Metagenomic analysis reveals previously undescribed bat coronavirus strains in Eswatini

We investigated the prevalence of coronaviruses in 44 bats from four families in northeastern Eswatini using high-throughput sequencing of fecal samples. We found evidence of coronaviruses in 18% of the bats. We recovered full or near-full-length genomes from two bat species: Chaerephon pumilus and Afronycteris nana, as well as additional coronavirus genome fragments from C. pumilus, Epomophorus wahlbergi, Mops condylurus, and Scotophilus dinganii. All bats from which we detected coronaviruses were captured leaving buildings or near human settlements, demonstrating the importance of continued surveillance of coronaviruses in bats to better understand the prevalence, diversity, and potential risks for spillover.The National Science Foundation Graduate Research Fellowship; a National Science Foundation Graduate Research Opportunities Worldwide grant; Innovation Fund Denmark; a Student Research Grant from Bat Conservation International; a University of Florida Biodiversity Institute Fellowship; the Zuckerman STEM Leadership Program and an NIH Grant.http://link.springer.com/journal/10393hj2022Mammal Research InstituteZoology and Entomolog

Detecção quantitativa do gene phzf na biossíntese da fenazina em solos rizosféricos de terra preta da Amazônia

The identification of natural antibiotics is of great importance to sustainable agriculture. The phenazine compounds found in the environment may be produced by several species of bacteria that usually are associated with biocontrol activity in plants against phytopathogenic soil organisms. The phenazine is synthesized in seven genes his operon, the gene phzF is a key gene for the production of several natural phenazine. However, there is no study of the frequency of the phenazine genes in rhizosphere of Amazon Dark Earth (ADE). This work was developed according to the proposed goals and split in two studies. In the first study, we evaluated the diversity of sequences and the number of copies of phzF biosynthetic genes in rhizosphere soils (with influence of the roots) and non-rhizosphere (bulk soil) of soybean [Glycine max (L.) Merrill]. For comparison, the number of copies of the 16S rRNA gene was also quantified. For this purpose, an experiment in controlled mesocosm was conducted, with ADE under two environmental conditions: secondary forest and pasture. DNA was extracted from the rhizosphere soil samples, and then subjected to high-throughput sequencing and quantification of the number of gene copies by quantitative PCR. The metagenomic sequences generated were analyzed on the MG-RAST server based on the protein database M5NR, considering sequences belonging to Bacteria Domain. The results indicated eleven taxonomic groups affiliated to phzF gene in soil samples. The qPCR indicated that the number of 16S rRNA and phzF genes was different for rhizosphere and non-rhizosphere soils, as well as for the environments of which were collected. The second study was accomplished to detect and estimate the number of bacterial 16S rRNA and phzF genes by quantitative PCR technique and also to characterize the bacterial community profile in soils under cultivation of cowpea [Vigna unguiculata (L.) Wald]. The quantitative PCR analysis set forth that number of genes was different in both soils. The profile of the bacterial communities of soil samples retrieved by the technique of Polymorphism size of Terminal Restriction Fragment (T-RFLP). It were observed, from the profiles generated by the more homogeneous subgroups analysis, significamemte differentiating structures of bacterial communities between the cowpea rhizosphere and non-rhizosphere soils (bulk).Os compostos fenazinas encontrados no ambiente podem ser produzidos por diversas espécies de bactérias associadas às plantas, exercendo a atividade de biocontrole contra fitopatógenos do solo. A fenazina é sintetizada por sete genes em seu operon. O gene phzF é responsável pela produção de várias fenazinas naturais. No entanto, não há estudos do gene phzF em solos rizosféricos de Terra Preta da Amazônia - TPA. Este trabalho foi desenvolvido de acordo como os objetivos propostos e dividido em dois estudos. O primeiro estudo foi acessado a diversidade do gene phzF na biossíntese da fenazina nos solos rizosféricos (com influência das raízes) e não rizosféricos (solo bulk) da soja [Glycine max (L.) Merrill]. Para acessar esse gene, um experimento de mesocosmo foi estabelecido com amostras de TPA coletadas em dois ambientes (floresta e agrícola) e utilizado como substrato para o crescimento da soja. Após coleta dos solos rizosféricos, o DNA foi extraído e submetido ao sequenciamento em larga escala e à quantificação do número de cópias dos genes por meio do PCR quantitativo. As sequências geradas do metagenoma foram analisadas pelo banco de dados de anotação de proteínas (M5NR), com base nas sequências do domínio Bactéria. Os resultados indicaram onze grupos taxonômicos afiliados à sequências do gene phzF nas amostras de solos. Na reação de PCR quantitativo, os resultados revelaram que o número de cópias dos genes 16S rRNA bacteriano e da biossíntese phzF foram distintos para os solos rizosféricos e não rizosféricos, assim como, para os ambientes dos quais foram coletados. O segundo estudo realizado foi para detectar e estimar a frequência do número de cópias dos genes phzF e 16S rRNA bacteriano pela técnica de PCR quantitativo e também a caracterização do perfil da comunidade bacteriana em amostras de solos da cultura do feijão caupi [Vigna unguiculata (L.) Wald]. A análise de PCR quantitativo demonstrou resultados distintos em ambos os solos estudados. Os perfis das comunidades bacterianas das amostras de solos foram acessados, pela técnica de Polimorfismo do Tamanho de Fragmento de Restrição Terminal (T-RFLP). Foi possível observar a partir dos perfis gerados pela análise, subgrupos mais homogêneos, diferenciando significativamente de estruturas das comunidades bacterianas entre a rizosfera do feijão caupi e os solos não rizosféricos (bulk)