Análisis de resistoma de Bartonella bacilliformis y predicción de proteínas blanco de drogas

Se analizaron 17 genomas de Bartonella bacilliformis con el fin de encontrar genes de resistencia a antibióticos a partir de un análisis de homología con otras especies bacterianas. La resistencia intrínseca de esta especie se determinó utilizando las plataformas bioinformáticas PATRIC, GenBank y CARD; se identificó genes asociados a la resistencia a macrólidos, quinolonas, rifampicina, aminoglucósidos y genes de bombas de eflujo relacionadas con la exportación de diversos antibióticos. Además, se hizo la predicción de blancos novedosos para el desarrollo de drogas capaces de combatir el agente causal de la enfermedad de Carrión; esta predicción de blancos drogables se realizó a partir del análisis del proteoma de la cepa B. bacilliformis USM- LMMB07 mediante múltiples capas de datos ómicos (genómica, estructurómica y metabolómica) integrados en la plataforma Target Pathogen. Dicho análisis permitió encontrar 17 proteínas e inferir 6 proteínas relevantes que reúnen las características deseables para el desarrollo de nuevos fármacos capaces de combatir B. bacilliformis, las cuales son FabI, DHFR - folA, AroA, TrmFO, UppP y MurE. Estas se localizan en el citoplasma y la membrana citoplasmática de la bacteria y participan en los procesos biológicos esenciales para su metabolismo. Se infiere que las proteínas encontradas son buenos blancos moleculares para la elaboración de nuevas drogas en el tratamiento de la enfermedad de Carrión.Perú. Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Vicerrectorado de Investigación y Posgrado. Programa de Proyectos de Investigación para Grupos de Investigación (Pconfigi 2019) - N°B19100091. Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas CONICET Godoy Cruz 2290 (C1425FQB) CABA -Subsidiado por la agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica. CONVOCATORIA PICT 2015. PICT-2015-1863

Prioritisation of potential drug targets against bartonella bacilliformis by an integrative in-silico approach

BACKGROUND Carrion’s disease (CD) is a neglected biphasic illness caused by Bartonella bacilliformis, a Gram-negative bacteria found in the Andean valleys. The spread of resistant strains underlines the need for novel antimicrobials against B. bacilliformis and related bacterial pathogens. OBJECTIVE The main aim of this study was to integrate genomic-scale data to shortlist a set of proteins that could serve as attractive targets for new antimicrobial discovery to combat B. bacilliformis. METHODS We performed a multidimensional genomic scale analysis of potential and relevant targets which includes structural druggability, metabolic analysis and essentiality criteria to select proteins with attractive features for drug discovery. FINDINGS We shortlisted seventeen relevant proteins to develop new drugs against the causative agent of Carrion’s disease. Particularly, the protein products of fabI, folA, aroA, trmFO, uppP and murE genes, meet an important number of desirable features that make them attractive targets for new drug development. This data compendium is freely available as a web server (http://target.sbg.qb.fcen.uba.ar/). MAIN CONCLUSION This work represents an effort to reduce the costs in the first phases of B. bacilliformis drug discovery.Fil: Farfán López, Mariella. Universidad Nacional Mayor de San Marcos; PerúFil: Espinoza Culupú, Abraham. Universidad Nacional Mayor de San Marcos; PerúFil: García De la guarda, Ruth. Universidad Nacional Mayor de San Marcos; PerúFil: Serral, Federico. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Calculo. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Calculo; ArgentinaFil: Sosa, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Palomino, Maria Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Calculo. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Calculo; Argentin

Proteomic Study of Response to Copper, Cadmium, and Chrome Ion Stress in <i>Yarrowia lipolytica</i> Strains Isolated from Andean Mine Tailings in Peru

Mine tailings are produced by mining activities and contain diverse heavy metal ions, which cause environmental problems and have negative impacts on ecosystems. Different microorganisms, including yeasts, play important roles in the absorption and/or adsorption of these heavy metal ions. This work aimed to analyze proteins synthesized by the yeast Yarrowia lipolytica AMJ6 (Yl-AMJ6), isolated from Andean mine tailings in Peru and subjected to stress conditions with common heavy metal ions. Yeast strains were isolated from high Andean water samples impacted by mine tailings from Yanamate (Pasco, Peru). Among all the isolated yeasts, the Yl-AMJ6 strain presented LC50 values of 1.06 mM, 1.42 mM, and 0.49 mM for the Cr+6, Cu+2, and Cd+2 ions, respectively. Proteomic analysis of theYl-AMJ6 strain under heavy metal stress showed that several proteins were up- or downregulated. Biological and functional analysis of these proteins showed that they were involved in the metabolism of proteins, nucleic acids, and carbohydrates; response to oxidative stress and protein folding; ATP synthesis and ion transport; membrane and cell wall; and cell division. The most prominent proteins that presented the greatest changes were related to the oxidative stress response and carbohydrate metabolism, suggesting the existence of a defense mechanism in these yeasts to resist the impact of environmental contamination by heavy metal ions