES NA REGIÃO AMAZÔNICA NOS ANOS DE 2021 A 2023: UMA ANÁLISE DA COMPATIBILIDADE VACINAL

Introdução/Objetivo: Anualmente a Organização Mundial da Saúde (OMS), verifica a necessidade de atualização da composição da vacina antigripal, devido à alta variabilidade dos vírus influenza, baseando-se nos dados capitados pela Rede Global de Vigilância de Influenza. Nesse contexto, objetivamos por meio da caracterização genética, investigar compatibilidade das cepas de vírus influenza A circulantes na região Amazônica no período de janeiro de 2021 a maio de 2023 com as cepas vacinais preconizadas neste período. Metodologia: Foram selecionadas 354 amostras positivas, de modo que houvesse representatividade geográfica e temporal, para realização do sequenciamento de genoma completo por amplicons utilizando a plataforma MiSeq illumina. As sequências de nucleotídeos obtidas foram comparadas com as sequencias das cepas vacinais preconizadas para os Hemisférios Norte e Sul dos anos de 2021-2023. Resultados: Dentre os 354 genomas de influenza A analisados, 194 (55%) foram do subtipo A/H1N1pdm09 e 160 (45%) A/H3N2. Quanto as cepas de A/H3N2, 76 (47,5%) foram coletados em 2021, 82 (51,25%) em 2022 e duas (1,25%) em 2023. A análise filogenética mostrou que os genomas de A/H3N2 pertenciam a cinco clados distintos, são eles: 2a.1b (n = 1); 2a.2a (n = 5); 2a.3 (n = 18); 2a.2b (n = 20); e 2a.2 (n = 116). Todos geneticamente divergentes da cepa vacinal A/HongKong/2671/2019 preconizada para a temporada de 2021, mas geneticamente compatível com a cepa vacinal A/Darwin/6/2021-like, estabelecida para as temporadas de 2022 e 2023 do hemisfério sul. Em relação as cepas de A(H1N1)pdm09, 182 (94%) foram coletadas no ano de 2023 e 12 (6%) em 2022. No período analisado, observou-se a co-circulação do clado 6B.1A.5a.2a (n = 112) e clado 6B.1A.5a.2a.1 (n = 82). A maioria das cepas circulantes (72,7%) em 2022 eram geneticamente relacionadas com a cepa vacinal A/Victoria/2570/2019 preconizada para a temporada de 2022 do hemisfério Sul. Até maio de 2023, 60% dos vírus circulantes são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Sydney/5/2021 disponível para o hemisfério sul, porém 40% são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Wisconsin/588/2019, estabelecida para a temporada 2022/2023 do hemisfério Norte. Conclusão: Como consequência da alta variabilidade genética dos vírus influenza, os eventos de incompatibilidade entre a vacina e os vírus circulantes são observados e podem contribuir para uma carga adicional relacionada à doença devido à limitada proteção cruzada