Síndrome respiratória aguda grave por influenza: perfil epidemiológico de pacientes da região noroeste do estado de São Paulo, Brasil

Introdução: O vírus Influenza, um dos maiores desafios de saúde pública do mundo, causa epidemias anuais recorrentes com infecções respiratórias agudas que apresentam manifestações que variam de quadros leves a complicações fatais. Objetivos: Caracterizar o perfil epidemiológico de pacientes hospitalizados com Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG) por Influenza na região Noroeste Paulista do Brasil. Adicionalmente, verificar a sazonalidade da gripe e a prevalência do vírus Influenza na população desta região. Métodos: estudo transversal retrospectivo com levantamento de dados de exames de pacientes internados em hospitais da região noroeste do estado de São Paulo, Brasil, no período de janeiro a dezembro de 2018. Resultados: Foram analisados os resultados de 1712 amostras, das quais, 430 (25%) foram positivas para o vírus influenza, destas 417 (97%) foram positivas para Influenza A e 13 (3%) positivas para Influenza B. Com relação à faixa etária, 53,7% das amostras eram de pacientes pertencentes a grupos de risco, sendo 418 amostras (24,4%) de idosos acima de 60 anos e 501 (29,3%) amostras de crianças menores de cinco anos. Cerca de 89% das amostras positivas foram provenientes de pacientes não vacinados. Conclusão: Concluiu se que houve predomínio do vírus Influenza A em idosos e crianças, ambos considerados importantes grupos de risco. Além disso, foi evidenciada a importância da vacinação para a redução dos casos positivos. A detecção e identificação precoce possibilitam o tratamento correto, a diminuição do tempo de internação e seus custos e minimizam os riscos de evolução para casos graves e óbito. Cabe ressaltar a importância de medidas de prevenção que devem ser mantidas e fortalecidas, principalmente, a vacinação

Investigação dos genes blaKPC e blaNDM em enterobactérias recebidas em um laboratório de saúde pública

Introdução: A produção de carbapenemases dos tipos KPC e NDM é um importante mecanismo enzimático de resistência aos carbapenêmicos em bactérias da família Enterobacteriaceae. Estas enzimas degradam os antibióticos beta-lactâmicos e são codificadas pelos genes blaKPC e blaNDM,que podem estar localizados em elementos genéticos móveis como plasmídeos e transposons. Objetivos: Avaliar a taxa de positividade de blaKPC e blaNDM em enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos recebidos no Intituto Adofo Lutz (IAL) de São José do Rio Preto e pesquisar dados epidemiológicos dos pacientes cujos isolados foram recuperados. Métodos: No período de junho de 2015 a abril de 2019 foram recebidos isolados bacterianos resistentes aos carbapenêmicos da região de São José do Rio Preto. No laboratório de bacteriologia e biologia molecular foram realizadas a extração de DNA e a PCR em tempo real para investigação dos genes blaKPC e blaNDM. Em seguida, foi feito o levantamento dos dados epidemiológicos, tais como, o município de origem, idade e gênero dos pacientes cujos isolados bacterianos foram recuperados. Resultados: A amostragem total do estudo foi de 934 isolados de enterobactérias provenientes de diferentes hospitais localizados em cinco municípios da região. Destes; 93,4% foram positivos para blaKPC sendo 96,3% em isolados do gênero Klebsiella sp. e 1,85% dos isolados do gênero Enterobacter sp. e da espécie Escherichia coli ,respectivamente; 52,5% dos isolados foram obtidos de mulheres e 84,4% de pacientes idosos. O gene blaNDM,  foi detectado apenas em três isolados,sendo dois deles provenientes de culturas de vigilância. Conclusão: Os resultados gerados evidenciaram que enterobactérias produtoras de KPC estão disseminadas em todas unidades de saúde dos cinco municípios estudados, sugerindo que os isolados de Klebsiella sp. carreadores de blaKPC  possam ser endêmicos nestas instituições.Pudemos também notar o importante papel das culturas de vigilância na prevenção da disseminação de genes de resistência, como observado para blaNDM neste estudo

Diagnóstico da rede de atendimento laboratorial de hanseníase no Departamento Regional de Saúde XV, São José do Rio Preto, São Paulo

