116 research outputs found

    RNA-binding protein immunoprecipitation as a tool to investigate plant miRNA processing interference by regulatory proteins of diverse origin

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    Background: Due to the nature of viral RNA genomes, RNA viruses depend on many RNA-binding proteins (RBP) of viral and host origin for replication, dissemination and evasion of host RNA degradation pathways. Some viruses interfere with the microRNA (miRNA) pathway to generate better fitness. The development of an adjusted, reliable and sensitive ribonucleoprotein immunoprecipitation (RIP) assay is needed to study the interaction between RBP of different origin (including viral origin) and miRNA precursors. The method could be further applied to transiently expressed heterologous proteins in different plant species. Results: Here we describe a modified RIP assay applied to nuclear epitope-tagged proteins of heterologous origin and transiently expressed in Nicotiana benthamiana. The assay includes a combination of optimized steps as well as the careful selection of control samples and rigorous data analysis. It has proven efficient to detect and quantify miRNA processing intermediates associated with regulatory proteins. Conclusions: The RIP method described here provides a reliable tool to study the interaction of RBPs, such as transiently expressed regulatory proteins with lowly represented host RNA, as is the case of miRNA precursors. This modified method was efficiently adjusted to recover nuclear proteins and reduce unspecific background. The purification scheme optimized here for GFP-tagged proteins can be applied to a wide array of RBPs. The subsequent application of next-generation sequencing technologies will permit to sequence and characterize all RNA species bound in vivo by a given RBP.Fil: Marmisollé, Facundo Ernesto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Garcia, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Reyes Martinez, Carina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentin

    El contrato de mediación digital en el marco de la economía colaborativa

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    Las plataformas intermediarias que actúan en el marco de la economía colaborativa despliegan una actividad esencial para la contratación de un servicio subyacente entre dos sujetos. Presentan interesantes aristas que hacen que se hayan surgido diversas posturas en cuanto a la naturaleza jurídica del servicio que prestan y al contrato que celebran con sus usuarios. En este trabajo presentamos estas corrientes de un modo sistemático y crítico, aportando nuestra punto de vista. A la vez, abordaremos algunas de las obligaciones típicas que asumen estos intermediarios, efectuando un tratamiento de ciertos asuntos que pueden presentarse como polémicos o conflictivos

    Photothermal microscopy applied to the characterization of nuclear fuel pellets

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    The photothermal photodeflection technique is shown to provide information on the homogeneity of fuel pellets, pore distribution, clustering detection of pure urania and gadolinea and to provide a two-dimensional mapping of the thermal diffusivity correlated to the composition of the interdiffused Gadolinium and Uranium oxide. Histograms of the thermal diffusivity distribution become a reliable quantitative way of quantifying the degree of homogeneity and the width of the histogram can be used as a direct measure of the homogeneity. These quantitative measures of the homogeneity of the samples at microscopic levels provides a protocol that can be used as a reliable specification and quality control method for nuclear fuels, substituting with a single test a battery of expensive, time consuming and operator dependent techniques.Fil: Zaldivar Escola, Facundo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Haces Dirigidos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Martinez, Oscar Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Mingolo, Nelida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Haces Dirigidos; ArgentinaFil: Kempf, R.. Comisión Nacional de Energía Atómica; Argentin

    Photothermal Microscopy

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    AbstractAn accessory for a commercial optical microscope was implemented to map the thermal diffusivity of the sample with high spatial resolution. The system is based in the photothermal technique recently developed by the group. It consists in the measurement with a probe laser of the surface curvature induced by the heat delivered by a modulated pump laser. A lock-in detection technique provides the signal amplitude and phase as a function of the modulation frequency. The accessory was mounted on the camera port of a metallographic microscope Olympus BX51. Results obtained on different samples are presented

    Evaluación de confianza en equipos virtuales de desarrollo de software usando modelos de lenguajes basados en BERT

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    Nowadays, people from different geographical areas can be closely related thanks to advances in information and communication technologies. This has a greater impact in software development organizations where their members form virtual work teams. In these new co-located work scenarios, the construction of interpersonal trust is more complex and its impact is very relevant in the performance of software development teams. This paper presents the results of the performance evaluation of four pre-trained language models based on BERT applied to trust analysis tasks. For this work, a small dataset of 1453 comments obtained from software projects stored on Github was created. The evaluated language models achieved moderately good values, in the order of 0.84 for the F1-score metric, which augurs that with further research they could be significantly improved.Actualmente personas de distintas zonas geográficas pueden estar fuertemente relacionadas gracias a los avances en las tecnologías de información y comunicación. Esto tiene un impacto mayor en organizaciones de desarrollo de software en donde sus miembros conforman equipos virtuales de trabajo. En estos nuevos escenarios colocalizados de trabajo la construcción de confianza interpersonal es más compleja y su impacto es muy relevante en el desempeño de los equipos de desarrollo de software. Este trabajo presenta los resultados de la evaluación de desempeño de cuatro modelos de lenguaje pre-entrenados basados en BERT aplicados a tareas de análisis de trust. Para este trabajo se creó un pequeño dataset de 1453 comentarios obtenidos de proyectos de software almacenados en Github. Los modelos de lenguaje evaluados alcanzaron valores moderadamente buenos, del orden de 0.84 para la métrica F1-score, lo que augura que con una mayor investigación podrían mejorarse significativamente.Facultad de Informátic

