Circuitry rewiring directly couples competence to predation in the gut dweller Streptococcus salivarius

Small distortions in transcriptional networks might lead to drastic phenotypical changes, especially in cellular developmental programs such as competence for natural transformation. Here, we report a pervasive circuitry rewiring for competence and predation interplay in commensal streptococci. Canonically, in streptococci paradigms such as Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mutans, the pheromone-based two-component system BlpRH is a central node that orchestrates the production of antimicrobial compounds (bacteriocins) and incorporates signal from the competence activation cascade. However, the human commensal Streptococcus salivarius does not contain a functional BlpRH pair, while the competence signaling system ComRS directly couples bacteriocin production and competence commitment. This network shortcut might underlie an optimal adaptation against microbial competitors and explain the high prevalence of S. salivarius in the human digestive tract. Moreover, the broad spectrum of bacteriocin activity against pathogenic bacteria showcases the commensal and genetically tractable S. salivarius species as a user-friendly model for competence and bacterial predation

Dynamiques des systèmes de culture du bassin de la Seine : mise en évidence d'une intensification des pratiques culturales au cours des trois dernières décennies

Dans le cadre du programme PIREN-Seine, la participation de l'Unité de Recherche INRA de Mirecourt à l'axe de recherche "Territoire, carbone, azote, changements globaux" consiste à comprendre les dynamiques des activités agricoles sur l'ensemble du bassin de la Seine, afin de mettre en évidence leurs impacts sur la dégradation de l'environnement. Pour analyser ces dynamiques et leur répartition spatiale au sein du bassin, nous développons une modélisation stochastique de descripteurs choisis à différents niveaux d'organisation des activités agricoles, qui sont le système de production, l'assolement, la succession de cultures

Modeling the spatial distribution of crop sequences at a large regional scale using land-cover survey data: A case from France

International audienceAssessing the environmental impacts of agricultural production systems requires spatially explicit information regarding cropping systems. Projecting changes in agricultural land use that are caused by changes in land management practices for analyzing the performance of land activity-related policies, such as agricultural policies, also requires this type of data for model inputs. Crop sequences, which are vital and widely adopted agricultural practices, are difficult to directly detect at a regional scale. This study presents innovative stochastic data mining that was aimed at describing the spatial distribution of crop sequences at a large regional scale. The data mining is performed by hidden Markov models and an unsupervised clustering analysis that processes sequentially observed (from 1992 to 2003) land-cover survey data on the French mainland named Teruti. The 2549 3-year crop sequences were first identified as major crop sequences across the entire territory, which included 406 (merged) agricultural districts, using hidden Markov models. The 406 (merged) agricultural districts were then grouped into 21 clusters according to the similarity of the probabilities of occurrences of major 3-year crop sequences using hierarchical clustering analysis. Four cropping systems were further identified: vineyard-based cropping systems, maize monoculture and maize/wheat-based cropping systems, temporary pasture and maize-based cropping systems and wheat and barley-based cropping systems. The modeling approach that is presented in this study provides a tool to extract large-scale cropping patterns from increasingly available time series data on land-cover and land-use. With this tool, users can (a) identify the homogeneous zones in terms of fixed-length crop sequences across a large territory, (b) understand the characteristics of cropping systems within a region in terms of typical crop sequences, and (c) identify the major crop sequences of a region according to the probabilities of occurrences.L'évaluation des impacts des systèmes de production agricole requiert une information spatiale explicite sur les système de culture. Les successions de culture sont des pratiques largement adoptées mais difficiles à détecter. Cette étude présente une nouvelle méthode de fouille de données pour décrire la distribution spatiale des successions de cultures à grande échelle. La fouille de données s'appuie sur des modèles de Markov cachés du second ordre qui effectuent une classification non supervisée des successions de cultures pratiquées sur la totalité du territoire national de 1992 à 2003. 2549 triplets de cultures ont été tout d'abord identifiés en tant que successions principales sur 406 petites régions agricoles. 21 classes ont été dégagées par une classification ascendante hiérarchique. 4 systèmes de cultures ont été mis en lumière: Vignoble, prairies temporaires, système centré maïs, système centré blé - orge