Objective. To present the situational diagnosis of the laboratory reference network for leprosy in the region of São José do Rio Preto, SP, Brazil. Methods. An online form was sent to each person responsible for the leprosy program. Results. All 102 municipalities that make up the region sent the requested data, 82.4% (84/102) requested slit skin smear microscopy and of these 68 received training. Of the total, 11.7% send slit skin smear to other laboratories without respecting the reference network. Only 57.8% (59/102) requested a biopsy, of these 47 had a doctor responsible for the collection and 31 didn´t respect the reference network for forwarding the biopsies. Aspects that make it difficult to diagnose leprosy cases in the region have been described as the lack of an adequate room, trained professionals, the absence of material for transportation and the request for printed exams. Conclusion. The laboratory network is fragile and needs to be respected in its initial composition or reorganized.Objetivo. Apresentar o diagnóstico situacional da rede laboratorial para hanseníase na região de São José do Rio Preto, SP, Brasil. Métodos. Pesquisa de avaliação com desenho descritivo. Os dados foram coletados por meio de formulário online preenchido pelos responsáveis do programa de hanseníase, em 2018. Resultados. Todos os 102 municípios que compõem a região enviaram os dados solicitados, 84 (82,4%) solicitavam a baciloscopia e destes, 68 receberam capacitação. Do total, 11,7% enviavam baciloscopia para outros laboratórios sem respeitar a rede de referência. Apenas 59 (57,8%) solicitavam a biópsia e destes, 47 tinham médico responsável pela coleta e 31 não respeitavam a rede de referência para encaminhamento das biópsias. Foram descritos, como aspectos que dificultavam o diagnóstico dos casos de hanseníase na região, a falta de sala adequada, poucos profissionais capacitados, ausência de material para transporte e de requisição de exames impressa. Conclusão. A rede laboratorial se encontra fragilizada, necessitando reestruturação

Investigação de genes de resistência a carbapenêmicos e aminoglicosídeos e tipagem molecular de amostras de Acinetobacter baumannii isoladas de pacientes internados em unidades de terapia intensiva de um hospital terciário

The Acinetobacter genus comprises ubiquitous Gram-negative bacilli and its main species, A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pittii and A. nosocomialis were grouped in the the Acinetobacter baumannii - Acinetobacter calcoaceticus Complex (ACB Complex) due to their high genetic similarity and for their difficult differentiation by biochemical methods. Most infections caused by ACB complex are pneumonia and bacteremias, and, to treat these, beta-lactams, aminoglycosides and polymyxins are widely used. Nevertheless, beta-lactams and aminoglycosides resistance has been increasing in Acinetobacter spp., mainly, due to the enzymes production called beta-lactamases and aminoglycosides modifying enzymes (AMEs). Thus, the study objectives were to evaluate the antimicrobial susceptibility profile, investigate the carbapenemases gene (blaOXA-23like, blaOXA-51like, blaOXA-58like, blaOXA24-40like, blaOXA-143like, blaOXA-48like, blaKPC, blaGES, blaVIM, blaIMPand blaSPM), the AMEs genes [aac(3)-Ia, aac(3)-II, aac(6’)-Ih, aph(3’)-VI, ant(2’)-Ia, aph(3’)-Ia and aac(6’)-Ib], and to determine the genetic similarity by REP-PCR. One hundred carbapenem resistant isolates of ACB complex were sent to the Microbiology Laboratory of the Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, where DNA extraction, species identification, PCRs and molecular typing by REP-PCR were carried out. All of the isolates showed multidrug resistance phenotype and were identified as A. baumannii. The genes blaOXA-23like and blaOXA-51like were present in 100% of the isolates andISAba1 was “upstream” to the blaOXA-23likegene. The AMES genes detected were aph(3')-VI (55%), aac(6')-Ib (46%), aac(3)-Ia (30%) and aph(3')-Ia (24%). The REP-PCR typing generated five groups (A, B, C, D and E) with 20 clusters. Of these, many were endemic clusters, because they were isolated during all the collection period and in all the HB´s ICUs. Furthermore, the horizontal transmission ...O gênero Acinetobacter compreende bacilos Gram-negativos ubíquos na natureza e suas principais espécies, A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pittii e A. nosocomialis, foram agrupadas no complexo Acinetobacter baumannii-Acinetobacter calcoaceticus (complexo ACB) por apresentarem alta similaridade genética e por serem de difícil diferenciação por métodos bioquímicos. As infecções mais causadas pelo complexo ACB são pneumonias e bacteremias e, para o tratamento destas, são muito utilizados os beta-lactâmicos, aminoglicosídeos e polimixinas. Entretanto, a resistência aos beta-lactâmicos e aminoglicosídeos tem aumentado em Acinetobacter spp., principalmente, devido à produção de enzimas chamadas beta-lactamases e enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (EMAs). Neste contexto, os objetivos do estudo foram avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, investigar genes de carbapenemases (blaOXA-23like, blaOXA-51like, blaOXA-58like, blaOXA24-40like, blaOXA-143like, blaOXA-48like, blaKPC, blaGES,blaVIM, blaIMPe blaSPM), e de EMAs [aac(3)-Ia, aac(3’)-II, aaac(6’)-Ih, aph(3’)-VI, ant(2’)-Ia, aph(3’)-Ia e aac(6’)-Ib] por PCR e determinar a similaridade genéticados isolados de A. baumannii por REP-PCR. Cem isolados do complexo ACB resistentes aos carbapenêmicos provenientes de pacientes admitidos em unidades de terapia intensiva (UTIs) do Hospital de Base de São José do Rio Preto (HB) foram encaminhados ao laboratório de Microbiologia da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), onde foram realizadas a extração de DNA, a identificação da espécie, a investigação dos genes e a tipagem molecular por REP-PCR. Todos os isolados apresentaram fenótipo de multirresistência e foram identificados como pertencentes à espécie A. baumannii. Os genes blaOXA-23like e blaOXA-51like foram detectados em 100% dos isolados, e, em todos, ISAba1 estava localizado “upstream” ao gene blaOXA-23like ..

