Finite Dimension: A Mathematical Tool to Analise Glycans

There is a need to develop widely applicable tools to understand glycan organization, diversity and structure. We present a graph-theoretical study of a large sample of glycans in terms of finite dimension, a new metric which is an adaptation to finite sets of the classical Hausdorff "fractal" dimension. Every glycan in the sample is encoded, via finite dimension, as a point of Glycan Space, a new notion introduced in this paper. Two major outcomes were found: (a) the existence of universal bounds that restrict the universe of possible glycans and show, for instance, that the graphs of glycans are a very special type of chemical graph, and (b) how Glycan Space is related to biological domains associated to the analysed glycans. In addition, we discuss briefly how this encoding may help to improve search in glycan databases.Fil: Alonso, Juan Manuel. Universidad Nacional de Cuyo; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Arroyuelo, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Garay, Pablo Germán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Vila, Jorge Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentin

CheSweet: An application to predict glycan's chemicals shifts

The knowledge of the tridimensional structure of glycans is necessary to understand in detail, at atomic level, the molecular processes in which they are involved. Chemical Shifts (CS) are observables obtained from Nuclear Magnetic Resonance experiments that are highly sensitive probes to sense conformational changes. CS can be calculated accurately using quantum chemical tools, although these computations are very demanding for routine computations of more than a few conformations. For that reason we have developed CheSweet, a Python module for accurate and fast computation of CS.Fil: Garay, Pablo Germán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Vila, Jorge Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentin

ArviZ a unified library for exploratory analysis of Bayesian models in Python

ArviZ is a Python package for exploratory analysis of Bayesian models. ArviZ aims to be a package that integrates seamlessly with established probabilistic programming languages like PyStan, PyMC, Edward, emcee, Pyro and easily integrated with novel or bespoke Bayesian analyses. Where the aim of the probabilistic programming languages is to make it easy to build and solve Bayesian models, the aim of the ArviZ library is to make it easy to process and analyze the results from the Bayesian models.Fil: Kumar, Ravin. No especifíca;Fil: Carroll, Colin. No especifíca;Fil: Hartikainen, Ari. Aalto University; FinlandiaFil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentin

CheShift-2: Graphic validation of protein structures

The differences between observed and predicted 13Cα chemical shifts can be used as a sensitive probe with which to detect possible local flaws in protein structures. For this reason, we previously introduced CheShift, a Web server for protein structure validation. Now, we present CheShift-2 in which a graphical user interface is implemented to render such local flaws easily visible. A series of applications to 15 ensembles of conformations illustrate the ability of CheShift-2 to locate the main structural flaws rapidly and accurately on a per-residue basis. Since accuracy plays a central role in CheShift predictions, the treatment of histidine (His) is investigated here by exploring which form of His should be used in CheShift-2.Fil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Vila, Jorge Alberto. Cornell University; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Scheraga, Harold A.. Cornell University; Estados Unido

13Check_RNA: A tool to evaluate 13 C chemical shift assignments of RNA

Motivation: Chemical shifts (CS) are an important source of structural information of macromolecules such as RNA. In addition to the scarce availability of CS for RNA, the observed values are prone to errors due to a wrong re-calibration or miss assignments. Different groups have dedicated their efforts to correct CS systematic errors on RNA. Despite this, there are not automated and freely available algorithms for evaluating the referencing of RNA 13 C CS before their deposition to the BMRB or re-reference already deposited CS with systematic errors. Results: Based on an existent method we have implemented an open source python module to correct 13 C CS (from here on 13 C exp ) systematic errors of RNAs and then return the results in 3 formats including the nmrstar one.Fil: Icazatti Zuñiga, Alejandro Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Villegas, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Szleifer, Igal. Northwestern University; Estados UnidosFil: Vila, Jorge Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentin

Classification of RNA backbone conformations into rotamers using 13C' chemical shifts: Exploring how far we can go

The conformational space of the ribose-phosphate backbone is very complex as it is defined in terms of six torsional angles. To help delimit the RNA backbone conformational preferences, 46 rotamers have been defined in terms of these torsional angles. In the present work, we use the ribose experimental and theoretical 13C' chemical shifts data and machine learning methods to classify RNA backbone conformations into rotamers and families of rotamers. We show to what extent the experimental 13C' chemical shifts can be used to identify rotamers and discuss some problem with the theoretical computations of 13C' chemical shifts.Fil: Icazatti Zuñiga, Alejandro Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Loyola, Juan Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Szleifer, Igal. Northwestern University; Estados UnidosFil: Vila, Jorge Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentin

Bayesian additive regression trees for probabilistic programming

Bayesian additive regression trees (BART) is a non-parametric method to approximate functions. It is a black-box method based on the sum of many trees where priors are used to regularize inference, mainly by restricting trees’ learning capacity so that no individual tree is able to explain the data, but rather the sum of trees. We discuss BART in the context of probabilistic programming languages (PPLs), specifically we introduce a BART implementation extending PyMC, a Python library for probabilistic programming. We present a few examples of models that can be built using this probabilistic programming-oriented version of BART, discuss recommendations for sample diagnostics and selection of model hyperparameters, and finally we close with limitations of the current approach and future extensions.Fil: Quiroga Andiñach, Miriana Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Garay, Pablo Germán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Alonso, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Loyola, Juan Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; ArgentinaFil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentin

Conjunto de ejercicios para la enseñanza-aprendizaje de la conducción del balón en niños de 5to grado. / Set of exercises for the teaching-learning of the driving of the ball in 5th grade children

