Diagnosis of tularemia by in vitro gene amplification (PCR)

Peruchon Sandrine, Henault Sylvie, Mendy Christiane, Vaissaire Josée. Diagnostic de la tularémie par amplification génique in vitro (PCR). In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 159 n°2, 2006. pp. 165-168

Phylogeography and Genetic Diversity of Francisella tularensis subsp. holarctica in France (1947-2018)

In France, tularemia is caused by Francisella tularensis subsp. holarctica and is a sporadic disease affecting mainly wildlife animals and humans. F. tularensis species presents low genetic diversity that remains poorly described in France, as only a few genomes of isolates from the country are available so far. The objective of this study was to characterize the genetic diversity of F. tularensis in France and describe the phylogenetic distribution of isolates through whole-genome sequencing and molecular typing. Whole genomes of 350 strains of human or animal origin, collected from 1947 to 2018 in France and neighboring countries, were sequenced. A preliminary classification using the established canonical single nucleotide polymorphism (canSNP) nomenclature was performed. All isolates from France (except four) belonged to clade B.44, previously described in Western Europe. To increase the resolution power, a whole-genome SNP analysis was carried out. We were able to accurately reconstruct the population structure according to the global phylogenetic framework, and highlight numerous novel subclades. Whole-genome SNP analysis identified 87 new canSNPs specific to these subclades, among which 82 belonged to clade B.44. Identifying genomic features that are specific to sublineages is highly relevant in epidemiology and public health. We highlighted a large number of clusters among a single clade (B.44), which shows for the first time some genetic diversity among F. tularensis isolates from France, and the star phylogeny observed in clade B.44-subclades revealed that F. tularensis biodiversity in the country is relatively recent and resulted from clonal expansion of a single population. No association between clades and hosts or clinical forms of the disease was detected, but spatiotemporal clusters were identified for the first time in France. This is consistent with the hypothesis of persistence of F. tularensis strains found in Western Europe in the environment, associated with slow replication rates. Moreover, the presence of identical genotypes across long periods of time, and across long distances, supports this hypothesis but also suggests long-distance dispersal of the bacterium.This work was supported by the French National Research Agency (ANR) and the Direction Générale de l’Armement (DGA) (No. ANR-15-ASTR-0021-01). MK is a Ph.D. student co-supported by Université Paris-Est and DGA grants

Tularemia : situation in france, issues and public health risk

This is a retrospective study on natural foci of tularemia in animals as well as human cases reported in France between 1999 and 2004. Since 1999, approximately 20 to 60 animals foci of infection in hares are detected every year in 19 to 34 French departments. Human cases often occur in areas where animal foci have erupted, but not always. There are several reasons explaining the presence of this disease on French territory, its underestimation in animals, and probably in man, and its durability. The disease is generally poorly recognised, except amongst shooters who are aware of its existence. Several clinical forms are known in man, sometimes with severe symptoms. The diagnosis of tularemia can be difficult due to its non-specific clinical features. Tularemia is mostly described in hares but other species can be also affected, serving as reservoirs for the infection and sometimes acting as vectors as well. The animal population tested for tularemia should be widened to include other wild species, as well as some of our domestic animals. In man, this diagnosis should be considered in people presenting certain clinical signs. A background on epidemiological data is given. In addition, as Francisella tularensis is one of the bioterrorism agents, it is essential that clinicians and biologists recognise this bacteria and are aware of its dangers. Tularemia was removed from the list of Legally Contagious Disease in veterinary medicine in 1996. It has become a notifiable disease in human medicine in 2002.Il s’agit d’une étude rétrospective de foyers animaux de la tularémie et des cas de contamination humaine recensés en France entre 1999 et 2004. Depuis 1999, environ 20 à 60 foyers sont identifiés chaque année chez des lièvres, dans 19 à 34 départements français. Les cas humains se déclarent souvent dans les régions où sont détectés les cas animaux, mais pas toujours. Plusieurs raisons sont à l’origine de la présence de la maladie sur le territoire, de sa sous-estimation chez les animaux, et vraisemblablement aussi chez l’homme, et de sa pérennité. La maladie est généralement mal connue, sauf chez les chasseurs qui en sont informés. Elle se présente sous de multiples formes chez l’homme et peut occasionner des troubles assez graves. Le diagnostic clinique peut être difficile, à cause des symptômes relativement peu spécifiques. Le lièvre n’est pas la seule espèce animale en cause, il n’est qu’un révélateur d’un foyer de la maladie. Plusieurs autres espèces y sont sensibles et constituent des réservoirs d’infection, certaines jouant également un rôle de vecteur. Il faudrait élargir la recherche de la tularémie à d’autres espèces de la faune sauvage, mais aussi à certaines espèces domestiques. Chez l’homme, cette maladie potentiellement grave devrait faire l’objet d’une recherche systématique face à certains symptômes cliniques. Plusieurs facteurs épidémiologiques sont rappelés. Par ailleurs, Francisella tularensis faisant partie des agents du bioterrorisme, il est essentiel que les cliniciens et les biologistes apprennent à reconnaître cette bactérie et exercent une certaine vigilance. La tularémie ne fait plus partie des Maladies Légalement Contagieuses en médecine vétérinaire depuis 1996. Elle est à déclaration obligatoire en santé humaine depuis 2002

Avis : Bilan épidémiologique de la tularémie en France de 1996 à 1998

Vaissaire Josée, Mendy Christiane, Le Doujet Claudine. Avis : Bilan épidémiologique de la tularémie en France de 1996 à 1998. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 152 n°1, 1999. p. 67

Action des désinfectants usuels, du froid, de la chaleur et des différents pH sur les bactéries et spores de Bacillus anthracis

Vaissaire Josée, Le Doujet Claudine, Mendy Christiane, Chevalerias Hervé. Action des désinfectants usuels, du froid, de la chaleur et des différents pH sur les bactéries et spores de Bacillus anthracis. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 151 n°3, 1998. p. 261

L’importance de la flore annexe dans le diagnostic de la métrite contagieuse équine

Vaissaire Josée, Le Doujet Claudine, Mendy Christiane, Peigné Flavien, Chevalerias Hervé. L’importance de la flore annexe dans le diagnostic de la métrite contagieuse équine. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 146 n°4, 1993. pp. 399-404

La tularémie chez le lièvre en France. Bilan des cas répertoriés (1994 à juin 1996)

The authors described the number of tularemia cases in the hares during three years (1994-1996) in France. The isolation of bacteria is not easily depending the samples freshness. Cases of human tularemiae had been found with some cases of hares tularemiae.Les auteurs font le bilan des cas de tularémie trouvés chez le lièvre en France de 1994 à 1996. La maladie est bien présente et la bactérie n’est pas facile à isoler suivant les prélèvements reçus. Un certain nombre de contamination humaine a été enregistré en rapport avec les cas observés.Vaissaire Josée, Dufrêne Mireille, Le Doujet Claudine, Mendy Christiane, Chevalerias Hervé. La tularémie chez le lièvre en France. Bilan des cas répertoriés (1994 à juin 1996). In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 149 n°3, 1996. pp. 273-278