Detecção de genes de beta-lactamases de amplo espectro em Pseudomonas aeruginosa resistentes aos carbapenêmicos isoladas em São José do Rio Preto - SP

Pseudomonas aeruginosa é um bacilo Gram-negativo, aeróbio, não formador de esporos encontrado no solo, água, plantas e animais, incluindo os seres humanos, onde provoca infecções oportunistas. Infecções causadas por P. aeruginosa são de difícil tratamento devido a sua virulência e resistência a vários antimicrobianos. Os carbapenêmicos são geralmente ativos contra P. aeruginosa multirresistentes, mas as altas taxas de resistência a estas drogas estão se tornando comuns e podem indicar a produção de metalo-betalactamases (MβLs). O propósito deste estudo foi detectar e identificar, em cepas de P. aeruginosa resistentes a carbapenêmicos genes que codificam a produção de MβLs (blaSPM, blaIMP e blaVIM) e ESBLs (blaCTX-M e blaGES), e avaliar a similaridade genética entre as cepas. Foram avaliadas sessenta cepas de P. aeruginosa resistentes aos carbapenêmicos isoladas de pacientes do Hospital de Base de São José do Rio Preto, no período de junho de 2009 a dezembro de 2009. Os testes de sensibilidade foram realizados de acordo com a padronização do “Clinical and Laboratory Standards Institute” (CLSI) (2009) utilizando o método de disco-difusão. O teste fenotípico para a produção de MβLs foi realizado através do método de aproximação de discos, com os substratos ceftazidima e imipenem e com o inibidor de MβLs 2-MPA. A detecção dos genes de MβLs blaIMP, blaVIM e blaSPM e de ESBLs blaCTX-M e blaGES foi realizada por PCR, e a identificação através de seqüenciamento. A avaliação da similaridade genética entre as cepas foi realizada nas amostras produtoras de MβL e ESBLs do tipo CTX-M através de PFGE. No teste de suscetibilidade por disco-difusão 98,3% (59/60) das cepas apresentaram resistência ao imipenem e 75% (45/60) ao meropenem. Polimixina B foi o único agente a inibir o crescimento de 100% das amostras...Pseudomonas aeruginosa is a versatile microorganism, with low nutritional demands and easy proliferation in culture medium. It’s a Gram-negative bacillus, aerobic, nonsporulated and it can be isolated from soil, water, plants and animals, including humans. P. aeruginosa infections are hard to treat because of its virulence and resistance to various antimicrobials. Carbapenens are usually active against multiresistant P. aeruginosa, but high levels of resistance to these antibiotics are becoming common and it can indicate metallo-beta-lactamases presence (MβLs). The purpose of this study was to detect and identify, in P. aeruginosa strains, MβL and ESBL encoding genes (blaSPM, blaIMP, blaVIM, blaCTX-M and blaGES) and to determine genetic similarity between the carrier strains. The study was done analyzing sixty P. aeruginosa strains resistant to carbapenens isolated at Hospital de Base de São José do Rio Preto, in the period of june/2009 to December/2009. The isolates were submitted to disc-diffusion susceptibility test, as standardized by the “Clinical and Laboratory Standards Institute” (CLSI) (2009). The phenotypic test for MβL production was performed by means of the double disk synergy method, having ceftazidime and imipenem used as substratum and 2-MPA as an inhibitor. The polymerase chain reaction (PCR) was used to detect the MβLs genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM) and the ESBL genes (blaCTX-M and blaGES) and sequencing was carried out for their identification. The genetic similarity between the strains was evaluated in samples which were positive for MβLs and ESBLs genes using the PFGE technique. In disc-diffusion susceptibility test, 98,3% (59/60) of the strains were imipenem resistant and 75% (45/60) were meropenem resistant. All isolates were inhibited by Polymixin B. Tracheal aspirate were the most frequent isolated clinic specimen, with 40% (24/60) of total.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES

High Prevalence of bla(CTX-M) Extended Spectrum Beta-Lactamase Genes in Klebsiella pneumoniae Isolates from a Tertiary Care Hospital: First report of bla(SHV-12), bla(SHV-31), bla(SHV-38), and bla(CTX-M-15) in Brazil

The aim of this study was to investigate the presence and prevalence of bla(TEM), bla(SHV), and bla(CTX-M) and bla(GES)-like genes, responsible for extended spectrum beta-lactamases (ESBLs) production in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae collected from a Brazilian tertiary care hospital. Sixty-five ESBL producing K. pneumoniae isolates, collected between 2005 and 2007, were screened by polymerase chain reaction (PCR). Identification of bla genes was achieved by sequencing. Genotyping of ESBL producing K. pneumoniae was performed by the enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR with cluster analysis by the Dice coefficient. The presence of genes encoding ESBLs was confirmed in 59/65 (90.8%) isolates, comprising 20 bla(CTX-M-2), 14 bla(CTX-M-59), 12 bla(CTX-M-15), 9 bla(SHV-12), 1 bla(SHV-2), 1 bla(SHV-2a), 1 bla(SHV-5), and 1 bla(SHV-31) genes. The ESBL genes bla(SHV-12), bla(SHV-31), and bla(CTX-M-15), and the chromosome-encoded SHV-type beta-lactamase capable of hydrolyzing imipenem were detected in Brazil for the first time. The analysis of the enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR band patterns revealed a high rate of multiclonal bla(CTX-M) carrying K. pneumoniae isolates (70.8%), suggesting that dissemination of encoding plasmids is likely to be the major cause of the high prevalence of these genes among the K. pneumoniae isolates considered in this study.Fundacao de Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo (FAPESP)[2006/00514-0]FAPESPCoordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES

Detection of <it>P. aeruginosa </it> harboring <it>bla </it>_CTX-M-2, <it>bla </it>_GES-1 and <it>bla </it>_GES-5,<it>bla </it>_IMP-1 and <it>bla </it>_SPM-1 causing infections in Brazilian tertiary-care hospital

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Nosocomial infections caused by <it>Pseudomonas aeruginosa</it> presenting resistance to beta-lactam drugs are one of the most challenging targets for antimicrobial therapy, leading to substantial increase in mortality rates in hospitals worldwide. In this context, <it>P. aeruginosa</it> harboring acquired mechanisms of resistance, such as production of metallo-beta-lactamase (MBLs) and extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) have the highest clinical impact. Hence, this study was designed to investigate the presence of genes codifying for MBLs and ESBLs among carbapenem resistant <it>P. aeruginosa</it> isolated in a Brazilian 720-bed teaching tertiary care hospital.</p> <p>Methods</p> <p>Fifty-six carbapenem-resistant <it>P. aeruginosa</it> strains were evaluated for the presence of MBL and ESBL genes. Strains presenting MBL and/or ESBL genes were submitted to pulsed-field gel electrophoresis for genetic similarity evaluation.</p> <p>Results</p> <p>Despite the carbapenem resistance, genes for MBLs (<it>bla</it>_SPM-1 or <it>bla</it>_IMP-1) were detected in only 26.7% of isolates. Genes encoding ESBLs were detected in 23.2% of isolates. The <it>bla</it>_CTX-M-2 was the most prevalent ESBL gene (19.6%), followed by <it>bla</it>_GES-1 and <it>bla</it>_GES-5 detected in one isolate each. In all isolates presenting MBL phenotype by double-disc synergy test (DDST), the <it>bla</it>_SPM-1 or <it>bla</it>_IMP-1 genes were detected. In addition, <it>bla</it>_IMP-1 was also detected in three isolates which did not display any MBL phenotype. These isolates also presented the <it>bla</it>_CTX-M-2 gene. The co-existence of <it>bla</it>_CTX-M-2 with <it>bla</it>_IMP-1 is presently reported for the first time, as like as co-existence of <it>bla</it>_GES-1 with <it>bla</it>_IMP-1.</p> <p>Conclusions</p> <p>In this study MBLs production was not the major mechanism of resistance to carbapenems, suggesting the occurrence of multidrug efflux pumps, reduction in porin channels and production of other beta-lactamases. The detection of <it>bla</it>_CTX-M-2,<it>bla</it>_GES-1 and <it>bla</it>_GES-5 reflects the recent emergence of ESBLs among antimicrobial resistant <it>P. aeruginosa</it> and the extraordinary ability presented by this pathogen to acquire multiple resistance mechanisms. These findings raise the concern about the future of antimicrobial therapy and the capability of clinical laboratories to detect resistant strains, since simultaneous production of MBLs and ESBLs is known to promote further complexity in phenotypic detection. Occurrence of intra-hospital clonal dissemination enhances the necessity of better observance of infection control practices.</p