CarrotAge, un logiciel pour la fouille de données agricoles

Colloque avec actes et comité de lecture. nationale.National audienceCe texte présente le logiciel CarottAge qui a été développé pour aider à l'analyse de bases de données agricoles. CarottAge utilise les modèles de Markov cachés pour segmenter des séquences temporelles ou spatiales en zones homogènes et interprétables. Ce logiciel a été mis en oeuvre dans différents projets de recherche qui concernent des problématiques agro-environnementales. Nous présentons deux exemples, l'un en Midi-Pyrénées, l'autre dans le bassin de la Seine

CarrotAge, a software for mining land-use data

Colloque avec actes et comité de lecture. internationale.International audienceWe have developed a knowledge discovery system based on high-order hidden Markov models for analysing spatio-temporal data bases. This system, named \carottage, takes as input an array of discrete data -- the rows represent the spatial sites and the columns the time slots -- and builds a partition together with its \aposteriori probability. \carottage has been developed for studying the cropping patterns of a territory. It uses therefore an agricultural french database, named \teruti, which records every year the land-use category of a set of sites regularly spaced. The results of \carottage are interpreted by agronomists and used in research works linking agricultural land use and water management. Moreover, \carottage can be used to find out and study crop sequencies in large territories, that is a main question for agricultural and environmental research

Réduire les fuites de nitrate au moyen de cultures intermédiaires : conséquences sur les bilans d'eau et d'azote, autres services écosystémiques

La présence de nitrate en excès dans les eaux de surface et les nappes phréatiques pose des problèmes de santé publique et de dégradation de l’environnement. C’est d’abord un enjeu de santé publique notamment pour les nappes phréatiques, avec la nécessité de distribuer une eau de boisson présentant une teneur inférieure à la norme de potabilité qui est de 50 mg de nitrate par litre. C’est aussi un enjeu de protection de l’environnement pour les eaux de surface, en particulier pour certains bassins versants proches de la mer, comme en Bretagne ; le transfert rapide du nitrate des zones agricoles vers la mer induit une eutrophisation des zones côtières

Réduire les fuites de nitrate au moyen de cultures intermédiaires : conséquences sur les bilans d'eau et d'azote, autres services écosystémiques : Synthèse du rapport d'étude

Synthèse du rapport d'étude. Le présent document constitue la synthèse de l’étude sollicitée conjointement par le Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable et de l'Energie et le Ministère de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire et subventionnée par le Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable et de l'Energie (étude n° 2100450303). Son contenu n'engage que la responsabilité de ses auteurs. Le rapport d’étude, source de cette synthèse, a été élaboré par les experts scientifiques sans condition d’approbation préalable par les commanditaires ou l’INRA. La synthèse a été validée par les auteurs du rapport

Réduire les fuites de nitrate au moyen de cultures intermédiaires : conséquences sur les bilans d'eau et d'azote, autres services écosystémiques : Synthèse du rapport d'étude

Synthèse du rapport d'étude. Le présent document constitue la synthèse de l’étude sollicitée conjointement par le Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable et de l'Energie et le Ministère de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire et subventionnée par le Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable et de l'Energie (étude n° 2100450303). Son contenu n'engage que la responsabilité de ses auteurs. Le rapport d’étude, source de cette synthèse, a été élaboré par les experts scientifiques sans condition d’approbation préalable par les commanditaires ou l’INRA. La synthèse a été validée par les auteurs du rapport

Conversion of t11t13 CLA into c9t11 CLA in Caco-2 Cells and Inhibition by Sterculic Oil

Background : Conjugated linoleic acids (CLA), and principally c9t11 CLA, are suspected to have numerous preventive properties regarding non-infectious pathologies such as inflammatory diseases, atherosclerosis and several types of cancer. C9t11 CLA is produced in the rumen during biohydrogenation of linoleic acid, but can also be synthesized in mammalian tissues from trans-vaccenic acid (C18:1 t11) through the action of delta-9 desaturase (D9D). For several years, it is also known that c9t11 CLA can be synthesized from conjugated linolenic acids (CLnA), i.e. c9t11c13 CLnA and c9t11t13 CLnA. This study aimed at investigating to which extent and by which route c9t11 CLA can be produced from another isomer of CLA, the t11t13 CLA that is structurally very similar to c9t11t13 CLnA, in Caco-2 cells