Resumen La conducción del balón es uno de los elementos se aprenden en 5to grado del segundo ciclo de la enseñanza primaria, pero la práctica se nota limitada por la poca existencia de ejercicios y juegos dentro de los programas de Educación Física para el desarrollo de su proceso de enseñanza-aprendizaje. La presente investigación se inició en la Escuela Primaria “Enrique José Varona” del municipio Camagüey, durante el curso escolar 2016-2017, con la población de niñosde 5to grado, donde se identifican insuficiencias en este elemento, trazándose como objetivo elaborar ejercicios de conducción del balónen estos niños.Se utilizaron métodos científicos como análisis-síntesis,inducción-deducción, observación, entrevista, revisión documental y el cálculo porcentual. Dentro de los resultados fundamentales del diagnóstico se evidenciaron insuficientes ejercicios como guía para la planificación del proceso de enseñanza-aprendizaje. También se elaboró un conjunto de ejercicios de conducción con trayectorias rectilínea, curva y en zigzag,los cuales permitirán un mejor desarrollo del proceso de enseñanza-aprendizaje de este elemento técnico-táctico. Abstract The driving of the ball is one of the elements learned in the 5th grade of the second cycle of primary education, but the practice is limited by the limited existence of exercises and games within the Physical Education programs for the development of the process of teaching-learning. The present investigation was initiated at the "Enrique José Varona" Primary School of the Camagüey municipality, during the 2016-2017 school year, with the population of 5th grade children, where insufficiencies are identified in this element, with the goal of developing driving exercises of the ball in these children. Scientific methods such as analysis-synthesis, induction-deduction, observation, interview, documentary review and percentage calculation were used. Within the fundamental results of the diagnosis there were insufficient exercises as a guide for planning the teaching-learning process. A set of driving exercises was also developed with straight, curved and zigzag trajectories, which will allow a better developmentof the teaching-learning process of this technical-tactical eleme

Conjunto de ejercicios para la enseñanza-aprendizaje de la conducción del balón en niños de 5to grado

The driving of the ball is one of the elements learned in the 5th grade of the second cycle of primary education, but the practice is limited by the limited existence of exercises and games within the Physical Education programs for the development of the process of teaching-learning. The present investigation was initiated at the "Enrique José Varona" Primary School of the Camagüey municipality, during the 2016-2017 school year, with the population of 5th grade children, where insufficiencies are identified in this element, with the goal of developing driving exercises of the ball in these children. Scientific methods such as analysis-synthesis, induction-deduction, observation, interview, documentary review and percentage calculation were used. Within the fundamental results of the diagnosis there were insufficient exercises as a guide for planning the teaching-learning process. A set of driving exercises was also developed with straight, curved and zigzag trajectories, which will allow a better development of the teaching-learning process of this technical-tactical element.La conducción del balón es uno de los elementos se aprenden en 5to grado del segundo ciclo de la enseñanza primaria, pero la práctica se nota limitada por la poca existencia de ejercicios y juegos dentro de los programas de Educación Física para el desarrollo de su proceso de enseñanza-aprendizaje. La presente investigación se inició en la Escuela Primaria “Enrique José Varona” del municipio Camagüey, durante el curso escolar 2016-2017, con la población de niños de 5to grado, donde se identifican insuficiencias en este elemento, trazándose como objetivo elaborar ejercicios de conducción del balón en estos niños. Se utilizaron métodos científicos como análisis-síntesis, inducción-deducción, observación, entrevista, revisión documental y el cálculo porcentual. Dentro de los resultados fundamentales del diagnóstico se evidenciaron insuficientes ejercicios como guía para la planificación del proceso de enseñanza-aprendizaje. También se elaboró un conjunto de ejercicios de conducción con trayectorias rectilínea, curva y en zigzag, los cuales permitirán un mejor desarrollo del proceso de enseñanza-aprendizaje de este elemento técnico-táctico

Trayectorias laborales y asimilación ocupacional de la inmigración

En este artículo exploramos dos hipótesis relacionadas con la situación de la población inmigrante en el mercado de trabajo. La primera sostiene la idea de la asimilación ocupacional de la inmigración a través de la antigüedad en el mercado de trabajo. Esta hipótesis se apoya en el salario como indicador de la convergencia entre trabajadores autóctonos e inmigrantes. Y la segunda hipótesis sostiene la idea de la inserción estratificada en el mercado de trabajo en función de otras variables: seguridad en el empleo, cualificaciones profesionales, origen y género. Nuestro argumento central es que la asimilación se configura de forma estratificada en algunas pocas categorías profesionales y sectores de actividad, mientras que en otros persiste a lo largo de los años la brecha en las trayectorias laborales según el origen.In this article we explore two hypotheses about the conditions of immigrants in the labour market. The first one sustains that there is occupational assimilation of immigration over time. This hypothesis focuses on earnings as an indicator of convergence between native and immigrant workers. The second hypothesis argues that there is a segmented insertion in the labour market as a function of other variables different from earning: employment security, professional qualification, origin and gender. Our argument is that there is a segmented assimilation in some occupations and sectors of activity, whilst in others the origin-based gap in labour market trajectories of workers persists over the yearsFil: Martín Ardiles, Antonio. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Lopez Roldan, Pedro. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Molina, Oscar. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Moreno, Sara. Universitat Autònoma de Barcelona; EspañaFil: Esteban, Fernando Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Sociales. Instituto de Investigaciones "Gino Germani"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin