Protein palmitoylation plays an important role in Trichomonas vaginalis adherence

The flagellated protozoan parasite Trichomonas vaginalis is the etiologic agent of trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted infection worldwide. As an obligate extracellular pathogen, adherence to epithelial cells is critical for parasite survival within the human host and a better understanding of this process is a prerequisite for the development of therapies to combat infection. In this sense, recent work has shown S-acylation as a key modification that regulates pathogenesis in different protozoan parasites. However, there are no reports indicating whether this post-translational modification is a mechanism operating in T. vaginalis. In order to study the extent and function of S-acylation in T. vaginalis biology, we undertook a proteomic study to profile the full scope of S-acylated proteins in this parasite and reported the identification of 363 proteins involved in a variety of biological processes such as protein transport, pathogenesis related and signaling, among others. Importantly, treatment of parasites with the palmitoylation inhibitor 2-bromopalmitate causes a significant decrease in parasite: Parasite aggregation as well as adherence to host cells suggesting that palmitoylation could be modifying proteins that are key regulators of Trichomonas vaginalis pathogenesis.Fil: Nievas, Yésica Romina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Vashisht, Ajay A.. University of California; Estados UnidosFil: Corvi, Maria Martha. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Johnson, Patricia J. University of California; Estados UnidosFil: Wohlschlegel, James A.. University of California; Estados UnidosFil: de Miguel, Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentin

Diversity of photosynthetic picoeukaryotes in eutrophic shallow lakes as assessed by combining flow cytometry cell-sorting and high throughput sequencing

Photosynthetic picoeukaryotes (PPE) are key components of primary production in marine and freshwater ecosystems. In contrast with those of marine environments, freshwater PPE groups have received little attention. In this work, we used flow cytometry cell sorting, microscopy and metabarcoding to investigate the composition of small photosynthetic eukaryote communities from six eutrophic shallow lakes in South America, Argentina. We compared the total molecular diversity obtained from PPE sorted populations as well as from filtered total plankton samples (FTP). Most reads obtained from sorted populations belonged to the classes: Trebouxiophyceae, Chlorophyceae and Bacillariophyceae. We retrieved sequences from non-photosynthetic groups, such as Chytridiomycetes and Ichthyosporea which contain a number of described parasites, indicating that these organisms were probably in association with the autotrophic cells sorted. Dominant groups among sorted PPEs were poorly represented in FTP and their richness was on average lower than in the sorted samples. A significant number of operational taxonomic units (OTUs) were exclusively found in sorting samples, emphasizing that sequences from FTP underestimate the diversity of PPE. Moreover, 22% of the OTUs found among the dominant groups had a low similarity (<95%) with reported sequences in public databases, demonstrating a high potential for novel diversity in these lakes.Fil: Metz, Sebastián Darío. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnológico de Chascomús - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Tecnológico de Chascomús; ArgentinaFil: Dos Santos, Adriana Lopes. Sorbonne University; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Nanyang Technological University; SingapurFil: Castro Berman, Manuel. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnológico de Chascomús - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Tecnológico de Chascomús; ArgentinaFil: Bigeard, Estelle. Sorbonne University; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Nanyang Technological University; SingapurFil: Licursi, Magdalena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Not, Fabrice. Sorbonne University; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Lara, Enrique. University of Neuchatel; SuizaFil: Unrein, Fernando. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnológico de Chascomús - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Tecnológico de Chascomús; Argentin

FlowDiv: A new pipeline for analyzing flow cytometric diversity

Background: Flow cytometry (FCM) is one of the most commonly used technologies for analysis of numerous biological systems at the cellular level, from cancer cells to microbial communities. Its high potential and wide applicability led to the development of various analytical protocols, which are often not interchangeable between fields of expertise. Environmental science in particular faces difficulty in adapting to non-specific protocols, mainly because of the highly heterogeneous nature of environmental samples. This variety, although it is intrinsic to environmental studies, makes it difficult to adjust analytical protocols to maintain both mathematical formalism and comprehensible biological interpretations, principally for questions that rely on the evaluation of differences between cytograms, an approach also termed cytometric diversity. Despite the availability of promising bioinformatic tools conceived for or adapted to cytometric diversity, most of them still cannot deal with common technical issues such as the integration of differently acquired datasets, the optimal number of bins, and the effective correlation of bins to previously known cytometric populations. Results: To address these and other questions, we have developed flowDiv, an R language pipeline for analysis of environmental flow cytometry data. Here, we present the rationale for flowDiv and apply the method to a real dataset from 31 freshwater lakes in Patagonia, Argentina, to reveal significant aspects of their cytometric diversities. Conclusions: flowDiv provides a rather intuitive way of proceeding with FCM analysis, as it combines formal mathematical solutions and biological rationales in an intuitive framework specifically designed to explore cytometric diversity.Fil: Wanderley, Bruno M. S.. Universidade Federal do Rio Grande do Norte; BrasilFil: Araújo, Daniel S.. Universidade Federal do Rio Grande do Norte; BrasilFil: Quiroga, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Amado, André M.. Universidade Federal do Rio Grande do Norte; Brasil. Universidade Federal de Juiz de Fora; BrasilFil: Neto, Adrião D. D.. Universidade Federal do Rio Grande do Norte; BrasilFil: Sarmento, Hugo. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Unrein, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentin

Interplay between stochastic and deterministic processes in the maintenance of alternative community states in Verrucomicrobia-dominated shallow lakes

We analyzed the interplay between neutral and deterministic processes in maintaining contrasting alternative bacterioplankton communities through time in highly productive shallow lakes and evaluated the relevance of these processes when a regime shift from a clear to a turbid state occurred. We observed that local assembly is ruled primary deterministically, via local habitat filtering, with a secondary role of stochastic processes. We also found a hierarchy in the environmental sorting: while an unusual Verrucomicrobia dominance characterizes the three systems, local conditions limit within-bacterial community membership to closely phylogenetically related and ecologically similar taxa. These results indicate that bacterial abilities to establish in these lakes are strongly determined by their traits, and point toward special physiological adaptations to persist when these systems undergo a regime shift. Altogether, these results hint to a divergence in function among these alternative communities, mediated by major shifts in bacterial community trait structure, particularly regarding carbon use.Fil: Llames, Maria Eugenia del Rosario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Huber, Maria Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Unrein, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentin

Identifying Invaders: The Case of Ceratium furcoides (Gonyaulacales, Dinophyceae) in South America

Ceratium furcoides is an invasive freshwater dinoflagellate that in the last three decades has expanded its geographic distribution in South America, being recently found in Paraná River floodplain (Argentina). Despite growing concern about the presence and impacts of this invader, information regarding genetic diversity in the Southern Hemisphere is missing. This work constitutes the first phylogenetic characterization of Ceratium populations of South America, particularly, from the Paraná system. After taxonomic identification as C. furcoides based on morphological traits, two sequencing-based approaches were applied using the ribosomal 18S gene: Sanger sequencing to isolated individuals and high-throughput amplicon sequencing (HTS) to environmental DNA. The sequence of C. furcoides obtained shared 100% identity to Asian sequences, and formed a highly supported clade in the constructed reference phylogenetic tree. HTS helped to recover low-frequency genetic variants suggesting the presence of different population of C. furcoides, and to alert potential invasion in its early stages.Fil: Accattatis, Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Piccini, Claudia. Instituto de Investigaciones Biológicas "Clemente Estable"; UruguayFil: Huber, Maria Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Rueda, Eva Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Humanidades y Ciencias; ArgentinaFil: Devercelli, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; Argentin

Contrasted micro-eukaryotic diversity associated with Sphagnum mosses in tropical, subtropical and temperate climatic zones

Sphagnum-dominated ecosystem plays major roles as carbon sinks at the global level. Associated microbial communities, in particular, eukaryotes, play significant roles in nutrient fixation and turnover. In order to understand better the ecological processes driven by these organisms, the first step is to characterise these associated organisms. We characterised the taxonomic diversity, and from this, inferred the functional diversity of microeukaryotes in Sphagnum mosses in tropical, subtropical and temperate climatic zones through an environmental DNA diversity metabarcoding survey of the V9 region of the gene coding for the RNA of the small subunit of the ribosomes (SSU rRNA). As microbial processes are strongly driven by temperatures, we hypothesised that saprotrophy would be highest in warm regions, whereas mixotrophy, an optimal strategy in oligotrophic environments, would peak under colder climates. Phylotype richness was higher in tropical and subtropical climatic zones than in the temperate region, mostly due to a higher diversity of animal parasites (i.e. Apicomplexa). Decomposers, and especially opportunistic yeasts and moulds, were more abundant under warmer climates, while mixotrophic organisms were more abundant under temperate climates. The dominance of decomposers, suggesting a higher heterotrophic activity under warmer climates, is coherent with the generally observed faster nutrient cycling at lower latitudes; this phenomenon is likely enhanced by higher inputs of nutrients most probably brought in the system by Metazoa, such as arthropods.Fil: Singer, David. Universidade de Sao Paulo; Brasil. Universite de Neuchatel; SuizaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Unrein, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Shimano, Satoshi. Hosei University; JapónFil: Mazei, Yuri. Universidad Estatal de Moscú ; RusiaFil: Mitchell, Edward A. D.. Jardin Botanique de Neuchâtel; SuizaFil: Lara Pandis, Enrique Miguel. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Real Jardín Botánico; Españ