    PAMAM dendrimers as a carbamazepine delivery system for neurodegenerative diseases: A biophysical and nanotoxicological characterization

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    Carbamazepine (CBZ) is an antiepileptic drug, which also could be used in the treatment of neurodegenerative diseases, such as the Alzheimer's disease. However, its use has been limited due to its low solubility, inefficient pharmacokinetic profiles, and multiple side effects. PAMAM dendrimers, ethylenediamine core, generation 4.0 (amine terminal groups) and 4.5 (carboxylate terminal groups) (DG4.0 and DG4.5 respectively) are polymers that can increase drug solubility through complexation. Thus, the aim of this work was to obtain and characterize complexes between CBZ and dendrimers. Both DG4.0 and DG4.5 allowed the incorporation of ∼20 molecules of CBZ per dendrimer, into their hydrophobic pockets. DG4.0-CBZ and DG4.5-CBZ complexes were found to be stable for 90 days at 37 °C and resistant to a lyophilization process, presenting controlled drug release. Also, the complexes nanotoxicity was tested ex vivo (human red blood cells), in vitro (N2a cell line), and in vivo (zebrafish). No hemolytic effect was observed in the ex vivo model. As regards in vitro toxicity, the DG4.5-CBZ complexes significantly reduced the toxicity caused by the free drug. Moreover, the DG4.5-CBZ did not cause neurotoxicity or cardiotoxicity in zebrafish larvae. In conclusion, a stable and biocompatible drug delivery system based on the DG4.5 capable of complex the CBZ has been developed. This achievement highlights the advantages of using negatively charged dendrimers for nanomedicine.Fil: Igartúa, Daniela. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Biomembranas; ArgentinaFil: Martinez, Carolina Soledad. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Biomembranas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; ArgentinaFil: Temprana, Carlos Facundo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Virologia; ArgentinaFil: Alonso, Silvia del Valle. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Biomembranas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Prieto, Maria Jimena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Biomembranas; Argentin

    Estimación de carga muscular mediante imágenes

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    Un problema de gran interés en disciplinas como la ocupacional, ergonómica y deportiva, es la medición de variables biomecánicas involucradas en el movimiento humano (como las fuerzas musculares internas y torque de articulaciones). Actualmente este problema se resuelve en un proceso de dos pasos. Primero capturando datos con dispositivos poco prácticos, intrusivos y costosos. Luego estos datos son usados como entrada en modelos complejos para obtener las variables biomecánicas como salida. El presente trabajo representa una alternativa automatizada, no intrusiva y económica al primer paso, proponiendo la captura de estos datos a través de imágenes. En trabajos futuros la idea es automatizar todo el proceso de cálculo de esas variables.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

    PAMAM dendrimers as a carbamazepine delivery system for neurodegenerative diseases : A biophysical and nanotoxicological characterization

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    Carbamazepine (CBZ) is an antiepileptic drug, which also could be used in the treatment of neurodegenerative diseases, such as the Alzheimer's disease. However, its use has been limited due to its low solubility, inefficient pharmacokinetic profiles, and multiple side effects. PAMAM dendrimers, ethylenediamine core, generation 4.0 (amine terminal groups) and 4.5 (carboxylate terminal groups) (DG4.0 and DG4.5 respectively) are polymers that can increase drug solubility through complexation. Thus, the aim of this work was to obtain and characterize complexes between CBZ and dendrimers. Both DG4.0 and DG4.5 allowed the incorporation of ∼20 molecules of CBZ per dendrimer, into their hydrophobic pockets. DG4.0-CBZ and DG4.5-CBZ complexes were found to be stable for 90 days at 37 °C and resistant to a lyophilization process, presenting controlled drug release. Also, the complexes nanotoxicity was tested ex vivo (human red blood cells), in vitro (N2a cell line), and in vivo (zebrafish). No hemolytic effect was observed in the ex vivo model. As regards in vitro toxicity, the DG4.5-CBZ complexes significantly reduced the toxicity caused by the free drug. Moreover, the DG4.5-CBZ did not cause neurotoxicity or cardiotoxicity in zebrafish larvae. In conclusion, a stable and biocompatible drug delivery system based on the DG4.5 capable of complex the CBZ has been developed. This achievement highlights the advantages of using negatively charged dendrimers for nanomedicine.Instituto Multidisciplinario de Biología Celula

    Estimación de carga muscular mediante imágenes

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    Un problema de gran interés en disciplinas como la ocupacional, ergonómica y deportiva, es la medición de variables biomecánicas involucradas en el movimiento humano (como las fuerzas musculares internas y torque de articulaciones). Actualmente este problema se resuelve en un proceso de dos pasos. Primero capturando datos con dispositivos poco prácticos, intrusivos y costosos. Luego estos datos son usados como entrada en modelos complejos para obtener las variables biomecánicas como salida. El presente trabajo representa una alternativa automatizada, no intrusiva y económica al primer paso, proponiendo la captura de estos datos a través de imágenes. En trabajos futuros la idea es automatizar todo el proceso de cálculo de esas variables.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO
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