A pipeline for the analysis of 18F-FDG PET data on the cortical surface and its evaluation on ADNI

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An Automated Pipeline for the Analysis of PET Data on the Cortical Surface

We present a fully automatic pipeline for the analysis of PET data on the cortical surface. Our pipeline combines tools from FreeSurfer and PETPVC, and consists of (i) co-registration of PET and T1-w MRI (T1) images, (ii) intensity normalization, (iii) partial volume correction, (iv) robust projection of the PET signal onto the subject's cortical surface, (v) spatial normalization to a template, and (vi) atlas statistics. We evaluated the performance of the proposed workflow by performing group comparisons and showed that the approach was able to identify the areas of hypometabolism characteristic of different dementia syndromes: Alzheimer's disease (AD) and both the semantic and logopenic variants of primary progressive aphasia. We also showed that these results were comparable to those obtained with a standard volume-based approach. We then performed individual classifications and showed that vertices can be used as features to differentiate cognitively normal and AD subjects. This pipeline is integrated into Clinica, an open-source software platform for neuroscience studies available at www.clinica.run

New advances in the Clinica software platform for clinical neuroimaging studies

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Impact du syndrome transfuseur transfusé sur le devenir de grossesses monochoriales biamniotiques

Notre étude est rétrospective sur 3 ans, incluant les grossesses monochoriales biamniotiques (MONOBI) suivies au CHU de Toulouse entre Janvier 2000 et Décembre 2002. Elle a pour objectif d'étudier le devenir de fœtus STT en le comparant à celui de fœtus MONOBI non STT. Elle recherche un impact du STT sur la mortalité et la morbidité à court terme et à 18 mois. 60 grossesses MONOBI ont été suivies, 17 (28 %) ont été marquées par un STT, soit 120 fœtus étudiés dont 86 non STT et 34 STT. Dans le groupe STT, on retrouve un taux de mortalité plus élevé (59 % vs 9 %, p<0,0001). Les jumeaux STT sont significativement plus prématurés (28,8 SA vs 33,5 SA), ils sont plus souvent réanimés (80 % vs 30 %, p<0,0001), présentent plus de détresse respiratoires (90 % vs 46 %, p= 0,001). Chez les STT, la présence d'une cardiopathie est 10 fois plus fréquente en raison de l'atteinte cardiaque spécifique du transfusé. En effet 53% d'entre eux présentaient une cardiomyopathie hypertrophique, les 2/3 sont décédés. On retrouve une atteinte rénale 2 fois plus fréquente dans le groupe STT, elle concerne aussi bien le transfuseur que le transfusé. Les STT ont plus souvent des lésions neurologiques péjoratives (18 % vs 4 %, p=0,02). Le développement staturo-pondéral et neuropsychomoteur à 18 mois est identique dans notre série.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocTOULOUSE3-BU Santé-Allées (315552109) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

A propos des enfants atteints de la séquence de Pierre Robin suivis au CHU de Toulouse entre 1997-et 2007 (étude rétrospective à propos de 33 cas)

TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Chylothorax congénitaux et non congénitaux (analyse de 21 cas à Toulouse)

Le chylothorax est une affection rare, correspondant à l'accumulation de chyle dans l'espace pleural. On distingue 3 types de chylothorax en pédiatrie: le chylothorax congénital, le chylothorax postopératoire et le chylothorax sur hyperpression. Quelqu'en soit sa cause, il peut mettre en jeu le pronostic vital de l'enfant par ses complications respiratoires, nutritionnelles, immunologiques...L'intérêt d'un traitement conservateur est prouvé (soutien respiratoire symptomatique, alimentation enrichie en Triglycérides à chaînes moyennes et Somatostatine dans les chylothorax postopératoires) mais il n'existe aucun consensus pour une prise en charge standardisée. Nous avons comparé la prise en charge et l'évolution de 21 enfants (12 chylothorax congénitaux, 6 postopératoires et 3 sur hyperpression veineuse) aux données de la littérature. Nos résultats nous amènent à proposer un algorithme thérapeutique mettant l'accent sur l'importance d'une nutrition entérale précoce.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Encéphalopathies néonatales anoxo-ichémiques à terme, devenir entre 2 et 4 ans et facteurs pronostiques (analyse de 41 cas à Toulouse)

L'encéphalopathie anoxo-ischémique est une pathologie rare mais sévère du nouveau-né à terme, pouvant mettre en jeu son pronostic vital et être responsable de séquelles neurologiques graves. Sa définition est controversée et fait appel à des critères anamnestiques, cliniques et biologiques. Nous avons évalué le devenir neurologique de 41 nouveau-nés à terme atteints d'encéphalopathie anoxo-ischémique. Nous retrouvons 50% de devenir favorable et 50% de devenir défavorable. Les facteurs prédictifs du devenir retrouvés sont essentiellement cliniques : score de Sarnat et examen neurologique à sept jours de vie. L'IRM précoce serait intéressante pour compléter l'évaluation pronostique. Cette étude sert de référence avant la mise en place de l'hypothermie thérapeutique dans le service de réanimation.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

HDX-Viewer: interactive 3D visualization of hydrogen–deuterium exchange data

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Conformational maps of human 20S proteasomes reveal PA28- and immuno-dependent inter-ring crosstalks

International audienceHydrogen-Deuterium eXchange coupled to Mass Spectrometry (HDX-MS) is now common practice in structural biology. However, it is most of the time applied to rather small oligomeric complexes. Here, we report on the use of HDX-MS to investigate conformational differences between the human standard 20S (std20S) and immuno 20S (i20s) proteasomes alone or in complex with PA28αβ or PA28γ activators. Their solvent accessibility is analyzed through a dedicated bioinformatic pipeline including stringent statistical analysis and 3D visualization. These data confirm the existence of allosteric differences between the std20S and i20S at the surface of the α-ring triggered from inside the catalytic β-ring. Additionally, binding of the PA28 regulators to the 20S proteasomes modify solvent accessibility due to conformational changes of the β-rings. This work is not only a proof-of-concept that HDX-MS can be used to get structural insights on large multi-protein complexes in solution, it also demonstrates that the binding of the std20S or i20S subtype to any of its PA28 activator triggers allosteric changes that are specific to this 20S/PA28 pair