Environmental heterogeneity determines the ecological processes that govern bacterial metacommunity assembly in a floodplain river system

How diversity is structured has been a central goal of microbial ecology. In freshwater ecosystems, selection has been found to be the main driver shaping bacterial communities. However, its relative importance compared with other processes (dispersal, drift, diversification) may depend on spatial heterogeneity and the dispersal rates within a metacommunity. Still, a decrease in the role of selection is expected with increasing dispersal homogenization. Here, we investigate the main ecological processes modulating bacterial assembly in contrasting scenarios of environmental heterogeneity. We carried out a spatiotemporal survey in the floodplain system of the Paraná River. The bacterioplankton metacommunity was studied using both statistical inferences based on phylogenetic and taxa turnover as well as co-occurrence networks. We found that selection was the main process determining community assembly even at both extremes of environmental heterogeneity and homogeneity, challenging the general view that the strength of selection is weakened due to dispersal homogenization. The ecological processes acting on the community also determined the connectedness of bacterial networks associations. Heterogeneous selection promoted more interconnected networks increasing β-diversity. Finally, spatiotemporal heterogeneity was an important factor determining the number and identity of the most highly connected taxa in the system. Integrating all these empirical evidences, we propose a new conceptual model that elucidates how the environmental heterogeneity determines the action of the ecological processes shaping the bacterial metacommunity.Fil: Huber, Maria Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Unrein, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Mayora, Gisela Paola. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Preto de Morais Sarmento, Hugo Miguel. Universidade Federal do São Carlos; Brasil. Departamento de Hydrobiologia, Universidade Federal de São Carlos (UFSCar), Rodovia Washington Luiz, São Carlos, São Paulo 13565-905, Brazil; ArgentinaFil: Devercelli, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; Argentin

Field evidence supports former experimental claims on the stimulatory effect of glyphosate on picocyanobacteria communities

Glyphosate-based herbicides are the most commonly used herbicide worldwide. Although glyphosate is known to be toxic to aquatic organisms, it can also have stimulatory effects on small-size (ø <2 µm) cyanobacteria (Pcy) able to metabolize and degrade glyphosate and AMPA. Several previous experimental studies in micro- and mesocosms reported increases of Pcy abundance in response to glyphosate additions, but comparable field evidence is presently unavailable. We surveyed a large geographical area in order to collect information on Pcy abundance from lakes within the Pampa region (with over three decades of glyphosate usage) and lakes from Patagonia (with virtually no history of glyphosate usage). Fifty-two Pampean lakes and 24 Patagonian lakes were surveyed. We used three indicators of glyphosate impact: herbicide concentration, the presence of phosphonate metabolism genes (responsible for glyphosate and AMPA degradation) in environmental DNA samples, and descriptors of land use in the surrounding area of each lake. We addressed three questions: (1) is there field evidence of stimulatory effects of glyphosate on picocyanobacteria abundance? (2) is the magnitude of the effects of glyphosate in natural systems comparable to that reported under controlled experimental conditions? and (3), how do the effects of glyphosate compare to the effects of other potential environmental drivers of Pcy biomass? The collected evidence is consistent with the hypothesis that long-term agricultural practices relying on glyphosate-based technologies had important effects on freshwater microbial communities, particularly by promoting increases in picocyanobacteria abundance.Fil: Castro Berman, Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Llames, Maria Eugenia del Rosario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Minotti, Priscilla Gail. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigación e Ingeniería Ambiental. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigación e Ingeniería Ambiental; ArgentinaFil: Fermani, Paulina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Quiroga, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Ferraro, Marcela Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Zagarese, Horacio Ernesto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentin

Phenotypic plasticity in freshwater picocyanobacteria

Picocyanobacteria can occur as single-cell (Pcy) or as colonies (CPcy). Published evidence suggests that some Pcy strains have the capability to aggregate under certain culture conditions, however this has not been demonstrated to occur in natural environments. We investigated whether the Pcy and CPcy belong to the same species (i.e. phylotype), and the factors that determine their morphological and genetic variability in a hypertrophic shallow lake dominated by picocyanobacteria. Six main different morphologies and >30 phylotypes were observed. All sequences retrieved belonged to the ‘Anathece + Cyanobium’ clade (Synechococcales) that are known to have the capability of aggregation/disaggregation. The temporal variation of picocyanobacteria morphotype composition was weakly correlated with the DGGE temporal pattern, and could be explained by the composition of the zooplankton assemblage. Laboratory experiments confirmed that the small cladoceran Bosmina favoured the dominance of CPcy, i.e. Cyanodictyon doubled the size of the colonies when present, most likely through the aggregation of single-cell picocyanobacteria into colonies. Flow cytometry cell sorting and 16S rRNA + ITS sequencing of the Pcy and CPcy cytometrically-defined populations revealed that some phylotypes could be found in both sorted populations, suggesting phenotypic plasticity in which various Synechococcales phylotypes could be found in situ either as single-cells or as colonies.Fil: Huber, Maria Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Diovisalvi, Nadia Rosalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Ferraro, Marcela Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Metz, Sebastián Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Lagomarsino, Leonardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Llames, Maria Eugenia del Rosario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Royo Llonch, Marta. Consejo Superior de Investigaciones Científicas; EspañaFil: Bustingorry, Jose Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Escaray, Roberto Ulises. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); ArgentinaFil: Acinas, Silvia G.. Consejo Superior de Investigaciones Científicas; EspañaFil: Gasol, Josep M.. Consejo Superior de Investigaciones Científicas; EspañaFil: Unrein, Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús). Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas "Dr. Raúl Alfonsín" (sede Chascomús); Argentin

A georeferenced rRNA amplicon database of aquatic microbiomes from South America

The biogeography of bacterial communities is a key topic in Microbial Ecology. Regarding continental water, most studies are carried out in the northern hemisphere, leaving a gap on microorganism’s diversity patterns on a global scale. South America harbours approximately one third of the world’s total freshwater resources, and is one of these understudied regions. To fill this gap, we compiled 16S rRNA amplicon sequencing data of microbial communities across South America continental water ecosystems, presenting the first database µSudAqua[db]. The database contains over 866 georeferenced samples from 9 different ecoregions with contextual environmental information. For its integration and validation we constructed a curated database (µSudAqua[db.sp]) using samples sequenced by Illumina MiSeq platform with commonly used prokaryote universal primers. This comprised ~60% of the total georeferenced samples of the µSudAqua[db]. This compilation was carried out in the scope of the µSudAqua collaborative network and represents one of the most complete databases of continental water microbial communities from South America.Fil: Metz, Sebastián Darío. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; ArgentinaFil: Huber, Maria Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Mateus Barros, Erick. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: Junger, Pedro C.. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: de Melo, Michaela. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: Bagatini, Inessa Lacativa. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: Izaguirre, Irina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; ArgentinaFil: Câmara dos Reis, Mariana. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: Llames, Maria Eugenia del Rosario. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; ArgentinaFil: Accattatis, Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Quiroga, María Victoria. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; ArgentinaFil: Devercelli, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto Nacional de Limnología. Universidad Nacional del Litoral. Instituto Nacional de Limnología; ArgentinaFil: Schiaffino, María Romina. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Niño García, Juan Pablo. Universidad de Antioquia; ColombiaFil: Bastidas Navarro, Marcela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universidad Bariloche. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente; ArgentinaFil: Modenutti, Beatriz Estela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universidad Bariloche. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente; ArgentinaFil: Vieira, Helena. Universidade Federal do São Carlos; BrasilFil: Saraceno, Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; ArgentinaFil: Sabio y García, Carmen Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; ArgentinaFil: Pereira, Emiliano. Universidad de la Republica. Centro Universitario Regional del Este.; UruguayFil: González Revello, Alvaro. Instituto de Investigaciones Biológicas "Clemente Estable"; UruguayFil: Piccini, Claudia. Instituto de Investigaciones Biológicas "Clemente Estable"; UruguayFil: Unrein, Fernando. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; ArgentinaFil: Alonso, Cecilia. Universidad de la Republica. Centro Universitario Regional del Este.; UruguayFil: Sarmento, Hugo. Universidade Federal do São Carlos; Brasi